257 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_3974 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_3974  biopolymer transport exbB protein  100 
 
 
175 aa  356  9e-98  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1062  MotA/TolQ/ExbB proton channel  61.05 
 
 
173 aa  224  4e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.641565  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0354  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  54.29 
 
 
175 aa  187  7e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0226486  normal  0.429001 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3077  MotA/TolQ/ExbB proton channel  49.71 
 
 
175 aa  179  1e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00037771  hitchhiker  0.00001604 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1642  MotA/TolQ/ExbB proton channel  48.54 
 
 
175 aa  177  8e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.188502  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2476  MotA/TolQ/ExbB proton channel  47.95 
 
 
175 aa  176  1e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.428605  hitchhiker  0.0000502877 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1256  MotA/TolQ/ExbB proton channel  48.55 
 
 
175 aa  176  2e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.80948  hitchhiker  0.000146738 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1573  MotA/TolQ/ExbB proton channel  49.13 
 
 
174 aa  175  3e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.119512  hitchhiker  0.00360168 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2716  MotA/TolQ/ExbB proton channel  47.95 
 
 
175 aa  175  3e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00531183  decreased coverage  0.0000000102251 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1627  MotA/TolQ/ExbB proton channel  47.95 
 
 
175 aa  175  3e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.399285  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1519  MotA/TolQ/ExbB proton channel  48.54 
 
 
175 aa  175  3e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2423  MotA/TolQ/ExbB proton channel  47.95 
 
 
175 aa  175  4e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00161058  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2650  MotA/TolQ/ExbB proton channel  48.55 
 
 
174 aa  174  6e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.026005  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2532  MotA/TolQ/ExbB proton channel  47.95 
 
 
175 aa  174  8e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0137546  unclonable  0.0000227076 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2624  MotA/TolQ/ExbB proton channel  47.95 
 
 
175 aa  174  8e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00200443  hitchhiker  0.00000116003 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2988  MotA/TolQ/ExbB proton channel  47.95 
 
 
174 aa  172  9.999999999999999e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.649663  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2462  MotA/TolQ/ExbB proton channel  47.95 
 
 
175 aa  173  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.055341  hitchhiker  0.00000243033 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2624  MotA/TolQ/ExbB proton channel  47.98 
 
 
175 aa  173  9.999999999999999e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000822503  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03433  TonB system biopolymer transport component  62.79 
 
 
132 aa  172  1.9999999999999998e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1664  MotA/TolQ/ExbB proton channel  47.62 
 
 
175 aa  171  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0648284  normal  0.131005 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02812  TonB system biopolymer transport component  47.02 
 
 
174 aa  171  3.9999999999999995e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00324688  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0870  MotA/TolQ/ExbB proton channel  47.88 
 
 
178 aa  169  2e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3754  biopolymer transport exbB protein  46.78 
 
 
174 aa  165  2.9999999999999998e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06758  hypothetical protein  48.1 
 
 
184 aa  161  5.0000000000000005e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000846  ferric siderophore transport system biopolymer transport protein ExbB  48.73 
 
 
184 aa  161  5.0000000000000005e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1826  TonB system transport protein ExbB2  49.06 
 
 
160 aa  160  6e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00635  biopolymer transport protein  45.73 
 
 
175 aa  151  4e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001858  ferric siderophore transport system biopolymer transport protein ExbB  45.12 
 
 
175 aa  150  7e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0113  TonB system transport protein ExbB2  44.1 
 
 
169 aa  150  1e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1152  TonB system transport protein ExbB2  46.2 
 
 
180 aa  140  9.999999999999999e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0903  TonB system transport protein ExbB3  42.94 
 
 
177 aa  134  5e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0608  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.61 
 
 
174 aa  133  9.999999999999999e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00236146  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3870  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.07 
 
 
182 aa  102  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2154  biopolymer transport protein (ExbB)-like  30.39 
 
 
208 aa  88.6  4e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1655  MotA/TolQ/ExbB proton channel  34.09 
 
 
218 aa  87  1e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.393099  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1737  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.05 
 
 
201 aa  86.3  2e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0638355  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1617  MotA/TolQ/ExbB proton channel  37.58 
 
 
177 aa  85.9  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.223503  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3975  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  30 
 
 
457 aa  77  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0437  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  35.1 
 
 
165 aa  74.3  0.0000000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.383605  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1061  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.45 
 
 
469 aa  67.8  0.00000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.297335  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1518  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.73 
 
 
451 aa  65.5  0.0000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.298092  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2651  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.95 
 
 
451 aa  65.5  0.0000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.12619  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0112  biopolymer transport protein TolR  29.22 
 
 
451 aa  64.7  0.0000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0353  TonB system biopolymer transport component  43.24 
 
 
460 aa  64.3  0.0000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.899068  normal  0.349209 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0436  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  30.57 
 
 
403 aa  63.5  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0887055  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03434  putative Tol protein  48.39 
 
 
454 aa  63.5  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0904  Biopolymer transport protein TolR  41.03 
 
 
453 aa  63.5  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06759  hypothetical protein  31.54 
 
 
455 aa  63.9  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0607  MotA/TolQ/ExbB proton channel  26.11 
 
 
478 aa  62.8  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00882438  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001857  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  27.84 
 
 
453 aa  62.8  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1572  MotA/TolQ/ExbB proton channel  27.63 
 
 
451 aa  62.4  0.000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0356539  hitchhiker  0.00010475 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000847  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  45.45 
 
 
455 aa  62.4  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1616  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.04 
 
 
469 aa  62  0.000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0869  MotA/TolQ/ExbB proton channel  27.72 
 
 
462 aa  62  0.000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2673  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.36 
 
 
253 aa  62  0.000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3871  MotA/TolQ/ExbB proton channel  40.74 
 
 
449 aa  62  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00636  biopolymer transport protein  25.57 
 
 
453 aa  61.6  0.000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2463  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35.42 
 
 
451 aa  61.6  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00080951  hitchhiker  0.00000350745 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2533  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35.42 
 
 
451 aa  61.6  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0106655  unclonable  0.0000291193 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1626  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35.42 
 
 
451 aa  61.6  0.000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.171295  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1641  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35.42 
 
 
451 aa  61.6  0.000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0893157  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2717  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35.42 
 
 
451 aa  61.6  0.000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0125203  decreased coverage  0.0000000188451 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1738  MotA/TolQ/ExbB proton channel  38.95 
 
 
576 aa  61.6  0.000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000125272  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2625  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35.42 
 
 
451 aa  61.6  0.000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000348965  hitchhiker  0.00000191471 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1255  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  33.33 
 
 
451 aa  61.6  0.000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.429171  unclonable  0.0000153929 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1663  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35.42 
 
 
451 aa  61.6  0.000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0204687  normal  0.14505 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0848  TolR-like transport protein  39.53 
 
 
470 aa  61.2  0.000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.638917  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3078  MotA/TolQ/ExbB proton channel  34.38 
 
 
451 aa  60.8  0.000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00501831  hitchhiker  0.0000206592 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2424  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.33 
 
 
450 aa  60.8  0.000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00633842  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2625  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.33 
 
 
451 aa  60.5  0.00000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00264646  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1153  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  43.08 
 
 
457 aa  59.7  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3523  MotA/TolQ/ExbB proton channel  26.19 
 
 
172 aa  60.1  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1436  MotA/TolQ/ExbB proton channel  49.18 
 
 
218 aa  58.5  0.00000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.383265  normal  0.726638 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2347  MotA/TolQ/ExbB proton channel  27.57 
 
 
221 aa  57.8  0.00000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.11073  normal  0.0518868 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2178  putative tolQ-type transport protein  39.47 
 
 
211 aa  57.8  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25490  putative tolQ-type transport protein  39.47 
 
 
211 aa  57.8  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0178753  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0633  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.82 
 
 
248 aa  57.8  0.00000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3755  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  31.19 
 
 
449 aa  57  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0591  MotA/TolQ/ExbB proton channel  47.54 
 
 
214 aa  57.4  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0990686 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1369  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.63 
 
 
206 aa  57.4  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0899  biopolymer MotA/TolQ/ExbB proton channel family transporter  26.5 
 
 
214 aa  57  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.197081  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2477  MotA/TolQ/ExbB proton channel  38.89 
 
 
451 aa  57.4  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.373641  hitchhiker  0.000065853 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1825  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  32.29 
 
 
451 aa  56.6  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2153  transport protein TolQ-like  45.9 
 
 
474 aa  57  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.337835  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2300  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.63 
 
 
215 aa  56.6  0.0000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2150  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45.9 
 
 
208 aa  56.2  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.162411  normal  0.347505 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2815  biopolymer transport proteins-like  34.12 
 
 
464 aa  56.6  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00525326  hitchhiker  0.00000294383 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2018  biopolymer transport protein  44.44 
 
 
275 aa  56.2  0.0000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1654  MotA/TolQ/ExbB proton channel  46.03 
 
 
480 aa  56.2  0.0000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.759397  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1743  MotA/TolQ/ExbB proton channel  47.54 
 
 
208 aa  56.6  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11810  MotA/TolQ/ExbB proton channel  25.79 
 
 
216 aa  54.7  0.0000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0453  biopolymer transport proteins-like  32.94 
 
 
465 aa  54.3  0.0000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.204978  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2157  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.89 
 
 
488 aa  53.9  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3524  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.99 
 
 
469 aa  53.9  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1248  MotA/TolQ/ExbB proton channel  34.67 
 
 
210 aa  52.8  0.000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3325  MotA/TolQ/ExbB proton channel  34.26 
 
 
234 aa  52.8  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.642372 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2061  MotA/TolQ/ExbB proton channel  40.98 
 
 
209 aa  52.8  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.590103 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2238  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  32.53 
 
 
607 aa  52.8  0.000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.363335  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0645  MotA/TolQ/ExbB proton channel  39.34 
 
 
206 aa  52.4  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.557109  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0603  MotA/TolQ/ExbB proton channel  39.13 
 
 
248 aa  52.8  0.000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>