More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2756 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2756  patatin  100 
 
 		 377 aa  780    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1344  patatin  79.09 
 
 		 374 aa  628  1e-179  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0143871 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1409  patatin  79.09 
 
 		 374 aa  628  1e-179  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0748735 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1397  patatin  79.09 
 
 		 374 aa  627  1e-178  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0173142  normal  0.188155 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3155  hypothetical protein  77.48 
 
 		 374 aa  619  1e-176  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1500  Patatin  77.27 
 
 		 374 aa  619  1e-176  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000109081  normal  0.428917 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2859  patatin  77.01 
 
 		 374 aa  617  1e-176  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000023249  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2876  patatin  77.27 
 
 		 374 aa  619  1e-176  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000103139  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3005  patatin  76.86 
 
 		 383 aa  620  1e-176  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000873649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2519  patatin  76.94 
 
 		 374 aa  617  1e-176  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.256378  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2547  patatin  76.14 
 
 		 375 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1160  hypothetical protein  75.87 
 
 		 374 aa  598  1e-170  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3260  patatin  71.12 
 
 		 375 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2615  patatin  72.46 
 
 		 374 aa  561  1.0000000000000001e-159  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3141  patatin  69.44 
 
 		 375 aa  556  1e-157  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.133686  normal  0.0844879 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2865  patatin  69.71 
 
 		 374 aa  553  1e-156  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.906951  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1594  patatin-like phospholipase family protein  52.83 
 
 		 383 aa  400  9.999999999999999e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.845479  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1274  patatin  51.08 
 
 		 376 aa  374  1e-102  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.534062  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0853  patatin  44.3 
 
 		 382 aa  315  8e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000107118  unclonable  0.000000108981 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1094  Patatin  42.93 
 
 		 381 aa  308  9e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.982413  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2472  patatin  41.55 
 
 		 408 aa  305  1.0000000000000001e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.797753  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1237  patatin  40.63 
 
 		 393 aa  301  1e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.880366  normal  0.614167 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1697  patatin  40.21 
 
 		 390 aa  297  2e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.741172  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1286  patatin  40.68 
 
 		 382 aa  293  2e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22060  hypothetical protein  40 
 
 		 389 aa  294  2e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0545767  hitchhiker  7.20357e-19 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1884  hypothetical protein  40 
 
 		 389 aa  291  1e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.93068  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1328  patatin  39.11 
 
 		 382 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1888  hypothetical protein  41.53 
 
 		 380 aa  286  5.999999999999999e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3983  patatin  38.85 
 
 		 382 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.251538  normal  0.787377 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1736  patatin  38.58 
 
 		 382 aa  280  2e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1615  patatin  38.03 
 
 		 394 aa  279  6e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.793061  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3870  patatin family protein  37.47 
 
 		 393 aa  276  5e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.838023  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1761  patatin  39.73 
 
 		 376 aa  275  8e-73  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2958  patatin  38.26 
 
 		 408 aa  264  2e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2821  patatin  38.26 
 
 		 408 aa  263  3e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.438344 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0365  patatin  37.14 
 
 		 410 aa  263  4e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0673192  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2157  patatin  39.9 
 
 		 392 aa  263  4e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.128779  normal  0.260963 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0395  patatin  37.47 
 
 		 463 aa  261  1e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00554522 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0978  patatin  38.27 
 
 		 422 aa  261  2e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2395  patatin  38.32 
 
 		 391 aa  259  4e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.569331  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0168  Patatin  37.86 
 
 		 394 aa  258  9e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0422  patatin family phospholipase  37.14 
 
 		 415 aa  258  1e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.272938  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2924  patatin  38.15 
 
 		 408 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.761866 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0605  patatin  37.14 
 
 		 414 aa  258  1e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0441  patatin family phospholipase  37.14 
 
 		 414 aa  258  1e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.12986  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2909  patatin  38.15 
 
 		 408 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.255249  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6252  patatin  37.2 
 
 		 408 aa  257  3e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.478627 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3101  patatin  36.12 
 
 		 378 aa  257  3e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.480347  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2295  patatin  37.87 
 
 		 408 aa  256  4e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0597208  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2250  hypothetical protein  40.25 
 
 		 394 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0161  Patatin  37.93 
 
 		 385 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.957782 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2513  Patatin  37.4 
 
 		 400 aa  253  4.0000000000000004e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.220838  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2426  Patatin  37.14 
 
 		 400 aa  251  2e-65  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.371525  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0306  hypothetical protein  37.24 
 
 		 391 aa  250  3e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2805  Patatin  37.91 
 
 		 410 aa  246  4.9999999999999997e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4076  Patatin  38.56 
 
 		 397 aa  245  9.999999999999999e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1434  patatin  36.94 
 
 		 400 aa  245  9.999999999999999e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1844  patatin  37.95 
 
 		 412 aa  244  1.9999999999999999e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.237436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3273  patatin  37.44 
 
 		 427 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0078  patatin  35.25 
 
 		 418 aa  238  2e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.767923 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2853  hypothetical protein  34.9 
 
 		 370 aa  236  5.0000000000000005e-61  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3832  patatin  39.43 
 
 		 418 aa  236  6e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2722  hypothetical protein  34.9 
 
 		 370 aa  235  9e-61  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1392  patatin  33.95 
 
 		 379 aa  233  5e-60  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0427105  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4479  patatin  37.28 
 
 		 425 aa  233  6e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.493587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0108  patatin  34.05 
 
 		 422 aa  226  7e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1160  alpha-beta hydrolase family esterase  36.08 
 
 		 400 aa  225  1e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1182  Patatin  35.08 
 
 		 416 aa  220  3.9999999999999997e-56  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.41454  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4614  patatin  35.82 
 
 		 408 aa  215  9.999999999999999e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.758512  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1352  patatin family phospholipase  39.3 
 
 		 300 aa  200  3e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.620499  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0242  patatin  39.3 
 
 		 300 aa  200  3e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.314598  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5960  Patatin  29.56 
 
 		 421 aa  157  4e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2155  Patatin  27.93 
 
 		 419 aa  138  2e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2063  Patatin  27.68 
 
 		 419 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.719595  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1777  patatin  26.85 
 
 		 419 aa  130  4.0000000000000003e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.152361  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4934  Patatin  30.66 
 
 		 429 aa  117  3e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.791288  normal  0.414026 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4052  patatin  24.01 
 
 		 375 aa  93.6  5e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2521  Patatin  24.47 
 
 		 420 aa  88.2  2e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0335  patatin  31.08 
 
 		 377 aa  87.4  4e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0172701 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0848  patatin  28.97 
 
 		 377 aa  85.5  0.000000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00785224 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1914  hypothetical protein  26.05 
 
 		 334 aa  81.6  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1925  hypothetical protein  26.05 
 
 		 339 aa  79.7  0.00000000000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3007  Patatin  25.46 
 
 		 331 aa  79  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22400  Patatin  25 
 
 		 343 aa  78.2  0.0000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2133  patatin  28.85 
 
 		 410 aa  75.5  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0966  patatin  29.61 
 
 		 379 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.612585  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4457  patatin  29.2 
 
 		 312 aa  73.2  0.000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5074  Patatin  24.28 
 
 		 332 aa  70.9  0.00000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1865  patatin  27.71 
 
 		 387 aa  69.7  0.00000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5355  Patatin  24.35 
 
 		 382 aa  68.9  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.137697  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1075  Patatin  25.2 
 
 		 378 aa  68.2  0.0000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5313  patatin  23.8 
 
 		 405 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4147  Patatin  27.5 
 
 		 387 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.649145  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2310  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase family protein  25.77 
 
 		 757 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3124  patatin  25.62 
 
 		 405 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0937  patatin  24.11 
 
 		 385 aa  68.6  0.0000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2023  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase family protein  25.38 
 
 		 757 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2313  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase family protein  25.38 
 
 		 757 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2694  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  22.19 
 
 		 763 aa  67.8  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.93746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3896  patatin  27.04 
 
 		 379 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>