276 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3870 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_3870  MotA/TolQ/ExbB proton channel  100 
 
 
182 aa  358  2e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2988  MotA/TolQ/ExbB proton channel  46.95 
 
 
174 aa  148  3e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.649663  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2476  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45.06 
 
 
175 aa  145  2.0000000000000003e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.428605  hitchhiker  0.0000502877 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1573  MotA/TolQ/ExbB proton channel  46.01 
 
 
174 aa  144  6e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.119512  hitchhiker  0.00360168 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2650  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45.4 
 
 
174 aa  144  8.000000000000001e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.026005  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3077  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45.68 
 
 
175 aa  143  1e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00037771  hitchhiker  0.00001604 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2423  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.79 
 
 
175 aa  143  1e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00161058  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2624  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.79 
 
 
175 aa  142  2e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000822503  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1256  MotA/TolQ/ExbB proton channel  46.01 
 
 
175 aa  142  3e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.80948  hitchhiker  0.000146738 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1642  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.79 
 
 
175 aa  141  4e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.188502  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2462  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.79 
 
 
175 aa  141  6e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.055341  hitchhiker  0.00000243033 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2532  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.79 
 
 
175 aa  141  6e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0137546  unclonable  0.0000227076 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2624  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.79 
 
 
175 aa  141  6e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00200443  hitchhiker  0.00000116003 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1519  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.17 
 
 
175 aa  140  8e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1627  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.17 
 
 
175 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.399285  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2716  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.17 
 
 
175 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00531183  decreased coverage  0.0000000102251 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1664  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.44 
 
 
175 aa  139  3e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0648284  normal  0.131005 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1826  TonB system transport protein ExbB2  44.44 
 
 
160 aa  138  4.999999999999999e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02812  TonB system biopolymer transport component  43.21 
 
 
174 aa  134  6.0000000000000005e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00324688  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000846  ferric siderophore transport system biopolymer transport protein ExbB  44.71 
 
 
184 aa  131  6e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06758  hypothetical protein  44.12 
 
 
184 aa  127  9.000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3754  biopolymer transport exbB protein  41.1 
 
 
174 aa  127  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0354  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  38.86 
 
 
175 aa  126  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0226486  normal  0.429001 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0113  TonB system transport protein ExbB2  43.29 
 
 
169 aa  124  8.000000000000001e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3974  biopolymer transport exbB protein  42.07 
 
 
175 aa  122  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001858  ferric siderophore transport system biopolymer transport protein ExbB  38.89 
 
 
175 aa  121  4e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00635  biopolymer transport protein  37.65 
 
 
175 aa  120  9.999999999999999e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0608  MotA/TolQ/ExbB proton channel  39.53 
 
 
174 aa  119  1.9999999999999998e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00236146  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1152  TonB system transport protein ExbB2  43.33 
 
 
180 aa  117  9e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0903  TonB system transport protein ExbB3  45.45 
 
 
177 aa  113  2.0000000000000002e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0870  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.2 
 
 
178 aa  113  2.0000000000000002e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1062  MotA/TolQ/ExbB proton channel  39.63 
 
 
173 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.641565  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03433  TonB system biopolymer transport component  46.79 
 
 
132 aa  90.9  9e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1737  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.75 
 
 
201 aa  78.2  0.00000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0638355  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2154  biopolymer transport protein (ExbB)-like  31.02 
 
 
208 aa  76.3  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2673  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.81 
 
 
253 aa  75.1  0.0000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0591  MotA/TolQ/ExbB proton channel  34.91 
 
 
214 aa  72.8  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0990686 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1436  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.99 
 
 
218 aa  72  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.383265  normal  0.726638 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0569  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.16 
 
 
230 aa  71.6  0.000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.728472  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2150  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.99 
 
 
208 aa  71.2  0.000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.162411  normal  0.347505 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1743  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.65 
 
 
208 aa  71.2  0.000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1369  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.37 
 
 
206 aa  70.9  0.000000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1655  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.81 
 
 
218 aa  70.9  0.00000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.393099  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0437  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  33.54 
 
 
165 aa  68.9  0.00000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.383605  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1248  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.4 
 
 
210 aa  68.2  0.00000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0631  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  31.98 
 
 
204 aa  67.8  0.00000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.793155  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001857  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  43.04 
 
 
453 aa  67.8  0.00000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00636  biopolymer transport protein  43.04 
 
 
453 aa  67.4  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2061  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.69 
 
 
209 aa  67.4  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.590103 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2279  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.9 
 
 
233 aa  67.4  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0525667  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3975  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  46.67 
 
 
457 aa  66.2  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0453  biopolymer transport proteins-like  30.95 
 
 
465 aa  66.6  0.0000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.204978  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0436  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  48.61 
 
 
403 aa  65.5  0.0000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0887055  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1518  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.4 
 
 
451 aa  65.1  0.0000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.298092  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1617  MotA/TolQ/ExbB proton channel  38.75 
 
 
177 aa  64.7  0.0000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.223503  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3523  MotA/TolQ/ExbB proton channel  34.51 
 
 
172 aa  64.7  0.0000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2153  transport protein TolQ-like  28.49 
 
 
474 aa  64.3  0.0000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.337835  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3078  MotA/TolQ/ExbB proton channel  52.63 
 
 
451 aa  63.9  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00501831  hitchhiker  0.0000206592 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1153  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  40 
 
 
457 aa  63.5  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0869  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.44 
 
 
462 aa  63.5  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0112  biopolymer transport protein TolR  30.86 
 
 
451 aa  63.5  0.000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1641  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.01 
 
 
451 aa  63.5  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0893157  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1663  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.01 
 
 
451 aa  63.5  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0204687  normal  0.14505 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1616  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.72 
 
 
469 aa  63.2  0.000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1626  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.01 
 
 
451 aa  63.2  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.171295  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2717  MotA/TolQ/ExbB proton channel  47.69 
 
 
451 aa  62.8  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0125203  decreased coverage  0.0000000188451 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0607  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.56 
 
 
478 aa  62.4  0.000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00882438  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2463  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.4 
 
 
451 aa  62.4  0.000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00080951  hitchhiker  0.00000350745 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2533  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.4 
 
 
451 aa  62.4  0.000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0106655  unclonable  0.0000291193 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2625  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.4 
 
 
451 aa  62.4  0.000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000348965  hitchhiker  0.00000191471 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2477  MotA/TolQ/ExbB proton channel  50.88 
 
 
451 aa  62  0.000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.373641  hitchhiker  0.000065853 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0848  TolR-like transport protein  50.88 
 
 
470 aa  62.4  0.000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.638917  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0904  Biopolymer transport protein TolR  42.05 
 
 
453 aa  62.4  0.000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3871  MotA/TolQ/ExbB proton channel  49.32 
 
 
449 aa  62  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2178  putative tolQ-type transport protein  30.36 
 
 
211 aa  62  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25490  putative tolQ-type transport protein  30.36 
 
 
211 aa  62  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0178753  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2300  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.5 
 
 
215 aa  61.6  0.000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1920  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.38 
 
 
230 aa  61.6  0.000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2424  MotA/TolQ/ExbB proton channel  46.15 
 
 
450 aa  61.6  0.000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00633842  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2273  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  29.38 
 
 
230 aa  61.6  0.000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2651  MotA/TolQ/ExbB proton channel  50.88 
 
 
451 aa  61.6  0.000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.12619  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1255  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  50.88 
 
 
451 aa  61.6  0.000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.429171  unclonable  0.0000153929 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1572  MotA/TolQ/ExbB proton channel  50.88 
 
 
451 aa  61.6  0.000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0356539  hitchhiker  0.00010475 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1825  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  50.88 
 
 
451 aa  61.2  0.000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2625  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.62 
 
 
451 aa  61.2  0.000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00264646  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2815  biopolymer transport proteins-like  49.23 
 
 
464 aa  60.5  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00525326  hitchhiker  0.00000294383 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1061  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45.45 
 
 
469 aa  60.5  0.00000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.297335  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1738  MotA/TolQ/ExbB proton channel  40.26 
 
 
576 aa  60.1  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000125272  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1654  MotA/TolQ/ExbB proton channel  50.88 
 
 
480 aa  60.1  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.759397  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0353  TonB system biopolymer transport component  43.86 
 
 
460 aa  60.1  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.899068  normal  0.349209 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06759  hypothetical protein  28.8 
 
 
455 aa  59.7  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03434  putative Tol protein  45.45 
 
 
454 aa  60.1  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000847  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  30.37 
 
 
455 aa  59.3  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0561  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.11 
 
 
199 aa  58.9  0.00000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.305166 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0349  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.37 
 
 
226 aa  58.2  0.00000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.931428  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0387  biopolymer transport protein  32.16 
 
 
220 aa  57.8  0.00000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0351  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.16 
 
 
220 aa  57.8  0.00000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2270  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  28.65 
 
 
227 aa  57  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.329351  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1917  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.65 
 
 
227 aa  57  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2347  MotA/TolQ/ExbB proton channel  25.4 
 
 
221 aa  56.6  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.11073  normal  0.0518868 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>