More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_3455 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_3455  Radical SAM domain protein  100 
 
 
511 aa  1065    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0807  Radical SAM domain protein  88.65 
 
 
507 aa  944    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0479  radical SAM family protein  27.41 
 
 
500 aa  236  6e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0796643  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0055  radical SAM domain-containing protein  24.19 
 
 
429 aa  99.4  1e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0071  Radical SAM domain protein  22.49 
 
 
428 aa  84.7  0.000000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  21.67 
 
 
496 aa  85.1  0.000000000000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  23.02 
 
 
501 aa  82.4  0.00000000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0081  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.93 
 
 
373 aa  79.7  0.0000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0454  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.15 
 
 
368 aa  75.5  0.000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2249  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.56 
 
 
371 aa  75.1  0.000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0357225  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  22.55 
 
 
380 aa  73.9  0.000000000006  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2175  coenzyme PQQ biosynthesis protein E  23.05 
 
 
350 aa  72.8  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.842186  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0390  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  21.75 
 
 
380 aa  72.4  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.52753  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  20.9 
 
 
380 aa  72.8  0.00000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  23.06 
 
 
479 aa  71.6  0.00000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1969  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  25.89 
 
 
384 aa  72  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.046264  normal  0.222604 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4272  Radical SAM domain protein  20.29 
 
 
337 aa  71.6  0.00000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0790  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  21.11 
 
 
380 aa  71.2  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2153  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.07 
 
 
384 aa  71.2  0.00000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.666004  normal  0.11423 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1817  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.07 
 
 
384 aa  71.2  0.00000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0857  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  21.49 
 
 
378 aa  70.9  0.00000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  22.82 
 
 
384 aa  70.5  0.00000000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0516  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.36 
 
 
381 aa  70.1  0.00000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1545  Radical SAM domain protein  26.61 
 
 
466 aa  69.7  0.0000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00659199  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4827  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.21 
 
 
382 aa  69.7  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.900722 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3305  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.88 
 
 
370 aa  69.7  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.829454  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38780  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.16 
 
 
381 aa  70.1  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2446  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  21.8 
 
 
380 aa  69.3  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.121554  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0405  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.65 
 
 
386 aa  69.7  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1914  Radical SAM domain protein  22.52 
 
 
376 aa  68.9  0.0000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0848  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  20.98 
 
 
371 aa  68.9  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2359  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  20.69 
 
 
378 aa  68.6  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4674  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.29 
 
 
389 aa  67.8  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1151  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  21.37 
 
 
373 aa  67.8  0.0000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00861011 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  22.75 
 
 
480 aa  68.2  0.0000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0376  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.12 
 
 
376 aa  67.8  0.0000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.86 
 
 
379 aa  67.4  0.0000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.164353 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1769  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.51 
 
 
384 aa  67.4  0.0000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1978  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  21.2 
 
 
372 aa  67.4  0.0000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.633092  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0689  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  20.87 
 
 
389 aa  67  0.0000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.62446  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01588  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.13 
 
 
372 aa  66.6  0.0000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.150744  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0401  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.12 
 
 
376 aa  66.6  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  22.13 
 
 
378 aa  65.9  0.000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1702  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  21.81 
 
 
375 aa  65.5  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.475579 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6512  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.32 
 
 
405 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.397453  normal  0.0847554 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2710  radical SAM family Fe-S protein  26.67 
 
 
413 aa  65.1  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1782  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.4 
 
 
389 aa  64.7  0.000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.449437  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41640  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  25.95 
 
 
383 aa  64.7  0.000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.177576  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0509  coenzyme PQQ synthesis protein E  21.07 
 
 
389 aa  64.3  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4038  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.38 
 
 
370 aa  64.3  0.000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.107289  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0101  radical SAM domain-containing protein  21.16 
 
 
323 aa  64.3  0.000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2456  coenzyme PQQ biosynthesis protein E  21.13 
 
 
370 aa  64.3  0.000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152479  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1449  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.25 
 
 
373 aa  64.3  0.000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0775464  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3319  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  21.99 
 
 
381 aa  63.9  0.000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.328193 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5901  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  21.71 
 
 
374 aa  63.9  0.000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.630073 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0031  Radical SAM domain protein  27.67 
 
 
372 aa  63.9  0.000000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.082628  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2905  radical SAM domain-containing protein  22.4 
 
 
389 aa  63.5  0.000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2623  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  20.92 
 
 
385 aa  63.5  0.000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1799  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  21.21 
 
 
391 aa  63.2  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.125674  normal  0.916048 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3065  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  25.14 
 
 
330 aa  63.2  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.468435 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1101  putative molybdenum cofactor biosynthesis protein A  22.86 
 
 
310 aa  62.4  0.00000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16100  Radical SAM domain protein  26.13 
 
 
462 aa  62.4  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1880  Radical SAM domain protein  22.58 
 
 
359 aa  62.4  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10707  coenzyme PQQ synthesis protein E pqqE  23.56 
 
 
391 aa  62.4  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3249  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.8 
 
 
379 aa  62  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.384282  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5119  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.8 
 
 
379 aa  62  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.830153  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5162  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.8 
 
 
379 aa  62  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.426022 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0912  Radical SAM domain protein  21.62 
 
 
368 aa  62  0.00000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.492815  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4322  radical SAM family protein  21.96 
 
 
359 aa  61.6  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  21.3 
 
 
392 aa  61.2  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.601943  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  20.74 
 
 
377 aa  61.2  0.00000004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2492  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  20.33 
 
 
400 aa  60.8  0.00000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.250234  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2352  radical SAM family protein  22.83 
 
 
487 aa  60.8  0.00000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  20.9 
 
 
389 aa  60.8  0.00000006  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0566  radical SAM family protein  20.64 
 
 
332 aa  60.5  0.00000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3053  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.37 
 
 
385 aa  60.5  0.00000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1028  radical SAM domain-containing protein  23.24 
 
 
401 aa  59.7  0.0000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.880819 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5768  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  20.8 
 
 
379 aa  59.7  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.922128  normal  0.949586 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.57 
 
 
394 aa  60.1  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0102  radical SAM domain-containing protein  20.69 
 
 
323 aa  59.7  0.0000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2470  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.74 
 
 
407 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.616066 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2033  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  21.91 
 
 
395 aa  59.7  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1001  radical SAM family protein  23.24 
 
 
401 aa  59.7  0.0000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1725  radical SAM domain-containing protein  25.83 
 
 
460 aa  59.7  0.0000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1018  radical SAM domain-containing protein  23.24 
 
 
401 aa  59.7  0.0000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0572613  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1706  radical SAM domain-containing protein  23.38 
 
 
516 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.971724  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2098  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  20.33 
 
 
400 aa  58.9  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.456256  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4316  GTP cyclohydrolase subunit MoaA  29.61 
 
 
338 aa  58.9  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.904735  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  22.94 
 
 
358 aa  58.5  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1767  radical SAM domain-containing protein  21.68 
 
 
333 aa  58.5  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.186252  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2198  radical SAM domain-containing protein  23.58 
 
 
373 aa  58.2  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0314345  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5988  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  20.78 
 
 
379 aa  58.5  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.257809  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4899  radical SAM family protein  26.4 
 
 
386 aa  58.2  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.152748  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2352  Radical SAM domain protein  20.16 
 
 
565 aa  58.2  0.0000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3318  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  28.12 
 
 
333 aa  58.2  0.0000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3915  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  20.29 
 
 
375 aa  57.8  0.0000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0597  putative molybdenum cofactor biosynthesis protein A  25.14 
 
 
348 aa  58.2  0.0000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  23.95 
 
 
363 aa  57.8  0.0000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0323  Radical SAM domain protein  26.32 
 
 
265 aa  57.4  0.0000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1142  Radical SAM domain protein  22.11 
 
 
362 aa  57.4  0.0000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00531718  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>