101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4401 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4401  major facilitator transporter  100 
 
 		 419 aa  806    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.897754  normal  0.140113 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4227  major facilitator transporter  75.85 
 
 		 425 aa  579  1e-164  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0992586  normal  0.574471 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4332  major facilitator transporter  77.02 
 
 		 424 aa  565  1e-160  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0947643 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5003  major facilitator superfamily MFS_1  80.5 
 
 		 421 aa  529  1e-149  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.408823  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2467  major facilitator family transporter  60.99 
 
 		 417 aa  462  1e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2232  major facilitator transporter  61.68 
 
 		 432 aa  461  1e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.265115 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4910  major facilitator transporter  60.63 
 
 		 424 aa  462  1e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.300482 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3425  major facilitator transporter  59.23 
 
 		 439 aa  456  1e-127  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.246848 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2331  major facilitator superfamily MFS_1  60.19 
 
 		 442 aa  456  1e-127  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2491  major facilitator transporter  61.39 
 
 		 439 aa  448  1e-125  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.6286 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0516  major facilitator superfamily MFS_1  62.34 
 
 		 411 aa  448  1e-125  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3356  major facilitator transporter  63.09 
 
 		 420 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.515977  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12481  integral membrane transport protein  63.78 
 
 		 418 aa  447  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2714  major facilitator superfamily MFS_1  60.89 
 
 		 439 aa  444  1e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.413206  normal  0.668996 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2419  major facilitator superfamily MFS_1  61.52 
 
 		 438 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1990  major facilitator transporter  60.29 
 
 		 434 aa  435  1e-121  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.803027  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1628  major facilitator transporter  60.25 
 
 		 420 aa  432  1e-120  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3004  major facilitator transporter  48.64 
 
 		 423 aa  352  5.9999999999999994e-96  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6055  major facilitator superfamily MFS_1  44.98 
 
 		 436 aa  279  6e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.921375  normal  0.153234 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3123  major facilitator transporter  38.42 
 
 		 451 aa  261  1e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.554502 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3444  major facilitator superfamily MFS_1  38.17 
 
 		 451 aa  260  4e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3320  major facilitator superfamily MFS_1  37.76 
 
 		 453 aa  259  6e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.290278  normal  0.330714 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0420  major facilitator transporter  38.6 
 
 		 416 aa  252  9.000000000000001e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0283  major facilitator transporter  43.19 
 
 		 433 aa  251  2e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.156067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3213  major facilitator transporter  38.32 
 
 		 426 aa  249  5e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.817677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2785  major facilitator superfamily permease  37.99 
 
 		 439 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.673288  normal  0.140286 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2054  major facilitator transporter  41.49 
 
 		 403 aa  238  2e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3527  major facilitator transporter  38.04 
 
 		 451 aa  237  3e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6319  major facilitator transporter  43.39 
 
 		 421 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.248436 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1056  major facilitator superfamily MFS_1  39.79 
 
 		 428 aa  234  2.0000000000000002e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6496  major facilitator transporter  43.36 
 
 		 421 aa  234  3e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237094  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6731  major facilitator transporter  43.36 
 
 		 421 aa  234  3e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.947065 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2389  major facilitator superfamily MFS_1  40 
 
 		 420 aa  233  6e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6619  major facilitator transporter  37.76 
 
 		 446 aa  229  8e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0215095  normal  0.396718 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03962  MFS transporter  40.9 
 
 		 407 aa  226  7e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7368  major facilitator superfamily MFS_1  36.25 
 
 		 453 aa  223  7e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00609058  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1145  major facilitator transporter  36.36 
 
 		 386 aa  218  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.044656 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1492  major facilitator transporter  36.41 
 
 		 426 aa  218  2e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1521  major facilitator superfamily MFS_1  35.38 
 
 		 417 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.584523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2953  major facilitator transporter  35.14 
 
 		 417 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.767453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1823  major facilitator transporter  34.2 
 
 		 419 aa  209  6e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0410288 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3541  MFS permease  36.12 
 
 		 431 aa  209  9e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.72043  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5646  major facilitator transporter  33.33 
 
 		 419 aa  204  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3710  major facilitator transporter  39.69 
 
 		 410 aa  203  5e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.13632 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0994  major facilitator superfamily protein  33.1 
 
 		 420 aa  200  3e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2223  major facilitator transporter  34.28 
 
 		 419 aa  200  5e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1692  major facilitator transporter  34.45 
 
 		 419 aa  199  9e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2304  major facilitator transporter  34.45 
 
 		 419 aa  199  9e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2327  major facilitator transporter  34.45 
 
 		 419 aa  199  9e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0588452  normal  0.321822 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4446  major facilitator superfamily MFS_1  38.25 
 
 		 428 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.118945  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2343  major facilitator transporter  34.29 
 
 		 419 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1208  major facilitator transporter  34.45 
 
 		 422 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1902  major facilitator superfamily protein  34.45 
 
 		 415 aa  197  3e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1054  major facilitator transporter  34.45 
 
 		 415 aa  197  3e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0814  major facilitator transporter  34.45 
 
 		 415 aa  197  3e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0337  major facilitator transporter  34.45 
 
 		 415 aa  197  3e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3247  major facilitator transporter  39.34 
 
 		 449 aa  197  3e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.116449 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0974  major facilitator transporter  33.17 
 
 		 420 aa  196  6e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1216  major facilitator transporter  34.29 
 
 		 420 aa  194  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0301654  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0276  major facilitator superfamily MFS_1  37.04 
 
 		 411 aa  194  3e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1558  major facilitator transporter  39.63 
 
 		 438 aa  190  4e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.880315 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6392  major facilitator transporter  35.14 
 
 		 452 aa  190  4e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.948234 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1837  major facilitator superfamily MFS_1  39.63 
 
 		 417 aa  189  5e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.380991  normal  0.250808 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1683  major facilitator superfamily MFS_1  39.63 
 
 		 417 aa  188  1e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.231948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0169  major facilitator superfamily transporter  36.59 
 
 		 405 aa  172  6.999999999999999e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.177304  hitchhiker  0.00140228 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1276  major facilitator superfamily MFS_1  31.47 
 
 		 452 aa  168  2e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.234019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1367  major facilitator superfamily protein  32.97 
 
 		 372 aa  152  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_47253  predicted protein  30.23 
 
 		 473 aa  147  2.0000000000000003e-34  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0136621  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0224  major facilitator superfamily MFS_1  32.18 
 
 		 489 aa  56.2  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0094  major facilitator transporter  26.42 
 
 		 429 aa  55.1  0.000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000112737 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1459  major facilitator superfamily MFS_1  29.84 
 
 		 411 aa  54.3  0.000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.135074  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1994  putative MFS-type transporter YdeE  24.22 
 
 		 397 aa  51.2  0.00004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.252393  normal  0.165471 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2358  major facilitator superfamily MFS_1  28.65 
 
 		 439 aa  49.3  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1258  EmrB/QacA family drug resistance transporter  29.7 
 
 		 485 aa  48.5  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.645684 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2283  major facilitator superfamily MFS_1  22.33 
 
 		 402 aa  48.1  0.0003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.446787  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1647  major facilitator superfamily protein  26.5 
 
 		 386 aa  47.8  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.761188  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5486  major facilitator superfamily MFS_1  28.49 
 
 		 584 aa  47.8  0.0004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0573143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1089  multidrug resistance transporter, Bcr family  27.21 
 
 		 409 aa  47  0.0006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0091  hypothetical protein  28.1 
 
 		 277 aa  46.6  0.0007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1199  putative multidrug transporter  27.38 
 
 		 477 aa  45.8  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.467724  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2286  EmrB/QacA family drug resistance transporter  28.79 
 
 		 495 aa  46.2  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.349328  normal  0.456862 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1421  major facilitator superfamily MFS_1  32.41 
 
 		 462 aa  45.8  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.756224  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0674  major facilitator superfamily protein  27.71 
 
 		 394 aa  45.1  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.522408  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0571  major facilitator superfamily MFS_1  18.97 
 
 		 388 aa  45.8  0.002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2755  major facilitator superfamily MFS_1  21.84 
 
 		 392 aa  45.4  0.002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1139  major facilitator transporter  27.71 
 
 		 365 aa  44.7  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.173981  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0685  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  25.49 
 
 		 386 aa  44.3  0.004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0211006  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1671  major facilitator transporter  28.43 
 
 		 381 aa  44.3  0.004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    decreased coverage  0.0000914056 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0295  EmrB/QacA family drug resistance transporter  30 
 
 		 565 aa  43.9  0.005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1647  hypothetical protein  28.03 
 
 		 441 aa  43.9  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.411737  normal  0.910118 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0318  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  26.52 
 
 		 402 aa  43.9  0.006  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2757  major facilitator superfamily MFS_1  26.11 
 
 		 409 aa  43.5  0.006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.444506 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1292  major facilitator transporter  28.7 
 
 		 465 aa  43.5  0.007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.674052  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0550  tRNA-guanine transglycosylase, various specificities  26.2 
 
 		 1062 aa  43.5  0.007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_07936  MFS transporter, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G01520)  28.3 
 
 		 504 aa  43.5  0.008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3027  major facilitator transporter  26.47 
 
 		 393 aa  43.1  0.008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.148703  normal  0.0146244 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2558  major facilitator transporter  26.47 
 
 		 393 aa  43.1  0.008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2859  major facilitator transporter  26.99 
 
 		 381 aa  43.1  0.009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2459  major facilitator transporter  26.47 
 
 		 393 aa  43.1  0.009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4214  major facilitator superfamily MFS_1  25.85 
 
 		 414 aa  43.1  0.009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>