More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2359 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2499  putative multidrug resistance protein  87.26 
 
 		 518 aa  832    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.104689 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2763  major facilitator superfamily MFS_1  95.95 
 
 		 518 aa  943    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.641564 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2359  major facilitator superfamily MFS_1  100 
 
 		 522 aa  1045    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.410031  normal  0.197177 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5570  major facilitator transporter  48.81 
 
 		 501 aa  461  9.999999999999999e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.530292  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4992  MFS family membrane efflux protein  42.13 
 
 		 504 aa  364  2e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.350933 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1473  putative multidrug resistance-like transmembrane protein  39.56 
 
 		 517 aa  302  1e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.174414  normal  0.117108 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1358  major facilitator superfamily MFS_1  37.94 
 
 		 517 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0349421 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1422  major facilitator superfamily MFS_1  37.55 
 
 		 517 aa  280  5e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.128579  normal  0.649671 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3622  major facilitator superfamily transporter  29.38 
 
 		 525 aa  161  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5563  major facilitator transporter  28.91 
 
 		 527 aa  161  3e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5132  major facilitator transporter  26.98 
 
 		 518 aa  153  8.999999999999999e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.681467  normal  0.691309 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1742  major facilitator transporter  27.72 
 
 		 518 aa  151  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0381922  normal  0.147682 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1769  major facilitator transporter  27.51 
 
 		 518 aa  150  7e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6248  major facilitator transporter  26.39 
 
 		 518 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.202911  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1831  major facilitator transporter  26.39 
 
 		 518 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0091449  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1855  major facilitator transporter  26.39 
 
 		 518 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.473263  normal  0.0743729 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1442  major facilitator transporter  27.93 
 
 		 518 aa  146  1e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.816708  normal  0.023125 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2365  major facilitator superfamily multidrug efflux transporter  28.24 
 
 		 518 aa  137  7.000000000000001e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00539088  normal  0.199089 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1822  major facilitator superfamily MFS_1  28.54 
 
 		 518 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0623497 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7495  major facilitator transporter  25.88 
 
 		 517 aa  134  5e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.867301 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0039  EmrB/QacA family drug resistance transporter  26.43 
 
 		 537 aa  127  3e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.677272  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0054  EmrB/QacA family drug resistance transporter  26.53 
 
 		 539 aa  124  4e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0068  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  25.9 
 
 		 528 aa  124  4e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0063  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  24.95 
 
 		 539 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2005  major facilitator transporter  24.21 
 
 		 521 aa  120  7.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2215  multidrug resistance protein, putative  27.14 
 
 		 518 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2212  major facilitator transporter  27.06 
 
 		 518 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.508956  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0093  EmrB/QacA family drug resistance transporter  25.88 
 
 		 523 aa  113  1.0000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2250  major facilitator transporter  26.85 
 
 		 518 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.239801  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2378  hypothetical protein  26.64 
 
 		 518 aa  111  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4262  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  25.11 
 
 		 515 aa  110  8.000000000000001e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5331  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  24.1 
 
 		 525 aa  110  9.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.797565 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1367  multidrug resistance protein, putative  26.7 
 
 		 495 aa  109  1e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00190261  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1128  major facilitator transporter  26.64 
 
 		 518 aa  109  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.271774  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1857  major facilitator transporter  26.64 
 
 		 518 aa  109  1e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.621158  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0040  major facilitator transporter  26.64 
 
 		 518 aa  109  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.258259  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2019  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  21.91 
 
 		 524 aa  105  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0557  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  21.7 
 
 		 526 aa  103  6e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.362761  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1309  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  22.07 
 
 		 528 aa  103  8e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.576525 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5006  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  24.89 
 
 		 513 aa  100  7e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.328138  hitchhiker  0.00378398 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1891  EmrB/QacA family drug resistance transporter  22.8 
 
 		 524 aa  97.1  7e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3377  EmrB/QacA family drug resistance transporter  22.96 
 
 		 516 aa  96.3  1e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7638  EmrB/QacA family drug resistance transporter  23.43 
 
 		 501 aa  95.1  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2689  EmrB/QacA family drug resistance transporter  23.51 
 
 		 511 aa  95.9  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0761069  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1406  drug:H+ antiporter-2 (DHA2) family protein  21.58 
 
 		 539 aa  93.2  1e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.728778  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0882  EmrB/QacA family drug resistance transporter  21.58 
 
 		 539 aa  93.2  1e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0688  drug:H+ antiporter-2 (DHA2) family protein  21.58 
 
 		 539 aa  93.2  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.957167  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1800  EmrB/QacA family drug resistance transporter  21.37 
 
 		 539 aa  93.2  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3580  major facilitator superfamily multidrug efflux transporter  23.03 
 
 		 514 aa  92.8  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1642  drug:H+ antiporter-2 (DHA2) family protein  21.37 
 
 		 539 aa  93.2  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0750127  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1622  EmrB/QacA family drug resistance transporter  21.37 
 
 		 539 aa  93.2  1e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0470  drug:H+ antiporter-2 (DHA2) family protein  21.58 
 
 		 539 aa  93.2  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5244  EmrB/QacA family drug resistance transporter  21.7 
 
 		 522 aa  91.7  3e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.226283  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2631  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  21.95 
 
 		 515 aa  91.7  3e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.383083  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6155  EmrB/QacA family drug resistance transporter  22.36 
 
 		 530 aa  89.7  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.963451  normal  0.19124 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6549  EmrB/QacA family drug resistance transporter  22.36 
 
 		 530 aa  89  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.984668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1282  EmrB/QacA family drug resistance transporter  22.36 
 
 		 530 aa  89  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.139522  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1631  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  22.55 
 
 		 521 aa  87.8  4e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2184  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  23.96 
 
 		 514 aa  87  7e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.208618  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1604  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  22.63 
 
 		 515 aa  87  7e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1842  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  23.96 
 
 		 516 aa  87  7e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6273  EmrB/QacA family drug resistance transporter  20.93 
 
 		 534 aa  87  7e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.146254 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6559  EmrB/QacA family drug resistance transporter  20.93 
 
 		 534 aa  87  7e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.830295  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4411  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  22.03 
 
 		 537 aa  86.3  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2224  EmrB/QacA family drug resistance transporter  21.29 
 
 		 526 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.264069  normal  0.72348 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2099  EmrB/QacA family drug resistance transporter  21.09 
 
 		 527 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.710397 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1875  EmrB/QacA family drug resistance transporter  21.09 
 
 		 527 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.994657 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2706  EmrB/QacA family drug resistance transporter  22.66 
 
 		 537 aa  85.9  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3361  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  23.08 
 
 		 513 aa  84.3  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00616702 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2690  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  26.22 
 
 		 519 aa  83.6  0.000000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.558216  normal  0.47793 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5522  EmrB/QacA family drug resistance transporter  21.13 
 
 		 530 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.377763  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2504  multidrug resistance protein Y  21.27 
 
 		 512 aa  83.2  0.00000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0957152  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4867  major facilitator transporter  26 
 
 		 471 aa  83.2  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3499  major facilitator transporter  26 
 
 		 471 aa  83.2  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.198805  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5419  major facilitator transporter  26 
 
 		 462 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.354137  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1919  EmrB/QacA family drug resistance transporter  22.69 
 
 		 513 aa  83.2  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0639753  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4238  major facilitator transporter  25.5 
 
 		 471 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.747495  normal  0.251377 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02277  predicted multidrug efflux system  21.27 
 
 		 512 aa  82.4  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.866508  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2736  multidrug resistance protein Y  21.47 
 
 		 512 aa  82  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.416223  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1326  major facilitator superfamily multidrug efflux transporter  22.16 
 
 		 529 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.473052  normal  0.0275386 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02238  hypothetical protein  21.27 
 
 		 512 aa  82.4  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.945599  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1290  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  21.47 
 
 		 512 aa  81.6  0.00000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1302  EmrB/QacA family drug resistance transporter  21.47 
 
 		 512 aa  81.6  0.00000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2517  multidrug resistance protein Y  21.47 
 
 		 512 aa  81.6  0.00000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2653  DHA2 family drug:H+ antiporter-1  21.47 
 
 		 512 aa  81.6  0.00000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0848  major facilitator transporter  25.75 
 
 		 471 aa  81.3  0.00000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0901797 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4675  major facilitator transporter  23.37 
 
 		 498 aa  81.3  0.00000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.235622 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1573  EmrB/QacA family drug resistance transporter  23.17 
 
 		 529 aa  80.5  0.00000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2025  EmrB/QacA family drug resistance transporter  21.06 
 
 		 526 aa  80.1  0.00000000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0615  EmrB/QacA family drug resistance transporter  23.51 
 
 		 518 aa  80.1  0.00000000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0683738  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1474  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  22.78 
 
 		 510 aa  79.3  0.0000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.942704  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1797  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  22.78 
 
 		 503 aa  79.3  0.0000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4904  EmrB/QacA family drug resistance transporter  20.95 
 
 		 529 aa  79.7  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0515  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  20.78 
 
 		 520 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4895  EmrB/QacA family drug resistance transporter  23.73 
 
 		 471 aa  79.3  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00145217  hitchhiker  0.000000911862 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4761  major facilitator transporter  25.25 
 
 		 462 aa  79.3  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.953291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3733  major facilitator transporter  25.25 
 
 		 474 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.231199  normal  0.165814 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0985  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  23.72 
 
 		 501 aa  78.2  0.0000000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000298388  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3301  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  22.65 
 
 		 512 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.970656 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3092  EmrB/QacA family drug resistance transporter  22.17 
 
 		 506 aa  78.2  0.0000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>