More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3124 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009997  Sbal195_3869  ATP-dependent helicase HrpB  56.97 
 
 		 849 aa  935    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0632  ATP-dependent helicase HrpB  58.39 
 
 		 835 aa  941    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0704  ATP-dependent helicase HrpB  61.55 
 
 		 869 aa  989    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3686  ATP-dependent helicase HrpB  56.58 
 
 		 856 aa  935    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3743  ATP-dependent helicase HrpB  56.35 
 
 		 856 aa  929    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3895  ATP-dependent helicase HrpB  60.73 
 
 		 855 aa  993    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3165  ATP-dependent helicase HrpB  56.32 
 
 		 850 aa  899    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0623  ATP-dependent helicase HrpB  59.18 
 
 		 835 aa  947    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0582  ATP-dependent helicase HrpB  56.96 
 
 		 854 aa  935    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3407  ATP-dependent helicase HrpB  59.23 
 
 		 835 aa  949    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.982669  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3271  ATP-dependent helicase HrpB  56.7 
 
 		 848 aa  920    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3793  ATP-dependent helicase HrpB  61.85 
 
 		 842 aa  1010    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000841118 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0655  ATP-dependent helicase HrpB  57.66 
 
 		 846 aa  944    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0622  ATP-dependent helicase HrpB  59.11 
 
 		 835 aa  942    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.53674 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3124  ATP-dependent helicase HrpB  100 
 
 		 843 aa  1692    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000637258 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2972  ATP-dependent helicase HrpB  57.55 
 
 		 838 aa  898    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2603  ATP-dependent RNA helicase HrpB  42.04 
 
 		 821 aa  623  1e-177  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.587865  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00147  predicted ATP-dependent helicase  45.53 
 
 		 809 aa  617  1e-175  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0534884  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0157  ATP-dependent RNA helicase HrpB  45.65 
 
 		 824 aa  617  1e-175  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00146  hypothetical protein  45.53 
 
 		 809 aa  617  1e-175  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0519083  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0151  ATP-dependent RNA helicase HrpB  45.29 
 
 		 809 aa  612  9.999999999999999e-175  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000698462  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0139  ATP-dependent RNA helicase HrpB  45.29 
 
 		 809 aa  615  9.999999999999999e-175  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0159  ATP-dependent RNA helicase HrpB  45.05 
 
 		 824 aa  613  9.999999999999999e-175  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.805468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3511  ATP-dependent RNA helicase HrpB  45.29 
 
 		 824 aa  614  9.999999999999999e-175  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.661022  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3454  ATP-dependent helicase HrpB  45.17 
 
 		 824 aa  611  1e-173  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.629145  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0152  ATP-dependent RNA helicase HrpB  45.17 
 
 		 809 aa  610  1e-173  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00171749  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0688  ATP-dependent RNA helicase HrpB  44.9 
 
 		 809 aa  605  1.0000000000000001e-171  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0972793  normal  0.531464 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0221  ATP-dependent RNA helicase HrpB  44.51 
 
 		 824 aa  599  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3982  ATP-dependent RNA helicase HrpB  44.65 
 
 		 812 aa  602  1e-170  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0579093  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0206  ATP-dependent RNA helicase HrpB  44.51 
 
 		 824 aa  597  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.776045  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0223  ATP-dependent RNA helicase HrpB  44.27 
 
 		 824 aa  597  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1167  ATP-dependent RNA helicase HrpB  44.47 
 
 		 814 aa  593  1e-168  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0205  ATP-dependent RNA helicase HrpB  44.39 
 
 		 824 aa  595  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.879127  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0488  ATP-dependent helicase HrpB  40.6 
 
 		 823 aa  595  1e-168  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.531683  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0217  ATP-dependent RNA helicase HrpB  44.27 
 
 		 824 aa  593  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.976044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03444  ATP-dependent RNA helicase HrpB  40.36 
 
 		 833 aa  592  1e-167  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002567  ATP-dependent helicase HrpB  40.75 
 
 		 822 aa  589  1e-167  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0130  ATP-dependent RNA helicase HrpB  42.89 
 
 		 820 aa  583  1.0000000000000001e-165  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3111  ATP-dependent RNA helicase HrpB  44.03 
 
 		 820 aa  580  1e-164  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3335  ATP-dependent RNA helicase HrpB  44.79 
 
 		 834 aa  579  1e-164  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.825067  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1001  ATP-dependent RNA helicase HrpB  44.79 
 
 		 853 aa  581  1e-164  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4808  ATP-dependent helicase HrpB  43.01 
 
 		 844 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4320  ATP-dependent helicase HrpB  43.71 
 
 		 844 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.043486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4935  ATP-dependent helicase HrpB  44.02 
 
 		 839 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557516 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09990  DEAH-box ATP-dependent helicase HrpB  44.64 
 
 		 838 aa  578  1.0000000000000001e-163  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.371307  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3464  ATP-dependent RNA helicase HrpB  45.11 
 
 		 829 aa  578  1.0000000000000001e-163  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0648  ATP-dependent helicase HrpB  43.44 
 
 		 842 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.242487  normal  0.649022 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1035  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.93 
 
 		 825 aa  575  1.0000000000000001e-162  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4648  ATP-dependent helicase HrpB  43.13 
 
 		 842 aa  570  1e-161  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.052727  normal  0.20008 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0073  ATP-dependent helicase HrpB  42.57 
 
 		 824 aa  570  1e-161  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4772  ATP-dependent helicase HrpB  43.01 
 
 		 842 aa  567  1e-160  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0178797 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1148  ATP-dependent helicase HrpB  43.05 
 
 		 838 aa  566  1e-160  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.658712  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4735  ATP-dependent helicase HrpB  41.63 
 
 		 840 aa  568  1e-160  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.784057  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1838  ATP-dependent helicase HrpB  40.96 
 
 		 846 aa  562  1.0000000000000001e-159  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0458406  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2816  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.89 
 
 		 812 aa  562  1.0000000000000001e-159  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3739  ATP-dependent helicase HrpB  43.14 
 
 		 844 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1349  ATP-dependent helicase HrpB  41.46 
 
 		 842 aa  561  1e-158  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.228837  hitchhiker  0.00000000348515 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2232  ATP-dependent helicase HrpB  39.32 
 
 		 842 aa  553  1e-156  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0479151  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0127  ATP-dependent helicase HrpB  41.79 
 
 		 832 aa  546  1e-154  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.00299316  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0554  ATP-dependent helicase HrpB  39.74 
 
 		 848 aa  543  1e-153  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.164012  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0359  ATP-dependent helicase HrpB  39.86 
 
 		 872 aa  538  1e-151  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.508853 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3081  ATP-dependent helicase HrpB  39.83 
 
 		 827 aa  536  1e-151  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.895104  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2470  ATP-dependent helicase HrpB  39.56 
 
 		 844 aa  534  1e-150  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.590615  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1573  thiolase  40.97 
 
 		 864 aa  533  1e-150  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.142066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0976  ATP-dependent helicase HrpB  42.59 
 
 		 848 aa  535  1e-150  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0156609  normal  0.918373 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3110  ATP-dependent helicase  39.15 
 
 		 826 aa  533  1e-150  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.924657  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2844  ATP-dependent helicase HrpB  40.93 
 
 		 830 aa  535  1e-150  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.454612  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1180  ATP-dependent helicase HrpB  39.48 
 
 		 828 aa  530  1e-149  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.9477e-16 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0147  ATP-dependent helicase HrpB  39.95 
 
 		 818 aa  526  1e-148  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.210088  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1773  ATP-dependent helicase HrpB  42.41 
 
 		 798 aa  526  1e-148  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0295014  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0665  ATP-dependent helicase protein, putative  41.33 
 
 		 832 aa  529  1e-148  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1588  ATP-dependent helicase HrpB  40.3 
 
 		 847 aa  526  1e-148  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.41464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2365  ATP-dependent helicase HrpB  41.69 
 
 		 860 aa  524  1e-147  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.701913  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0302  ATP-dependent helicase HrpB  40 
 
 		 825 aa  525  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.204863 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0455  ATP-dependent helicase HrpB  39.64 
 
 		 829 aa  523  1e-147  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0501  ATP-dependent helicase HrpB  39.22 
 
 		 833 aa  524  1e-147  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2348  ATP-dependent helicase HrpB  39.62 
 
 		 842 aa  525  1e-147  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4651  ATP-dependent helicase HrpB  40.24 
 
 		 833 aa  520  1e-146  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.262977  normal  0.748056 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1261  ATP-dependent helicase HrpB  39.4 
 
 		 825 aa  521  1e-146  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0343419 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0585  ATP-dependent helicase HrpB  37.47 
 
 		 835 aa  521  1e-146  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0098  ATP-dependent helicase HrpB  41 
 
 		 826 aa  518  1.0000000000000001e-145  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.310548 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3886  ATP-dependent helicase HrpB  41.44 
 
 		 834 aa  516  1.0000000000000001e-145  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.41571 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0565  ATP-dependent helicase  38.98 
 
 		 833 aa  512  1e-144  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1590  ATP-dependent helicase HrpB  42.2 
 
 		 825 aa  514  1e-144  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.357448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0669  ATP-dependent helicase HrpB  40.21 
 
 		 841 aa  514  1e-144  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.752531  normal  0.345787 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0505  ATP-dependent helicase HrpB  38.5 
 
 		 870 aa  509  1e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.967773 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7352  ATP-dependent helicase  39.42 
 
 		 824 aa  512  1e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4302  ATP-dependent helicase HrpB  38.14 
 
 		 845 aa  506  9.999999999999999e-143  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1172  ATP-dependent helicase HrpB  40.79 
 
 		 863 aa  506  9.999999999999999e-143  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12630  putative ATP-dependent helicase  42.05 
 
 		 830 aa  508  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4801  ATP-dependent helicase HrpB  39.93 
 
 		 826 aa  506  1e-141  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.510158 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2129  ATP-dependent helicase HrpB  40.68 
 
 		 837 aa  503  1e-141  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0067  DEAD box-like helicase  39.61 
 
 		 820 aa  505  1e-141  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0419076  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4043  ATP-dependent helicase HrpB  40.94 
 
 		 821 aa  504  1e-141  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4284  ATP-dependent helicase HrpB  39.39 
 
 		 854 aa  504  1e-141  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3991  ATP-dependent helicase HrpB  38.88 
 
 		 821 aa  499  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4854  ATP-dependent helicase HrpB  38.58 
 
 		 877 aa  496  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.951101 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3275  ATP-dependent helicase HrpB  39.4 
 
 		 821 aa  497  1e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03270  ATP-dependent RNA helicase  40.75 
 
 		 823 aa  496  1e-139  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0192  ATP-dependent helicase HrpB  39.56 
 
 		 917 aa  498  1e-139  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0135151 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>