More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2553 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_2553  MotA/TolQ/ExbB proton channel  100 
 
 
192 aa  378  1e-104  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00158299 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2483  putative biopolymer transport exbB-like transmembrane protein  66.84 
 
 
213 aa  266  1e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0658113  normal  0.425168 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2566  MotA/TolQ/ExbB proton channel  61.78 
 
 
208 aa  238  2.9999999999999997e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.11709  decreased coverage  0.00204386 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3153  MotA/TolQ/ExbB proton channel  61.58 
 
 
221 aa  238  2.9999999999999997e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2643  MotA/TolQ/ExbB proton channel  60.73 
 
 
210 aa  231  6e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.232186  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2303  MotA/TolQ/ExbB proton channel  59.49 
 
 
212 aa  230  1e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.466313  normal  0.0952346 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1556  MotA/TolQ/ExbB proton channel  59.49 
 
 
212 aa  230  1e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.25632  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4891  MotA/TolQ/ExbB proton channel  57.65 
 
 
216 aa  227  7e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.333569 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3572  MotA/TolQ/ExbB proton channel  57.73 
 
 
210 aa  226  1e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0594941  decreased coverage  0.0034613 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1925  MotA/TolQ/ExbB proton channel  62.11 
 
 
207 aa  216  2e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.373423  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2947  MotA/TolQ/ExbB proton channel  58.55 
 
 
212 aa  205  4e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0537  MotA/TolQ/ExbB proton channel  55.85 
 
 
206 aa  201  6e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000013307  unclonable  0.0000000588107 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2528  biopolymer transport EXBB-like transmembrane protein  53.67 
 
 
206 aa  192  3e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0033963  normal  0.0481325 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2399  MotA/TolQ/ExbB proton channel  53.11 
 
 
206 aa  188  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0433367  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0595  MotA/TolQ/ExbB proton channel  55.93 
 
 
231 aa  188  4e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000225479  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1029  MotA/TolQ/ExbB proton channel  52.17 
 
 
203 aa  187  1e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000146441  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2805  MotA/TolQ/ExbB proton channel  52.54 
 
 
206 aa  186  2e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00166663  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3210  MotA/TolQ/ExbB proton channel  52.36 
 
 
201 aa  186  2e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000028591  normal  0.177382 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1510  exbB-like biopolymer transport  53.26 
 
 
201 aa  186  2e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.232406  normal  0.284557 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3217  MotA/TolQ/ExbB proton channel  50.54 
 
 
202 aa  179  2e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.581955  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2092  MotA/TolQ/ExbB proton channel  48.13 
 
 
204 aa  167  7e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0117508  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1369  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45.65 
 
 
206 aa  164  8e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0591  MotA/TolQ/ExbB proton channel  49.19 
 
 
214 aa  157  6e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0990686 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0631  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  47.15 
 
 
204 aa  157  1e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.793155  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2178  putative tolQ-type transport protein  48.37 
 
 
211 aa  156  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25490  putative tolQ-type transport protein  48.37 
 
 
211 aa  156  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0178753  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1436  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45.11 
 
 
218 aa  145  2.0000000000000003e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.383265  normal  0.726638 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2150  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.02 
 
 
208 aa  145  5e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.162411  normal  0.347505 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2673  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.86 
 
 
253 aa  143  1e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1731  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.92 
 
 
207 aa  139  1.9999999999999998e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2061  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.71 
 
 
209 aa  138  4.999999999999999e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.590103 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14740  MotA/TolQ/ExbB proton channel  47.83 
 
 
200 aa  135  4e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0542744  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1248  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.57 
 
 
210 aa  134  6.0000000000000005e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1743  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.85 
 
 
208 aa  134  8e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1612  MotA/TolQ/ExbB proton channel  46.2 
 
 
210 aa  131  6.999999999999999e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.19801 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0387  biopolymer transport protein  45.11 
 
 
220 aa  130  1.0000000000000001e-29  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0351  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45.11 
 
 
220 aa  130  1.0000000000000001e-29  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3847  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  45.95 
 
 
214 aa  128  6e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.410653  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1396  MotA/TolQ/ExbB proton channel  46.55 
 
 
220 aa  127  7.000000000000001e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.739677  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1633  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45.41 
 
 
238 aa  125  3e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0433342  normal  0.463741 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0485  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  43.35 
 
 
206 aa  122  3e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.18294  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0645  MotA/TolQ/ExbB proton channel  43.35 
 
 
206 aa  122  3e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.557109  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1898  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.7 
 
 
224 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000558815 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00590  biopolymer transport protein  44.25 
 
 
220 aa  119  3e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.421222  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4177  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.7 
 
 
211 aa  119  3e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0667192  normal  0.294706 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1474  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.7 
 
 
224 aa  119  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.368115  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0286  MotA/TolQ/ExbB proton channel  39.38 
 
 
212 aa  119  3e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3816  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.16 
 
 
224 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.114421  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1509  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.16 
 
 
211 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.75134  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1060  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.86 
 
 
244 aa  94.7  7e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.962837 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1521  MotA/TolQ/ExbB proton channel  34.08 
 
 
238 aa  94.7  8e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.565129  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0746  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35.68 
 
 
339 aa  94.7  8e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1318  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.86 
 
 
214 aa  94.4  9e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2391  biopolymer transport protein  35.16 
 
 
234 aa  91.3  7e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1464  hypothetical protein  32.97 
 
 
229 aa  87.8  8e-17  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1654  MotA/TolQ/ExbB proton channel  38.2 
 
 
480 aa  87.4  1e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.759397  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3906  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.43 
 
 
196 aa  87.8  1e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.286845  normal  0.293846 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1505  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  36.9 
 
 
206 aa  86.7  2e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000130364  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11810  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.11 
 
 
216 aa  86.7  2e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02770  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  31.25 
 
 
246 aa  83.6  0.000000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0149  MotA/TolQ/ExbB proton channel  40.18 
 
 
251 aa  83.2  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000197157  hitchhiker  0.00713803 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4648  MotA/TolQ/ExbB proton channel  34.68 
 
 
218 aa  82.4  0.000000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.388023  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3563  ATPase  34.57 
 
 
220 aa  82.4  0.000000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.363023  normal  0.586206 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0262  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.58 
 
 
243 aa  82.8  0.000000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0861801  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0314  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35.33 
 
 
171 aa  82.8  0.000000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0268  MotA/TolQ/ExbB proton channel  37.93 
 
 
252 aa  82  0.000000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0290  MotA/TolQ/ExbB proton channel  37.93 
 
 
252 aa  82  0.000000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.225424  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0279  MotA/TolQ/ExbB proton channel  37.93 
 
 
252 aa  82  0.000000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6028  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30 
 
 
227 aa  82.4  0.000000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.735155  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0848  TolR-like transport protein  34.64 
 
 
470 aa  80.5  0.00000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.638917  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0453  biopolymer transport proteins-like  29.84 
 
 
465 aa  80.5  0.00000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.204978  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0580  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.32 
 
 
235 aa  80.5  0.00000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00547042  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0290  MotA/TolQ/ExbB proton channel  37.07 
 
 
255 aa  80.1  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3807  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.75 
 
 
324 aa  79.3  0.00000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2153  transport protein TolQ-like  31.84 
 
 
474 aa  79.3  0.00000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.337835  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2018  biopolymer transport protein  32.39 
 
 
275 aa  78.6  0.00000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06640  putative biopolymer transport protein  33.15 
 
 
228 aa  78.6  0.00000000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.304214  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1721  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.44 
 
 
241 aa  78.2  0.00000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0001524  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0536  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.73 
 
 
209 aa  78.6  0.00000000000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2890  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.84 
 
 
257 aa  75.9  0.0000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000981257 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1809  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.57 
 
 
237 aa  73.6  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.280539  normal  0.488626 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4150  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.65 
 
 
227 aa  73.2  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00529693  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0539  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.94 
 
 
222 aa  73.2  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.977509  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1438  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.94 
 
 
232 aa  73.6  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2630  Tol-Pal system TolQ  29.19 
 
 
239 aa  72.8  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1588  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  30.85 
 
 
248 aa  71.6  0.000000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0169562 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1963  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.69 
 
 
248 aa  71.6  0.000000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.075566  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0916  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.42 
 
 
200 aa  71.6  0.000000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.931657  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0633  MotA/TolQ/ExbB proton channel  37.5 
 
 
248 aa  71.6  0.000000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1228  putative adventurous gliding motility protein R  30.64 
 
 
217 aa  71.2  0.000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0258731  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1238  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.69 
 
 
263 aa  71.2  0.000000000009  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.426551  normal  0.407525 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1308  protein TolQ  28.02 
 
 
236 aa  70.9  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3059  Tol-Pal system TolQ  31.43 
 
 
274 aa  70.9  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0421006  normal  0.170634 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0443  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.05 
 
 
209 aa  70.9  0.00000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.475045  hitchhiker  0.0000283851 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3174  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.95 
 
 
243 aa  70.9  0.00000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0561  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.25 
 
 
199 aa  70.1  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.305166 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2957  biopolymer transport proteins-like  29.51 
 
 
242 aa  70.5  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4754  MotA/TolQ/ExbB proton channel  27.54 
 
 
237 aa  69.7  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6479  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.72 
 
 
237 aa  70.1  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.691155  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2279  MotA/TolQ/ExbB proton channel  46.99 
 
 
233 aa  70.1  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0525667  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>