More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_5011 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_5011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
331 aa  637    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2776  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.93 
 
 
352 aa  347  2e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3868  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.6 
 
 
360 aa  331  1e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.753162  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1328  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.11 
 
 
332 aa  330  3e-89  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.46412  normal  0.348688 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1168  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.11 
 
 
332 aa  329  3e-89  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.811206  normal  0.0956624 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4900  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.38 
 
 
333 aa  329  5.0000000000000004e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.572728  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2163  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  61.27 
 
 
353 aa  324  1e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.69 
 
 
365 aa  324  1e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.18641  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.69 
 
 
365 aa  324  1e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0124034  normal  0.0867755 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.04 
 
 
363 aa  324  2e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.901317  normal  0.0679458 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3264  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.69 
 
 
365 aa  323  4e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.657095  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3677  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.63 
 
 
363 aa  322  5e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.959373 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0115  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  63.42 
 
 
352 aa  322  7e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2687  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.89 
 
 
342 aa  321  9.000000000000001e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4337  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.63 
 
 
363 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.638266 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4838  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.95 
 
 
334 aa  316  4e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31120  ABC transporter permease protein  68.26 
 
 
331 aa  313  3.9999999999999997e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.848336  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2220  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.82 
 
 
347 aa  312  4.999999999999999e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00146165  normal  0.277213 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2058  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.6 
 
 
348 aa  310  2.9999999999999997e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.911629  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1758  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  63.08 
 
 
364 aa  308  9e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.351017  normal  0.0158469 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2672  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.7 
 
 
346 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4458  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.41 
 
 
345 aa  304  1.0000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0470416  normal  0.49714 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.41 
 
 
345 aa  304  1.0000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3268  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.97 
 
 
331 aa  300  2e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.478821 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5618  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.38 
 
 
351 aa  294  1e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.447889  normal  0.316795 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2517  putative alkanesulfonate ABC transporter, permease protein  52.88 
 
 
334 aa  275  6e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.562769 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2515  putative alkanesulfonate ABC transporter, permease protein  49.85 
 
 
337 aa  271  1e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.979433  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0858  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.4 
 
 
331 aa  268  8e-71  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.124749  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2903  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.74 
 
 
332 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1357  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.85 
 
 
338 aa  218  1e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1918  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.35 
 
 
340 aa  209  7e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1571  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.17 
 
 
355 aa  192  9e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0527  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.89 
 
 
342 aa  170  3e-41  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2791  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.42 
 
 
302 aa  126  5e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0163  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.35 
 
 
310 aa  121  9.999999999999999e-27  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4508  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.3 
 
 
277 aa  109  5e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.854714  normal  0.909107 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4051  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.5 
 
 
273 aa  108  1e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.395379 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0213  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.8 
 
 
252 aa  108  2e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7932  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.93 
 
 
283 aa  107  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0735  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  29.88 
 
 
273 aa  107  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.714635  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5146  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.41 
 
 
277 aa  106  5e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0887356  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1211  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.5 
 
 
273 aa  105  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.132759  normal  0.452833 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.5 
 
 
273 aa  104  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1261  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.5 
 
 
273 aa  104  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.306936 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.27 
 
 
277 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.750363  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.68 
 
 
277 aa  100  4e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.589472  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0102  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.91 
 
 
263 aa  100  5e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.922239  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0552  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.38 
 
 
286 aa  98.6  1e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.973794  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2152  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  30.46 
 
 
271 aa  98.6  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.529987 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6545  ABC transporter permease  33.33 
 
 
269 aa  99  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.276106 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1982  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  30.5 
 
 
266 aa  98.2  2e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.187248  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1453  alkanesulfonate transporter permease subunit  31.07 
 
 
263 aa  98.2  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.46 
 
 
274 aa  96.7  4e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34320  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, permease component  31.28 
 
 
273 aa  97.1  4e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2566  ABC transporter, membrane subunit  29.91 
 
 
252 aa  95.9  8e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3160  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  29.77 
 
 
274 aa  95.9  9e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.913146  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3299  putative sulfonate ABC transporter, permease protein  30.12 
 
 
286 aa  95.5  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.201269  normal  0.262094 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8275  ABC-type transporter, permease protein  29.18 
 
 
272 aa  95.1  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.144641 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5801  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.39 
 
 
290 aa  94.7  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.55 
 
 
269 aa  94.7  2e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0865715  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3459  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.36 
 
 
283 aa  94  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.703735  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1848  ABC transporter permease  28.5 
 
 
273 aa  94  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.02 
 
 
314 aa  94  3e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.82677  normal  0.484673 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1957  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.5 
 
 
273 aa  94  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.39 
 
 
254 aa  93.6  4e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.63161  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0476  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.13 
 
 
249 aa  93.2  6e-18  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2479  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.43 
 
 
258 aa  93.2  6e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1489  nitrate transport permease  28.86 
 
 
278 aa  92.8  7e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0208  nitrate ABC transporter, permease protein, putative  31.96 
 
 
260 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.473726 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.22 
 
 
288 aa  92  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.349721  hitchhiker  0.00645779 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7629  putative ABC transporter permease protein  29.61 
 
 
282 aa  91.7  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.262472  normal  0.441686 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1238  nitrate transport permease  27.24 
 
 
279 aa  91.7  2e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.16 
 
 
266 aa  91.7  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.314921 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.15 
 
 
256 aa  91.7  2e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.53 
 
 
257 aa  90.9  3e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116723  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0846  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.66 
 
 
255 aa  90.9  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.185051 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1704  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  28.25 
 
 
311 aa  90.9  3e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1380  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  30.93 
 
 
277 aa  90.9  3e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.153307 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7197  ABC transporter membrane spanning protein (aliphatic sulphonate)  31.94 
 
 
272 aa  90.5  4e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0116141  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.96 
 
 
239 aa  90.1  4e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4879  putative ABC transporter, permease protein  32.14 
 
 
263 aa  90.5  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.132635 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3883  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.64 
 
 
262 aa  90.5  4e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1188  taurine ABC transporter, permease protein  27.8 
 
 
250 aa  89.7  6e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0612406  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.69 
 
 
287 aa  89.7  6e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0773955  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21990  ABC transporter, inner membrane permease component  28.64 
 
 
273 aa  89.4  7e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1127  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.51 
 
 
267 aa  89.4  9e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4330  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.43 
 
 
276 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.936191 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4268  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30 
 
 
282 aa  87.8  2e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0113678 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1974  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  28.33 
 
 
261 aa  88.2  2e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000226251  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3750  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  33.33 
 
 
269 aa  87.8  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4060  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  24.12 
 
 
256 aa  88.2  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6102  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.05 
 
 
291 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1975  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.05 
 
 
291 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.690359  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5985  putative ABC transporter (permease protein)  33.51 
 
 
255 aa  88.6  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.209656 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3807  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
269 aa  87.8  2e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3877  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.17 
 
 
282 aa  88.2  2e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.901388  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
269 aa  87.8  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1692  putative ABC transporter membrane protein  31.9 
 
 
281 aa  87.4  3e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00465779  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4306  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.95 
 
 
278 aa  87.4  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0649738  hitchhiker  0.00238236 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2132  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  29.25 
 
 
262 aa  87.4  3e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>