59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3579 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3579  patatin  100 
 
 		 396 aa  806    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3407  patatin  68.43 
 
 		 400 aa  512  1e-144  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.607013 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2174  Patatin  68.44 
 
 		 396 aa  501  1e-141  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0775647  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2041  patatin  71.39 
 
 		 397 aa  495  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.129971 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4884  Patatin  52.35 
 
 		 397 aa  346  5e-94  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.183386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4420  patatin  52.35 
 
 		 397 aa  346  5e-94  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.0052323  normal  0.804694 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4930  Patatin  51.66 
 
 		 397 aa  345  7e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.149942 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5259  patatin  53.55 
 
 		 395 aa  345  1e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.670986  normal  0.312042 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3360  patatin  50 
 
 		 395 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.397819  normal  0.987081 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5819  Patatin  51.75 
 
 		 395 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16646  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6391  alpha/beta superfamily hydrolase  49.2 
 
 		 389 aa  327  3e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.892369  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5658  Patatin  40.48 
 
 		 393 aa  266  5e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.595864  normal  0.124932 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6656  patatin  37.22 
 
 		 423 aa  256  3e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.378058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4284  patatin  41.58 
 
 		 398 aa  253  3e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.150448 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3027  patatin  39.69 
 
 		 424 aa  247  3e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.121062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3783  hypothetical protein  39.3 
 
 		 412 aa  239  9e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1086  patatin  38.85 
 
 		 411 aa  238  2e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.477256  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2253  patatin  39.63 
 
 		 410 aa  237  2e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7175  Patatin  39.17 
 
 		 409 aa  232  8.000000000000001e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.656867  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3530  patatin family phospholipase  36.18 
 
 		 418 aa  228  1e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.288489  normal  0.0848725 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1768  patatin  36.18 
 
 		 418 aa  228  1e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1656  patatin family phospholipase  36.18 
 
 		 418 aa  228  1e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0164  patatin  35.31 
 
 		 406 aa  223  4e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.607133  normal  0.62412 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1962  patatin  39.68 
 
 		 403 aa  221  1.9999999999999999e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.308138  normal  0.105403 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3916  patatin  39.82 
 
 		 431 aa  218  2e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.158973 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6318  patatin  38.83 
 
 		 454 aa  217  2e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.105916  hitchhiker  0.00104777 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2755  Patatin  33.6 
 
 		 409 aa  217  2.9999999999999998e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4284  Patatin  39.52 
 
 		 437 aa  216  7e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.401301  normal  0.127899 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4389  Patatin  37.19 
 
 		 434 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.525618  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0343  hypothetical protein  35.6 
 
 		 401 aa  211  2e-53  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0368  hypothetical protein  35.67 
 
 		 401 aa  211  2e-53  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4658  patatin  38.38 
 
 		 438 aa  186  6e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.631828 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2447  patatin  36.24 
 
 		 375 aa  186  9e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.191371  normal  0.648479 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0147  Patatin  26.54 
 
 		 380 aa  105  1e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1182  Patatin  29.03 
 
 		 416 aa  51.6  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.41454  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4239  Patatin  24.32 
 
 		 259 aa  49.7  0.00008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.441037  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2334  hypothetical protein  24.39 
 
 		 665 aa  49.7  0.0001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2479  hypothetical protein  23.9 
 
 		 661 aa  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1611  patatin  24.19 
 
 		 327 aa  47.4  0.0005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000105595  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0302  patatin  29.08 
 
 		 302 aa  46.6  0.0009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0408  Patatin  26.74 
 
 		 256 aa  45.8  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.129061  normal  0.273153 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4740  Patatin  27.96 
 
 		 252 aa  45.8  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.236606 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1627  Patatin  27.84 
 
 		 250 aa  46.2  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.999239  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1381  hypothetical protein  24.49 
 
 		 883 aa  45.8  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1377  hypothetical protein  24.49 
 
 		 883 aa  46.2  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2735  patatin  27.98 
 
 		 304 aa  45.1  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0568052  hitchhiker  0.0000690966 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3091  patatin  26.2 
 
 		 298 aa  45.4  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0120977  normal  0.361961 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2137  patatin  24.82 
 
 		 309 aa  44.3  0.003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1237  patatin  27.27 
 
 		 393 aa  44.7  0.003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.880366  normal  0.614167 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2141  patatin  28.5 
 
 		 316 aa  44.7  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000481175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0051  lipoprotein  27.6 
 
 		 346 aa  44.3  0.004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.678832  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0898  hypothetical protein  25.68 
 
 		 263 aa  43.9  0.005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01156  predicted esterase of the alpha-beta hydrolase superfamily protein  24.71 
 
 		 486 aa  43.9  0.005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0042  patatin  27.6 
 
 		 346 aa  43.9  0.005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2155  Patatin  50 
 
 		 419 aa  43.5  0.006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2063  Patatin  50 
 
 		 419 aa  43.5  0.007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.719595  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1641  Patatin  30.43 
 
 		 382 aa  43.5  0.007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1328  patatin  27.72 
 
 		 382 aa  42.7  0.01  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1178  lipoprotein transmembrane  28.5 
 
 		 319 aa  43.1  0.01  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0068369  normal  0.214637 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>