More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0807 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_3455  Radical SAM domain protein  88.65 
 
 
511 aa  944    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0807  Radical SAM domain protein  100 
 
 
507 aa  1059    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0479  radical SAM family protein  28.24 
 
 
500 aa  241  2e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0796643  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0055  radical SAM domain-containing protein  23.61 
 
 
429 aa  81.6  0.00000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  23.48 
 
 
501 aa  75.9  0.000000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0390  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.52 
 
 
380 aa  72.4  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.52753  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0516  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.11 
 
 
381 aa  72  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  22.19 
 
 
496 aa  71.2  0.00000000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2153  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.04 
 
 
384 aa  70.9  0.00000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.666004  normal  0.11423 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1817  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.04 
 
 
384 aa  70.9  0.00000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5768  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.54 
 
 
379 aa  70.1  0.00000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.922128  normal  0.949586 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0071  Radical SAM domain protein  23.41 
 
 
428 aa  69.7  0.0000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0081  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.21 
 
 
373 aa  69.7  0.0000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1769  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.77 
 
 
384 aa  69.3  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1914  Radical SAM domain protein  21.93 
 
 
376 aa  67.8  0.0000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2446  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.32 
 
 
380 aa  68.2  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.121554  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0790  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.03 
 
 
380 aa  67  0.0000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1782  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.19 
 
 
389 aa  66.6  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.449437  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4272  Radical SAM domain protein  19.77 
 
 
337 aa  66.2  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0454  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.51 
 
 
368 aa  65.5  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  22.69 
 
 
380 aa  65.9  0.000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1545  Radical SAM domain protein  25.15 
 
 
466 aa  65.1  0.000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00659199  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  21.56 
 
 
380 aa  64.7  0.000000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  22.93 
 
 
479 aa  63.9  0.000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5988  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  21.64 
 
 
379 aa  63.2  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.257809  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1978  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  20.92 
 
 
372 aa  62.4  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.633092  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  22.31 
 
 
384 aa  62.4  0.00000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2175  coenzyme PQQ biosynthesis protein E  22.52 
 
 
350 aa  61.6  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.842186  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1151  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.14 
 
 
373 aa  61.6  0.00000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00861011 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2359  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  21.39 
 
 
378 aa  61.2  0.00000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16100  Radical SAM domain protein  25.91 
 
 
462 aa  61.2  0.00000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01588  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  20.4 
 
 
372 aa  61.2  0.00000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.150744  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0689  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  21.82 
 
 
389 aa  60.1  0.00000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.62446  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1725  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 
460 aa  59.7  0.0000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0031  Radical SAM domain protein  26.97 
 
 
372 aa  59.7  0.0000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.082628  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3065  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  27.16 
 
 
330 aa  59.7  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.468435 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0848  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  21.26 
 
 
371 aa  58.9  0.0000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0912  Radical SAM domain protein  20.49 
 
 
368 aa  59.3  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.492815  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  21.54 
 
 
480 aa  58.2  0.0000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1799  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.25 
 
 
391 aa  58.5  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.125674  normal  0.916048 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1559  Radical SAM domain protein  26.47 
 
 
327 aa  58.2  0.0000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1688  radical SAM family protein  22.75 
 
 
326 aa  58.2  0.0000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.52361  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10707  coenzyme PQQ synthesis protein E pqqE  22.85 
 
 
391 aa  57.8  0.0000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2905  radical SAM domain-containing protein  20.05 
 
 
389 aa  57.4  0.0000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0609  radical SAM domain-containing protein  21.02 
 
 
384 aa  57.4  0.0000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3319  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  25.42 
 
 
381 aa  56.6  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.328193 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1180  radical SAM domain-containing protein  22.59 
 
 
418 aa  56.2  0.000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.832103  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0323  Radical SAM domain protein  23.93 
 
 
265 aa  56.2  0.000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2456  coenzyme PQQ biosynthesis protein E  20.98 
 
 
370 aa  56.2  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152479  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2319  radical SAM domain-containing protein  22.74 
 
 
360 aa  56.6  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.111929  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1057  radical SAM domain-containing protein  25.7 
 
 
354 aa  56.6  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.828068 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0101  radical SAM domain-containing protein  21.57 
 
 
323 aa  55.5  0.000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0240  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  29.41 
 
 
330 aa  55.5  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1702  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  21.88 
 
 
375 aa  54.7  0.000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.475579 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2352  radical SAM family protein  21.98 
 
 
487 aa  55.1  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04410  Radical SAM domain protein  23.74 
 
 
450 aa  55.1  0.000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3318  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  30.89 
 
 
333 aa  55.1  0.000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0405  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  25.99 
 
 
386 aa  54.7  0.000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  22.34 
 
 
389 aa  54.7  0.000004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  25.6 
 
 
358 aa  54.7  0.000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4827  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  25.27 
 
 
382 aa  54.3  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.900722 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  21.08 
 
 
377 aa  54.3  0.000005  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2710  radical SAM family Fe-S protein  23.28 
 
 
413 aa  54.3  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2352  Radical SAM domain protein  18.95 
 
 
565 aa  54.3  0.000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6512  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.16 
 
 
405 aa  53.9  0.000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.397453  normal  0.0847554 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4038  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.06 
 
 
370 aa  53.9  0.000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.107289  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2372  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  26.11 
 
 
341 aa  53.9  0.000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.760376  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1296  radical SAM domain-containing protein  21.62 
 
 
395 aa  53.9  0.000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0595995 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  24.68 
 
 
363 aa  53.5  0.000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.356683 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  21.65 
 
 
378 aa  53.1  0.00001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3053  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.31 
 
 
385 aa  53.5  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4899  radical SAM family protein  24.12 
 
 
386 aa  53.1  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.152748  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3419  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.37 
 
 
414 aa  52.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.058581  normal  0.446493 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1101  putative molybdenum cofactor biosynthesis protein A  22.86 
 
 
310 aa  53.1  0.00001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3249  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.73 
 
 
379 aa  53.1  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.384282  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5119  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.73 
 
 
379 aa  53.1  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.830153  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01630  GTP cyclohydrolase subunit MoaA  24.71 
 
 
333 aa  52.8  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6965  GTP cyclohydrolase subunit MoaA  22.96 
 
 
374 aa  52.4  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2098  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  29.07 
 
 
400 aa  52  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.456256  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0533  radical SAM family protein  21.59 
 
 
510 aa  52.4  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2293  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  23.08 
 
 
340 aa  52.8  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0231  radical SAM family protein  23.17 
 
 
479 aa  52.8  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.721774  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2335  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  23.08 
 
 
340 aa  52.8  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.228355  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5162  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  25.14 
 
 
379 aa  52.8  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.426022 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5901  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  21.71 
 
 
374 aa  52.4  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.630073 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6304  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.83 
 
 
398 aa  52  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2492  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  29.07 
 
 
400 aa  52  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.250234  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1343  radical SAM domain-containing protein  27.22 
 
 
334 aa  52.8  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1669  putative molybdenum cofactor biosynthesis protein A  26.63 
 
 
321 aa  52.4  0.00002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.195157 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2859  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  27.75 
 
 
330 aa  52.8  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00116324  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1028  radical SAM domain-containing protein  21.56 
 
 
401 aa  52  0.00003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.880819 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4674  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.04 
 
 
389 aa  52  0.00003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.31 
 
 
379 aa  51.6  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.164353 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3305  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.38 
 
 
370 aa  52  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.829454  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0170  radical SAM family Fe-S protein  22.61 
 
 
422 aa  51.6  0.00003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1582  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  27.22 
 
 
349 aa  52  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.519622  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4322  radical SAM family protein  20.58 
 
 
359 aa  52  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1969  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.87 
 
 
384 aa  51.6  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.046264  normal  0.222604 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1001  radical SAM family protein  21.56 
 
 
401 aa  52  0.00003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38780  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.38 
 
 
381 aa  52  0.00003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>