45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2253 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2253  patatin  100 
 
 		 410 aa  840    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3027  patatin  39.51 
 
 		 424 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.121062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6656  patatin  37.85 
 
 		 423 aa  279  5e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.378058  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2755  Patatin  39.62 
 
 		 409 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1086  patatin  39.62 
 
 		 411 aa  261  2e-68  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.477256  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3783  hypothetical protein  38.29 
 
 		 412 aa  253  6e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0164  patatin  36.25 
 
 		 406 aa  251  2e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.607133  normal  0.62412 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1768  patatin  35.29 
 
 		 418 aa  223  4.9999999999999996e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3530  patatin family phospholipase  35.29 
 
 		 418 aa  223  4.9999999999999996e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.288489  normal  0.0848725 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1656  patatin family phospholipase  35.29 
 
 		 418 aa  223  4.9999999999999996e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0368  hypothetical protein  35.18 
 
 		 401 aa  219  1e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0343  hypothetical protein  34.67 
 
 		 401 aa  214  1.9999999999999998e-54  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2174  Patatin  39.94 
 
 		 396 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0775647  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7175  Patatin  37.35 
 
 		 409 aa  213  5.999999999999999e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.656867  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3407  patatin  38.64 
 
 		 400 aa  213  7e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.607013 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3360  patatin  36.29 
 
 		 395 aa  212  7.999999999999999e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.397819  normal  0.987081 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5819  Patatin  35.73 
 
 		 395 aa  211  2e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16646  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5259  patatin  34.67 
 
 		 395 aa  210  3e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.670986  normal  0.312042 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3579  patatin  39.63 
 
 		 396 aa  209  6e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4884  Patatin  37.37 
 
 		 397 aa  204  2e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.183386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4420  patatin  37.37 
 
 		 397 aa  204  2e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.0052323  normal  0.804694 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5658  Patatin  38.39 
 
 		 393 aa  203  4e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.595864  normal  0.124932 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6318  patatin  36.42 
 
 		 454 aa  203  5e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.105916  hitchhiker  0.00104777 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4930  Patatin  36.67 
 
 		 397 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.149942 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2041  patatin  38.18 
 
 		 397 aa  199  7e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.129971 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4284  patatin  37.91 
 
 		 398 aa  198  1.0000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.150448 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4389  Patatin  36.02 
 
 		 434 aa  190  5e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.525618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3916  patatin  36.02 
 
 		 431 aa  188  1e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.158973 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4284  Patatin  35.24 
 
 		 437 aa  187  4e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.401301  normal  0.127899 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6391  alpha/beta superfamily hydrolase  35.33 
 
 		 389 aa  185  1.0000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.892369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1962  patatin  33.5 
 
 		 403 aa  175  9.999999999999999e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.308138  normal  0.105403 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4658  patatin  36.12 
 
 		 438 aa  167  5e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.631828 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2447  patatin  34.62 
 
 		 375 aa  162  1e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.191371  normal  0.648479 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0147  Patatin  26.59 
 
 		 380 aa  96.7  7e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1588  patatin  29.09 
 
 		 495 aa  52.4  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.296891  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0078  patatin  23.75 
 
 		 418 aa  49.7  0.00009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.767923 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3463  hypothetical protein  25.76 
 
 		 358 aa  48.5  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.702595  normal  0.0993418 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4953  Patatin  26.42 
 
 		 442 aa  45.4  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011732  PCC7424_5594  Patatin  24.88 
 
 		 329 aa  45.1  0.003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4797  patatin  37.1 
 
 		 389 aa  44.7  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00105547 
 
 
-
 
NC_009370  OSTLU_4077  predicted protein  26.97 
 
 		 434 aa  44.3  0.004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0147505 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0853  patatin  25.09 
 
 		 382 aa  44.3  0.004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000107118  unclonable  0.000000108981 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01156  predicted esterase of the alpha-beta hydrolase superfamily protein  25.15 
 
 		 486 aa  43.9  0.005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1627  Patatin  26.29 
 
 		 250 aa  43.5  0.007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.999239  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4645  patatin  30.53 
 
 		 310 aa  43.1  0.009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.74426  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>