More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4332 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_4332  ABC transporter permease  100 
 
 
298 aa  577  1.0000000000000001e-163  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6360  putative sulfonate ABC transporter, permease protein  43.14 
 
 
267 aa  224  2e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.821284  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2566  ABC transporter, membrane subunit  43.38 
 
 
252 aa  176  5e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1482  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.52 
 
 
253 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.74 
 
 
281 aa  167  2e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000218671  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2748  sulfonate/taurine ABC transporter permease  41.83 
 
 
274 aa  166  4e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.947189  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3058  taurine ABC transporter, permease protein  41.83 
 
 
274 aa  166  5e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3060  taurine ABC transporter, permease protein  41.35 
 
 
274 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0244271  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5801  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.64 
 
 
290 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.45 
 
 
297 aa  162  8.000000000000001e-39  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.283538  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2712  sulfonate ABC transporter permease  38.43 
 
 
282 aa  154  1e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2920  sulfonate ABC transporter permease protein  38.43 
 
 
282 aa  154  1e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.75 
 
 
283 aa  153  4e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.894639  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.54 
 
 
289 aa  150  2e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.08 
 
 
287 aa  149  6e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0773955  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0981  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  36.02 
 
 
279 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.3 
 
 
280 aa  146  4.0000000000000006e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.615395  normal  0.42897 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1899  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.33 
 
 
275 aa  144  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2919  putative sulfonate ABC transporter, permease protein  38.3 
 
 
282 aa  144  1e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.35916e-18 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1369  ABC transporter membrane protein  32.93 
 
 
272 aa  144  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0458182 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1575  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.29 
 
 
254 aa  143  3e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0747147  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3299  putative sulfonate ABC transporter, permease protein  34.98 
 
 
286 aa  143  3e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.201269  normal  0.262094 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2959  sulfonate ABC transporter, permease protein, putative  38.36 
 
 
284 aa  142  7e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.132224  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2638  ABC sulfonate transporter, inner membrane subunit  35.45 
 
 
279 aa  142  8e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0950643  hitchhiker  0.0000361652 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19510  ABC transporter permease  36.71 
 
 
274 aa  142  8e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.84 
 
 
274 aa  142  8e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2663  alkanesulfonates transport system permease; sulfonate ABC transporter, permease  38.36 
 
 
282 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2640  alkanesulfonates transport system permease; sulfonate ABC transporter, permease  38.36 
 
 
282 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1679  ABC transporter permease  36.29 
 
 
274 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.451747  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2930  putative sulfonate ABC transporter, permease protein  38.5 
 
 
282 aa  140  3e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7197  ABC transporter membrane spanning protein (aliphatic sulphonate)  37.98 
 
 
272 aa  140  3e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0116141  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2313  putative sulfonate ABC transporter, permease protein  38.5 
 
 
282 aa  140  3e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.797662  hitchhiker  0.00000011817 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.93 
 
 
264 aa  139  4.999999999999999e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0765  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.59 
 
 
265 aa  139  6e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2803  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.91 
 
 
259 aa  139  7.999999999999999e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00122675  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.14 
 
 
277 aa  139  7.999999999999999e-32  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.589472  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44530  Binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.66 
 
 
259 aa  138  1e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0634098  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3643  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.78 
 
 
252 aa  138  1e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000799696  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.89 
 
 
291 aa  137  2e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.466071  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0802  taurine ABC transporter, permease protein  38.94 
 
 
283 aa  137  2e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.207449  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3035  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.09 
 
 
298 aa  137  2e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.30367  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0030  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.93 
 
 
264 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.050552  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3884  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.06 
 
 
258 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1580  taurine ABC transporter, permease protein  38.05 
 
 
253 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.477521  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1692  putative ABC transporter membrane protein  35.62 
 
 
281 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00465779  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0620  permease component of taurine ABC transporter  38.05 
 
 
253 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00192231  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0697  taurine ABC transporter, permease protein  38.05 
 
 
283 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2019  taurine ABC transporter, permease protein  38.05 
 
 
285 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.484134  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2220  taurine ABC transporter, permease protein  38.05 
 
 
283 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.215273  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2133  taurine ABC transporter, permease protein  38.05 
 
 
283 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.186654  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1982  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.2 
 
 
266 aa  136  4e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.187248  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1108  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.08 
 
 
255 aa  136  4e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.135552 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0722  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.04 
 
 
272 aa  135  6.0000000000000005e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0102858  normal  0.0961586 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.62 
 
 
270 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.65 
 
 
277 aa  135  8e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.750363  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.62 
 
 
270 aa  135  8e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0183453  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
256 aa  135  8e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0411  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.56 
 
 
279 aa  135  9e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.760866  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1673  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.48 
 
 
263 aa  135  9.999999999999999e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8275  ABC-type transporter, permease protein  34.5 
 
 
272 aa  135  9.999999999999999e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.144641 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5412  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.27 
 
 
260 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.210037  hitchhiker  0.00191971 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4705  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.62 
 
 
270 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3065  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.9 
 
 
280 aa  134  9.999999999999999e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.228654 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00317  taurine transporter subunit  32.47 
 
 
275 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21990  ABC transporter, inner membrane permease component  32.92 
 
 
273 aa  134  1.9999999999999998e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3261  taurine transporter subunit  32.47 
 
 
275 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0332  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.19 
 
 
279 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.692278  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.13 
 
 
273 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0840  taurine transporter subunit  35.5 
 
 
275 aa  134  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.276647 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0483  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.93 
 
 
275 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19570  ABC transporter permease  36.2 
 
 
262 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00321  hypothetical protein  32.47 
 
 
275 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0391  taurine transporter subunit  33.46 
 
 
275 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.23 
 
 
265 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  0.0445843 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.84 
 
 
270 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0890555  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.84 
 
 
264 aa  133  3e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.440066  normal  0.144233 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.29 
 
 
264 aa  133  3e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0355  putative ABC aliphatic sulfonates transporter, permease subunit  35.29 
 
 
264 aa  133  3e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1083  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.84 
 
 
270 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1563  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.84 
 
 
270 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0263  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.23 
 
 
265 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.791848  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3240  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.07 
 
 
275 aa  133  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5005  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.18 
 
 
289 aa  133  3.9999999999999996e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0239  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.75 
 
 
265 aa  132  5e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00756787 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.89 
 
 
279 aa  132  5e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.588836 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.62 
 
 
273 aa  132  5e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.5369  normal  0.169212 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0254  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.95 
 
 
279 aa  132  6e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.57663 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.12 
 
 
285 aa  132  6e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.987071 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0246  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.44 
 
 
279 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0570948  normal  0.0921514 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4306  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.91 
 
 
278 aa  132  6.999999999999999e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0649738  hitchhiker  0.00238236 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1684  ABC transporter permease  36.84 
 
 
262 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.75 
 
 
265 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0722896  normal  0.022026 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5321  taurine ABC transporter, permease protein  36.44 
 
 
285 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.03 
 
 
263 aa  132  9e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0442  taurine transporter subunit  32.68 
 
 
275 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1188  taurine ABC transporter, permease protein  34.29 
 
 
250 aa  130  2.0000000000000002e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0612406  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4214  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.46 
 
 
281 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0431  taurine transporter subunit  33.07 
 
 
275 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1488  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.12 
 
 
280 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.106569  normal  0.790334 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0772  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.01 
 
 
302 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0528102 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>