More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0354 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_0354  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  100 
 
 
175 aa  351  2.9999999999999997e-96  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0226486  normal  0.429001 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1062  MotA/TolQ/ExbB proton channel  56 
 
 
173 aa  187  5e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.641565  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3974  biopolymer transport exbB protein  54.29 
 
 
175 aa  187  7e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00635  biopolymer transport protein  46.51 
 
 
175 aa  157  7e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0870  MotA/TolQ/ExbB proton channel  48.45 
 
 
178 aa  153  1e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2462  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45.14 
 
 
175 aa  152  2e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.055341  hitchhiker  0.00000243033 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2532  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45.14 
 
 
175 aa  152  2e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0137546  unclonable  0.0000227076 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2624  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45.14 
 
 
175 aa  152  2e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00200443  hitchhiker  0.00000116003 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001858  ferric siderophore transport system biopolymer transport protein ExbB  44.19 
 
 
175 aa  152  2.9999999999999998e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1256  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45.61 
 
 
175 aa  151  5e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.80948  hitchhiker  0.000146738 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2624  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.57 
 
 
175 aa  151  5e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000822503  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2476  MotA/TolQ/ExbB proton channel  43.86 
 
 
175 aa  150  7e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.428605  hitchhiker  0.0000502877 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1642  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45.14 
 
 
175 aa  150  8.999999999999999e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.188502  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2716  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.57 
 
 
175 aa  149  2e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00531183  decreased coverage  0.0000000102251 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1627  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.57 
 
 
175 aa  149  2e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.399285  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2423  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45.14 
 
 
175 aa  148  4e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00161058  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1826  TonB system transport protein ExbB2  47.4 
 
 
160 aa  147  5e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2988  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45.03 
 
 
174 aa  147  5e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.649663  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1519  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44 
 
 
175 aa  147  8e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1664  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.25 
 
 
175 aa  146  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0648284  normal  0.131005 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3077  MotA/TolQ/ExbB proton channel  43.86 
 
 
175 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00037771  hitchhiker  0.00001604 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3754  biopolymer transport exbB protein  47.13 
 
 
174 aa  145  3e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2650  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45.86 
 
 
174 aa  144  6e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.026005  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1573  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45.86 
 
 
174 aa  144  8.000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.119512  hitchhiker  0.00360168 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02812  TonB system biopolymer transport component  47.02 
 
 
174 aa  144  8.000000000000001e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00324688  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03433  TonB system biopolymer transport component  55.28 
 
 
132 aa  139  1.9999999999999998e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000846  ferric siderophore transport system biopolymer transport protein ExbB  41.57 
 
 
184 aa  137  1e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06758  hypothetical protein  40.36 
 
 
184 aa  135  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0113  TonB system transport protein ExbB2  42.41 
 
 
169 aa  130  6.999999999999999e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1152  TonB system transport protein ExbB2  47.3 
 
 
180 aa  124  1e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0608  MotA/TolQ/ExbB proton channel  38.46 
 
 
174 aa  122  3e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00236146  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0903  TonB system transport protein ExbB3  42.57 
 
 
177 aa  117  9e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3870  MotA/TolQ/ExbB proton channel  38.86 
 
 
182 aa  107  9.000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1617  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.65 
 
 
177 aa  84.7  6e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.223503  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2154  biopolymer transport protein (ExbB)-like  28.88 
 
 
208 aa  82  0.000000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0904  Biopolymer transport protein TolR  36.51 
 
 
453 aa  68.9  0.00000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1737  MotA/TolQ/ExbB proton channel  26.98 
 
 
201 aa  67.8  0.00000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0638355  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1738  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.94 
 
 
576 aa  67.4  0.0000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000125272  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0437  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  30.61 
 
 
165 aa  66.2  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.383605  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0112  biopolymer transport protein TolR  41.75 
 
 
451 aa  66.6  0.0000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2673  MotA/TolQ/ExbB proton channel  27.59 
 
 
253 aa  65.9  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0591  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.18 
 
 
214 aa  65.1  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0990686 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1436  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.93 
 
 
218 aa  65.5  0.0000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.383265  normal  0.726638 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1153  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  33.33 
 
 
457 aa  64.7  0.0000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2150  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.52 
 
 
208 aa  63.5  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.162411  normal  0.347505 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06759  hypothetical protein  42.17 
 
 
455 aa  63.5  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2178  putative tolQ-type transport protein  44.59 
 
 
211 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25490  putative tolQ-type transport protein  44.59 
 
 
211 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0178753  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1743  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.74 
 
 
208 aa  62.8  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1248  MotA/TolQ/ExbB proton channel  27.33 
 
 
210 aa  62.8  0.000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11810  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.06 
 
 
216 aa  62.4  0.000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3871  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45 
 
 
449 aa  62.4  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3975  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  27.88 
 
 
457 aa  62.4  0.000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000847  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  40.96 
 
 
455 aa  62.4  0.000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00636  biopolymer transport protein  29.89 
 
 
453 aa  62  0.000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2347  MotA/TolQ/ExbB proton channel  27.18 
 
 
221 aa  61.6  0.000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.11073  normal  0.0518868 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001857  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  30.43 
 
 
453 aa  61.2  0.000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0869  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.8 
 
 
462 aa  60.8  0.000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1731  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.72 
 
 
207 aa  60.8  0.000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0607  MotA/TolQ/ExbB proton channel  37.93 
 
 
478 aa  59.7  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00882438  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1616  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.18 
 
 
469 aa  60.1  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1655  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.83 
 
 
218 aa  59.3  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.393099  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1663  MotA/TolQ/ExbB proton channel  46.88 
 
 
451 aa  59.3  0.00000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0204687  normal  0.14505 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1641  MotA/TolQ/ExbB proton channel  46.88 
 
 
451 aa  59.3  0.00000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0893157  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1626  MotA/TolQ/ExbB proton channel  46.88 
 
 
451 aa  59.3  0.00000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.171295  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2717  MotA/TolQ/ExbB proton channel  46.88 
 
 
451 aa  59.3  0.00000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0125203  decreased coverage  0.0000000188451 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2018  biopolymer transport protein  29.84 
 
 
275 aa  58.9  0.00000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1369  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.29 
 
 
206 aa  58.5  0.00000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1255  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  45.31 
 
 
451 aa  58.2  0.00000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.429171  unclonable  0.0000153929 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1518  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45.31 
 
 
451 aa  58.2  0.00000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.298092  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1061  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.62 
 
 
469 aa  58.2  0.00000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.297335  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2463  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45.31 
 
 
451 aa  58.2  0.00000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00080951  hitchhiker  0.00000350745 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2424  MotA/TolQ/ExbB proton channel  43.75 
 
 
450 aa  57.8  0.00000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00633842  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2533  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45.31 
 
 
451 aa  58.2  0.00000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0106655  unclonable  0.0000291193 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2625  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45.31 
 
 
451 aa  58.2  0.00000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00264646  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2553  MotA/TolQ/ExbB proton channel  38.2 
 
 
192 aa  57.8  0.00000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00158299 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2625  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45.31 
 
 
451 aa  57.8  0.00000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000348965  hitchhiker  0.00000191471 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0848  TolR-like transport protein  35.48 
 
 
470 aa  57.8  0.00000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.638917  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2157  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.69 
 
 
488 aa  57.8  0.00000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03434  putative Tol protein  44.62 
 
 
454 aa  57.8  0.00000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1825  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  46.88 
 
 
451 aa  57.4  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0353  TonB system biopolymer transport component  41.89 
 
 
460 aa  57  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.899068  normal  0.349209 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0394  MotA/TolQ/ExbB proton channel  34.02 
 
 
229 aa  56.2  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.265292  hitchhiker  0.00010169 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0453  biopolymer transport proteins-like  42.62 
 
 
465 aa  56.2  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.204978  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0645  MotA/TolQ/ExbB proton channel  38.46 
 
 
206 aa  55.8  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.557109  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0485  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  38.46 
 
 
206 aa  55.8  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.18294  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2477  MotA/TolQ/ExbB proton channel  43.75 
 
 
451 aa  55.8  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.373641  hitchhiker  0.000065853 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2651  MotA/TolQ/ExbB proton channel  46.67 
 
 
451 aa  55.8  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.12619  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2092  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.93 
 
 
204 aa  55.5  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0117508  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1572  MotA/TolQ/ExbB proton channel  43.75 
 
 
451 aa  55.8  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0356539  hitchhiker  0.00010475 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3572  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.38 
 
 
210 aa  55.5  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0594941  decreased coverage  0.0034613 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0436  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  40.91 
 
 
403 aa  55.5  0.0000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0887055  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3078  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.19 
 
 
451 aa  55.5  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00501831  hitchhiker  0.0000206592 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4090  MotA/TolQ/ExbB proton channel  38.55 
 
 
280 aa  55.1  0.0000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3524  MotA/TolQ/ExbB proton channel  47.27 
 
 
469 aa  55.1  0.0000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2815  biopolymer transport proteins-like  37.04 
 
 
464 aa  55.1  0.0000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00525326  hitchhiker  0.00000294383 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1510  exbB-like biopolymer transport  38.89 
 
 
201 aa  54.7  0.0000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.232406  normal  0.284557 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2300  MotA/TolQ/ExbB proton channel  27.64 
 
 
215 aa  54.7  0.0000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2061  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.57 
 
 
209 aa  54.7  0.0000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.590103 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2238  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  36.05 
 
 
607 aa  54.3  0.0000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.363335  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>