More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1899 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1899  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
275 aa  526  1e-148  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44530  Binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.9 
 
 
259 aa  330  2e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0634098  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1369  ABC transporter membrane protein  51.52 
 
 
272 aa  259  5.0000000000000005e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0458182 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4306  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.19 
 
 
278 aa  255  6e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0649738  hitchhiker  0.00238236 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8275  ABC-type transporter, permease protein  53.78 
 
 
272 aa  239  2.9999999999999997e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.144641 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1692  putative ABC transporter membrane protein  51.71 
 
 
281 aa  233  3e-60  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00465779  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.07 
 
 
287 aa  230  2e-59  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0773955  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3035  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.37 
 
 
298 aa  228  7e-59  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.30367  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1145  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.84 
 
 
279 aa  218  1e-55  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.208956  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.03 
 
 
289 aa  209  5e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2012  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.47 
 
 
280 aa  207  1e-52  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.338733  normal  0.193625 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18130  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, permease component  46.61 
 
 
283 aa  206  2e-52  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4214  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.94 
 
 
281 aa  204  2e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5126  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.86 
 
 
280 aa  193  2e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.29 
 
 
283 aa  182  8.000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.199649  normal  0.0607956 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.86 
 
 
283 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.193679 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6360  putative sulfonate ABC transporter, permease protein  39.58 
 
 
267 aa  171  1e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.821284  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5801  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.76 
 
 
290 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0846  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.1 
 
 
255 aa  159  4e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.185051 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4332  ABC transporter permease  37.1 
 
 
298 aa  155  5.0000000000000005e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2803  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.08 
 
 
259 aa  155  5.0000000000000005e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00122675  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1108  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.39 
 
 
255 aa  154  1e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.135552 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.84 
 
 
277 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.750363  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0213  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.77 
 
 
252 aa  152  8e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0467  taurine ABC transporter, permease protein, putative  37.04 
 
 
272 aa  151  1e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1974  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.66 
 
 
261 aa  150  1e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000226251  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0406  putative taurine ABC transporter, permease protein  37.04 
 
 
272 aa  151  1e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1557  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.24 
 
 
272 aa  149  4e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00127239  hitchhiker  0.00240392 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0030  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.51 
 
 
264 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.050552  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21600  aliphatic sulfonates ABC transporter, inner membrane component  35.78 
 
 
284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1127  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.09 
 
 
267 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.6 
 
 
264 aa  146  3e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
264 aa  146  3e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.440066  normal  0.144233 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2511  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.79 
 
 
266 aa  145  5e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.72 
 
 
280 aa  145  7.0000000000000006e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.615395  normal  0.42897 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1679  ABC transporter permease  40.34 
 
 
274 aa  144  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.451747  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0765  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.76 
 
 
265 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19510  ABC transporter permease  40.34 
 
 
274 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3299  putative sulfonate ABC transporter, permease protein  36.75 
 
 
286 aa  143  3e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.201269  normal  0.262094 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1575  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.25 
 
 
254 aa  143  3e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0747147  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19570  ABC transporter permease  37.87 
 
 
262 aa  143  3e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0254  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.44 
 
 
279 aa  142  4e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.57663 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.64 
 
 
256 aa  142  4e-33  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5412  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.87 
 
 
260 aa  142  4e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.210037  hitchhiker  0.00191971 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0735  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  33.21 
 
 
273 aa  143  4e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.714635  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.45 
 
 
265 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0722896  normal  0.022026 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3884  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.07 
 
 
258 aa  142  5e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0436  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.79 
 
 
255 aa  142  5e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0448966  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1380  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  34.6 
 
 
277 aa  142  5e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.153307 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1453  alkanesulfonate transporter permease subunit  35.51 
 
 
263 aa  142  6e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1684  ABC transporter permease  37.87 
 
 
262 aa  142  6e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5005  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
289 aa  142  6e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.02 
 
 
265 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  0.0445843 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0239  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.6 
 
 
265 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00756787 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.71 
 
 
273 aa  141  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0263  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.02 
 
 
265 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.791848  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0772  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.04 
 
 
302 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0528102 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.93 
 
 
270 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0183453  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.93 
 
 
270 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4564  taurine transporter subunit  34.21 
 
 
279 aa  140  3e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.746145 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2787  ABC transporter, permease protein  37.82 
 
 
282 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0328614  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2515  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.02 
 
 
282 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.313862  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4705  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  38.2 
 
 
270 aa  140  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.78 
 
 
281 aa  140  3e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000218671  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7932  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.03 
 
 
283 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2712  sulfonate ABC transporter permease  31.33 
 
 
282 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2920  sulfonate ABC transporter permease protein  31.33 
 
 
282 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1488  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  30.66 
 
 
280 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.106569  normal  0.790334 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1083  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.77 
 
 
270 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1563  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.77 
 
 
270 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.77 
 
 
270 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0890555  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0355  putative ABC aliphatic sulfonates transporter, permease subunit  36.24 
 
 
264 aa  139  7e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.24 
 
 
264 aa  139  7e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.48 
 
 
273 aa  138  7.999999999999999e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0154  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.2 
 
 
264 aa  137  1e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2748  sulfonate/taurine ABC transporter permease  36.63 
 
 
274 aa  138  1e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.947189  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5517  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.17 
 
 
256 aa  137  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.16627  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3082  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.72 
 
 
280 aa  137  1e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0593827  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0231  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.46 
 
 
279 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.33405  hitchhiker  0.000710194 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3060  taurine ABC transporter, permease protein  36.14 
 
 
274 aa  137  2e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0244271  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3058  taurine ABC transporter, permease protein  33.94 
 
 
274 aa  137  2e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1238  aliphatic sulfonate ABC transporter, permease protein  39.04 
 
 
273 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.466833  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.2 
 
 
283 aa  137  2e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.894639  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1990  aliphatic sulfonates ABC transporter, permease protein  39.04 
 
 
273 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.088895  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1822  aliphatic sulfonates ABC transporter, permease protein  39.47 
 
 
269 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0381  aliphatic sulfonate ABC transporter, permease protein  39.04 
 
 
273 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.410212  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0780  aliphatic sulfonate ABC transporter, permease protein  39.04 
 
 
273 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.175921  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3643  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34 
 
 
252 aa  137  2e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000799696  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1837  aliphatic sulfonates ABC transporter, permease protein  39.04 
 
 
269 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.669476  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0145  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.17 
 
 
266 aa  137  2e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0280  taurine transporter subunit  35.77 
 
 
275 aa  137  2e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.2 
 
 
273 aa  137  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.5369  normal  0.169212 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1724  aliphatic sulfonate ABC transporter, permease protein  39.04 
 
 
273 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1673  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.89 
 
 
263 aa  136  3.0000000000000003e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0840  taurine transporter subunit  38.22 
 
 
275 aa  136  3.0000000000000003e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.276647 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0981  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  33.19 
 
 
279 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.63 
 
 
282 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00317  taurine transporter subunit  36.82 
 
 
275 aa  136  4e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3261  taurine transporter subunit  36.82 
 
 
275 aa  136  4e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.9 
 
 
283 aa  136  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.189471  normal  0.0804385 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>