More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1344 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_2519  patatin  91.42 
 
 
374 aa  717    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.256378  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1500  Patatin  92.49 
 
 
374 aa  723    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000109081  normal  0.428917 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3155  hypothetical protein  95.44 
 
 
374 aa  747    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2876  patatin  92.49 
 
 
374 aa  723    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000103139  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1397  patatin  99.73 
 
 
374 aa  770    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0173142  normal  0.188155 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2859  patatin  91.96 
 
 
374 aa  719    Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000023249  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3005  patatin  92.23 
 
 
383 aa  721    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000873649  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1344  patatin  100 
 
 
374 aa  773    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0143871 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1160  hypothetical protein  83.65 
 
 
374 aa  654    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1409  patatin  99.73 
 
 
374 aa  771    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0748735 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2756  patatin  79.09 
 
 
377 aa  628  1e-179  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2547  patatin  79.95 
 
 
375 aa  625  1e-178  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3260  patatin  76.68 
 
 
375 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3141  patatin  74.53 
 
 
375 aa  595  1e-169  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.133686  normal  0.0844879 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2615  patatin  77.75 
 
 
374 aa  593  1e-168  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2865  patatin  75.34 
 
 
374 aa  586  1e-166  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.906951  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1594  patatin-like phospholipase family protein  52.96 
 
 
383 aa  401  9.999999999999999e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.845479  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1274  patatin  51.62 
 
 
376 aa  379  1e-104  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.534062  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0853  patatin  46.92 
 
 
382 aa  327  2.0000000000000001e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000107118  unclonable  0.000000108981 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1094  Patatin  44.09 
 
 
381 aa  303  3.0000000000000004e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.982413  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2472  patatin  42.78 
 
 
408 aa  301  1e-80  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.797753  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1237  patatin  42.63 
 
 
393 aa  294  2e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.880366  normal  0.614167 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1761  patatin  43.62 
 
 
376 aa  293  3e-78  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1697  patatin  40.48 
 
 
390 aa  288  7e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.741172  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1615  patatin  41.53 
 
 
394 aa  288  1e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.793061  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0395  patatin  41.16 
 
 
463 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00554522 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2821  patatin  41.16 
 
 
408 aa  286  5e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.438344 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3870  patatin family protein  41.01 
 
 
393 aa  286  5.999999999999999e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.838023  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2958  patatin  41.16 
 
 
408 aa  285  8e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22060  hypothetical protein  40.89 
 
 
389 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0545767  hitchhiker  7.20357e-19 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6252  patatin  40.84 
 
 
408 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.478627 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1884  hypothetical protein  41.15 
 
 
389 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.93068  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2924  patatin  39.79 
 
 
408 aa  280  4e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.761866 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2909  patatin  39.79 
 
 
408 aa  280  4e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.255249  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1286  patatin  40.47 
 
 
382 aa  279  7e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2295  patatin  39.53 
 
 
408 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0597208  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1328  patatin  39.69 
 
 
382 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4076  Patatin  43.48 
 
 
397 aa  272  7e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2805  Patatin  42.97 
 
 
410 aa  270  2e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2250  hypothetical protein  43.43 
 
 
394 aa  271  2e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1888  hypothetical protein  40.48 
 
 
380 aa  270  2e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0365  patatin  38.46 
 
 
410 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0673192  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1736  patatin  39.43 
 
 
382 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3983  patatin  39.43 
 
 
382 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.251538  normal  0.787377 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0978  patatin  41.09 
 
 
422 aa  265  1e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0422  patatin family phospholipase  37.89 
 
 
415 aa  265  1e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.272938  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0441  patatin family phospholipase  37.89 
 
 
414 aa  264  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.12986  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0605  patatin  37.89 
 
 
414 aa  264  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2157  patatin  39.95 
 
 
392 aa  264  2e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.128779  normal  0.260963 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2513  Patatin  39.74 
 
 
400 aa  260  2e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.220838  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2426  Patatin  39.47 
 
 
400 aa  258  1e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.371525  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3273  patatin  40.31 
 
 
427 aa  258  1e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4479  patatin  41.07 
 
 
425 aa  258  2e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.493587  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1434  patatin  39.16 
 
 
400 aa  254  2.0000000000000002e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1844  patatin  40.21 
 
 
412 aa  251  2e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.237436  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2395  patatin  38.32 
 
 
391 aa  250  3e-65  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.569331  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3832  patatin  41.86 
 
 
418 aa  248  1e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0078  patatin  37.53 
 
 
418 aa  246  4e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.767923 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0306  hypothetical protein  37.2 
 
 
391 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3101  patatin  36.36 
 
 
378 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.480347  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2722  hypothetical protein  35.09 
 
 
370 aa  241  1e-62  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0168  Patatin  36.77 
 
 
394 aa  239  5e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2853  hypothetical protein  34.83 
 
 
370 aa  239  6.999999999999999e-62  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0161  Patatin  36.83 
 
 
385 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.957782 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1160  alpha-beta hydrolase family esterase  38.76 
 
 
400 aa  233  3e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0108  patatin  36.93 
 
 
422 aa  232  8.000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1392  patatin  34.31 
 
 
379 aa  232  1e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0427105  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1182  Patatin  36.72 
 
 
416 aa  224  2e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.41454  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4614  patatin  35.9 
 
 
408 aa  215  9.999999999999999e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.758512  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0242  patatin  40.14 
 
 
300 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.314598  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1352  patatin family phospholipase  40.14 
 
 
300 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.620499  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5960  Patatin  32.51 
 
 
421 aa  166  8e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2155  Patatin  28.68 
 
 
419 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2063  Patatin  28.68 
 
 
419 aa  138  2e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.719595  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1777  patatin  27.97 
 
 
419 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.152361  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4934  Patatin  30.66 
 
 
429 aa  111  3e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.791288  normal  0.414026 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4052  patatin  24.94 
 
 
375 aa  94.7  2e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2521  Patatin  25.13 
 
 
420 aa  86.7  6e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22400  Patatin  28.37 
 
 
343 aa  85.9  9e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0335  patatin  30.68 
 
 
377 aa  85.5  0.000000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0172701 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0848  patatin  28.97 
 
 
377 aa  84  0.000000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00785224 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1914  hypothetical protein  28.62 
 
 
334 aa  82.4  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1925  hypothetical protein  28.62 
 
 
339 aa  80.9  0.00000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2133  patatin  27.3 
 
 
410 aa  79.3  0.00000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4609  patatin  29.79 
 
 
379 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.995151 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4143  patatin  29.79 
 
 
379 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.517871 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4579  patatin  25.8 
 
 
291 aa  74.7  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.325254 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3124  patatin  26.69 
 
 
405 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3168  patatin  25.55 
 
 
405 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4527  patatin  26.69 
 
 
405 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0502566  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0937  patatin  24.02 
 
 
385 aa  73.2  0.000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5147  patatin  26.69 
 
 
405 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.569515  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5712  patatin  26.69 
 
 
405 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.25761  normal  0.0781089 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4981  patatin  26.38 
 
 
405 aa  73.2  0.000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5074  Patatin  23.1 
 
 
332 aa  72.8  0.000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5313  patatin  26.69 
 
 
405 aa  72.8  0.000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4147  Patatin  28.51 
 
 
387 aa  72.8  0.000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.649145  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1075  Patatin  26.06 
 
 
378 aa  72  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5327  patatin  25.71 
 
 
418 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0286703 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0386  patatin  25.62 
 
 
387 aa  71.2  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>