More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_07780 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_07780  ATP-dependent helicase HrpB  100 
 
 		 830 aa  1576    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6512  ATP-dependent helicase HrpB  53.8 
 
 		 862 aa  716    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.302151 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0785  ATP-dependent helicase HrpB  53.68 
 
 		 880 aa  697    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0363712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1727  ATP-dependent helicase HrpB  58.51 
 
 		 856 aa  752    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.69515  normal  0.01898 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0951  ATP-dependent helicase HrpB  62.99 
 
 		 772 aa  848    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7166  ATP-dependent helicase HrpB  55.62 
 
 		 885 aa  725    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.236213  normal  0.291596 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1244  ATP-dependent helicase HrpB  54.91 
 
 		 836 aa  687    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  unclonable  0.00036267  normal  0.131071 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18990  ATP-dependent helicase HrpB  55.13 
 
 		 839 aa  700    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.127417 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1744  ATP-dependent helicase HrpB  57.06 
 
 		 855 aa  744    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.564063  normal  0.839045 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3972  ATP-dependent helicase HrpB  57.18 
 
 		 841 aa  746    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.120133  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1990  ATP-dependent helicase HrpB  56.38 
 
 		 843 aa  751    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00135733  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1784  ATP-dependent helicase HrpB  49.59 
 
 		 871 aa  587  1e-166  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000000613438 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2026  ATP-dependent helicase HrpB  47.52 
 
 		 897 aa  575  1.0000000000000001e-162  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.79914  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0147  ATP-dependent helicase HrpB  43.12 
 
 		 818 aa  565  1e-160  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.210088  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1838  ATP-dependent helicase HrpB  46.71 
 
 		 846 aa  563  1.0000000000000001e-159  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0458406  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2232  ATP-dependent helicase HrpB  43.35 
 
 		 842 aa  562  1.0000000000000001e-159  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0479151  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0127  ATP-dependent helicase HrpB  43.96 
 
 		 832 aa  565  1.0000000000000001e-159  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.00299316  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7352  ATP-dependent helicase  44.59 
 
 		 824 aa  560  1e-158  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0359  ATP-dependent helicase HrpB  44.75 
 
 		 872 aa  555  1e-156  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.508853 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2470  ATP-dependent helicase HrpB  44.54 
 
 		 844 aa  553  1e-156  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.590615  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1148  ATP-dependent helicase HrpB  46.05 
 
 		 838 aa  555  1e-156  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.658712  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4735  ATP-dependent helicase HrpB  42.66 
 
 		 840 aa  550  1e-155  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.784057  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0302  ATP-dependent helicase HrpB  43.48 
 
 		 825 aa  549  1e-155  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.204863 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09990  DEAH-box ATP-dependent helicase HrpB  47.39 
 
 		 838 aa  550  1e-155  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.371307  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1261  ATP-dependent helicase HrpB  42.24 
 
 		 825 aa  551  1e-155  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0343419 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3275  ATP-dependent helicase HrpB  42.82 
 
 		 821 aa  551  1e-155  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0648  ATP-dependent helicase HrpB  45.44 
 
 		 842 aa  547  1e-154  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.242487  normal  0.649022 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0455  ATP-dependent helicase HrpB  43.37 
 
 		 829 aa  546  1e-154  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4319  ATP-dependent helicase HrpB  43.29 
 
 		 821 aa  544  1e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4808  ATP-dependent helicase HrpB  43.06 
 
 		 844 aa  544  1e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4651  ATP-dependent helicase HrpB  44.75 
 
 		 833 aa  545  1e-153  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.262977  normal  0.748056 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3991  ATP-dependent helicase HrpB  42.99 
 
 		 821 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0505  ATP-dependent helicase HrpB  42.66 
 
 		 870 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.967773 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0976  ATP-dependent helicase HrpB  47.52 
 
 		 848 aa  541  9.999999999999999e-153  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0156609  normal  0.918373 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0067  DEAD box-like helicase  42.62 
 
 		 820 aa  540  9.999999999999999e-153  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0419076  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0536  ATP-dependent helicase HrpB  43.91 
 
 		 825 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3081  ATP-dependent helicase HrpB  43.64 
 
 		 827 aa  541  9.999999999999999e-153  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.895104  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0192  ATP-dependent helicase HrpB  46.26 
 
 		 917 aa  541  9.999999999999999e-153  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0135151 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0073  ATP-dependent helicase HrpB  44.14 
 
 		 824 aa  539  9.999999999999999e-153  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4320  ATP-dependent helicase HrpB  44.55 
 
 		 844 aa  536  1e-151  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.043486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4854  ATP-dependent helicase HrpB  43.12 
 
 		 877 aa  536  1e-151  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.951101 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3739  ATP-dependent helicase HrpB  44.69 
 
 		 844 aa  536  1e-151  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4801  ATP-dependent helicase HrpB  45.45 
 
 		 826 aa  536  1e-151  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.510158 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1180  ATP-dependent helicase HrpB  42.96 
 
 		 828 aa  532  1e-150  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.9477e-16 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4935  ATP-dependent helicase HrpB  44.72 
 
 		 839 aa  530  1e-149  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557516 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3110  ATP-dependent helicase  38.86 
 
 		 826 aa  529  1e-149  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.924657  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1588  ATP-dependent helicase HrpB  45.63 
 
 		 847 aa  530  1e-149  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.41464  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7107  ATP-dependent helicase HrpB  46.17 
 
 		 850 aa  529  1e-149  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4648  ATP-dependent helicase HrpB  44.77 
 
 		 842 aa  524  1e-147  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.052727  normal  0.20008 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12630  putative ATP-dependent helicase  45.61 
 
 		 830 aa  524  1e-147  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4772  ATP-dependent helicase HrpB  44.66 
 
 		 842 aa  521  1e-146  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0178797 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1349  ATP-dependent helicase HrpB  44 
 
 		 842 aa  520  1e-146  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.228837  hitchhiker  0.00000000348515 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0098  ATP-dependent helicase HrpB  45.14 
 
 		 826 aa  521  1e-146  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.310548 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4284  ATP-dependent helicase HrpB  44.58 
 
 		 854 aa  518  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2061  ATP-dependent helicase HrpB  43.15 
 
 		 837 aa  518  1.0000000000000001e-145  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0816695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4043  ATP-dependent helicase HrpB  44.5 
 
 		 821 aa  517  1.0000000000000001e-145  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2348  ATP-dependent helicase HrpB  42.86 
 
 		 842 aa  519  1.0000000000000001e-145  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03650  ATP-dependent helicase HrpB  46.98 
 
 		 861 aa  513  1e-144  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2013  DEAD/DEAH box helicase  44.95 
 
 		 808 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.211525  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1172  ATP-dependent helicase HrpB  41.69 
 
 		 863 aa  508  9.999999999999999e-143  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1573  thiolase  40.05 
 
 		 864 aa  507  9.999999999999999e-143  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.142066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0665  ATP-dependent helicase protein, putative  43.97 
 
 		 832 aa  506  9.999999999999999e-143  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0723  ATP-dependent helicase HrpB  45.19 
 
 		 808 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.336305  normal  0.341531 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3982  ATP-dependent RNA helicase HrpB  40.33 
 
 		 812 aa  499  1e-140  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0579093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1590  ATP-dependent helicase HrpB  43.41 
 
 		 825 aa  500  1e-140  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.357448  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3111  ATP-dependent RNA helicase HrpB  39.5 
 
 		 820 aa  500  1e-140  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3449  ATP-dependent helicase HrpB  44.4 
 
 		 814 aa  502  1e-140  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.206852 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1001  ATP-dependent RNA helicase HrpB  40.74 
 
 		 853 aa  497  1e-139  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1083  ATP-dependent helicase HrpB  43.53 
 
 		 829 aa  497  1e-139  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.220902 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2844  ATP-dependent helicase HrpB  42.84 
 
 		 830 aa  494  9.999999999999999e-139  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.454612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1773  ATP-dependent helicase HrpB  41.73 
 
 		 798 aa  494  9.999999999999999e-139  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0295014  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3464  ATP-dependent RNA helicase HrpB  40.62 
 
 		 829 aa  494  9.999999999999999e-139  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2816  ATP-dependent RNA helicase HrpB  40.77 
 
 		 812 aa  494  9.999999999999999e-139  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6547  ATP-dependent helicase HrpB  45.66 
 
 		 823 aa  491  1e-137  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.10181  normal  0.639209 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3111  ATP-dependent helicase HrpB  44.03 
 
 		 808 aa  491  1e-137  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.577878  normal  0.0241826 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0559  ATP-dependent helicase HrpB  40.67 
 
 		 822 aa  490  1e-137  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3335  ATP-dependent RNA helicase HrpB  40.5 
 
 		 834 aa  491  1e-137  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.825067  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1167  ATP-dependent RNA helicase HrpB  39 
 
 		 814 aa  490  1e-137  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2129  ATP-dependent helicase HrpB  44.83 
 
 		 837 aa  490  1e-137  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0501  ATP-dependent helicase HrpB  40.47 
 
 		 833 aa  488  1e-136  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1306  ATP-dependent helicase HrpB  41.62 
 
 		 900 aa  483  1e-135  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.493804  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1035  ATP-dependent RNA helicase HrpB  39.34 
 
 		 825 aa  479  1e-134  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2365  ATP-dependent helicase HrpB  45.27 
 
 		 860 aa  481  1e-134  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.701913  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0688  ATP-dependent RNA helicase HrpB  39.35 
 
 		 809 aa  477  1e-133  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0972793  normal  0.531464 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0565  ATP-dependent helicase  39.88 
 
 		 833 aa  471  1.0000000000000001e-131  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0159  ATP-dependent RNA helicase HrpB  39.64 
 
 		 824 aa  469  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.805468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0516  ATP-dependent helicase HrpB  40.99 
 
 		 822 aa  469  1.0000000000000001e-131  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.355693 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03444  ATP-dependent RNA helicase HrpB  34.77 
 
 		 833 aa  470  1.0000000000000001e-131  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3454  ATP-dependent helicase HrpB  39.28 
 
 		 824 aa  466  9.999999999999999e-131  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.629145  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0157  ATP-dependent RNA helicase HrpB  39.28 
 
 		 824 aa  468  9.999999999999999e-131  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3511  ATP-dependent RNA helicase HrpB  39.4 
 
 		 824 aa  467  9.999999999999999e-131  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.661022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0152  ATP-dependent RNA helicase HrpB  39.14 
 
 		 809 aa  468  9.999999999999999e-131  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00171749  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2580  ATP-dependent RNA helicase  43.79 
 
 		 834 aa  468  9.999999999999999e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.262395  hitchhiker  0.0000513711 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3407  ATP-dependent helicase HrpB  36.39 
 
 		 835 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.982669  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0640  ATP-dependent helicase HrpB  43.15 
 
 		 802 aa  469  9.999999999999999e-131  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.163213  normal  0.637588 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0217  ATP-dependent RNA helicase HrpB  39.38 
 
 		 824 aa  463  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.976044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0206  ATP-dependent RNA helicase HrpB  39.38 
 
 		 824 aa  462  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.776045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0151  ATP-dependent RNA helicase HrpB  38.9 
 
 		 809 aa  464  1e-129  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000698462  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0221  ATP-dependent RNA helicase HrpB  39.38 
 
 		 824 aa  464  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00146  hypothetical protein  38.9 
 
 		 809 aa  463  1e-129  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0519083  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>