More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS05323 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS05323  transporter transmembrane protein  100 
 
 		 476 aa  937    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4240  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  79.49 
 
 		 490 aa  723    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4128  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  79.49 
 
 		 490 aa  723    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.422777  normal  0.15166 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4865  EmrB/QacA family drug resistance transporter  63.01 
 
 		 473 aa  576  1.0000000000000001e-163  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4826  EmrB/QacA subfamily transporter  61.95 
 
 		 484 aa  576  1.0000000000000001e-163  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0325422  normal  0.202323 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2536  EmrB/QacA family drug resistance transporter  61.44 
 
 		 478 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0171268  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2454  EmrB/QacA family drug resistance transporter  62.34 
 
 		 478 aa  558  1e-158  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000627963 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5867  EmrB/QacA family drug resistance transporter  61.23 
 
 		 494 aa  559  1e-158  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.330086  normal  0.29148 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0752  EmrB/QacA family drug resistance transporter  61.65 
 
 		 508 aa  560  1e-158  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.733207  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4675  major facilitator superfamily MFS_1  60.17 
 
 		 476 aa  558  1e-158  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.610966  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1924  EmrB/QacA family drug resistance transporter  61.44 
 
 		 549 aa  559  1e-158  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.419907  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2560  EmrB/QacA family drug resistance transporter  61.23 
 
 		 478 aa  561  1e-158  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0115915 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2259  EmrB/QacA family drug resistance transporter  61.49 
 
 		 479 aa  557  1e-157  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.41183  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0941  DHA2 family drug:H+ antiporter-1  61.49 
 
 		 479 aa  557  1e-157  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.13812  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0945  DHA2 family drug:H+ antiporter-1  61.49 
 
 		 479 aa  557  1e-157  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.402156  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2136  DHA2 family drug:H+ antiporter-1  61.49 
 
 		 479 aa  557  1e-157  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0556  DHA2 family drug:H+ antiporter-1  61.49 
 
 		 479 aa  557  1e-157  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601964  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0759  EmrB/QacA family drug resistance transporter  62.06 
 
 		 478 aa  553  1e-156  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0260682  normal  0.0815907 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2584  EmrB/QacA family drug resistance transporter  61.9 
 
 		 489 aa  552  1e-156  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0492879  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1095  MFS transporter  61.64 
 
 		 463 aa  551  1e-155  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.269715  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0547  EmrB/QacA family drug resistance transporter  60.86 
 
 		 489 aa  549  1e-155  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.387969 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3187  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  60.22 
 
 		 485 aa  537  1e-151  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.500903  normal  0.0852056 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0779  major facilitator superfamily drug efflux pump  60.44 
 
 		 482 aa  537  1e-151  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.497284  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5911  EmrB/QacA family drug resistance transporter  60.78 
 
 		 480 aa  515  1.0000000000000001e-145  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0730599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1665  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  59.96 
 
 		 478 aa  504  1e-141  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.85594  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2090  major facilitator superfamily transporter  59.96 
 
 		 478 aa  502  1e-141  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.126245  normal  0.641538 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1763  putative MFS transporter  57.05 
 
 		 474 aa  492  9.999999999999999e-139  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0653401 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4048  major facilitator superfamily transporter  59.29 
 
 		 482 aa  479  1e-134  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674396 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3040  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  57.2 
 
 		 469 aa  478  1e-133  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.071182  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05990  EmrB/QacA family drug resistance transporter  55.1 
 
 		 477 aa  473  1e-132  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.05141 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0562  MFS family transporter  55.31 
 
 		 477 aa  473  1e-132  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5247  EmrB/QacA family drug resistance transporter  54.64 
 
 		 475 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.237506  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0480  major facilitator transporter  55.63 
 
 		 488 aa  449  1e-125  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4951  EmrB/QacA family drug resistance transporter  55.29 
 
 		 475 aa  443  1e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3555  multidrug efflux system protein MdtE  50.11 
 
 		 477 aa  442  1e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4824  EmrB/QacA family drug resistance transporter  55.29 
 
 		 475 aa  443  1e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0486949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5000  EmrB/QacA family drug resistance transporter  54.64 
 
 		 475 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0514  EmrB/QacA family drug resistance transporter  53.86 
 
 		 475 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.507983  normal  0.797447 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0407  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  52.7 
 
 		 462 aa  426  1e-118  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2705  multidrug efflux system protein MdtE  49.89 
 
 		 467 aa  427  1e-118  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.11232  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4769  major facilitator transporter  53.51 
 
 		 470 aa  427  1e-118  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0499845 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2970  multidrug efflux system protein MdtE  50.88 
 
 		 466 aa  426  1e-118  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1309  multidrug efflux system protein MdtE  50.66 
 
 		 466 aa  428  1e-118  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2021  major facilitator superfamily multidrug efflux transporter  50.11 
 
 		 466 aa  422  1e-117  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2687  multidrug efflux system protein MdtE  47.75 
 
 		 471 aa  420  1e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.906977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3100  multidrug efflux system protein MdtE  50.67 
 
 		 465 aa  419  1e-116  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000024134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1329  multidrug efflux system protein MdtE  50.67 
 
 		 465 aa  419  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1212  multidrug efflux system protein MdtE  50.67 
 
 		 465 aa  419  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.5282e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2475  multidrug efflux system protein MdtE  49.46 
 
 		 470 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.829897  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2366  multidrug efflux system protein MdtE  49.67 
 
 		 470 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.505181 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2315  multidrug efflux system protein MdtE  49.46 
 
 		 470 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6615  EmrB/QacA family drug resistance transporter  47.74 
 
 		 501 aa  414  1e-114  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2359  multidrug efflux system protein MdtE  49.67 
 
 		 470 aa  415  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2259  multidrug efflux system protein MdtE  49.46 
 
 		 470 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.716187  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2247  major facilitator superfamily MFS_1  50 
 
 		 466 aa  415  1e-114  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.47683  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1203  multidrug efflux system protein MdtE  49.34 
 
 		 467 aa  407  1.0000000000000001e-112  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.128409  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4895  EmrB/QacA family drug resistance transporter  47.58 
 
 		 471 aa  407  1.0000000000000001e-112  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00145217  hitchhiker  0.000000911862 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4164  EmrB/QacA family drug resistance transporter  47.62 
 
 		 462 aa  404  1e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.711123 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4177  EmrB/QacA subfamily drug resistance transporter EmrB/QacA subfamily  49.79 
 
 		 469 aa  405  1e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3897  major facilitator transporter  48.04 
 
 		 494 aa  402  1e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3908  major facilitator transporter  47.3 
 
 		 462 aa  402  1e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5832  major facilitator transporter  48.04 
 
 		 462 aa  403  1e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.160208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4471  major facilitator transporter  48.04 
 
 		 462 aa  403  1e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.475899  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03640  predicted multidrug or homocysteine efflux system  46.58 
 
 		 475 aa  401  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000334579  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4213  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  46.58 
 
 		 475 aa  401  9.999999999999999e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000513335  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4302  major facilitator transporter  52.53 
 
 		 466 aa  401  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1409  major facilitator transporter  48.24 
 
 		 462 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4121  DHA2 family drug:H+ antiporter-1  46.58 
 
 		 475 aa  401  9.999999999999999e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00185105  normal  0.108904 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5189  drug resistance MFS transporter, drug:H+ antiporter-1 (DHA2) family  46.58 
 
 		 475 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000921639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3973  DHA2 family drug:H+ antiporter-1  46.58 
 
 		 475 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000028828  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03585  hypothetical protein  46.58 
 
 		 475 aa  401  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000182084  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4269  DHA2 family drug:H+ antiporter-1  46.74 
 
 		 467 aa  397  1e-109  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000116309  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4114  inner membrane transport protein YieO  47.89 
 
 		 475 aa  395  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00252158  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4240  EmrB/QacA family drug resistance transporter  46.37 
 
 		 475 aa  398  1e-109  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000183505  decreased coverage  0.00293146 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4279  inner membrane transport protein YieO  47.89 
 
 		 475 aa  395  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.124097  normal  0.840989 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4099  inner membrane transport protein YieO  47.89 
 
 		 475 aa  395  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0149395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4220  inner membrane transport protein YieO  47.89 
 
 		 475 aa  395  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0177316  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4166  drug resistance MFS transporter, drug:H+ antiporter-1 (DHA2) family  46.15 
 
 		 475 aa  397  1e-109  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000209718  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4370  major facilitator transporter  47.3 
 
 		 462 aa  397  1e-109  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.701723  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4170  inner membrane transport protein YieO  47.89 
 
 		 475 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0309418  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0880  EmrB/QacA family drug resistance transporter  46.19 
 
 		 528 aa  394  1e-108  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05800  Drug resistance transporter EmrB/QacA subfamily  52.62 
 
 		 473 aa  386  1e-106  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01982  multidrug efflux system protein  48.89 
 
 		 471 aa  384  1e-105  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1579  major facilitator superfamily MFS_1  48.89 
 
 		 471 aa  384  1e-105  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.383326  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4110  EmrB/QacA family drug resistance transporter  45 
 
 		 475 aa  384  1e-105  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00236277  normal  0.0163752 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1156  multidrug efflux system protein MdtE  48.89 
 
 		 471 aa  384  1e-105  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1564  multidrug efflux system protein MdtE  48.89 
 
 		 471 aa  384  1e-105  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.886181  normal  0.734188 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01974  hypothetical protein  48.89 
 
 		 471 aa  384  1e-105  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2219  multidrug efflux system protein MdtE  48.89 
 
 		 471 aa  384  1e-105  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3017  multidrug efflux system protein MdtE  48.45 
 
 		 471 aa  382  1e-104  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.103244 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0009  major facilitator transporter  45.8 
 
 		 474 aa  379  1e-104  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000535821  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4207  major facilitator transporter  45.8 
 
 		 474 aa  379  1e-104  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0173293  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2369  multidrug efflux system protein MdtE  48.67 
 
 		 471 aa  381  1e-104  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0983  multidrug efflux system protein MdtE  48.45 
 
 		 471 aa  381  1e-104  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.500741  normal  0.355503 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0009  major facilitator transporter  45.8 
 
 		 474 aa  378  1e-103  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000216435  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0414  major facilitator transporter  46.85 
 
 		 473 aa  378  1e-103  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.444257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1382  EmrB/QacA family drug resistance transporter  43.86 
 
 		 458 aa  358  9.999999999999999e-98  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.229793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1079  major facilitator superfamily multi-drug efflux pump  44.52 
 
 		 458 aa  358  1.9999999999999998e-97  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0013428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1145  EmrB/QacA family drug resistance transporter  43.18 
 
 		 482 aa  354  2e-96  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000215918  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0774  major facilitator superfamily MFS_1  43.43 
 
 		 469 aa  351  1e-95  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>