240 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0978 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0978  patatin  100 
 
 		 422 aa  847    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2250  hypothetical protein  67.52 
 
 		 394 aa  500  1e-140  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4479  patatin  62 
 
 		 425 aa  478  1e-133  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.493587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3832  patatin  64.74 
 
 		 418 aa  469  1.0000000000000001e-131  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4076  Patatin  64.29 
 
 		 397 aa  457  1e-127  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3273  patatin  60.81 
 
 		 427 aa  444  1e-123  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1844  patatin  58.52 
 
 		 412 aa  438  1e-121  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.237436  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2805  Patatin  58.12 
 
 		 410 aa  426  1e-118  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1160  alpha-beta hydrolase family esterase  55.84 
 
 		 400 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0853  patatin  52.97 
 
 		 382 aa  394  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000107118  unclonable  0.000000108981 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1094  Patatin  51.02 
 
 		 381 aa  355  8.999999999999999e-97  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.982413  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0306  hypothetical protein  49.1 
 
 		 391 aa  347  2e-94  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0168  Patatin  48.18 
 
 		 394 aa  340  2.9999999999999998e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0161  Patatin  48.17 
 
 		 385 aa  337  1.9999999999999998e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.957782 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0078  patatin  45.93 
 
 		 418 aa  334  2e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.767923 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0108  patatin  48.66 
 
 		 422 aa  329  6e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2472  patatin  46.79 
 
 		 408 aa  321  1.9999999999999998e-86  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.797753  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0365  patatin  46.05 
 
 		 410 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0673192  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0395  patatin  45.05 
 
 		 463 aa  319  5e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00554522 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0422  patatin family phospholipase  45.53 
 
 		 415 aa  317  2e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.272938  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0605  patatin  45.53 
 
 		 414 aa  317  3e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0441  patatin family phospholipase  45.53 
 
 		 414 aa  317  3e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.12986  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2924  patatin  44.62 
 
 		 408 aa  315  8e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.761866 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2909  patatin  44.62 
 
 		 408 aa  315  8e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.255249  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2295  patatin  44.62 
 
 		 408 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0597208  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2958  patatin  44.33 
 
 		 408 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1237  patatin  46.29 
 
 		 393 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.880366  normal  0.614167 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6252  patatin  44.62 
 
 		 408 aa  302  9e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.478627 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2821  patatin  44.88 
 
 		 408 aa  302  9e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.438344 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1761  patatin  44.42 
 
 		 376 aa  296  4e-79  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1888  hypothetical protein  42.53 
 
 		 380 aa  290  4e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1594  patatin-like phospholipase family protein  39.79 
 
 		 383 aa  288  2e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.845479  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1615  patatin  43.73 
 
 		 394 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.793061  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2547  patatin  40.87 
 
 		 375 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1286  patatin  45.32 
 
 		 382 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22060  hypothetical protein  42.96 
 
 		 389 aa  282  8.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0545767  hitchhiker  7.20357e-19 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1409  patatin  41.34 
 
 		 374 aa  282  9e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0748735 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1884  hypothetical protein  43.21 
 
 		 389 aa  281  2e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.93068  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1344  patatin  41.09 
 
 		 374 aa  281  2e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0143871 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1328  patatin  44.3 
 
 		 382 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1160  hypothetical protein  40.83 
 
 		 374 aa  281  2e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2519  patatin  41.19 
 
 		 374 aa  280  3e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.256378  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1397  patatin  41.09 
 
 		 374 aa  280  3e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0173142  normal  0.188155 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3005  patatin  40.5 
 
 		 383 aa  279  7e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000873649  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3155  hypothetical protein  41.09 
 
 		 374 aa  278  1e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3870  patatin family protein  43.22 
 
 		 393 aa  278  1e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.838023  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1500  Patatin  41.24 
 
 		 374 aa  278  1e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000109081  normal  0.428917 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2756  patatin  38.27 
 
 		 377 aa  278  1e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2876  patatin  41.24 
 
 		 374 aa  278  1e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000103139  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1697  patatin  43.73 
 
 		 390 aa  277  2e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.741172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2859  patatin  40.98 
 
 		 374 aa  278  2e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000023249  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2615  patatin  42.12 
 
 		 374 aa  275  9e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1274  patatin  40.73 
 
 		 376 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.534062  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3260  patatin  39.43 
 
 		 375 aa  272  8.000000000000001e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1736  patatin  43.54 
 
 		 382 aa  271  2e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2865  patatin  38.14 
 
 		 374 aa  270  2e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.906951  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3141  patatin  38.9 
 
 		 375 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.133686  normal  0.0844879 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3983  patatin  43.54 
 
 		 382 aa  270  4e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.251538  normal  0.787377 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4614  patatin  41.48 
 
 		 408 aa  261  1e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.758512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2395  patatin  40.1 
 
 		 391 aa  261  2e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.569331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1352  patatin family phospholipase  48.12 
 
 		 300 aa  261  2e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.620499  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0242  patatin  48.12 
 
 		 300 aa  261  2e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.314598  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2426  Patatin  40.56 
 
 		 400 aa  258  2e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.371525  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2513  Patatin  40.56 
 
 		 400 aa  258  2e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.220838  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1434  patatin  41.22 
 
 		 400 aa  250  4e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3101  patatin  37.31 
 
 		 378 aa  250  4e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.480347  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2157  patatin  38 
 
 		 392 aa  245  9.999999999999999e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.128779  normal  0.260963 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1392  patatin  35.93 
 
 		 379 aa  228  1e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0427105  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2853  hypothetical protein  33.42 
 
 		 370 aa  219  5e-56  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2722  hypothetical protein  33.16 
 
 		 370 aa  219  7.999999999999999e-56  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1182  Patatin  37.21 
 
 		 416 aa  195  1e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.41454  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5960  Patatin  30.56 
 
 		 421 aa  154  2.9999999999999998e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1777  patatin  32.39 
 
 		 419 aa  147  3e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.152361  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2155  Patatin  31.8 
 
 		 419 aa  147  5e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2063  Patatin  31.57 
 
 		 419 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.719595  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4934  Patatin  31.04 
 
 		 429 aa  110  4.0000000000000004e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.791288  normal  0.414026 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2521  Patatin  30.72 
 
 		 420 aa  87  6e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0848  patatin  30.42 
 
 		 377 aa  73.6  0.000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00785224 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1925  hypothetical protein  23.83 
 
 		 339 aa  69.3  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0335  patatin  31.64 
 
 		 377 aa  67.8  0.0000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0172701 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1914  hypothetical protein  25.22 
 
 		 334 aa  67.4  0.0000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1856  patatin  26.32 
 
 		 400 aa  65.5  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5145  Patatin  30.9 
 
 		 294 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.270207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0858  Patatin  25.66 
 
 		 399 aa  64.7  0.000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8092  Patatin  29.02 
 
 		 382 aa  63.9  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0221  hypothetical protein  31.38 
 
 		 303 aa  62  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1075  Patatin  27.87 
 
 		 378 aa  62.4  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4052  patatin  27.07 
 
 		 375 aa  62  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1353  hypothetical protein  43.06 
 
 		 109 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0565107  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0241  hypothetical protein  43.06 
 
 		 109 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.425412  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3896  patatin  26.32 
 
 		 379 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0966  patatin  26.61 
 
 		 379 aa  60.5  0.00000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.612585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22400  Patatin  22.31 
 
 		 343 aa  60.1  0.00000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0151  patatin  24.31 
 
 		 442 aa  59.7  0.00000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0557  patatin  27.52 
 
 		 405 aa  59.7  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1398  phospholipase, patatin family  30.46 
 
 		 352 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.326586 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3124  patatin  27.48 
 
 		 405 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4981  patatin  27.48 
 
 		 405 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1641  Patatin  29.22 
 
 		 382 aa  58.2  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4579  patatin  25.42 
 
 		 291 aa  57.8  0.0000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.325254 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>