More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1062 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_1062  MotA/TolQ/ExbB proton channel  100 
 
 
173 aa  347  5e-95  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.641565  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3974  biopolymer transport exbB protein  61.05 
 
 
175 aa  224  4e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03433  TonB system biopolymer transport component  78.03 
 
 
132 aa  213  9e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0354  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  56 
 
 
175 aa  187  5e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0226486  normal  0.429001 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00635  biopolymer transport protein  50 
 
 
175 aa  167  7e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001858  ferric siderophore transport system biopolymer transport protein ExbB  48.78 
 
 
175 aa  165  2.9999999999999998e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02812  TonB system biopolymer transport component  50 
 
 
174 aa  162  3e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00324688  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2988  MotA/TolQ/ExbB proton channel  48.81 
 
 
174 aa  160  6e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.649663  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2476  MotA/TolQ/ExbB proton channel  46.43 
 
 
175 aa  160  8.000000000000001e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.428605  hitchhiker  0.0000502877 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2624  MotA/TolQ/ExbB proton channel  47.02 
 
 
175 aa  159  2e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00200443  hitchhiker  0.00000116003 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2462  MotA/TolQ/ExbB proton channel  47.02 
 
 
175 aa  159  2e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.055341  hitchhiker  0.00000243033 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2532  MotA/TolQ/ExbB proton channel  47.02 
 
 
175 aa  159  2e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0137546  unclonable  0.0000227076 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3077  MotA/TolQ/ExbB proton channel  47.02 
 
 
175 aa  158  4e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00037771  hitchhiker  0.00001604 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1573  MotA/TolQ/ExbB proton channel  47.62 
 
 
174 aa  157  7e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.119512  hitchhiker  0.00360168 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2650  MotA/TolQ/ExbB proton channel  47.02 
 
 
174 aa  157  8e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.026005  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1627  MotA/TolQ/ExbB proton channel  47.02 
 
 
175 aa  156  1e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.399285  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0870  MotA/TolQ/ExbB proton channel  47.85 
 
 
178 aa  157  1e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2716  MotA/TolQ/ExbB proton channel  47.02 
 
 
175 aa  156  1e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00531183  decreased coverage  0.0000000102251 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2624  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45.24 
 
 
175 aa  156  2e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000822503  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1664  MotA/TolQ/ExbB proton channel  47.02 
 
 
175 aa  155  2e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0648284  normal  0.131005 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1256  MotA/TolQ/ExbB proton channel  46.43 
 
 
175 aa  155  3e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.80948  hitchhiker  0.000146738 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3754  biopolymer transport exbB protein  47.62 
 
 
174 aa  155  3e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1519  MotA/TolQ/ExbB proton channel  46.43 
 
 
175 aa  154  5.0000000000000005e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1642  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45.83 
 
 
175 aa  153  1e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.188502  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2423  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.05 
 
 
175 aa  153  1e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00161058  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06758  hypothetical protein  44.44 
 
 
184 aa  149  2e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1826  TonB system transport protein ExbB2  50 
 
 
160 aa  149  3e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0113  TonB system transport protein ExbB2  45.34 
 
 
169 aa  146  2.0000000000000003e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000846  ferric siderophore transport system biopolymer transport protein ExbB  43.56 
 
 
184 aa  145  2.0000000000000003e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0608  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.14 
 
 
174 aa  127  8.000000000000001e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00236146  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1152  TonB system transport protein ExbB2  41.07 
 
 
180 aa  126  1.0000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0903  TonB system transport protein ExbB3  39.16 
 
 
177 aa  126  1.0000000000000001e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3870  MotA/TolQ/ExbB proton channel  39.63 
 
 
182 aa  90.1  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1617  MotA/TolQ/ExbB proton channel  39.47 
 
 
177 aa  87.8  7e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.223503  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2154  biopolymer transport protein (ExbB)-like  28.8 
 
 
208 aa  77  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1737  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.06 
 
 
201 aa  74.7  0.0000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0638355  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0112  biopolymer transport protein TolR  32.37 
 
 
451 aa  68.6  0.00000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0904  Biopolymer transport protein TolR  42.35 
 
 
453 aa  68.2  0.00000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1655  MotA/TolQ/ExbB proton channel  26.84 
 
 
218 aa  67.8  0.00000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.393099  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06759  hypothetical protein  31.85 
 
 
455 aa  67.4  0.00000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1153  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  35.45 
 
 
457 aa  67  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000847  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  37.84 
 
 
455 aa  67  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1616  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.4 
 
 
469 aa  66.6  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0437  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  45.21 
 
 
165 aa  62.4  0.000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.383605  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1825  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  41.77 
 
 
451 aa  62.4  0.000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03434  putative Tol protein  29.49 
 
 
454 aa  62.4  0.000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1738  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.56 
 
 
576 aa  62.4  0.000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000125272  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3871  MotA/TolQ/ExbB proton channel  43.59 
 
 
449 aa  62  0.000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0353  TonB system biopolymer transport component  41.77 
 
 
460 aa  61.2  0.000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.899068  normal  0.349209 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0607  MotA/TolQ/ExbB proton channel  39.74 
 
 
478 aa  61.2  0.000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00882438  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2477  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.61 
 
 
451 aa  60.5  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.373641  hitchhiker  0.000065853 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3325  MotA/TolQ/ExbB proton channel  34.29 
 
 
234 aa  60.5  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.642372 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1626  MotA/TolQ/ExbB proton channel  48.44 
 
 
451 aa  60.1  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.171295  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1663  MotA/TolQ/ExbB proton channel  48.44 
 
 
451 aa  60.1  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0204687  normal  0.14505 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3078  MotA/TolQ/ExbB proton channel  37.63 
 
 
451 aa  60.5  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00501831  hitchhiker  0.0000206592 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1641  MotA/TolQ/ExbB proton channel  48.44 
 
 
451 aa  60.5  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0893157  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3975  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  28.12 
 
 
457 aa  59.7  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3523  MotA/TolQ/ExbB proton channel  27.88 
 
 
172 aa  59.7  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2717  MotA/TolQ/ExbB proton channel  48.44 
 
 
451 aa  60.1  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0125203  decreased coverage  0.0000000188451 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2533  MotA/TolQ/ExbB proton channel  48.33 
 
 
451 aa  59.3  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0106655  unclonable  0.0000291193 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2463  MotA/TolQ/ExbB proton channel  48.33 
 
 
451 aa  59.3  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00080951  hitchhiker  0.00000350745 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2625  MotA/TolQ/ExbB proton channel  48.33 
 
 
451 aa  59.3  0.00000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000348965  hitchhiker  0.00000191471 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1255  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  46.67 
 
 
451 aa  58.9  0.00000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.429171  unclonable  0.0000153929 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2651  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.46 
 
 
451 aa  59.3  0.00000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.12619  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2424  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45.31 
 
 
450 aa  58.9  0.00000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00633842  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1518  MotA/TolQ/ExbB proton channel  48.33 
 
 
451 aa  59.3  0.00000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.298092  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0436  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  41.79 
 
 
403 aa  58.5  0.00000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0887055  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1572  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.96 
 
 
451 aa  58.5  0.00000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0356539  hitchhiker  0.00010475 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2625  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45.31 
 
 
451 aa  58.2  0.00000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00264646  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2153  transport protein TolQ-like  44.26 
 
 
474 aa  58.2  0.00000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.337835  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3755  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  31.82 
 
 
449 aa  58.2  0.00000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2815  biopolymer transport proteins-like  32.74 
 
 
464 aa  58.2  0.00000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00525326  hitchhiker  0.00000294383 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1061  MotA/TolQ/ExbB proton channel  26.75 
 
 
469 aa  57.4  0.00000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.297335  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1654  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.89 
 
 
480 aa  57  0.0000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.759397  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2061  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35.56 
 
 
209 aa  57  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.590103 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0848  TolR-like transport protein  33.33 
 
 
470 aa  56.2  0.0000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.638917  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1436  MotA/TolQ/ExbB proton channel  46.77 
 
 
218 aa  56.6  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.383265  normal  0.726638 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2157  MotA/TolQ/ExbB proton channel  34.72 
 
 
488 aa  56.2  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0591  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.22 
 
 
214 aa  55.8  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0990686 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25490  putative tolQ-type transport protein  43.08 
 
 
211 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0178753  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2178  putative tolQ-type transport protein  43.08 
 
 
211 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0869  MotA/TolQ/ExbB proton channel  27.81 
 
 
462 aa  55.8  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2150  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.79 
 
 
208 aa  55.5  0.0000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.162411  normal  0.347505 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001857  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  33.33 
 
 
453 aa  55.1  0.0000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00636  biopolymer transport protein  33.33 
 
 
453 aa  55.1  0.0000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2347  MotA/TolQ/ExbB proton channel  24.73 
 
 
221 aa  53.9  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.11073  normal  0.0518868 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3524  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.99 
 
 
469 aa  53.5  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0453  biopolymer transport proteins-like  34.72 
 
 
465 aa  53.5  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.204978  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1743  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.99 
 
 
208 aa  53.1  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0856  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.82 
 
 
225 aa  52.8  0.000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.339673  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4594  MotA/TolQ/ExbB proton channel  26.5 
 
 
215 aa  52.4  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2300  MotA/TolQ/ExbB proton channel  26.45 
 
 
215 aa  52.4  0.000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1369  MotA/TolQ/ExbB proton channel  52 
 
 
206 aa  52.4  0.000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2238  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  33.73 
 
 
607 aa  51.6  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.363335  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4355  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.47 
 
 
262 aa  51.6  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0631  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  35.53 
 
 
204 aa  51.6  0.000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.372688 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2673  MotA/TolQ/ExbB proton channel  24.57 
 
 
253 aa  51.2  0.000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0899  biopolymer MotA/TolQ/ExbB proton channel family transporter  24.79 
 
 
214 aa  51.2  0.000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.197081  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11810  MotA/TolQ/ExbB proton channel  24.55 
 
 
216 aa  51.2  0.000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0279  MotA/TolQ/ExbB proton channel  26.43 
 
 
252 aa  50.4  0.00001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>