More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3870 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3870  patatin family protein  100 
 
 		 393 aa  785    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.838023  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1615  patatin  94.4 
 
 		 394 aa  739    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.793061  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1697  patatin  75.85 
 
 		 390 aa  560  1e-158  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.741172  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1328  patatin  74.28 
 
 		 382 aa  542  1e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1286  patatin  73.75 
 
 		 382 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1736  patatin  73.67 
 
 		 382 aa  530  1e-149  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3983  patatin  73.4 
 
 		 382 aa  528  1e-149  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.251538  normal  0.787377 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1237  patatin  71.13 
 
 		 393 aa  524  1e-147  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.880366  normal  0.614167 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22060  hypothetical protein  68.34 
 
 		 389 aa  499  1e-140  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0545767  hitchhiker  7.20357e-19 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1884  hypothetical protein  67.55 
 
 		 389 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.93068  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1888  hypothetical protein  48.94 
 
 		 380 aa  340  2e-92  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2472  patatin  48.41 
 
 		 408 aa  334  1e-90  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.797753  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1094  Patatin  45.62 
 
 		 381 aa  309  5.9999999999999995e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.982413  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3101  patatin  43.65 
 
 		 378 aa  301  1e-80  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.480347  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0853  patatin  43.95 
 
 		 382 aa  296  3e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000107118  unclonable  0.000000108981 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1761  patatin  43.94 
 
 		 376 aa  293  3e-78  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3260  patatin  39.52 
 
 		 375 aa  290  4e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0168  Patatin  43.78 
 
 		 394 aa  289  6e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0306  hypothetical protein  45.71 
 
 		 391 aa  288  1e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2547  patatin  39.2 
 
 		 375 aa  287  2e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2859  patatin  41.16 
 
 		 374 aa  286  4e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000023249  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2250  hypothetical protein  45.82 
 
 		 394 aa  286  5.999999999999999e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1344  patatin  41.01 
 
 		 374 aa  286  5.999999999999999e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0143871 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1397  patatin  41.01 
 
 		 374 aa  285  8e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0173142  normal  0.188155 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1409  patatin  41.01 
 
 		 374 aa  285  8e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0748735 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2865  patatin  40.11 
 
 		 374 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.906951  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2157  patatin  41.07 
 
 		 392 aa  283  3.0000000000000004e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.128779  normal  0.260963 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4479  patatin  43.91 
 
 		 425 aa  283  4.0000000000000003e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.493587  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1500  Patatin  40.63 
 
 		 374 aa  282  6.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000109081  normal  0.428917 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2876  patatin  40.63 
 
 		 374 aa  282  6.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000103139  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3005  patatin  40.37 
 
 		 383 aa  281  1e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000873649  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0161  Patatin  43.19 
 
 		 385 aa  281  1e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.957782 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1274  patatin  40.16 
 
 		 376 aa  281  1e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.534062  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3155  hypothetical protein  41.01 
 
 		 374 aa  281  2e-74  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3141  patatin  38.62 
 
 		 375 aa  281  2e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.133686  normal  0.0844879 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2519  patatin  39.05 
 
 		 374 aa  278  8e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.256378  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1594  patatin-like phospholipase family protein  38.73 
 
 		 383 aa  278  9e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.845479  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0078  patatin  42.08 
 
 		 418 aa  278  2e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.767923 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3832  patatin  44.9 
 
 		 418 aa  277  3e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0395  patatin  42.01 
 
 		 463 aa  276  5e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00554522 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2756  patatin  37.47 
 
 		 377 aa  276  6e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2924  patatin  42.22 
 
 		 408 aa  275  9e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.761866 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2909  patatin  42.22 
 
 		 408 aa  275  9e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.255249  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3273  patatin  43.22 
 
 		 427 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2295  patatin  42.22 
 
 		 408 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0597208  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0365  patatin  43.16 
 
 		 410 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0673192  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1844  patatin  44.01 
 
 		 412 aa  274  2.0000000000000002e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.237436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1160  hypothetical protein  40.16 
 
 		 374 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2821  patatin  42.41 
 
 		 408 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.438344 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0441  patatin family phospholipase  42.89 
 
 		 414 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.12986  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0605  patatin  42.89 
 
 		 414 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0422  patatin family phospholipase  42.89 
 
 		 415 aa  272  6e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.272938  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4076  Patatin  44.7 
 
 		 397 aa  271  1e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6252  patatin  42.74 
 
 		 408 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.478627 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2805  Patatin  44.27 
 
 		 410 aa  270  4e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2958  patatin  42.45 
 
 		 408 aa  270  4e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2615  patatin  38.85 
 
 		 374 aa  268  2e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0108  patatin  42.64 
 
 		 422 aa  266  5e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0978  patatin  43.22 
 
 		 422 aa  261  1e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2395  patatin  38.48 
 
 		 391 aa  254  2.0000000000000002e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.569331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2513  Patatin  39.95 
 
 		 400 aa  249  7e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.220838  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2426  Patatin  39.95 
 
 		 400 aa  248  9e-65  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.371525  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1434  patatin  40.48 
 
 		 400 aa  248  1e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1160  alpha-beta hydrolase family esterase  39.32 
 
 		 400 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0242  patatin  44.37 
 
 		 300 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.314598  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1392  patatin  35.45 
 
 		 379 aa  218  1e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0427105  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1352  patatin family phospholipase  44.37 
 
 		 300 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.620499  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1182  Patatin  37.11 
 
 		 416 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.41454  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4614  patatin  37.91 
 
 		 408 aa  208  2e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.758512  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2722  hypothetical protein  33.68 
 
 		 370 aa  202  6e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2853  hypothetical protein  33.68 
 
 		 370 aa  202  9.999999999999999e-51  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2155  Patatin  33.08 
 
 		 419 aa  132  7.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2063  Patatin  33.08 
 
 		 419 aa  132  9e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.719595  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1777  patatin  33.17 
 
 		 419 aa  132  9e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.152361  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5960  Patatin  29.15 
 
 		 421 aa  132  1.0000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4934  Patatin  28.61 
 
 		 429 aa  87.8  3e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.791288  normal  0.414026 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4052  patatin  24.72 
 
 		 375 aa  78.2  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1879  Patatin  29.52 
 
 		 414 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.817162  normal  0.121955 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1598  patatin  29.52 
 
 		 414 aa  75.5  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.221223 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0335  patatin  28.12 
 
 		 377 aa  75.1  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0172701 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2521  Patatin  26.75 
 
 		 420 aa  73.2  0.000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0848  patatin  27.88 
 
 		 377 aa  73.2  0.000000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00785224 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4579  patatin  27.97 
 
 		 291 aa  72.4  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.325254 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5355  Patatin  25.5 
 
 		 382 aa  71.2  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.137697  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1769  patatin  30.43 
 
 		 360 aa  70.5  0.00000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4457  patatin  29.92 
 
 		 312 aa  69.7  0.00000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5048  patatin  25.98 
 
 		 386 aa  69.7  0.00000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00837426 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1075  Patatin  29.01 
 
 		 378 aa  68.6  0.0000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3930  patatin  28.47 
 
 		 375 aa  67.8  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.664139 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1865  patatin  28.09 
 
 		 387 aa  66.2  0.0000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0810  Patatin  25.89 
 
 		 347 aa  65.9  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.163365 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5145  Patatin  30.26 
 
 		 294 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.270207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1418  patatin  25.45 
 
 		 333 aa  66.2  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.84629  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2219  Patatin  26.62 
 
 		 403 aa  65.9  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7395  patatin  33.18 
 
 		 277 aa  65.1  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0016  patatin-like phospholipase  25.9 
 
 		 390 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1446  patatin-like phospholipase  25.9 
 
 		 412 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.369795  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0020  patatin family phospholipase  25.9 
 
 		 412 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1166  patatin family phospholipase  25.9 
 
 		 412 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0022  patatin family phospholipase  25.9 
 
 		 412 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>