More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1862 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 		 257 aa  497  1e-140  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116723  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  94.09 
 
 		 254 aa  435  1e-121  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.63161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3118  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  51.87 
 
 		 284 aa  246  3e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.82 
 
 		 274 aa  210  2e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0454164  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.97 
 
 		 254 aa  195  6e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.157809 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3093  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.49 
 
 		 259 aa  193  2e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.942666 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3419  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.69 
 
 		 258 aa  194  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.121812  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3758  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.3 
 
 		 256 aa  193  3e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1221  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.98 
 
 		 246 aa  192  6e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4580  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.86 
 
 		 257 aa  189  4e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 		 283 aa  184  1.0000000000000001e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0441349  normal  0.902161 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2127  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.4 
 
 		 255 aa  183  2.0000000000000003e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.427162 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.02 
 
 		 258 aa  183  3e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.59 
 
 		 273 aa  181  7e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3606  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.53 
 
 		 257 aa  181  9.000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.071611 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 		 257 aa  181  1e-44  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0770  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.02 
 
 		 273 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13670  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, permease component  36.21 
 
 		 249 aa  178  5.999999999999999e-44  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3131  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.76 
 
 		 281 aa  178  8e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2296  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.43 
 
 		 250 aa  177  1e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1140  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.02 
 
 		 255 aa  177  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1095  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.16 
 
 		 255 aa  176  4e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5406  ABC transporter membrane spanning protein  41.45 
 
 		 251 aa  175  5e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408693  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3205  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.47 
 
 		 265 aa  175  7e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000457845  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.68 
 
 		 268 aa  172  5.999999999999999e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.333865  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3099  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.48 
 
 		 261 aa  171  7.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.578785 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0394  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.13 
 
 		 259 aa  171  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00657833 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3269  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.6 
 
 		 253 aa  171  1e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.283078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0877  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 		 260 aa  170  2e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000112184  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3961  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.37 
 
 		 256 aa  170  2e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000865  hydroxymethylpyrimidine ABC transporter transmembrane component  36.29 
 
 		 266 aa  170  2e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.34 
 
 		 260 aa  168  8e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.566245  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06840  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system permease component  36 
 
 		 266 aa  168  9e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1643  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.59 
 
 		 261 aa  167  1e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0353041  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2703  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.3 
 
 		 263 aa  167  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.88688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1091  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.18 
 
 		 258 aa  165  5.9999999999999996e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0347556  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0354  ABC transporter, permease  35.19 
 
 		 265 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0446  putative ABC transporter, permease protein  34.76 
 
 		 257 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0491  ABC transporter, permease protein, putative  35.19 
 
 		 257 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0367  ABC transporter permease  35.19 
 
 		 265 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0357  ABC transporter, permease  35.19 
 
 		 265 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4878  putative ABC transporter, permease protein  34.76 
 
 		 255 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0381  ABC transporter permease  35.19 
 
 		 257 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.62 
 
 		 258 aa  164  2.0000000000000002e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.42897 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1169  putative ABC transporter permease protein  39.84 
 
 		 279 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0424  putative ABC transporter, permease protein  35.19 
 
 		 257 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0493  putative ABC transporter, permease protein  34.76 
 
 		 257 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2376  ABC transporter substrate binding inner membrane protein  34.27 
 
 		 265 aa  162  6e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0362  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.76 
 
 		 255 aa  162  6e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.73 
 
 		 271 aa  160  1e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.14 
 
 		 254 aa  160  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.107448 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7629  putative ABC transporter permease protein  37.13 
 
 		 282 aa  159  3e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.262472  normal  0.441686 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0370  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.76 
 
 		 256 aa  159  5e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0942  ABC transporter, inner membrane subunit  36.73 
 
 		 254 aa  159  5e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2601  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.73 
 
 		 254 aa  158  7e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7650  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  36.73 
 
 		 247 aa  158  9e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.621765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2038  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.5 
 
 		 264 aa  156  3e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  0.743835 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.19 
 
 		 259 aa  155  4e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.318112 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.29 
 
 		 255 aa  155  4e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.323499  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0211  ABC transporter, permease protein  37.7 
 
 		 258 aa  155  7e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.16 
 
 		 268 aa  155  7e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223421 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1719  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.12 
 
 		 264 aa  155  8e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.22 
 
 		 247 aa  155  8e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1668  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.67 
 
 		 288 aa  154  1e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.173855  normal  0.365472 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.11 
 
 		 272 aa  154  1e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0848141 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0202  ABC transporter, permease protein  37.7 
 
 		 258 aa  154  1e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3506  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.29 
 
 		 282 aa  152  5e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0528385  normal  0.0939424 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.97 
 
 		 275 aa  152  7e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0488  putative binding protein-dependent transport system, membrane component  36.63 
 
 		 272 aa  152  7e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.970837  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2389  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.48 
 
 		 275 aa  151  1e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0278  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.65 
 
 		 258 aa  151  1e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0435  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.78 
 
 		 250 aa  150  1e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2588  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.02 
 
 		 267 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.417353 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3877  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.55 
 
 		 282 aa  150  2e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.901388  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3210  ABC transporter, permease protein  37.02 
 
 		 267 aa  149  3e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0926  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.09 
 
 		 249 aa  149  3e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.04587  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4268  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.03 
 
 		 282 aa  150  3e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0113678 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2867  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.62 
 
 		 277 aa  149  5e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1095  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.88 
 
 		 264 aa  148  7e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0240883  normal  0.166534 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.91 
 
 		 253 aa  148  8e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2064  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.84 
 
 		 254 aa  148  9e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00112586  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0797  ABC transporter, permease protein, putative  35.56 
 
 		 250 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1263  ABC transporter permease  37.08 
 
 		 262 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.165267 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.86 
 
 		 268 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2545  binding-protein-dependent transport system protein  33.9 
 
 		 287 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.240068  normal  0.521676 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0614  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.15 
 
 		 250 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1625  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.56 
 
 		 285 aa  147  2.0000000000000003e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0792607  normal  0.95709 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0643  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.98 
 
 		 251 aa  146  3e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0881  putative ABC transporter, permease protein  35.56 
 
 		 251 aa  146  3e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00328051  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.52 
 
 		 272 aa  145  5e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.025765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4547  putative ABC transporter, permease protein  35.15 
 
 		 251 aa  145  5e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.113137  normal  0.441246 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.44 
 
 		 278 aa  145  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.421742  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4527  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.2 
 
 		 253 aa  145  8.000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.74 
 
 		 270 aa  144  9e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3181  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.25 
 
 		 277 aa  144  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0283642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2015  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  36.95 
 
 		 252 aa  144  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0654  ABC transporter, permease protein  32.9 
 
 		 263 aa  144  1e-33  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0637  ABC transporter, permease  34.31 
 
 		 250 aa  144  2e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0727  ABC transporter permease  34.31 
 
 		 250 aa  143  2e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0363276  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6281  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.02 
 
 		 256 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.783663  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>