More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmwyl1_2005 on replicon NC_009654
Organism: Marinomonas sp. MWYL1



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Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009654  Mmwyl1_2005  major facilitator transporter  100 
 
 
521 aa  1054    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5563  major facilitator transporter  27.94 
 
 
527 aa  156  8e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6248  major facilitator transporter  26.1 
 
 
518 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.202911  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1855  major facilitator transporter  26.1 
 
 
518 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.473263  normal  0.0743729 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1831  major facilitator transporter  26.1 
 
 
518 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0091449  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5132  major facilitator transporter  25.7 
 
 
518 aa  146  8.000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.681467  normal  0.691309 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1769  major facilitator transporter  25.35 
 
 
518 aa  144  4e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7495  major facilitator transporter  24.4 
 
 
517 aa  143  6e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.867301 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1442  major facilitator transporter  25.96 
 
 
518 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.816708  normal  0.023125 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1742  major facilitator transporter  25.7 
 
 
518 aa  141  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0381922  normal  0.147682 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3622  major facilitator superfamily transporter  25.05 
 
 
525 aa  139  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0040  major facilitator transporter  25.35 
 
 
518 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.258259  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1857  major facilitator transporter  25.35 
 
 
518 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.621158  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1128  major facilitator transporter  25.35 
 
 
518 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.271774  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1367  multidrug resistance protein, putative  25.35 
 
 
495 aa  125  2e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00190261  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2215  multidrug resistance protein, putative  24.95 
 
 
518 aa  124  3e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2250  major facilitator transporter  25.35 
 
 
518 aa  123  8e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.239801  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2378  hypothetical protein  25.15 
 
 
518 aa  123  9e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1822  major facilitator superfamily MFS_1  24.4 
 
 
518 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0623497 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2365  major facilitator superfamily multidrug efflux transporter  24.4 
 
 
518 aa  121  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00539088  normal  0.199089 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2212  major facilitator transporter  24.95 
 
 
518 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.508956  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5570  major facilitator transporter  23.81 
 
 
501 aa  104  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.530292  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2763  major facilitator superfamily MFS_1  23.35 
 
 
518 aa  96.7  9e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.641564 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2359  major facilitator superfamily MFS_1  23.98 
 
 
522 aa  95.9  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.410031  normal  0.197177 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2499  putative multidrug resistance protein  23.14 
 
 
518 aa  89.7  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.104689 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0557  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  21.47 
 
 
526 aa  84.3  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.362761  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2635  EmrB/QacA family drug resistance transporter  21.53 
 
 
520 aa  84  0.000000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.723891  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1202  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  23.13 
 
 
536 aa  83.2  0.000000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00417242  normal  0.367186 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4992  MFS family membrane efflux protein  22.22 
 
 
504 aa  83.2  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.350933 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1309  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  20.66 
 
 
528 aa  81.6  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.576525 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4240  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  28.22 
 
 
490 aa  80.5  0.00000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4128  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  28.22 
 
 
490 aa  80.5  0.00000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.422777  normal  0.15166 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2022  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  21.88 
 
 
520 aa  80.1  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00497968 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1631  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  21.67 
 
 
521 aa  78.6  0.0000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0313  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  20.36 
 
 
531 aa  77.8  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00303369  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4262  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  21.15 
 
 
515 aa  77.8  0.0000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3614  EmrB/QacA family drug resistance transporter  21.34 
 
 
554 aa  77  0.0000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.315479  normal  0.0101645 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1604  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  21.08 
 
 
515 aa  76.6  0.0000000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2687  multidrug efflux system protein MdtE  23.37 
 
 
471 aa  76.3  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.906977  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2019  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  20.72 
 
 
524 aa  75.9  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3377  EmrB/QacA family drug resistance transporter  21.82 
 
 
516 aa  75.9  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1842  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  21.56 
 
 
516 aa  75.1  0.000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2184  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  21.56 
 
 
514 aa  74.7  0.000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.208618  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2817  major facilitator superfamily multidrug efflux transporter  23.51 
 
 
520 aa  73.9  0.000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.05627  normal  0.701384 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1473  putative multidrug resistance-like transmembrane protein  22.45 
 
 
517 aa  73.6  0.000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.174414  normal  0.117108 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3188  EmrB/QacA family drug resistance transporter  21.83 
 
 
521 aa  73.6  0.000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.477871  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0068  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  23.54 
 
 
528 aa  73.6  0.000000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5331  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  21.34 
 
 
525 aa  73.2  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.797565 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1944  EmrB/QacA family drug resistance transporter  20.95 
 
 
658 aa  72.4  0.00000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05323  transporter transmembrane protein  25.44 
 
 
476 aa  72  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5588  putative multidrug resistance protein, emrB-like protein  21.51 
 
 
525 aa  72.4  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.339055  normal  0.392852 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1213  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  21.04 
 
 
518 aa  72.4  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0951018  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2631  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  20.39 
 
 
515 aa  72  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.383083  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1122  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  21.04 
 
 
518 aa  72.4  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.390986  normal  0.386447 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4904  EmrB/QacA family drug resistance transporter  20.08 
 
 
529 aa  71.6  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4411  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  21.34 
 
 
537 aa  71.2  0.00000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1635  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  22.8 
 
 
520 aa  71.2  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.296627  decreased coverage  0.000294236 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2028  EmrB/QacA family drug resistance transporter  20.4 
 
 
537 aa  70.5  0.00000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0715517  normal  0.28108 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6206  EmrB/QacA family drug resistance transporter  20.99 
 
 
520 aa  70.1  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2366  multidrug efflux system protein MdtE  24.51 
 
 
470 aa  68.9  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.505181 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0039  EmrB/QacA family drug resistance transporter  22.31 
 
 
537 aa  68.6  0.0000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.677272  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2970  multidrug efflux system protein MdtE  29.94 
 
 
466 aa  68.2  0.0000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3187  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  26.83 
 
 
485 aa  68.6  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.500903  normal  0.0852056 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2359  multidrug efflux system protein MdtE  24.27 
 
 
470 aa  67.8  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1422  major facilitator superfamily MFS_1  22.7 
 
 
517 aa  68.2  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.128579  normal  0.649671 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0779  major facilitator superfamily drug efflux pump  26.35 
 
 
482 aa  67.8  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.497284  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1309  multidrug efflux system protein MdtE  29.94 
 
 
466 aa  67.8  0.0000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3254  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  19.85 
 
 
531 aa  67.4  0.0000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0054  EmrB/QacA family drug resistance transporter  23.39 
 
 
539 aa  67.4  0.0000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2415  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  20.63 
 
 
517 aa  67.4  0.0000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1358  major facilitator superfamily MFS_1  23.54 
 
 
517 aa  67  0.0000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0349421 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1203  multidrug efflux system protein MdtE  26.5 
 
 
467 aa  67  0.0000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.128409  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1292  multidrug resistance B (translocase) transmembrane protein  21.06 
 
 
518 aa  67  0.0000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.453307  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3584  major facilitator superfamily multidrug efflux transporter  21.75 
 
 
531 aa  67  0.0000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00201825  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2259  multidrug efflux system protein MdtE  23.91 
 
 
470 aa  66.6  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.716187  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2259  EmrB/QacA family drug resistance transporter  27.46 
 
 
479 aa  66.6  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.41183  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2136  DHA2 family drug:H+ antiporter-1  27.46 
 
 
479 aa  66.6  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1095  MFS transporter  27.46 
 
 
463 aa  66.6  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.269715  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0256  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  20.65 
 
 
522 aa  66.6  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1374  EmrB/QacA family drug resistance transporter  20.87 
 
 
517 aa  66.2  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.511847  hitchhiker  0.000280107 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2475  multidrug efflux system protein MdtE  23.91 
 
 
470 aa  66.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.829897  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3453  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  20.85 
 
 
519 aa  66.6  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0945  DHA2 family drug:H+ antiporter-1  27.46 
 
 
479 aa  66.6  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.402156  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0941  DHA2 family drug:H+ antiporter-1  27.46 
 
 
479 aa  66.6  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.13812  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0556  DHA2 family drug:H+ antiporter-1  27.46 
 
 
479 aa  66.6  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601964  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3362  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  20.48 
 
 
539 aa  66.6  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2315  multidrug efflux system protein MdtE  23.91 
 
 
470 aa  66.6  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1385  EmrB/QacA family drug resistance transporter  21.26 
 
 
519 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1607  EmrB/QacA family drug resistance transporter  21.69 
 
 
535 aa  65.5  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.798645  hitchhiker  0.000105098 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2428  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  21.89 
 
 
561 aa  65.5  0.000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0683901  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1212  multidrug efflux system protein MdtE  28.14 
 
 
465 aa  65.5  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.5282e-17  n/a   
 
 
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NC_010159  YpAngola_A3100  multidrug efflux system protein MdtE  28.14 
 
 
465 aa  65.5  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000024134  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5530  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  22.83 
 
 
543 aa  65.9  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.214437  normal  0.30089 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1329  multidrug efflux system protein MdtE  28.14 
 
 
465 aa  65.5  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_011071  Smal_3040  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  27.57 
 
 
469 aa  65.1  0.000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.071182  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1726  EmrB/QacA family drug resistance transporter  21.88 
 
 
521 aa  65.5  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.917815  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2378  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  19.73 
 
 
529 aa  65.5  0.000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_008782  Ajs_0261  EmrB/QacA family drug resistance transporter  20.65 
 
 
522 aa  64.7  0.000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00135195 
 
 
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NC_009832  Spro_3555  multidrug efflux system protein MdtE  22.53 
 
 
477 aa  64.7  0.000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_010551  BamMC406_1425  EmrB/QacA family drug resistance transporter  21.07 
 
 
519 aa  64.7  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0184869 
 
 
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