289 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1888 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1888  hypothetical protein  100 
 
 		 380 aa  785    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1237  patatin  50.4 
 
 		 393 aa  359  5e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.880366  normal  0.614167 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2157  patatin  47.37 
 
 		 392 aa  356  3.9999999999999996e-97  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.128779  normal  0.260963 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3101  patatin  48.97 
 
 		 378 aa  354  1e-96  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.480347  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22060  hypothetical protein  49.48 
 
 		 389 aa  352  8e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0545767  hitchhiker  7.20357e-19 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1884  hypothetical protein  49.48 
 
 		 389 aa  350  2e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.93068  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1286  patatin  48.94 
 
 		 382 aa  344  2e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1615  patatin  48.94 
 
 		 394 aa  342  7e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.793061  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3870  patatin family protein  48.94 
 
 		 393 aa  340  2e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.838023  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1697  patatin  47 
 
 		 390 aa  334  2e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.741172  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1328  patatin  46.56 
 
 		 382 aa  330  2e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3983  patatin  46.56 
 
 		 382 aa  330  3e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.251538  normal  0.787377 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1736  patatin  46.56 
 
 		 382 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1094  Patatin  46.97 
 
 		 381 aa  327  2.0000000000000001e-88  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.982413  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2472  patatin  43.85 
 
 		 408 aa  320  3e-86  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.797753  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0853  patatin  44.18 
 
 		 382 aa  303  5.000000000000001e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000107118  unclonable  0.000000108981 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1594  patatin-like phospholipase family protein  39.63 
 
 		 383 aa  290  3e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.845479  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2756  patatin  41.53 
 
 		 377 aa  286  5.999999999999999e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2924  patatin  41.15 
 
 		 408 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.761866 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2909  patatin  41.15 
 
 		 408 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.255249  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2295  patatin  41.15 
 
 		 408 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0597208  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2821  patatin  41.51 
 
 		 408 aa  280  4e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.438344 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0422  patatin family phospholipase  41.15 
 
 		 415 aa  279  7e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.272938  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0605  patatin  41.15 
 
 		 414 aa  279  7e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0441  patatin family phospholipase  41.34 
 
 		 414 aa  278  8e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.12986  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0365  patatin  41.09 
 
 		 410 aa  278  9e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0673192  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0395  patatin  40.36 
 
 		 463 aa  278  1e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00554522 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2250  hypothetical protein  43.07 
 
 		 394 aa  277  2e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2865  patatin  39.26 
 
 		 374 aa  277  2e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.906951  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1761  patatin  39.84 
 
 		 376 aa  277  2e-73  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2958  patatin  41.25 
 
 		 408 aa  277  2e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3260  patatin  40.05 
 
 		 375 aa  277  3e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0078  patatin  41.04 
 
 		 418 aa  276  4e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.767923 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2547  patatin  40.53 
 
 		 375 aa  276  5e-73  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2519  patatin  40.58 
 
 		 374 aa  275  7e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.256378  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0306  hypothetical protein  41.07 
 
 		 391 aa  275  9e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1160  hypothetical protein  40.85 
 
 		 374 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6252  patatin  40.21 
 
 		 408 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.478627 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2859  patatin  39.52 
 
 		 374 aa  273  3e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000023249  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2615  patatin  40.37 
 
 		 374 aa  273  3e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0978  patatin  42.53 
 
 		 422 aa  273  4.0000000000000004e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3273  patatin  42.82 
 
 		 427 aa  270  2e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1344  patatin  40.48 
 
 		 374 aa  270  2e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0143871 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1409  patatin  40.48 
 
 		 374 aa  271  2e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0748735 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1500  Patatin  38.99 
 
 		 374 aa  270  4e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000109081  normal  0.428917 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0168  Patatin  39.18 
 
 		 394 aa  270  4e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2876  patatin  38.99 
 
 		 374 aa  270  4e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000103139  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1397  patatin  40.48 
 
 		 374 aa  270  4e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0173142  normal  0.188155 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3141  patatin  38.3 
 
 		 375 aa  268  8e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.133686  normal  0.0844879 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0161  Patatin  39.84 
 
 		 385 aa  268  8e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.957782 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3005  patatin  39.1 
 
 		 383 aa  268  1e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000873649  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4479  patatin  41.12 
 
 		 425 aa  262  8e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.493587  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3155  hypothetical protein  39.42 
 
 		 374 aa  262  8.999999999999999e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1274  patatin  38.4 
 
 		 376 aa  261  1e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.534062  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2426  Patatin  38.22 
 
 		 400 aa  261  2e-68  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.371525  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2513  Patatin  38.22 
 
 		 400 aa  261  2e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.220838  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0108  patatin  40.69 
 
 		 422 aa  258  1e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4076  Patatin  41.54 
 
 		 397 aa  258  1e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1844  patatin  41.56 
 
 		 412 aa  258  1e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.237436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2395  patatin  36.94 
 
 		 391 aa  254  1.0000000000000001e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.569331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1434  patatin  38.16 
 
 		 400 aa  252  6e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3832  patatin  41.07 
 
 		 418 aa  247  2e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2805  Patatin  40.61 
 
 		 410 aa  246  4e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1160  alpha-beta hydrolase family esterase  38.99 
 
 		 400 aa  237  3e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1182  Patatin  36.72 
 
 		 416 aa  231  2e-59  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.41454  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1392  patatin  37.17 
 
 		 379 aa  229  4e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0427105  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0242  patatin  42.56 
 
 		 300 aa  228  1e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.314598  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1352  patatin family phospholipase  42.56 
 
 		 300 aa  228  1e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.620499  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4614  patatin  38.56 
 
 		 408 aa  216  5e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.758512  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2722  hypothetical protein  32.28 
 
 		 370 aa  211  1e-53  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2853  hypothetical protein  32.28 
 
 		 370 aa  211  2e-53  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5960  Patatin  30.79 
 
 		 421 aa  169  7e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2063  Patatin  32.13 
 
 		 419 aa  158  2e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.719595  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2155  Patatin  31.88 
 
 		 419 aa  156  6e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1777  patatin  31.54 
 
 		 419 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.152361  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4934  Patatin  34.11 
 
 		 429 aa  121  1.9999999999999998e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.791288  normal  0.414026 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2521  Patatin  28.79 
 
 		 420 aa  97.4  4e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1075  Patatin  30.65 
 
 		 378 aa  84.3  0.000000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0848  patatin  33.06 
 
 		 377 aa  82.8  0.000000000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00785224 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4052  patatin  27.52 
 
 		 375 aa  81.6  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1865  patatin  30.47 
 
 		 387 aa  79.7  0.00000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4579  patatin  28.82 
 
 		 291 aa  78.6  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.325254 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0335  patatin  27.78 
 
 		 377 aa  77  0.0000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0172701 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0196  patatin  28.83 
 
 		 429 aa  75.9  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22400  Patatin  24.49 
 
 		 343 aa  74.3  0.000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4457  patatin  29.13 
 
 		 312 aa  73.9  0.000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5565  patatin  22.55 
 
 		 427 aa  70.5  0.00000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7395  patatin  27.95 
 
 		 277 aa  70.1  0.00000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2133  patatin  27.39 
 
 		 410 aa  69.7  0.00000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2410  Patatin  23.17 
 
 		 423 aa  69.7  0.00000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.648582  normal  0.741283 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1914  hypothetical protein  26.03 
 
 		 334 aa  68.9  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0386  patatin  28.28 
 
 		 387 aa  68.9  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0221  hypothetical protein  28.63 
 
 		 303 aa  68.6  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1925  hypothetical protein  26.44 
 
 		 339 aa  68.9  0.0000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0151  patatin  27.37 
 
 		 442 aa  68.2  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4147  Patatin  26.5 
 
 		 387 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.649145  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4797  patatin  27.91 
 
 		 389 aa  67.8  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00105547 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0501  patatin  25.56 
 
 		 293 aa  67  0.0000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1598  patatin  27.95 
 
 		 414 aa  67  0.0000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.221223 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4848  patatin  28.07 
 
 		 290 aa  66.6  0.0000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.939066 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>