123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0479 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A0479  radical SAM family protein  100 
 
 
500 aa  1037    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0796643  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0807  Radical SAM domain protein  28.24 
 
 
507 aa  241  2e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3455  Radical SAM domain protein  27.41 
 
 
511 aa  236  6e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  25.98 
 
 
479 aa  82.4  0.00000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0055  radical SAM domain-containing protein  22.79 
 
 
429 aa  79.7  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  24.8 
 
 
501 aa  78.2  0.0000000000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  24.19 
 
 
389 aa  75.5  0.000000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  25.4 
 
 
380 aa  74.3  0.000000000005  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4272  Radical SAM domain protein  22.25 
 
 
337 aa  73.2  0.000000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  23.6 
 
 
380 aa  73.2  0.00000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  23.88 
 
 
377 aa  72.8  0.00000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0390  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.46 
 
 
380 aa  67.8  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.52753  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0883  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.33 
 
 
399 aa  67  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2033  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.4 
 
 
395 aa  66.2  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3915  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.83 
 
 
375 aa  64.7  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6304  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.58 
 
 
398 aa  63.5  0.000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1151  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.69 
 
 
373 aa  63.9  0.000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00861011 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3319  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.92 
 
 
381 aa  62.8  0.00000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.328193 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5988  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.01 
 
 
379 aa  62  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.257809  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5768  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.71 
 
 
379 aa  61.6  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.922128  normal  0.949586 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  21 
 
 
384 aa  60.8  0.00000005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0790  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.05 
 
 
380 aa  60.5  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1449  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.9 
 
 
373 aa  58.9  0.0000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0775464  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2446  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  21.75 
 
 
380 aa  58.9  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.121554  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0081  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.41 
 
 
373 aa  58.5  0.0000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4322  radical SAM family protein  21.69 
 
 
359 aa  58.5  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2953  Radical SAM domain protein  24.11 
 
 
439 aa  58.2  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0454  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.25 
 
 
368 aa  58.2  0.0000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2153  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.35 
 
 
384 aa  56.2  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.666004  normal  0.11423 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3419  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.42 
 
 
414 aa  56.2  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.058581  normal  0.446493 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1817  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.35 
 
 
384 aa  56.2  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1769  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.65 
 
 
384 aa  56.6  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.64 
 
 
392 aa  56.2  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.601943  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  23.14 
 
 
349 aa  55.8  0.000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4827  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.8 
 
 
382 aa  55.8  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.900722 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  22.22 
 
 
399 aa  55.8  0.000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0516  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  21.36 
 
 
381 aa  55.1  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0071  Radical SAM domain protein  20.79 
 
 
428 aa  55.1  0.000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0349  radical SAM domain-containing protein  22.33 
 
 
427 aa  54.3  0.000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1343  radical SAM domain-containing protein  23.21 
 
 
334 aa  54.3  0.000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5552  radical SAM domain-containing protein  23.03 
 
 
482 aa  54.3  0.000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.789613 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5965  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.65 
 
 
387 aa  53.9  0.000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0233125 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5901  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.95 
 
 
374 aa  53.9  0.000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.630073 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2359  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.82 
 
 
378 aa  53.5  0.000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1728  hypothetical protein  24.14 
 
 
491 aa  52.8  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1702  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  21.58 
 
 
375 aa  53.5  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.475579 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0848  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  20.55 
 
 
371 aa  53.1  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1767  radical SAM domain-containing protein  20.96 
 
 
333 aa  52.8  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.186252  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  21.45 
 
 
373 aa  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2249  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.14 
 
 
371 aa  52.8  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0357225  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  21.49 
 
 
398 aa  51.6  0.00003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0248  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.68 
 
 
386 aa  52  0.00003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239329 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1914  Radical SAM domain protein  21.98 
 
 
376 aa  51.6  0.00003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1978  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.22 
 
 
372 aa  51.6  0.00003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.633092  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6168  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.6 
 
 
374 aa  50.8  0.00006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0169631  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3305  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.07 
 
 
370 aa  50.4  0.00008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.829454  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0913  Radical SAM domain protein  20.61 
 
 
361 aa  49.7  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.525618  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0566  radical SAM family protein  22.63 
 
 
332 aa  49.7  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38780  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.07 
 
 
381 aa  50.1  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0405  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  21.64 
 
 
386 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2905  radical SAM domain-containing protein  21.81 
 
 
389 aa  49.3  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0376  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  21.64 
 
 
376 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0689  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  21.47 
 
 
389 aa  49.3  0.0002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.62446  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3249  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  21.58 
 
 
379 aa  48.9  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.384282  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5119  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  21.58 
 
 
379 aa  48.9  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.830153  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1814  radical SAM domain-containing protein  22.67 
 
 
369 aa  49.3  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2588  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  21.86 
 
 
414 aa  48.9  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0973479  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  21.15 
 
 
480 aa  48.9  0.0002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0401  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  21.64 
 
 
376 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6512  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.03 
 
 
405 aa  49.3  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.397453  normal  0.0847554 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01588  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  21.04 
 
 
372 aa  48.9  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.150744  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  19.88 
 
 
378 aa  48.5  0.0003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  23.02 
 
 
496 aa  48.5  0.0003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2181  radical SAM domain-containing protein  23.28 
 
 
491 aa  48.5  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.161056  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1180  radical SAM domain-containing protein  22.35 
 
 
418 aa  48.5  0.0003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.832103  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1588  Radical SAM domain protein  18.93 
 
 
361 aa  47.8  0.0004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.362725  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1799  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  21.75 
 
 
391 aa  47.8  0.0004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.125674  normal  0.916048 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5162  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  21.58 
 
 
379 aa  48.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.426022 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0292  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  20.79 
 
 
386 aa  48.1  0.0004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.876947 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1236  radical SAM family Fe-S protein  23.73 
 
 
397 aa  47.8  0.0005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0912  Radical SAM domain protein  21.28 
 
 
368 aa  47.8  0.0005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.492815  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1580  Radical SAM domain protein  24.83 
 
 
429 aa  47.8  0.0005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  22.22 
 
 
393 aa  47.4  0.0006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1002  Radical SAM domain protein  22.67 
 
 
365 aa  47.4  0.0006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.808631  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2556  radical SAM family protein  30.77 
 
 
337 aa  47  0.0008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  20.63 
 
 
379 aa  46.6  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.164353 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.71 
 
 
394 aa  46.6  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2079  Radical SAM domain protein  22.5 
 
 
333 aa  46.6  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000100022 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  22.88 
 
 
330 aa  46.6  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1269  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  30.3 
 
 
344 aa  46.6  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00918784  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0890  radical SAM domain-containing protein  22.13 
 
 
537 aa  46.6  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2352  Radical SAM domain protein  20.98 
 
 
565 aa  46.2  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0609  radical SAM domain-containing protein  21.27 
 
 
384 aa  46.2  0.001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0259  Radical SAM domain protein  25.09 
 
 
1005 aa  46.2  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.285156  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1375  Fe-S oxidoreductase-like  22.62 
 
 
377 aa  45.8  0.002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.771753  normal  0.531566 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2190  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  25.95 
 
 
318 aa  45.4  0.002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3415  Radical SAM domain protein  21.04 
 
 
423 aa  45.4  0.002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0102  radical SAM domain-containing protein  20.06 
 
 
323 aa  45.4  0.002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0955  radical SAM domain-containing protein  21.2 
 
 
391 aa  45.4  0.002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4523  Radical SAM domain protein  19.44 
 
 
347 aa  45.8  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>