More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_0554 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_0554  ATP-dependent helicase HrpB  100 
 
 		 848 aa  1725    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.164012  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4194  ATP-dependent helicase HrpB  46.7 
 
 		 823 aa  759    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3081  ATP-dependent helicase HrpB  43.76 
 
 		 827 aa  639    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.895104  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0585  ATP-dependent helicase HrpB  45.45 
 
 		 835 aa  747    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1180  ATP-dependent helicase HrpB  43.19 
 
 		 828 aa  624  1e-177  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.9477e-16 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1838  ATP-dependent helicase HrpB  41.43 
 
 		 846 aa  606  9.999999999999999e-173  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0458406  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2232  ATP-dependent helicase HrpB  41.01 
 
 		 842 aa  607  9.999999999999999e-173  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0479151  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0648  ATP-dependent helicase HrpB  42.84 
 
 		 842 aa  596  1e-169  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.242487  normal  0.649022 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1349  ATP-dependent helicase HrpB  41.63 
 
 		 842 aa  595  1e-169  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.228837  hitchhiker  0.00000000348515 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0073  ATP-dependent helicase HrpB  41.86 
 
 		 824 aa  594  1e-168  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4320  ATP-dependent helicase HrpB  42.63 
 
 		 844 aa  588  1e-166  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.043486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2603  ATP-dependent RNA helicase HrpB  41.48 
 
 		 821 aa  585  1.0000000000000001e-165  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.587865  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3407  ATP-dependent helicase HrpB  42.51 
 
 		 835 aa  580  1e-164  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.982669  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0623  ATP-dependent helicase HrpB  42.27 
 
 		 835 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0622  ATP-dependent helicase HrpB  42.39 
 
 		 835 aa  578  1.0000000000000001e-163  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.53674 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0632  ATP-dependent helicase HrpB  41.92 
 
 		 835 aa  571  1e-161  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0359  ATP-dependent helicase HrpB  38.9 
 
 		 872 aa  570  1e-161  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.508853 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4808  ATP-dependent helicase HrpB  41.47 
 
 		 844 aa  568  1e-160  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4772  ATP-dependent helicase HrpB  42.15 
 
 		 842 aa  566  1e-160  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0178797 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4735  ATP-dependent helicase HrpB  41.06 
 
 		 840 aa  568  1e-160  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.784057  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0098  ATP-dependent helicase HrpB  40.85 
 
 		 826 aa  567  1e-160  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.310548 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1148  ATP-dependent helicase HrpB  42.18 
 
 		 838 aa  568  1e-160  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.658712  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3739  ATP-dependent helicase HrpB  42.45 
 
 		 844 aa  566  1e-160  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4648  ATP-dependent helicase HrpB  41.92 
 
 		 842 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.052727  normal  0.20008 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03444  ATP-dependent RNA helicase HrpB  39.91 
 
 		 833 aa  563  1.0000000000000001e-159  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4935  ATP-dependent helicase HrpB  40.86 
 
 		 839 aa  565  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557516 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2470  ATP-dependent helicase HrpB  40.43 
 
 		 844 aa  565  1.0000000000000001e-159  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.590615  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4651  ATP-dependent helicase HrpB  39.23 
 
 		 833 aa  562  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.262977  normal  0.748056 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1083  ATP-dependent helicase HrpB  40.82 
 
 		 829 aa  564  1.0000000000000001e-159  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.220902 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3793  ATP-dependent helicase HrpB  40.7 
 
 		 842 aa  557  1e-157  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000841118 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0655  ATP-dependent helicase HrpB  39.86 
 
 		 846 aa  558  1e-157  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09990  DEAH-box ATP-dependent helicase HrpB  41.32 
 
 		 838 aa  553  1e-156  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.371307  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002567  ATP-dependent helicase HrpB  40.19 
 
 		 822 aa  554  1e-156  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3110  ATP-dependent helicase  38.36 
 
 		 826 aa  555  1e-156  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.924657  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2844  ATP-dependent helicase HrpB  40.66 
 
 		 830 aa  550  1e-155  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.454612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0455  ATP-dependent helicase HrpB  38.93 
 
 		 829 aa  551  1e-155  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3869  ATP-dependent helicase HrpB  38.95 
 
 		 849 aa  549  1e-155  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0704  ATP-dependent helicase HrpB  40.68 
 
 		 869 aa  548  1e-154  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0130  ATP-dependent RNA helicase HrpB  40.5 
 
 		 820 aa  546  1e-154  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2129  ATP-dependent helicase HrpB  39.53 
 
 		 837 aa  548  1e-154  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0669  ATP-dependent helicase HrpB  39.24 
 
 		 841 aa  548  1e-154  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.752531  normal  0.345787 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0582  ATP-dependent helicase HrpB  38.84 
 
 		 854 aa  548  1e-154  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3686  ATP-dependent helicase HrpB  38.63 
 
 		 856 aa  544  1e-153  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3743  ATP-dependent helicase HrpB  38.63 
 
 		 856 aa  545  1e-153  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0488  ATP-dependent helicase HrpB  39.51 
 
 		 823 aa  543  1e-153  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.531683  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0302  ATP-dependent helicase HrpB  38.78 
 
 		 825 aa  541  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.204863 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3895  ATP-dependent helicase HrpB  39.56 
 
 		 855 aa  538  1e-151  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2580  ATP-dependent RNA helicase  38.59 
 
 		 834 aa  537  1e-151  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.262395  hitchhiker  0.0000513711 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1573  thiolase  39.34 
 
 		 864 aa  535  1e-150  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.142066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4854  ATP-dependent helicase HrpB  37.64 
 
 		 877 aa  534  1e-150  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.951101 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7352  ATP-dependent helicase  38.06 
 
 		 824 aa  532  1e-149  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1261  ATP-dependent helicase HrpB  38.52 
 
 		 825 aa  532  1e-149  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0343419 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0505  ATP-dependent helicase HrpB  37.53 
 
 		 870 aa  529  1e-149  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.967773 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2348  ATP-dependent helicase HrpB  38.89 
 
 		 842 aa  532  1e-149  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1167  ATP-dependent RNA helicase HrpB  41.36 
 
 		 814 aa  530  1e-149  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4284  ATP-dependent helicase HrpB  38.81 
 
 		 854 aa  526  1e-148  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0976  ATP-dependent helicase HrpB  39.3 
 
 		 848 aa  528  1e-148  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0156609  normal  0.918373 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3124  ATP-dependent helicase HrpB  39.74 
 
 		 843 aa  529  1e-148  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000637258 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0192  ATP-dependent helicase HrpB  38.22 
 
 		 917 aa  522  1e-147  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0135151 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4801  ATP-dependent helicase HrpB  38.87 
 
 		 826 aa  526  1e-147  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.510158 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0536  ATP-dependent helicase HrpB  38.41 
 
 		 825 aa  525  1e-147  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0147  ATP-dependent helicase HrpB  37.02 
 
 		 818 aa  523  1e-147  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.210088  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0127  ATP-dependent helicase HrpB  37.75 
 
 		 832 aa  522  1e-147  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.00299316  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1773  ATP-dependent helicase HrpB  38.53 
 
 		 798 aa  524  1e-147  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0295014  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3111  ATP-dependent RNA helicase HrpB  41.11 
 
 		 820 aa  521  1e-146  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3275  ATP-dependent helicase HrpB  37.38 
 
 		 821 aa  521  1e-146  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3271  ATP-dependent helicase HrpB  37.4 
 
 		 848 aa  520  1e-146  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4043  ATP-dependent helicase HrpB  38.59 
 
 		 821 aa  518  1.0000000000000001e-145  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7107  ATP-dependent helicase HrpB  39.37 
 
 		 850 aa  517  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3886  ATP-dependent helicase HrpB  40.14 
 
 		 834 aa  510  1e-143  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.41571 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2013  DEAD/DEAH box helicase  38.52 
 
 		 808 aa  510  1e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.211525  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0665  ATP-dependent helicase protein, putative  38.8 
 
 		 832 aa  509  1e-143  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1588  ATP-dependent helicase HrpB  37.28 
 
 		 847 aa  509  9.999999999999999e-143  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.41464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3458  ATP-dependent helicase HrpB  39.06 
 
 		 798 aa  506  9.999999999999999e-143  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0723  ATP-dependent helicase HrpB  38.4 
 
 		 808 aa  508  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.336305  normal  0.341531 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0640  ATP-dependent helicase HrpB  38.71 
 
 		 802 aa  506  9.999999999999999e-143  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.163213  normal  0.637588 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0501  ATP-dependent helicase HrpB  37.54 
 
 		 833 aa  503  1e-141  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1306  ATP-dependent helicase HrpB  36.53 
 
 		 900 aa  501  1e-140  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.493804  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0067  DEAD box-like helicase  37.07 
 
 		 820 aa  501  1e-140  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0419076  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3111  ATP-dependent helicase HrpB  38.06 
 
 		 808 aa  501  1e-140  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.577878  normal  0.0241826 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12630  putative ATP-dependent helicase  40.53 
 
 		 830 aa  501  1e-140  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0565  ATP-dependent helicase  37.54 
 
 		 833 aa  498  1e-139  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3511  ATP-dependent RNA helicase HrpB  38.89 
 
 		 824 aa  493  9.999999999999999e-139  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.661022  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2816  ATP-dependent RNA helicase HrpB  40.36 
 
 		 812 aa  493  9.999999999999999e-139  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3982  ATP-dependent RNA helicase HrpB  39.03 
 
 		 812 aa  493  9.999999999999999e-139  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0579093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2365  ATP-dependent helicase HrpB  39 
 
 		 860 aa  496  9.999999999999999e-139  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.701913  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4319  ATP-dependent helicase HrpB  36.46 
 
 		 821 aa  495  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03270  ATP-dependent RNA helicase  37.44 
 
 		 823 aa  495  9.999999999999999e-139  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0139  ATP-dependent RNA helicase HrpB  38.87 
 
 		 809 aa  491  1e-137  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0157  ATP-dependent RNA helicase HrpB  38.89 
 
 		 824 aa  489  1e-137  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00147  predicted ATP-dependent helicase  38.63 
 
 		 809 aa  491  1e-137  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0534884  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0559  ATP-dependent helicase HrpB  37.28 
 
 		 822 aa  491  1e-137  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0688  ATP-dependent RNA helicase HrpB  39.45 
 
 		 809 aa  492  1e-137  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0972793  normal  0.531464 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00146  hypothetical protein  38.63 
 
 		 809 aa  491  1e-137  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0519083  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1590  ATP-dependent helicase HrpB  37.53 
 
 		 825 aa  489  1e-137  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.357448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0159  ATP-dependent RNA helicase HrpB  38.77 
 
 		 824 aa  491  1e-137  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.805468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0152  ATP-dependent RNA helicase HrpB  38.63 
 
 		 809 aa  486  1e-136  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00171749  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3464  ATP-dependent RNA helicase HrpB  38.32 
 
 		 829 aa  488  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3335  ATP-dependent RNA helicase HrpB  38.32 
 
 		 834 aa  486  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.825067  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3165  ATP-dependent helicase HrpB  38.22 
 
 		 850 aa  488  1e-136  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>