More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2903 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_2903  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
332 aa  646    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.74 
 
 
363 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.901317  normal  0.0679458 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3677  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.59 
 
 
363 aa  300  2e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.959373 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.78 
 
 
365 aa  298  8e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.18641  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.78 
 
 
365 aa  298  8e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0124034  normal  0.0867755 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3264  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.37 
 
 
365 aa  296  4e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.657095  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4337  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.78 
 
 
363 aa  295  6e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.638266 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2776  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.77 
 
 
352 aa  285  8e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3868  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.92 
 
 
360 aa  284  2.0000000000000002e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.753162  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1758  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  59.18 
 
 
364 aa  282  7.000000000000001e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.351017  normal  0.0158469 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.4 
 
 
331 aa  281  1e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2220  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.62 
 
 
347 aa  263  2e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00146165  normal  0.277213 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4900  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.25 
 
 
333 aa  263  2e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.572728  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1328  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.47 
 
 
332 aa  262  6e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.46412  normal  0.348688 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2163  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  47.76 
 
 
353 aa  260  2e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1168  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.09 
 
 
332 aa  259  3e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.811206  normal  0.0956624 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.19 
 
 
345 aa  258  1e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4458  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.19 
 
 
345 aa  258  1e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0470416  normal  0.49714 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31120  ABC transporter permease protein  53.54 
 
 
331 aa  258  1e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.848336  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3268  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.16 
 
 
331 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.478821 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2058  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.3 
 
 
348 aa  256  3e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.911629  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2517  putative alkanesulfonate ABC transporter, permease protein  47.87 
 
 
334 aa  256  5e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.562769 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2672  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.55 
 
 
346 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0115  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  54.92 
 
 
352 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2687  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.33 
 
 
342 aa  248  8e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0858  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.85 
 
 
331 aa  243  3e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.124749  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4838  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.49 
 
 
334 aa  239  5.999999999999999e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2515  putative alkanesulfonate ABC transporter, permease protein  46.56 
 
 
337 aa  238  8e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.979433  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5618  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.55 
 
 
351 aa  228  1e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.447889  normal  0.316795 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1357  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.37 
 
 
338 aa  189  5e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1571  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.86 
 
 
355 aa  182  6e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1918  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.13 
 
 
340 aa  172  5.999999999999999e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0527  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.28 
 
 
342 aa  157  2e-37  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0163  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.45 
 
 
310 aa  130  4.0000000000000003e-29  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2791  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.97 
 
 
302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.44 
 
 
277 aa  109  5e-23  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.589472  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6545  ABC transporter permease  35.45 
 
 
269 aa  105  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.276106 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19510  ABC transporter permease  31.91 
 
 
274 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1679  ABC transporter permease  31.49 
 
 
274 aa  99.4  8e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.451747  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7932  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.86 
 
 
283 aa  97.4  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.21 
 
 
279 aa  96.7  5e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.30868 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.33 
 
 
277 aa  96.3  6e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.750363  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0735  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  29.8 
 
 
273 aa  96.3  6e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.714635  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.51 
 
 
288 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.349721  hitchhiker  0.00645779 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1238  nitrate transport permease  29.12 
 
 
279 aa  95.1  2e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1127  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.75 
 
 
267 aa  94.7  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2132  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  31.75 
 
 
262 aa  94.4  3e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1704  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  30.39 
 
 
311 aa  92  1e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3065  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.05 
 
 
280 aa  90.9  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.228654 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4060  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  29.25 
 
 
256 aa  91.3  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.69 
 
 
314 aa  91.7  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.82677  normal  0.484673 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3160  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  27.83 
 
 
274 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.913146  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4074  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.85 
 
 
281 aa  90.5  3e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.265456 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21990  ABC transporter, inner membrane permease component  28.75 
 
 
273 aa  90.1  5e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0673  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  27.5 
 
 
275 aa  89.7  6e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0666321  normal  0.331074 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1911  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.67 
 
 
282 aa  89.4  7e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4075  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.23 
 
 
285 aa  89.4  8e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.269465 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4051  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.64 
 
 
273 aa  89.4  8e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.395379 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3346  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.39 
 
 
291 aa  89  1e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.252204  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3671  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.39 
 
 
287 aa  89  1e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0347715  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1188  taurine ABC transporter, permease protein  30.53 
 
 
250 aa  88.2  2e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0612406  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1031  sulfonate ABC transporter, permease protein  31.94 
 
 
261 aa  87.8  2e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3675  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  31.36 
 
 
280 aa  88.2  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.38 
 
 
239 aa  88.6  2e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0924  ABC transporter permease protein  28.04 
 
 
258 aa  88.2  2e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.175022  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3729  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  31.36 
 
 
280 aa  88.2  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0184404  normal  0.11569 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4185  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.14 
 
 
283 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.321257  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0102  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.47 
 
 
263 aa  87.8  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.922239  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2106  nitrate transport permease  32.82 
 
 
263 aa  87.4  3e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.727969  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3459  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.85 
 
 
283 aa  87.8  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.703735  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2803  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28 
 
 
259 aa  87.8  3e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00122675  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0213  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.4 
 
 
252 aa  87  4e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1380  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  28.75 
 
 
277 aa  87  4e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.153307 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1076  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.11 
 
 
269 aa  87  4e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.406887  normal  0.454808 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4306  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.97 
 
 
278 aa  86.7  5e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0649738  hitchhiker  0.00238236 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1974  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.79 
 
 
261 aa  86.7  5e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000226251  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0208  nitrate ABC transporter, permease protein, putative  27.4 
 
 
260 aa  86.3  7e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.473726 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5146  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.43 
 
 
277 aa  86.3  7e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0887356  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6154  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.32 
 
 
295 aa  86.3  7e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27200  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, permease component  27.68 
 
 
253 aa  86.3  8e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3295  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  28.19 
 
 
279 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5896  nitrate ABC transporter permease protein  31.56 
 
 
297 aa  85.9  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.149001  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6102  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.73 
 
 
291 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1975  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.73 
 
 
291 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.690359  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5801  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.77 
 
 
290 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0874  nitrate transport permease  31.95 
 
 
283 aa  84.3  0.000000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00348419  hitchhiker  0.00524559 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1261  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.73 
 
 
273 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.306936 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0846  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.33 
 
 
255 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.185051 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.73 
 
 
273 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7629  putative ABC transporter permease protein  29.35 
 
 
282 aa  84.3  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.262472  normal  0.441686 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4508  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.97 
 
 
277 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.854714  normal  0.909107 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1083  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.61 
 
 
362 aa  84.3  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.02 
 
 
264 aa  84.3  0.000000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.440066  normal  0.144233 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.33 
 
 
294 aa  84  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.136656  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2566  ABC transporter, membrane subunit  28.63 
 
 
252 aa  83.6  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34320  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, permease component  28.86 
 
 
273 aa  83.2  0.000000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1489  nitrate transport permease  29.47 
 
 
278 aa  83.2  0.000000000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.91 
 
 
266 aa  83.2  0.000000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.314921 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7197  ABC transporter membrane spanning protein (aliphatic sulphonate)  27.59 
 
 
272 aa  83.2  0.000000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0116141  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3787  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.39 
 
 
314 aa  83.2  0.000000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>