More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3268 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3268  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
331 aa  632  1e-180  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.478821 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31120  ABC transporter permease protein  77.04 
 
 
331 aa  439  9.999999999999999e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.848336  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2220  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.06 
 
 
347 aa  389  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00146165  normal  0.277213 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3868  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.35 
 
 
360 aa  390  1e-107  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.753162  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.17 
 
 
363 aa  379  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.901317  normal  0.0679458 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.67 
 
 
365 aa  377  1e-103  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.18641  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.67 
 
 
365 aa  377  1e-103  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0124034  normal  0.0867755 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3264  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  75.2 
 
 
365 aa  369  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.657095  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3677  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.41 
 
 
363 aa  366  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.959373 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4337  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.62 
 
 
363 aa  364  1e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.638266 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1758  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  67.88 
 
 
364 aa  358  6e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.351017  normal  0.0158469 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2776  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.4 
 
 
352 aa  357  1.9999999999999998e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.78 
 
 
345 aa  352  4e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4458  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.78 
 
 
345 aa  352  4e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0470416  normal  0.49714 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2687  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.93 
 
 
342 aa  339  5e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5618  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.77 
 
 
351 aa  328  8e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.447889  normal  0.316795 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1328  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  75.21 
 
 
332 aa  326  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.46412  normal  0.348688 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2163  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  63.17 
 
 
353 aa  325  6e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4838  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.22 
 
 
334 aa  324  1e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.63 
 
 
331 aa  324  1e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0115  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  73.23 
 
 
352 aa  323  2e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1168  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.36 
 
 
332 aa  323  2e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.811206  normal  0.0956624 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4900  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.77 
 
 
333 aa  322  4e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.572728  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2672  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.96 
 
 
346 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2058  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.9 
 
 
348 aa  304  1.0000000000000001e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.911629  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2517  putative alkanesulfonate ABC transporter, permease protein  56.21 
 
 
334 aa  298  7e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.562769 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0858  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.05 
 
 
331 aa  287  2e-76  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.124749  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2515  putative alkanesulfonate ABC transporter, permease protein  54.17 
 
 
337 aa  277  1e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.979433  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2903  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.19 
 
 
332 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1357  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.97 
 
 
338 aa  228  8e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1918  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.44 
 
 
340 aa  207  3e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0527  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.6 
 
 
342 aa  193  3e-48  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1571  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.64 
 
 
355 aa  192  5e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0163  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.04 
 
 
310 aa  122  8e-27  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2791  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.76 
 
 
302 aa  118  1.9999999999999998e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7932  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.25 
 
 
283 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1127  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.62 
 
 
267 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6545  ABC transporter permease  35.35 
 
 
269 aa  107  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.276106 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1974  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.49 
 
 
261 aa  104  2e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000226251  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2712  sulfonate ABC transporter permease  29.96 
 
 
282 aa  103  3e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2152  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.46 
 
 
271 aa  104  3e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.529987 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2920  sulfonate ABC transporter permease protein  29.96 
 
 
282 aa  103  3e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.21 
 
 
283 aa  103  3e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.894639  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5146  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.18 
 
 
277 aa  103  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0887356  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3065  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.51 
 
 
280 aa  102  6e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.228654 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1211  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
273 aa  102  6e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.132759  normal  0.452833 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0213  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.74 
 
 
252 aa  102  8e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0765  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.87 
 
 
265 aa  102  8e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4508  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.18 
 
 
277 aa  102  9e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.854714  normal  0.909107 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4306  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.03 
 
 
278 aa  101  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0649738  hitchhiker  0.00238236 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.16 
 
 
273 aa  101  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1261  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.16 
 
 
273 aa  101  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.306936 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.65 
 
 
274 aa  100  3e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4051  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.07 
 
 
273 aa  100  3e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.395379 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.23 
 
 
288 aa  100  5e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.349721  hitchhiker  0.00645779 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1369  ABC transporter membrane protein  30.65 
 
 
272 aa  100  5e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0458182 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0772  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.99 
 
 
302 aa  99.4  7e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0528102 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2566  ABC transporter, membrane subunit  30.2 
 
 
252 aa  99.4  9e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.55 
 
 
256 aa  98.6  1e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1238  nitrate transport permease  27.24 
 
 
279 aa  99  1e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3807  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.96 
 
 
269 aa  97.8  2e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1899  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.36 
 
 
275 aa  98.2  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0722  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.09 
 
 
272 aa  98.2  2e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0102858  normal  0.0961586 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3750  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  33.96 
 
 
269 aa  97.8  3e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.96 
 
 
269 aa  97.4  3e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1812  ABC transporter, permease protein  32.54 
 
 
257 aa  97.1  4e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.554956  normal  0.627316 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.8 
 
 
281 aa  96.7  5e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000218671  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1188  taurine ABC transporter, permease protein  29.08 
 
 
250 aa  95.9  8e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0612406  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3693  taurine transporter subunit  32.37 
 
 
284 aa  95.9  8e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3936  taurine transporter subunit  32.37 
 
 
284 aa  95.9  8e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0260  taurine transporter subunit  32.37 
 
 
284 aa  95.9  8e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3787  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.47 
 
 
314 aa  95.5  1e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0846  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.32 
 
 
255 aa  95.5  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.185051 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6154  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.8 
 
 
295 aa  95.1  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.62 
 
 
263 aa  94.4  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4564  taurine transporter subunit  32.94 
 
 
279 aa  94.7  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.746145 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0735  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  30.9 
 
 
273 aa  94.4  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.714635  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.95 
 
 
277 aa  94.7  2e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.589472  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00317  taurine transporter subunit  34.45 
 
 
275 aa  94.4  3e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00321  hypothetical protein  34.45 
 
 
275 aa  94.4  3e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3261  taurine transporter subunit  34.45 
 
 
275 aa  94.4  3e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1673  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.18 
 
 
263 aa  94  3e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4074  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.13 
 
 
281 aa  94.4  3e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.265456 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21600  aliphatic sulfonates ABC transporter, inner membrane component  32.91 
 
 
284 aa  94.4  3e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7629  putative ABC transporter permease protein  29.74 
 
 
282 aa  93.6  5e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.262472  normal  0.441686 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2479  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.22 
 
 
258 aa  93.2  5e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.14 
 
 
264 aa  93.2  6e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0355  putative ABC aliphatic sulfonates transporter, permease subunit  32.14 
 
 
264 aa  93.2  6e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.72 
 
 
269 aa  92.8  8e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0865715  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5412  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.38 
 
 
260 aa  92  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.210037  hitchhiker  0.00191971 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2882  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
268 aa  91.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80309  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1453  alkanesulfonate transporter permease subunit  32.66 
 
 
263 aa  92  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1957  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.92 
 
 
273 aa  91.7  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1848  ABC transporter permease  30.92 
 
 
273 aa  91.7  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3598  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.17 
 
 
285 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.330128 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1982  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.27 
 
 
266 aa  91.7  2e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.187248  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1482  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  29.06 
 
 
253 aa  91.3  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.36 
 
 
277 aa  91.3  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.750363  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0391  taurine transporter subunit  33.97 
 
 
275 aa  91.7  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0030  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.58 
 
 
264 aa  91.3  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.050552  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>