More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0455 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_3081  ATP-dependent helicase HrpB  49.04 
 
 
827 aa  702    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.895104  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1590  ATP-dependent helicase HrpB  56.57 
 
 
825 aa  816    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.357448  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1838  ATP-dependent helicase HrpB  48.28 
 
 
846 aa  666    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0458406  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4801  ATP-dependent helicase HrpB  63.75 
 
 
826 aa  921    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.510158 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09990  DEAH-box ATP-dependent helicase HrpB  48.99 
 
 
838 aa  640    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.371307  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0192  ATP-dependent helicase HrpB  48.47 
 
 
917 aa  646    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0135151 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2844  ATP-dependent helicase HrpB  46.84 
 
 
830 aa  656    Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.454612  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4735  ATP-dependent helicase HrpB  46.04 
 
 
840 aa  660    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.784057  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3449  ATP-dependent helicase HrpB  51.34 
 
 
814 aa  672    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.206852 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3991  ATP-dependent helicase HrpB  54.63 
 
 
821 aa  797    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3275  ATP-dependent helicase HrpB  56.03 
 
 
821 aa  828    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4808  ATP-dependent helicase HrpB  45.94 
 
 
844 aa  646    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4320  ATP-dependent helicase HrpB  48.42 
 
 
844 aa  657    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.043486  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0595  ATP-dependent helicase HrpB  63.76 
 
 
821 aa  851    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.420753  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0359  ATP-dependent helicase HrpB  84.65 
 
 
872 aa  1379    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.508853 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4935  ATP-dependent helicase HrpB  47.23 
 
 
839 aa  645    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.557516 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0127  ATP-dependent helicase HrpB  57.44 
 
 
832 aa  855    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.00299316  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2129  ATP-dependent helicase HrpB  65.43 
 
 
837 aa  976    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7352  ATP-dependent helicase  81.06 
 
 
824 aa  1291    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0505  ATP-dependent helicase HrpB  76.61 
 
 
870 aa  1251    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.967773 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4854  ATP-dependent helicase HrpB  77.91 
 
 
877 aa  1271    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.951101 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2232  ATP-dependent helicase HrpB  46.49 
 
 
842 aa  667    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0479151  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7107  ATP-dependent helicase HrpB  64.86 
 
 
850 aa  928    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0302  ATP-dependent helicase HrpB  79.25 
 
 
825 aa  1261    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.204863 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1180  ATP-dependent helicase HrpB  48.44 
 
 
828 aa  688    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.9477e-16 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0455  ATP-dependent helicase HrpB  100 
 
 
829 aa  1623    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6547  ATP-dependent helicase HrpB  66.06 
 
 
823 aa  884    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.10181  normal  0.639209 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0516  ATP-dependent helicase HrpB  46.99 
 
 
822 aa  650    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.355693 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4319  ATP-dependent helicase HrpB  54.57 
 
 
821 aa  795    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4043  ATP-dependent helicase HrpB  53.78 
 
 
821 aa  754    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0559  ATP-dependent helicase HrpB  47.57 
 
 
822 aa  662    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0147  ATP-dependent helicase HrpB  56.59 
 
 
818 aa  856    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.210088  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4651  ATP-dependent helicase HrpB  63.36 
 
 
833 aa  952    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.262977  normal  0.748056 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0067  DEAD box-like helicase  54.61 
 
 
820 aa  798    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0419076  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0536  ATP-dependent helicase HrpB  79.13 
 
 
825 aa  1222    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1261  ATP-dependent helicase HrpB  57.76 
 
 
825 aa  895    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0343419 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1148  ATP-dependent helicase HrpB  48.7 
 
 
838 aa  654    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.658712  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0073  ATP-dependent helicase HrpB  48.73 
 
 
824 aa  669    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4284  ATP-dependent helicase HrpB  62.72 
 
 
854 aa  922    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0648  ATP-dependent helicase HrpB  47.59 
 
 
842 aa  650    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.242487  normal  0.649022 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1349  ATP-dependent helicase HrpB  46.25 
 
 
842 aa  632  1e-180  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.228837  hitchhiker  0.00000000348515 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4648  ATP-dependent helicase HrpB  48 
 
 
842 aa  634  1e-180  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.052727  normal  0.20008 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4772  ATP-dependent helicase HrpB  47.88 
 
 
842 aa  629  1e-179  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0178797 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1588  ATP-dependent helicase HrpB  47.5 
 
 
847 aa  630  1e-179  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.41464  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0157  ATP-dependent RNA helicase HrpB  46.51 
 
 
824 aa  623  1e-177  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3739  ATP-dependent helicase HrpB  47.94 
 
 
844 aa  622  1e-177  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0688  ATP-dependent RNA helicase HrpB  46.8 
 
 
809 aa  623  1e-177  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0972793  normal  0.531464 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0098  ATP-dependent helicase HrpB  46.83 
 
 
826 aa  622  1e-177  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.310548 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00147  predicted ATP-dependent helicase  46.24 
 
 
809 aa  619  1e-176  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0534884  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00146  hypothetical protein  46.24 
 
 
809 aa  619  1e-176  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0519083  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3511  ATP-dependent RNA helicase HrpB  46.25 
 
 
824 aa  621  1e-176  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.661022  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0159  ATP-dependent RNA helicase HrpB  46.13 
 
 
824 aa  621  1e-176  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.805468  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0976  ATP-dependent helicase HrpB  48.2 
 
 
848 aa  619  1e-176  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0156609  normal  0.918373 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0151  ATP-dependent RNA helicase HrpB  46.38 
 
 
809 aa  619  1e-176  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000698462  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3454  ATP-dependent helicase HrpB  46.27 
 
 
824 aa  616  1e-175  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.629145  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0152  ATP-dependent RNA helicase HrpB  46.12 
 
 
809 aa  615  1e-175  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00171749  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3110  ATP-dependent helicase  41.38 
 
 
826 aa  618  1e-175  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.924657  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2348  ATP-dependent helicase HrpB  44.84 
 
 
842 aa  615  9.999999999999999e-175  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0139  ATP-dependent RNA helicase HrpB  46.14 
 
 
809 aa  615  9.999999999999999e-175  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0723  ATP-dependent helicase HrpB  48.94 
 
 
808 aa  610  1e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.336305  normal  0.341531 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2013  DEAD/DEAH box helicase  48.58 
 
 
808 aa  607  9.999999999999999e-173  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.211525  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3111  ATP-dependent helicase HrpB  48.46 
 
 
808 aa  606  9.999999999999999e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.577878  normal  0.0241826 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2580  ATP-dependent RNA helicase  47.46 
 
 
834 aa  600  1e-170  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.262395  hitchhiker  0.0000513711 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2470  ATP-dependent helicase HrpB  44.46 
 
 
844 aa  600  1e-170  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.590615  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0669  ATP-dependent helicase HrpB  46.57 
 
 
841 aa  599  1e-170  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.752531  normal  0.345787 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0205  ATP-dependent RNA helicase HrpB  45.22 
 
 
824 aa  598  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.879127  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0221  ATP-dependent RNA helicase HrpB  44.97 
 
 
824 aa  597  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0217  ATP-dependent RNA helicase HrpB  45.22 
 
 
824 aa  597  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.976044  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0206  ATP-dependent RNA helicase HrpB  45.09 
 
 
824 aa  596  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.776045  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1355  ATP-dependent helicase HrpB  47.87 
 
 
817 aa  592  1e-168  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.166416  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3111  ATP-dependent RNA helicase HrpB  44.57 
 
 
820 aa  595  1e-168  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12630  putative ATP-dependent helicase  47.16 
 
 
830 aa  592  1e-168  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0501  ATP-dependent helicase HrpB  42.86 
 
 
833 aa  590  1e-167  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1306  ATP-dependent helicase HrpB  43.78 
 
 
900 aa  591  1e-167  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.493804  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2365  ATP-dependent helicase HrpB  47.7 
 
 
860 aa  591  1e-167  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.701913  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0223  ATP-dependent RNA helicase HrpB  44.86 
 
 
824 aa  591  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0665  ATP-dependent helicase protein, putative  44.91 
 
 
832 aa  590  1e-167  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1773  ATP-dependent helicase HrpB  45.76 
 
 
798 aa  591  1e-167  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0295014  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3982  ATP-dependent RNA helicase HrpB  44.54 
 
 
812 aa  591  1e-167  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0579093  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1167  ATP-dependent RNA helicase HrpB  44.3 
 
 
814 aa  587  1e-166  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3886  ATP-dependent helicase HrpB  44.88 
 
 
834 aa  581  1e-164  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.41571 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0565  ATP-dependent helicase  42.38 
 
 
833 aa  577  1.0000000000000001e-163  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1001  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.34 
 
 
853 aa  573  1.0000000000000001e-162  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3335  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.1 
 
 
834 aa  569  1e-161  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.825067  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03444  ATP-dependent RNA helicase HrpB  40.29 
 
 
833 aa  569  1e-161  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2816  ATP-dependent RNA helicase HrpB  44.46 
 
 
812 aa  571  1e-161  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1573  thiolase  43.26 
 
 
864 aa  569  1e-161  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.142066  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2061  ATP-dependent helicase HrpB  44.47 
 
 
837 aa  571  1e-161  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0816695  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0130  ATP-dependent RNA helicase HrpB  42.29 
 
 
820 aa  569  1e-161  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3464  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.22 
 
 
829 aa  571  1e-161  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2603  ATP-dependent RNA helicase HrpB  39.35 
 
 
821 aa  566  1e-160  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.587865  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1172  ATP-dependent helicase HrpB  43.96 
 
 
863 aa  566  1e-160  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1035  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.32 
 
 
825 aa  566  1e-160  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1083  ATP-dependent helicase HrpB  44.44 
 
 
829 aa  563  1.0000000000000001e-159  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.220902 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4194  ATP-dependent helicase HrpB  37.71 
 
 
823 aa  560  1e-158  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03270  ATP-dependent RNA helicase  43.53 
 
 
823 aa  560  1e-158  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3458  ATP-dependent helicase HrpB  46.43 
 
 
798 aa  561  1e-158  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0488  ATP-dependent helicase HrpB  39.14 
 
 
823 aa  559  1e-158  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.531683  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0640  ATP-dependent helicase HrpB  47.98 
 
 
802 aa  560  1e-158  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.163213  normal  0.637588 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0554  ATP-dependent helicase HrpB  38.93 
 
 
848 aa  557  1e-157  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.164012  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>