153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0168 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0168  Patatin  100 
 
 		 394 aa  794    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0306  hypothetical protein  88.72 
 
 		 391 aa  704    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0161  Patatin  98.7 
 
 		 385 aa  768    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.957782 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0078  patatin  65.98 
 
 		 418 aa  518  1e-146  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.767923 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0108  patatin  65.47 
 
 		 422 aa  503  1e-141  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2909  patatin  52.51 
 
 		 408 aa  395  1e-109  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.255249  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2924  patatin  52.51 
 
 		 408 aa  395  1e-109  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.761866 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0395  patatin  51.82 
 
 		 463 aa  397  1e-109  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00554522 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2295  patatin  52.51 
 
 		 408 aa  394  1e-108  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0597208  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2821  patatin  52.09 
 
 		 408 aa  382  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.438344 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2958  patatin  52.09 
 
 		 408 aa  383  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0605  patatin  52.21 
 
 		 414 aa  379  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6252  patatin  51.98 
 
 		 408 aa  378  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.478627 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0365  patatin  52.47 
 
 		 410 aa  381  1e-104  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0673192  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0422  patatin family phospholipase  52.21 
 
 		 415 aa  379  1e-104  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.272938  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0441  patatin family phospholipase  52.21 
 
 		 414 aa  379  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.12986  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2250  hypothetical protein  50.26 
 
 		 394 aa  335  7e-91  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1094  Patatin  48.58 
 
 		 381 aa  335  1e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.982413  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4479  patatin  49.36 
 
 		 425 aa  334  2e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.493587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0853  patatin  46.35 
 
 		 382 aa  332  9e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000107118  unclonable  0.000000108981 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4076  Patatin  49.36 
 
 		 397 aa  329  6e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1844  patatin  49.61 
 
 		 412 aa  325  7e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.237436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0978  patatin  48.18 
 
 		 422 aa  324  2e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3832  patatin  48.31 
 
 		 418 aa  316  4e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2472  patatin  44.65 
 
 		 408 aa  310  2e-83  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.797753  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2805  Patatin  47.55 
 
 		 410 aa  305  6e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1160  alpha-beta hydrolase family esterase  46.19 
 
 		 400 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3273  patatin  44.56 
 
 		 427 aa  303  5.000000000000001e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1237  patatin  45.31 
 
 		 393 aa  292  5e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.880366  normal  0.614167 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3870  patatin family protein  43.78 
 
 		 393 aa  289  6e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.838023  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1286  patatin  45.57 
 
 		 382 aa  287  2e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1615  patatin  44.42 
 
 		 394 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.793061  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1697  patatin  44.68 
 
 		 390 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.741172  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1328  patatin  44.01 
 
 		 382 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0242  patatin  50.33 
 
 		 300 aa  281  1e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.314598  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1352  patatin family phospholipase  50.33 
 
 		 300 aa  281  1e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.620499  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1884  hypothetical protein  43.6 
 
 		 389 aa  278  8e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.93068  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22060  hypothetical protein  43.38 
 
 		 389 aa  277  3e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0545767  hitchhiker  7.20357e-19 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3983  patatin  44.27 
 
 		 382 aa  276  3e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.251538  normal  0.787377 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1736  patatin  44.01 
 
 		 382 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1888  hypothetical protein  39.18 
 
 		 380 aa  270  4e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2395  patatin  40.71 
 
 		 391 aa  265  8.999999999999999e-70  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.569331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2157  patatin  39.02 
 
 		 392 aa  265  1e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.128779  normal  0.260963 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1761  patatin  41.32 
 
 		 376 aa  261  2e-68  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2756  patatin  37.86 
 
 		 377 aa  258  9e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2865  patatin  35.79 
 
 		 374 aa  250  3e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.906951  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2547  patatin  37.17 
 
 		 375 aa  248  2e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3260  patatin  35.45 
 
 		 375 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2859  patatin  37.47 
 
 		 374 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000023249  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2513  Patatin  39.58 
 
 		 400 aa  244  1.9999999999999999e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.220838  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2426  Patatin  39.58 
 
 		 400 aa  243  3e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.371525  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4614  patatin  41.13 
 
 		 408 aa  241  1e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.758512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1500  Patatin  37.2 
 
 		 374 aa  241  2e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000109081  normal  0.428917 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3141  patatin  35.79 
 
 		 375 aa  241  2e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.133686  normal  0.0844879 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3101  patatin  38.79 
 
 		 378 aa  241  2e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.480347  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1409  patatin  37.04 
 
 		 374 aa  241  2e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0748735 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2876  patatin  37.2 
 
 		 374 aa  241  2e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000103139  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1274  patatin  37.4 
 
 		 376 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.534062  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1160  hypothetical protein  37.2 
 
 		 374 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1344  patatin  36.77 
 
 		 374 aa  239  5e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0143871 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1397  patatin  36.77 
 
 		 374 aa  239  5.999999999999999e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0173142  normal  0.188155 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3155  hypothetical protein  36.91 
 
 		 374 aa  238  1e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2519  patatin  36.51 
 
 		 374 aa  238  1e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.256378  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2615  patatin  36.58 
 
 		 374 aa  238  2e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3005  patatin  36.94 
 
 		 383 aa  237  2e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000873649  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1594  patatin-like phospholipase family protein  36.03 
 
 		 383 aa  234  3e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.845479  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1434  patatin  39.06 
 
 		 400 aa  230  4e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1392  patatin  36.62 
 
 		 379 aa  218  2e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0427105  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1182  Patatin  36.52 
 
 		 416 aa  206  9e-52  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.41454  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2722  hypothetical protein  33.68 
 
 		 370 aa  199  7.999999999999999e-50  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2853  hypothetical protein  33.68 
 
 		 370 aa  199  1.0000000000000001e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2155  Patatin  34.15 
 
 		 419 aa  149  6e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2063  Patatin  33.9 
 
 		 419 aa  147  4.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.719595  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1777  patatin  32.68 
 
 		 419 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.152361  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5960  Patatin  30.49 
 
 		 421 aa  131  2.0000000000000002e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0241  hypothetical protein  58.97 
 
 		 109 aa  94.4  3e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.425412  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1353  hypothetical protein  58.97 
 
 		 109 aa  94.4  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0565107  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4934  Patatin  28.13 
 
 		 429 aa  94.4  4e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.791288  normal  0.414026 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2521  Patatin  29.15 
 
 		 420 aa  77.8  0.0000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0848  patatin  29.84 
 
 		 377 aa  72.4  0.00000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00785224 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0335  patatin  30.38 
 
 		 377 aa  68.9  0.0000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0172701 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4579  patatin  27.6 
 
 		 291 aa  59.7  0.00000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.325254 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4052  patatin  26.89 
 
 		 375 aa  58.9  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1075  Patatin  26.38 
 
 		 378 aa  57.4  0.0000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2137  patatin  28.41 
 
 		 309 aa  57.4  0.0000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0908  patatin  27.92 
 
 		 359 aa  56.6  0.0000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0937  patatin  25.98 
 
 		 385 aa  56.2  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5145  Patatin  29.15 
 
 		 294 aa  55.1  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.270207  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3249  patatin  27.44 
 
 		 383 aa  54.3  0.000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2164  patatin  26.48 
 
 		 398 aa  54.3  0.000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.22699  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3621  patatin  23.12 
 
 		 444 aa  52.8  0.000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1925  hypothetical protein  26.72 
 
 		 339 aa  52.8  0.00001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1914  hypothetical protein  26.29 
 
 		 334 aa  51.6  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4153  Patatin  25.71 
 
 		 277 aa  51.6  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0279461  normal  0.153113 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2133  patatin  26.89 
 
 		 410 aa  51.2  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5074  Patatin  24.1 
 
 		 332 aa  50.8  0.00004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3052  patatin  25.4 
 
 		 394 aa  50.8  0.00004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.896027  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1886  patatin  25.08 
 
 		 346 aa  50.4  0.00005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0279531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1858  patatin  30.56 
 
 		 344 aa  50.4  0.00006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000552891  normal  0.630364 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0703  patatin  28.16 
 
 		 365 aa  50.1  0.00006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>