More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2499 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc2499  putative multidrug resistance protein  100 
 
 
518 aa  1031    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.104689 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2359  major facilitator superfamily MFS_1  87.26 
 
 
522 aa  855    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.410031  normal  0.197177 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2763  major facilitator superfamily MFS_1  87.45 
 
 
518 aa  858    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.641564 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5570  major facilitator transporter  49.4 
 
 
501 aa  465  9.999999999999999e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.530292  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4992  MFS family membrane efflux protein  42.66 
 
 
504 aa  350  3e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.350933 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1473  putative multidrug resistance-like transmembrane protein  40.12 
 
 
517 aa  304  3.0000000000000004e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.174414  normal  0.117108 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1422  major facilitator superfamily MFS_1  37.26 
 
 
517 aa  279  1e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.128579  normal  0.649671 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1358  major facilitator superfamily MFS_1  37.97 
 
 
517 aa  278  3e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0349421 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3622  major facilitator superfamily transporter  29.08 
 
 
525 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5563  major facilitator transporter  30.97 
 
 
527 aa  166  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2365  major facilitator superfamily multidrug efflux transporter  28.35 
 
 
518 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00539088  normal  0.199089 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5132  major facilitator transporter  25.85 
 
 
518 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.681467  normal  0.691309 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1742  major facilitator transporter  26.21 
 
 
518 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0381922  normal  0.147682 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6248  major facilitator transporter  25.14 
 
 
518 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.202911  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1831  major facilitator transporter  25.14 
 
 
518 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0091449  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1769  major facilitator transporter  26.21 
 
 
518 aa  128  3e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1855  major facilitator transporter  25.14 
 
 
518 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.473263  normal  0.0743729 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1822  major facilitator superfamily MFS_1  26.98 
 
 
518 aa  127  5e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0623497 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1442  major facilitator transporter  26.64 
 
 
518 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.816708  normal  0.023125 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0054  EmrB/QacA family drug resistance transporter  26.07 
 
 
539 aa  122  1.9999999999999998e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0039  EmrB/QacA family drug resistance transporter  26.22 
 
 
537 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.677272  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7495  major facilitator transporter  24.64 
 
 
517 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.867301 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0063  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  25.53 
 
 
539 aa  117  6.9999999999999995e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2005  major facilitator transporter  23.15 
 
 
521 aa  116  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4262  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  25.62 
 
 
515 aa  114  6e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0068  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  25.11 
 
 
528 aa  114  6e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0093  EmrB/QacA family drug resistance transporter  25.42 
 
 
523 aa  105  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5331  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  24.08 
 
 
525 aa  103  6e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.797565 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2212  major facilitator transporter  26.43 
 
 
518 aa  100  6e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.508956  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1309  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  21.48 
 
 
528 aa  99.8  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.576525 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2689  EmrB/QacA family drug resistance transporter  23.09 
 
 
511 aa  99.4  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0761069  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2378  hypothetical protein  26.05 
 
 
518 aa  98.6  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2250  major facilitator transporter  26.24 
 
 
518 aa  98.6  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.239801  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3580  major facilitator superfamily multidrug efflux transporter  25.05 
 
 
514 aa  98.2  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1857  major facilitator transporter  26.05 
 
 
518 aa  96.3  1e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.621158  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1128  major facilitator transporter  26.05 
 
 
518 aa  96.3  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.271774  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0040  major facilitator transporter  26.05 
 
 
518 aa  96.3  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.258259  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5006  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  23.98 
 
 
513 aa  95.1  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.328138  hitchhiker  0.00378398 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1367  multidrug resistance protein, putative  25.88 
 
 
495 aa  95.1  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00190261  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0557  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  21.65 
 
 
526 aa  95.5  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.362761  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2019  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  23.23 
 
 
524 aa  95.5  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2631  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  23.41 
 
 
515 aa  94.7  3e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.383083  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1891  EmrB/QacA family drug resistance transporter  22.88 
 
 
524 aa  94.4  4e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1604  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  23.61 
 
 
515 aa  93.6  8e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2215  multidrug resistance protein, putative  26.57 
 
 
518 aa  92.8  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3377  EmrB/QacA family drug resistance transporter  23.22 
 
 
516 aa  93.2  1e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2184  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  25.47 
 
 
514 aa  92  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.208618  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1842  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  25.47 
 
 
516 aa  92  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1476  EmrB/QacA family drug resistance transporter  23.2 
 
 
530 aa  90.1  8e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1474  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  23.62 
 
 
510 aa  88.2  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.942704  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7638  EmrB/QacA family drug resistance transporter  23.38 
 
 
501 aa  87.8  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1797  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  23.62 
 
 
503 aa  88.2  4e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4300  major facilitator superfamily MFS_1  24.57 
 
 
467 aa  87.4  5e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.838701  normal  0.409906 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4675  major facilitator transporter  24.46 
 
 
498 aa  87.4  6e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.235622 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3487  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  22.68 
 
 
511 aa  86.7  0.000000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5244  EmrB/QacA family drug resistance transporter  22.03 
 
 
522 aa  86.3  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.226283  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0628  major facilitator superfamily multidrug efflux transporter  24.57 
 
 
467 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0297622 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2706  EmrB/QacA family drug resistance transporter  22.84 
 
 
537 aa  86.3  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3301  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  23.78 
 
 
512 aa  85.9  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.970656 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2349  multidrug resistance protein  22.97 
 
 
561 aa  85.1  0.000000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.306519  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3164  EmrB/QacA family drug resistance transporter  21.04 
 
 
515 aa  84.7  0.000000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1290  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  21.43 
 
 
512 aa  84.3  0.000000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1642  drug:H+ antiporter-2 (DHA2) family protein  20.83 
 
 
539 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0750127  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1302  EmrB/QacA family drug resistance transporter  21.43 
 
 
512 aa  84.3  0.000000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0882  EmrB/QacA family drug resistance transporter  21.04 
 
 
539 aa  84.3  0.000000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0688  drug:H+ antiporter-2 (DHA2) family protein  21.04 
 
 
539 aa  84.3  0.000000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.957167  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1984  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  23.75 
 
 
511 aa  84.3  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.241117  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1800  EmrB/QacA family drug resistance transporter  20.83 
 
 
539 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2517  multidrug resistance protein Y  21.43 
 
 
512 aa  84.3  0.000000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2653  DHA2 family drug:H+ antiporter-1  21.43 
 
 
512 aa  84.3  0.000000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2504  multidrug resistance protein Y  21.43 
 
 
512 aa  84.3  0.000000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0957152  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2736  multidrug resistance protein Y  21.43 
 
 
512 aa  84.3  0.000000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.416223  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1406  drug:H+ antiporter-2 (DHA2) family protein  21.04 
 
 
539 aa  84.3  0.000000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.728778  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1622  EmrB/QacA family drug resistance transporter  20.83 
 
 
539 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0470  drug:H+ antiporter-2 (DHA2) family protein  21.04 
 
 
539 aa  84.3  0.000000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3331  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  22.27 
 
 
511 aa  84  0.000000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0816524  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02277  predicted multidrug efflux system  21.43 
 
 
512 aa  84  0.000000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.866508  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02238  hypothetical protein  21.43 
 
 
512 aa  84  0.000000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.945599  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4238  major facilitator transporter  25.94 
 
 
471 aa  83.6  0.000000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.747495  normal  0.251377 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0721  multidrug resistance protein  21.71 
 
 
528 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000165974  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0460  EmrB/QacA family drug resistance transporter  21.71 
 
 
528 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3733  major facilitator transporter  26.2 
 
 
474 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.231199  normal  0.165814 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0461  multidrug resistance protein  21.71 
 
 
528 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0322246  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0922  EmrB/QacA family drug resistance transporter  21.71 
 
 
528 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0612097  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0186  EmrB/QacA family drug resistance transporter  21.71 
 
 
528 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.69763  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5419  major facilitator transporter  26.45 
 
 
462 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.354137  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1077  EmrB/QacA family drug resistance transporter  20.94 
 
 
523 aa  83.2  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0476678  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1879  EmrB/QacA family drug resistance transporter  20.94 
 
 
523 aa  83.2  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000219002  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1018  multidrug resistance protein  21.71 
 
 
528 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0111689  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3499  major facilitator transporter  26.45 
 
 
471 aa  83.2  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.198805  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1992  multidrug resistance protein  21.71 
 
 
528 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000335607  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3361  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  24.18 
 
 
513 aa  82.8  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00616702 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4867  major facilitator transporter  26.45 
 
 
471 aa  83.2  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6155  EmrB/QacA family drug resistance transporter  21.07 
 
 
530 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.963451  normal  0.19124 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1573  EmrB/QacA family drug resistance transporter  22.39 
 
 
529 aa  82  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1875  EmrB/QacA family drug resistance transporter  21.67 
 
 
527 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.994657 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4895  EmrB/QacA family drug resistance transporter  24.21 
 
 
471 aa  82.4  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00145217  hitchhiker  0.000000911862 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2378  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  22.39 
 
 
529 aa  81.6  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1282  EmrB/QacA family drug resistance transporter  20.8 
 
 
530 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.139522  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6549  EmrB/QacA family drug resistance transporter  20.8 
 
 
530 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.984668  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>