More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1911 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1911  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
282 aa  545  1e-154  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2097  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.67 
 
 
286 aa  316  2e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.961582  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7235  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.71 
 
 
285 aa  315  4e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.266674  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2062  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  72.73 
 
 
280 aa  310  2e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.332807  normal  0.624531 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2159  sulfate ester ABC transporter inner membrane protein  69.43 
 
 
283 aa  295  5e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.514359  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4563  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.96 
 
 
280 aa  295  6e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4345  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.67 
 
 
280 aa  293  2e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.821403  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4021  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.67 
 
 
280 aa  293  2e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0133  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  68.72 
 
 
283 aa  292  4e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.744619  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3503  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.54 
 
 
280 aa  290  1e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.42159  decreased coverage  0.0001708 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7197  ABC transporter membrane spanning protein (aliphatic sulphonate)  50.66 
 
 
272 aa  224  1e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0116141  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0552  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.92 
 
 
286 aa  217  2e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.973794  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22520  ABC transporter inner-membrane protein  52.25 
 
 
277 aa  211  9e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4842  putative ABC transporter (permease protein)  50.61 
 
 
286 aa  209  3e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.395869 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0750  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.64 
 
 
284 aa  206  3e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.546304 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0210  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.71 
 
 
532 aa  205  6e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0578  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.29 
 
 
287 aa  200  1.9999999999999998e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0265  ABC transporter permease  43.08 
 
 
538 aa  191  8e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.302657  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.7 
 
 
538 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.31 
 
 
528 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08100  ABC transporter, permease component  42.26 
 
 
528 aa  184  1.0000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0236  ABC sulfate ester transporter, inner membrane subunit  48.26 
 
 
280 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4334  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.13 
 
 
536 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0483  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.17 
 
 
275 aa  183  3e-45  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3884  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
258 aa  181  9.000000000000001e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0149  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.44 
 
 
532 aa  177  1e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1432  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.5 
 
 
537 aa  175  7e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.300396  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3295  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.19 
 
 
279 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2515  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.05 
 
 
282 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.313862  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02340  putative permease of ABC transporter  42.86 
 
 
538 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00529429  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2787  ABC transporter, permease protein  46.05 
 
 
282 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0328614  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.19 
 
 
250 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0231  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.42 
 
 
534 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19510  ABC transporter permease  42.92 
 
 
274 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1679  ABC transporter permease  42.5 
 
 
274 aa  165  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.451747  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5005  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.3 
 
 
528 aa  165  8e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1557  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.93 
 
 
272 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00127239  hitchhiker  0.00240392 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0981  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  38.98 
 
 
279 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3643  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
252 aa  163  3e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000799696  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.92 
 
 
279 aa  162  6e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.30868 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2638  ABC sulfonate transporter, inner membrane subunit  38.89 
 
 
279 aa  162  6e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0950643  hitchhiker  0.0000361652 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1453  alkanesulfonate transporter permease subunit  35.68 
 
 
263 aa  160  2e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.93 
 
 
264 aa  159  4e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.440066  normal  0.144233 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1832  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.44 
 
 
533 aa  159  6e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1575  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.74 
 
 
254 aa  157  1e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0747147  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2624  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.74 
 
 
566 aa  158  1e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0913088  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19570  ABC transporter permease  36.69 
 
 
262 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.1 
 
 
264 aa  156  3e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0355  putative ABC aliphatic sulfonates transporter, permease subunit  36.1 
 
 
264 aa  156  3e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3459  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.88 
 
 
283 aa  155  6e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.703735  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2610  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  40.25 
 
 
271 aa  155  7e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4330  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.35 
 
 
276 aa  154  1e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.936191 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1673  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.89 
 
 
263 aa  154  2e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1353  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.99 
 
 
564 aa  154  2e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5412  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.65 
 
 
260 aa  154  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.210037  hitchhiker  0.00191971 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1684  ABC transporter permease  35.89 
 
 
262 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.16 
 
 
294 aa  153  2.9999999999999998e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.136656  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0239  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.1 
 
 
265 aa  152  4e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00756787 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.1 
 
 
265 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  0.0445843 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.43 
 
 
281 aa  152  7e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000218671  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1385  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.55 
 
 
284 aa  152  8e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0616622  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.1 
 
 
265 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0722896  normal  0.022026 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.14 
 
 
272 aa  151  1e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.612608  normal  0.0470724 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0263  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.1 
 
 
265 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.791848  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0030  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.71 
 
 
264 aa  150  2e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.050552  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.51 
 
 
264 aa  150  3e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7196  sulfate ester transporter permease protein  36.68 
 
 
261 aa  150  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0358063  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.6 
 
 
263 aa  149  5e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.23 
 
 
292 aa  148  9e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.780897  normal  0.0430449 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
283 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.894639  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0765  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.14 
 
 
265 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3991  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.83 
 
 
272 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0568307 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1210  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.33 
 
 
315 aa  147  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3528  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.83 
 
 
272 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.155886  normal  0.931237 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.1 
 
 
300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0833403  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4886  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.9 
 
 
281 aa  146  3e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.479856  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3438  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.62 
 
 
301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1083  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36 
 
 
270 aa  145  5e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36 
 
 
270 aa  145  5e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0890555  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1563  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36 
 
 
270 aa  145  5e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1910  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.84 
 
 
270 aa  145  8.000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
270 aa  145  9e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4705  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.4 
 
 
270 aa  145  9e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2712  sulfonate ABC transporter permease  36.61 
 
 
282 aa  145  1e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2920  sulfonate ABC transporter permease protein  36.61 
 
 
282 aa  145  1e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
270 aa  144  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0183453  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.96 
 
 
270 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.150226 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1776  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.95 
 
 
294 aa  144  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3299  putative sulfonate ABC transporter, permease protein  35.22 
 
 
286 aa  144  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.201269  normal  0.262094 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.29 
 
 
273 aa  143  4e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.5369  normal  0.169212 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.8 
 
 
260 aa  142  5e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.011116 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2882  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.45 
 
 
268 aa  142  5e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80309  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19350  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, permease component  35.98 
 
 
293 aa  142  6e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.449157  normal  0.837307 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5801  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.36 
 
 
290 aa  142  7e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2975  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.39 
 
 
284 aa  142  7e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.27836  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22530  ABC transporter inner-membrane protein  40.33 
 
 
257 aa  142  8e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0438  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.59 
 
 
239 aa  141  9.999999999999999e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.284515 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4841  ABC transporter permease  38.16 
 
 
260 aa  141  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.509038 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2787  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.44 
 
 
272 aa  141  9.999999999999999e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.334714  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3715  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.57 
 
 
282 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0101223 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>