94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4227 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_4227  major facilitator transporter  100 
 
 		 425 aa  825    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0992586  normal  0.574471 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4332  major facilitator transporter  92.65 
 
 		 424 aa  705    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0947643 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5003  major facilitator superfamily MFS_1  82.15 
 
 		 421 aa  544  1e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.408823  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4401  major facilitator transporter  76.66 
 
 		 419 aa  501  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.897754  normal  0.140113 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2331  major facilitator superfamily MFS_1  63.83 
 
 		 442 aa  477  1e-133  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4910  major facilitator transporter  62.56 
 
 		 424 aa  468  1.0000000000000001e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.300482 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3425  major facilitator transporter  61.59 
 
 		 439 aa  464  9.999999999999999e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.246848 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2232  major facilitator transporter  59.35 
 
 		 432 aa  462  1e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.265115 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2491  major facilitator transporter  61.01 
 
 		 439 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.6286 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2714  major facilitator superfamily MFS_1  60.78 
 
 		 439 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.413206  normal  0.668996 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2467  major facilitator family transporter  59.41 
 
 		 417 aa  457  1e-127  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2419  major facilitator superfamily MFS_1  61.88 
 
 		 438 aa  456  1e-127  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0516  major facilitator superfamily MFS_1  63.95 
 
 		 411 aa  457  1e-127  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1628  major facilitator transporter  62.59 
 
 		 420 aa  452  1.0000000000000001e-126  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12481  integral membrane transport protein  62.19 
 
 		 418 aa  452  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1990  major facilitator transporter  60.75 
 
 		 434 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.803027  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3356  major facilitator transporter  62.66 
 
 		 420 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.515977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3004  major facilitator transporter  47.92 
 
 		 423 aa  351  2e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6055  major facilitator superfamily MFS_1  44.53 
 
 		 436 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.921375  normal  0.153234 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0420  major facilitator transporter  40.35 
 
 		 416 aa  269  5.9999999999999995e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3123  major facilitator transporter  38.85 
 
 		 451 aa  268  1e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.554502 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3444  major facilitator superfamily MFS_1  38.6 
 
 		 451 aa  267  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3320  major facilitator superfamily MFS_1  38.65 
 
 		 453 aa  266  5.999999999999999e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.290278  normal  0.330714 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2785  major facilitator superfamily permease  40.05 
 
 		 439 aa  260  4e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.673288  normal  0.140286 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0283  major facilitator transporter  42.01 
 
 		 433 aa  259  8e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.156067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3213  major facilitator transporter  38.55 
 
 		 426 aa  252  1e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.817677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3527  major facilitator transporter  38.67 
 
 		 451 aa  250  4e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7368  major facilitator superfamily MFS_1  39.66 
 
 		 453 aa  241  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00609058  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6619  major facilitator transporter  38.02 
 
 		 446 aa  239  5e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0215095  normal  0.396718 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1145  major facilitator transporter  36.9 
 
 		 386 aa  234  3e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.044656 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6319  major facilitator transporter  43.14 
 
 		 421 aa  232  1e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.248436 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6496  major facilitator transporter  42.89 
 
 		 421 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237094  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6731  major facilitator transporter  42.89 
 
 		 421 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.947065 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03962  MFS transporter  39.58 
 
 		 407 aa  226  6e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1056  major facilitator superfamily MFS_1  38.68 
 
 		 428 aa  224  2e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2389  major facilitator superfamily MFS_1  38.68 
 
 		 420 aa  223  4e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3710  major facilitator transporter  38.42 
 
 		 410 aa  220  3e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.13632 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2054  major facilitator transporter  40.51 
 
 		 403 aa  220  3e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5646  major facilitator transporter  35.48 
 
 		 419 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1823  major facilitator transporter  36.07 
 
 		 419 aa  218  1e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0410288 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1521  major facilitator superfamily MFS_1  36.25 
 
 		 417 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.584523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2953  major facilitator transporter  36.25 
 
 		 417 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.767453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0276  major facilitator superfamily MFS_1  38.04 
 
 		 411 aa  215  9e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1492  major facilitator transporter  35.1 
 
 		 426 aa  214  2.9999999999999995e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3541  MFS permease  35.22 
 
 		 431 aa  210  4e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.72043  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2343  major facilitator transporter  35.25 
 
 		 419 aa  209  5e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2304  major facilitator transporter  35.5 
 
 		 419 aa  210  5e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2327  major facilitator transporter  35.5 
 
 		 419 aa  210  5e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0588452  normal  0.321822 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1692  major facilitator transporter  35.5 
 
 		 419 aa  210  5e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2223  major facilitator transporter  34.99 
 
 		 419 aa  208  1e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0974  major facilitator transporter  34.32 
 
 		 420 aa  207  2e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3247  major facilitator transporter  39.73 
 
 		 449 aa  208  2e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.116449 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4446  major facilitator superfamily MFS_1  37.9 
 
 		 428 aa  206  5e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.118945  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0994  major facilitator superfamily protein  34.9 
 
 		 420 aa  206  7e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1558  major facilitator transporter  37.88 
 
 		 438 aa  205  1e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.880315 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6392  major facilitator transporter  34.16 
 
 		 452 aa  203  5e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.948234 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1837  major facilitator superfamily MFS_1  37.37 
 
 		 417 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.380991  normal  0.250808 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1902  major facilitator superfamily protein  34.49 
 
 		 415 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1054  major facilitator transporter  34.49 
 
 		 415 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0814  major facilitator transporter  34.49 
 
 		 415 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0337  major facilitator transporter  34.49 
 
 		 415 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1208  major facilitator transporter  34.65 
 
 		 422 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1683  major facilitator superfamily MFS_1  38.32 
 
 		 417 aa  197  3e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.231948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1216  major facilitator transporter  35.15 
 
 		 420 aa  196  7e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0301654  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1276  major facilitator superfamily MFS_1  31.13 
 
 		 452 aa  176  8e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.234019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0169  major facilitator superfamily transporter  36.5 
 
 		 405 aa  172  7.999999999999999e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.177304  hitchhiker  0.00140228 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1367  major facilitator superfamily protein  33.51 
 
 		 372 aa  155  9e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_47253  predicted protein  29.75 
 
 		 473 aa  139  7.999999999999999e-32  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0136621  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0571  major facilitator superfamily MFS_1  18.73 
 
 		 388 aa  53.1  0.000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2757  major facilitator superfamily MFS_1  27.59 
 
 		 409 aa  53.1  0.00001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.444506 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1990  putative multidrug resistance protein  26.59 
 
 		 409 aa  49.7  0.00009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.492861  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1459  major facilitator superfamily MFS_1  26.77 
 
 		 411 aa  48.5  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.135074  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4837  EmrB/QacA family drug resistance transporter  26.06 
 
 		 478 aa  47.8  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.179905 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0224  major facilitator superfamily MFS_1  29.34 
 
 		 489 aa  48.1  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1421  major facilitator superfamily MFS_1  34.34 
 
 		 462 aa  47.4  0.0005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.756224  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0550  tRNA-guanine transglycosylase, various specificities  24.65 
 
 		 1062 aa  47.4  0.0005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5486  major facilitator superfamily MFS_1  26.67 
 
 		 584 aa  46.6  0.0008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0573143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4455  EmrB/QacA family drug resistance transporter  25.74 
 
 		 478 aa  45.8  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2286  EmrB/QacA family drug resistance transporter  25.17 
 
 		 495 aa  46.2  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.349328  normal  0.456862 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3339  putative multidrug resistance protein  29.01 
 
 		 409 aa  45.1  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000037408 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1730  EmrB/QacA family drug resistance transporter  26.47 
 
 		 478 aa  45.4  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.599699 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4542  EmrB/QacA family drug resistance transporter  25.74 
 
 		 484 aa  45.8  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.717772 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1802  permease; multidrug resistance protein  30.08 
 
 		 432 aa  44.7  0.003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2023  putative multidrug resistance protein  29.01 
 
 		 432 aa  44.7  0.003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.52874e-46 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1819  multidrug resistance protein  29.01 
 
 		 432 aa  44.7  0.003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.310045  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2447  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  28.1 
 
 		 488 aa  45.1  0.003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2085  putative multidrug resistance protein  30.08 
 
 		 432 aa  44.7  0.003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000147189  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1292  major facilitator transporter  27.78 
 
 		 465 aa  44.3  0.004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.674052  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1001  major facilitator transporter  27.61 
 
 		 470 aa  43.9  0.005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.141392  normal  0.0130853 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4214  major facilitator superfamily MFS_1  31.11 
 
 		 414 aa  43.9  0.005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5021  EmrB/QacA family drug resistance transporter  25 
 
 		 478 aa  43.9  0.006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.796578 
 
 
-
 
NC_002936  DET1502  major facilitator family protein  36 
 
 		 465 aa  43.5  0.007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1861  hypothetical protein  21.67 
 
 		 398 aa  43.1  0.008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0796  major facilitator transporter  23.49 
 
 		 391 aa  43.1  0.01  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>