80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2041 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2041  patatin  100 
 
 		 397 aa  801    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.129971 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3407  patatin  86.93 
 
 		 400 aa  681    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.607013 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2174  Patatin  74.94 
 
 		 396 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0775647  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3579  patatin  72.35 
 
 		 396 aa  488  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4884  Patatin  56.08 
 
 		 397 aa  368  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.183386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4420  patatin  55.68 
 
 		 397 aa  368  1e-101  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.0052323  normal  0.804694 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4930  Patatin  55.12 
 
 		 397 aa  362  5.0000000000000005e-99  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.149942 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5259  patatin  58.17 
 
 		 395 aa  360  2e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.670986  normal  0.312042 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3360  patatin  53 
 
 		 395 aa  359  6e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.397819  normal  0.987081 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5819  Patatin  58.17 
 
 		 395 aa  357  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16646  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6391  alpha/beta superfamily hydrolase  49.21 
 
 		 389 aa  328  1.0000000000000001e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.892369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6656  patatin  39.55 
 
 		 423 aa  271  1e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.378058  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5658  Patatin  42.55 
 
 		 393 aa  271  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.595864  normal  0.124932 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4284  patatin  42.48 
 
 		 398 aa  259  4e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.150448 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1086  patatin  40.51 
 
 		 411 aa  257  3e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.477256  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3027  patatin  40.25 
 
 		 424 aa  249  7e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.121062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3783  hypothetical protein  40.52 
 
 		 412 aa  244  9.999999999999999e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7175  Patatin  40.92 
 
 		 409 aa  245  9.999999999999999e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.656867  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0164  patatin  38.1 
 
 		 406 aa  245  9.999999999999999e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.607133  normal  0.62412 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1962  patatin  43.71 
 
 		 403 aa  230  4e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.308138  normal  0.105403 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2755  Patatin  36.96 
 
 		 409 aa  229  7e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6318  patatin  41.67 
 
 		 454 aa  227  2e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.105916  hitchhiker  0.00104777 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2253  patatin  40.13 
 
 		 410 aa  228  2e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4389  Patatin  39.24 
 
 		 434 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.525618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1768  patatin  37.44 
 
 		 418 aa  222  9.999999999999999e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3530  patatin family phospholipase  37.44 
 
 		 418 aa  222  9.999999999999999e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.288489  normal  0.0848725 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1656  patatin family phospholipase  37.44 
 
 		 418 aa  222  9.999999999999999e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3916  patatin  40.06 
 
 		 431 aa  220  3e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.158973 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4284  Patatin  39.4 
 
 		 437 aa  218  1e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.401301  normal  0.127899 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0343  hypothetical protein  36.59 
 
 		 401 aa  210  4e-53  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0368  hypothetical protein  36.59 
 
 		 401 aa  209  1e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4658  patatin  40.14 
 
 		 438 aa  195  1e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.631828 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2447  patatin  39.45 
 
 		 375 aa  191  2e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.191371  normal  0.648479 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0147  Patatin  26.25 
 
 		 380 aa  107  3e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02679  Patatin  24.89 
 
 		 378 aa  52  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1627  Patatin  27.2 
 
 		 250 aa  51.2  0.00003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.999239  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1864  patatin  27.8 
 
 		 293 aa  50.4  0.00006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00450091  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1682  Patatin  27.62 
 
 		 317 aa  48.5  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.776672  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1611  patatin  27.37 
 
 		 327 aa  48.9  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000105595  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1232  patatin  27.34 
 
 		 301 aa  48.1  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.288587  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0408  Patatin  27.86 
 
 		 256 aa  48.1  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.129061  normal  0.273153 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1237  patatin  28.06 
 
 		 393 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.880366  normal  0.614167 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1737  cyclic nucleotide-binding protein  25.93 
 
 		 584 aa  47.4  0.0005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.987776 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1505  putative exported phospholipase  29.41 
 
 		 308 aa  47.4  0.0005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.000365604  normal  0.370586 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1002  patatin  28 
 
 		 326 aa  47  0.0005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2182  patatin  24.65 
 
 		 293 aa  47.4  0.0005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000772751  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3091  patatin  27.92 
 
 		 298 aa  47.4  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0120977  normal  0.361961 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2662  patatin  28.8 
 
 		 368 aa  46.6  0.0007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.31003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4294  patatin  28.9 
 
 		 382 aa  46.2  0.0009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1615  patatin  27.85 
 
 		 394 aa  46.2  0.0009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.793061  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1598  patatin  28.11 
 
 		 414 aa  45.8  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.221223 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0457  patatin  28.72 
 
 		 322 aa  45.8  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.98723  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1182  Patatin  25.34 
 
 		 416 aa  45.8  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.41454  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02397  putative transmembrane protein  26.07 
 
 		 377 aa  46.2  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.104475  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0221  hypothetical protein  27.84 
 
 		 303 aa  46.2  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1178  lipoprotein transmembrane  23.53 
 
 		 319 aa  45.4  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0068369  normal  0.214637 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2892  patatin  25.91 
 
 		 320 aa  45.1  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.679989  normal  0.123114 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2334  hypothetical protein  22.27 
 
 		 665 aa  45.1  0.002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2550  patatin  26.55 
 
 		 335 aa  45.4  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.128442  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1409  hypothetical protein  28.95 
 
 		 282 aa  45.4  0.002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2385  patatin  26.55 
 
 		 335 aa  44.7  0.003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000835704  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4239  Patatin  25 
 
 		 259 aa  44.7  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.441037  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1914  hypothetical protein  28.57 
 
 		 334 aa  44.7  0.003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1879  Patatin  28.11 
 
 		 414 aa  44.7  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.817162  normal  0.121955 
 
 
-
 
NC_009370  OSTLU_4077  predicted protein  25.99 
 
 		 434 aa  44.7  0.003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0147505 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3249  patatin  27.48 
 
 		 383 aa  44.3  0.004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01156  predicted esterase of the alpha-beta hydrolase superfamily protein  24.75 
 
 		 486 aa  44.3  0.004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0057  hypothetical protein  29.21 
 
 		 310 aa  44.3  0.004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.771152 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2160  patatin  27.23 
 
 		 314 aa  44.3  0.004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.18662  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1021  Patatin  24.63 
 
 		 318 aa  43.5  0.006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000453292  normal  0.111336 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2155  Patatin  50 
 
 		 419 aa  43.5  0.006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1113  Patatin  24.63 
 
 		 318 aa  43.5  0.006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.344867  normal  0.718467 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2479  hypothetical protein  21.83 
 
 		 661 aa  43.5  0.006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2063  Patatin  50 
 
 		 419 aa  43.5  0.007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.719595  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4740  Patatin  25.97 
 
 		 252 aa  43.5  0.007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.236606 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1925  hypothetical protein  27.84 
 
 		 339 aa  43.1  0.008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3870  patatin family protein  27.8 
 
 		 393 aa  43.1  0.008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.838023  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5048  patatin  28.91 
 
 		 386 aa  43.1  0.009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00837426 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0035  Patatin  25.79 
 
 		 330 aa  42.7  0.01  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.488757  hitchhiker  0.0000189708 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4898  putative patatin-like phospholipase  27.18 
 
 		 313 aa  42.7  0.01  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0432192 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>