182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0078 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007347  Reut_A0108  patatin  82.82 
 
 		 422 aa  647    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0078  patatin  100 
 
 		 418 aa  836    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.767923 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0306  hypothetical protein  68.54 
 
 		 391 aa  533  1e-150  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0168  Patatin  65.98 
 
 		 394 aa  518  1e-146  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0161  Patatin  66.23 
 
 		 385 aa  510  1e-143  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.957782 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0395  patatin  49.87 
 
 		 463 aa  372  1e-102  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00554522 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2295  patatin  48.86 
 
 		 408 aa  369  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0597208  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2909  patatin  48.86 
 
 		 408 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.255249  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2924  patatin  48.86 
 
 		 408 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.761866 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0605  patatin  49.87 
 
 		 414 aa  362  6e-99  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0441  patatin family phospholipase  49.87 
 
 		 414 aa  362  6e-99  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.12986  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0422  patatin family phospholipase  49.87 
 
 		 415 aa  362  7.0000000000000005e-99  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.272938  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2821  patatin  49.61 
 
 		 408 aa  361  1e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.438344 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0365  patatin  50.39 
 
 		 410 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0673192  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2958  patatin  49.61 
 
 		 408 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6252  patatin  49.87 
 
 		 408 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.478627 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0853  patatin  44.76 
 
 		 382 aa  326  4.0000000000000003e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000107118  unclonable  0.000000108981 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1844  patatin  49.1 
 
 		 412 aa  325  7e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.237436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2250  hypothetical protein  47.44 
 
 		 394 aa  321  9.999999999999999e-87  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0978  patatin  45.93 
 
 		 422 aa  317  3e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4479  patatin  46.87 
 
 		 425 aa  317  3e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.493587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3832  patatin  47.62 
 
 		 418 aa  315  7e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1160  alpha-beta hydrolase family esterase  47.81 
 
 		 400 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1094  Patatin  44.74 
 
 		 381 aa  306  3e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.982413  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3273  patatin  44.83 
 
 		 427 aa  306  3e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4076  Patatin  47.18 
 
 		 397 aa  305  8.000000000000001e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2472  patatin  41.96 
 
 		 408 aa  303  3.0000000000000004e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.797753  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2805  Patatin  47.56 
 
 		 410 aa  303  4.0000000000000003e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3870  patatin family protein  42.08 
 
 		 393 aa  278  2e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.838023  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1615  patatin  42.34 
 
 		 394 aa  277  2e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.793061  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1888  hypothetical protein  41.04 
 
 		 380 aa  276  5e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0242  patatin  49.83 
 
 		 300 aa  276  5e-73  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.314598  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1352  patatin family phospholipase  49.83 
 
 		 300 aa  276  5e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.620499  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1697  patatin  42.45 
 
 		 390 aa  272  8.000000000000001e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.741172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1884  hypothetical protein  42.23 
 
 		 389 aa  270  5e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.93068  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1237  patatin  41.51 
 
 		 393 aa  266  5e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.880366  normal  0.614167 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22060  hypothetical protein  41.45 
 
 		 389 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0545767  hitchhiker  7.20357e-19 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2157  patatin  38.52 
 
 		 392 aa  264  2e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.128779  normal  0.260963 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1328  patatin  42.45 
 
 		 382 aa  264  3e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3983  patatin  41.93 
 
 		 382 aa  262  6.999999999999999e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.251538  normal  0.787377 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2513  Patatin  40.62 
 
 		 400 aa  261  2e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.220838  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1736  patatin  41.41 
 
 		 382 aa  260  3e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2426  Patatin  40.62 
 
 		 400 aa  259  5.0000000000000005e-68  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.371525  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4614  patatin  40.56 
 
 		 408 aa  258  9e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.758512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1286  patatin  40.78 
 
 		 382 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2395  patatin  39.95 
 
 		 391 aa  254  3e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.569331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1160  hypothetical protein  37.53 
 
 		 374 aa  249  5e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2547  patatin  37.17 
 
 		 375 aa  248  1e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1500  Patatin  37.27 
 
 		 374 aa  248  1e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000109081  normal  0.428917 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2876  patatin  37.27 
 
 		 374 aa  248  1e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000103139  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2859  patatin  37.01 
 
 		 374 aa  248  2e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000023249  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1344  patatin  37.53 
 
 		 374 aa  246  4e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0143871 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1409  patatin  37.53 
 
 		 374 aa  246  6e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0748735 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1397  patatin  37.53 
 
 		 374 aa  246  6.999999999999999e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0173142  normal  0.188155 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2865  patatin  35.42 
 
 		 374 aa  246  6.999999999999999e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.906951  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3005  patatin  37.01 
 
 		 383 aa  245  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000873649  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3155  hypothetical protein  36.55 
 
 		 374 aa  243  6e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1761  patatin  38.06 
 
 		 376 aa  243  6e-63  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2519  patatin  36.22 
 
 		 374 aa  243  6e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.256378  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3260  patatin  35.68 
 
 		 375 aa  242  7.999999999999999e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1434  patatin  38.97 
 
 		 400 aa  239  5.999999999999999e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2756  patatin  35.25 
 
 		 377 aa  238  2e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3141  patatin  35.14 
 
 		 375 aa  236  4e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.133686  normal  0.0844879 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1392  patatin  38.08 
 
 		 379 aa  236  6e-61  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0427105  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2615  patatin  36.39 
 
 		 374 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1594  patatin-like phospholipase family protein  35.99 
 
 		 383 aa  233  3e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.845479  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1274  patatin  35.25 
 
 		 376 aa  234  3e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.534062  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3101  patatin  35.82 
 
 		 378 aa  229  9e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.480347  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1182  Patatin  38.78 
 
 		 416 aa  224  3e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.41454  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2853  hypothetical protein  32.89 
 
 		 370 aa  209  9e-53  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2722  hypothetical protein  32.89 
 
 		 370 aa  208  1e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5960  Patatin  29.86 
 
 		 421 aa  129  1.0000000000000001e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2155  Patatin  31.63 
 
 		 419 aa  127  3e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2063  Patatin  31.63 
 
 		 419 aa  127  4.0000000000000003e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.719595  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1777  patatin  31.64 
 
 		 419 aa  124  3e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.152361  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4934  Patatin  32.32 
 
 		 429 aa  95.9  1e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.791288  normal  0.414026 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2521  Patatin  26.92 
 
 		 420 aa  84.7  0.000000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0241  hypothetical protein  48.28 
 
 		 109 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.425412  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1353  hypothetical protein  48.28 
 
 		 109 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0565107  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0335  patatin  31.92 
 
 		 377 aa  78.6  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0172701 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0848  patatin  29.7 
 
 		 377 aa  73.6  0.000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00785224 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2219  Patatin  27.64 
 
 		 403 aa  68.9  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2133  patatin  26.53 
 
 		 410 aa  59.7  0.00000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4527  patatin  27.31 
 
 		 405 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0502566  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5147  patatin  27.31 
 
 		 405 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.569515  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5712  patatin  27.31 
 
 		 405 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.25761  normal  0.0781089 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4981  patatin  26.15 
 
 		 405 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3124  patatin  26.15 
 
 		 405 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5313  patatin  25.77 
 
 		 405 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0420  patatin  27.06 
 
 		 397 aa  58.2  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0379208  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22400  Patatin  24.58 
 
 		 343 aa  57.4  0.0000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3168  patatin  25 
 
 		 405 aa  57.8  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0908  patatin  28.45 
 
 		 359 aa  57.4  0.0000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1914  hypothetical protein  26.06 
 
 		 334 aa  57.4  0.0000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0810  Patatin  24.34 
 
 		 347 aa  56.6  0.0000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.163365 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1075  Patatin  25.24 
 
 		 378 aa  56.2  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5528  patatin  28.34 
 
 		 417 aa  55.8  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.510398  hitchhiker  0.00846558 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1865  patatin  25.62 
 
 		 387 aa  56.2  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4269  Patatin  26.74 
 
 		 420 aa  55.5  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.59934  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4797  patatin  25.84 
 
 		 389 aa  55.5  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00105547 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>