More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4786 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4808  ATP-dependent helicase HrpB  75.32 
 
 		 844 aa  1052    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4772  ATP-dependent helicase HrpB  95.41 
 
 		 842 aa  1296    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0178797 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4735  ATP-dependent helicase HrpB  69.05 
 
 		 840 aa  989    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.784057  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4745  ATP-dependent helicase HrpB, putative  80.24 
 
 		 689 aa  1058    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.455139  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4320  ATP-dependent helicase HrpB  81.26 
 
 		 844 aa  1107    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.043486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0648  ATP-dependent helicase HrpB  92.11 
 
 		 842 aa  1272    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.242487  normal  0.649022 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4935  ATP-dependent helicase HrpB  81.06 
 
 		 839 aa  1099    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557516 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3739  ATP-dependent helicase HrpB  76.48 
 
 		 844 aa  986    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1148  ATP-dependent helicase HrpB  78.85 
 
 		 838 aa  1045    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.658712  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12630  putative ATP-dependent helicase  78.85 
 
 		 830 aa  1050    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4648  ATP-dependent helicase HrpB  95.27 
 
 		 842 aa  1294    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.052727  normal  0.20008 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4786  ATP-dependent helicase HrpB  100 
 
 		 697 aa  1369    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09990  DEAH-box ATP-dependent helicase HrpB  78.73 
 
 		 838 aa  1027    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.371307  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2844  ATP-dependent helicase HrpB  50.36 
 
 		 830 aa  557  1e-157  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.454612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1573  thiolase  44.16 
 
 		 864 aa  545  1e-154  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.142066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0976  ATP-dependent helicase HrpB  49.15 
 
 		 848 aa  546  1e-154  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0156609  normal  0.918373 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3110  ATP-dependent helicase  43.39 
 
 		 826 aa  537  1e-151  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.924657  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0098  ATP-dependent helicase HrpB  51.2 
 
 		 826 aa  531  1e-149  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.310548 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0073  ATP-dependent helicase HrpB  47.43 
 
 		 824 aa  528  1e-148  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0665  ATP-dependent helicase protein, putative  47.41 
 
 		 832 aa  516  1.0000000000000001e-145  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1083  ATP-dependent helicase HrpB  48.22 
 
 		 829 aa  518  1.0000000000000001e-145  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.220902 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2232  ATP-dependent helicase HrpB  45.3 
 
 		 842 aa  510  1e-143  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0479151  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1590  ATP-dependent helicase HrpB  47.08 
 
 		 825 aa  506  9.999999999999999e-143  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.357448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0127  ATP-dependent helicase HrpB  44.7 
 
 		 832 aa  503  1e-141  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.00299316  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3081  ATP-dependent helicase HrpB  45.65 
 
 		 827 aa  505  1e-141  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.895104  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0192  ATP-dependent helicase HrpB  45.64 
 
 		 917 aa  505  1e-141  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0135151 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0147  ATP-dependent helicase HrpB  44.19 
 
 		 818 aa  501  1e-140  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.210088  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1261  ATP-dependent helicase HrpB  44.17 
 
 		 825 aa  496  1e-139  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0343419 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0455  ATP-dependent helicase HrpB  44.9 
 
 		 829 aa  496  1e-139  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4651  ATP-dependent helicase HrpB  46.28 
 
 		 833 aa  496  1e-139  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.262977  normal  0.748056 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1838  ATP-dependent helicase HrpB  46.18 
 
 		 846 aa  495  9.999999999999999e-139  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0458406  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1180  ATP-dependent helicase HrpB  44.73 
 
 		 828 aa  491  1e-137  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.9477e-16 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1349  ATP-dependent helicase HrpB  45.69 
 
 		 842 aa  490  1e-137  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.228837  hitchhiker  0.00000000348515 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0302  ATP-dependent helicase HrpB  44.92 
 
 		 825 aa  490  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.204863 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0688  ATP-dependent RNA helicase HrpB  44.09 
 
 		 809 aa  489  1e-137  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0972793  normal  0.531464 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7352  ATP-dependent helicase  45.22 
 
 		 824 aa  486  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4801  ATP-dependent helicase HrpB  46.78 
 
 		 826 aa  483  1e-135  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.510158 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2348  ATP-dependent helicase HrpB  45.43 
 
 		 842 aa  483  1e-135  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0359  ATP-dependent helicase HrpB  43.53 
 
 		 872 aa  479  1e-134  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.508853 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4284  ATP-dependent helicase HrpB  46.42 
 
 		 854 aa  479  1e-134  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0151  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.68 
 
 		 809 aa  475  1e-133  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000698462  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0632  ATP-dependent helicase HrpB  44.35 
 
 		 835 aa  478  1e-133  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0157  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.82 
 
 		 824 aa  476  1e-133  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2470  ATP-dependent helicase HrpB  45.57 
 
 		 844 aa  476  1e-133  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.590615  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0221  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.66 
 
 		 824 aa  476  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0505  ATP-dependent helicase HrpB  42.78 
 
 		 870 aa  478  1e-133  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.967773 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0205  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.66 
 
 		 824 aa  475  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.879127  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3407  ATP-dependent helicase HrpB  44.02 
 
 		 835 aa  477  1e-133  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.982669  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1588  ATP-dependent helicase HrpB  46.41 
 
 		 847 aa  479  1e-133  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.41464  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7107  ATP-dependent helicase HrpB  45.92 
 
 		 850 aa  473  1e-132  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00147  predicted ATP-dependent helicase  43.49 
 
 		 809 aa  474  1e-132  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0534884  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3454  ATP-dependent helicase HrpB  43.68 
 
 		 824 aa  474  1e-132  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.629145  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00146  hypothetical protein  43.49 
 
 		 809 aa  474  1e-132  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0519083  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0152  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.63 
 
 		 809 aa  474  1e-132  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00171749  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0206  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.66 
 
 		 824 aa  474  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.776045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2129  ATP-dependent helicase HrpB  44.27 
 
 		 837 aa  474  1e-132  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0159  ATP-dependent RNA helicase HrpB  44.05 
 
 		 824 aa  475  1e-132  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.805468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0536  ATP-dependent helicase HrpB  44.64 
 
 		 825 aa  474  1e-132  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3511  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.82 
 
 		 824 aa  473  1e-132  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.661022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3869  ATP-dependent helicase HrpB  41.88 
 
 		 849 aa  473  1e-132  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0622  ATP-dependent helicase HrpB  43.87 
 
 		 835 aa  473  1e-132  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.53674 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0139  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.53 
 
 		 809 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3335  ATP-dependent RNA helicase HrpB  44.76 
 
 		 834 aa  469  1.0000000000000001e-131  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.825067  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0223  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.23 
 
 		 824 aa  471  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0217  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.66 
 
 		 824 aa  472  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.976044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2365  ATP-dependent helicase HrpB  47.94 
 
 		 860 aa  472  1.0000000000000001e-131  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.701913  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4854  ATP-dependent helicase HrpB  43.03 
 
 		 877 aa  472  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.951101 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0623  ATP-dependent helicase HrpB  43.45 
 
 		 835 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2061  ATP-dependent helicase HrpB  43.92 
 
 		 837 aa  469  1.0000000000000001e-131  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0816695  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1001  ATP-dependent RNA helicase HrpB  44.76 
 
 		 853 aa  468  9.999999999999999e-131  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3686  ATP-dependent helicase HrpB  41.33 
 
 		 856 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3464  ATP-dependent RNA helicase HrpB  44.76 
 
 		 829 aa  469  9.999999999999999e-131  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0130  ATP-dependent RNA helicase HrpB  41.83 
 
 		 820 aa  462  1e-129  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3982  ATP-dependent RNA helicase HrpB  44.48 
 
 		 812 aa  465  1e-129  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0579093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3743  ATP-dependent helicase HrpB  41.19 
 
 		 856 aa  464  1e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0582  ATP-dependent helicase HrpB  41.31 
 
 		 854 aa  465  1e-129  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0501  ATP-dependent helicase HrpB  42.33 
 
 		 833 aa  459  9.999999999999999e-129  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0655  ATP-dependent helicase HrpB  40.99 
 
 		 846 aa  457  1e-127  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4224  ATP-dependent helicase HrpB  38.53 
 
 		 707 aa  457  1e-127  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.345862 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03444  ATP-dependent RNA helicase HrpB  40.29 
 
 		 833 aa  456  1e-127  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0565  ATP-dependent helicase  42.05 
 
 		 833 aa  454  1.0000000000000001e-126  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1167  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.35 
 
 		 814 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002567  ATP-dependent helicase HrpB  39.83 
 
 		 822 aa  454  1.0000000000000001e-126  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3111  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.48 
 
 		 820 aa  452  1e-125  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4319  ATP-dependent helicase HrpB  41.98 
 
 		 821 aa  448  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0704  ATP-dependent helicase HrpB  41.18 
 
 		 869 aa  448  1.0000000000000001e-124  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3991  ATP-dependent helicase HrpB  41.83 
 
 		 821 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0067  DEAD box-like helicase  41.86 
 
 		 820 aa  446  1.0000000000000001e-124  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0419076  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1172  ATP-dependent helicase HrpB  40.56 
 
 		 863 aa  443  1e-123  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3886  ATP-dependent helicase HrpB  45.7 
 
 		 834 aa  443  1e-123  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.41571 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0595  ATP-dependent helicase HrpB  46.21 
 
 		 821 aa  444  1e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.420753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2580  ATP-dependent RNA helicase  42.35 
 
 		 834 aa  441  9.999999999999999e-123  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.262395  hitchhiker  0.0000513711 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3275  ATP-dependent helicase HrpB  39.8 
 
 		 821 aa  440  9.999999999999999e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2816  ATP-dependent RNA helicase HrpB  44.09 
 
 		 812 aa  440  9.999999999999999e-123  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03270  ATP-dependent RNA helicase  44.9 
 
 		 823 aa  437  1e-121  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3449  ATP-dependent helicase HrpB  42.29 
 
 		 814 aa  437  1e-121  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.206852 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3895  ATP-dependent helicase HrpB  41.27 
 
 		 855 aa  435  1e-120  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0640  ATP-dependent helicase HrpB  41.99 
 
 		 802 aa  432  1e-120  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.163213  normal  0.637588 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6547  ATP-dependent helicase HrpB  44.92 
 
 		 823 aa  431  1e-119  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.10181  normal  0.639209 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3111  ATP-dependent helicase HrpB  43 
 
 		 808 aa  431  1e-119  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.577878  normal  0.0241826 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>