More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1034 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_1034  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  100 
 
 
359 aa  728    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.330861  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0570  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  51.38 
 
 
365 aa  333  4e-90  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.124586  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0449  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.09 
 
 
366 aa  318  7e-86  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7799  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.63 
 
 
384 aa  317  3e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.57968  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1836  ABC transporter, atp_binding subunit  48.6 
 
 
364 aa  312  5.999999999999999e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.382756 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2153  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.26 
 
 
367 aa  312  5.999999999999999e-84  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.200708  normal  0.986613 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1587  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.61 
 
 
376 aa  311  9e-84  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.167194 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0201  ABC transporter related  47.67 
 
 
350 aa  304  2.0000000000000002e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.490731 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1613  sperimidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  44.76 
 
 
365 aa  303  4.0000000000000003e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003668  spermidine putrescine transport ATP-binding protein PotA  43.3 
 
 
373 aa  303  4.0000000000000003e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5592  ABC transporter related  47.32 
 
 
358 aa  301  1e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7063  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.53 
 
 
353 aa  301  1e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.790238 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2418  sperimidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  46.98 
 
 
363 aa  301  2e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2398  ABC transporter  47.88 
 
 
384 aa  300  2e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0142955  normal  0.636582 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2664  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  47.32 
 
 
384 aa  300  3e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0379028  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2369  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.44 
 
 
373 aa  299  5e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6541  ABC transporter related  46.9 
 
 
359 aa  298  7e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.131089 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4361  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  47.04 
 
 
362 aa  298  8e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000264978  normal  0.276396 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5131  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.34 
 
 
381 aa  298  1e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1716  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.38 
 
 
355 aa  297  2e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198407  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0301  putative spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  46.35 
 
 
355 aa  296  3e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00163011  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0666  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.25 
 
 
367 aa  296  4e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0172946 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3459  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.19 
 
 
378 aa  296  4e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.356453  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1882  ABC polyamine/opine transporter, ATPase subunit  43.82 
 
 
367 aa  296  5e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  unclonable  0.000264611  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0530  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.82 
 
 
367 aa  296  5e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2208  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  46.96 
 
 
363 aa  295  6e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.103585  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6092  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (polyamine)  48.2 
 
 
358 aa  295  8e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.196126  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4439  ABC transporter related  45.56 
 
 
348 aa  294  1e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5470  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.66 
 
 
364 aa  294  2e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.867721  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3244  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  44.54 
 
 
384 aa  294  2e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.290922  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6246  ABC transporter related  46.75 
 
 
359 aa  293  3e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.836052  normal  0.532087 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0327  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein, putative  45.71 
 
 
355 aa  293  4e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.100504  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4690  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.3 
 
 
379 aa  293  4e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.834348  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1782  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.22 
 
 
364 aa  293  4e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.132629  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4200  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.66 
 
 
372 aa  293  4e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6033  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.04 
 
 
349 aa  293  5e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2987  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  43.48 
 
 
366 aa  292  6e-78  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.238574  normal  0.74415 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3138  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.04 
 
 
423 aa  292  7e-78  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.227563  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1266  ABC transporter related  44.54 
 
 
365 aa  292  7e-78  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.358849  normal  0.95628 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2487  ABC transporter related  43.59 
 
 
379 aa  292  7e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00872773  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6322  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.73 
 
 
385 aa  292  7e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0819115  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0280  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  46.48 
 
 
384 aa  291  1e-77  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1865  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.49 
 
 
364 aa  291  1e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.919871  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4263  ABC transporter related  44.69 
 
 
364 aa  290  2e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4321  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.89 
 
 
363 aa  290  2e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.692532  normal  0.412011 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6112  ABC transporter related  45.19 
 
 
368 aa  291  2e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.614045  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3853  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50.7 
 
 
357 aa  291  2e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1932  ABC transporter related  44.81 
 
 
382 aa  290  3e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0195576 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1952  ABC transporter related  44.81 
 
 
382 aa  290  3e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3817  polyamine ABC transporter ATP-binding protein  44.81 
 
 
382 aa  289  6e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.217368  normal  0.691578 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07860  putative ATP-binding component of ABC transporter  44.57 
 
 
369 aa  289  6e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0131341 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3737  ABC transporter related  46.8 
 
 
349 aa  289  6e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2088  ABC transporter related  45.08 
 
 
382 aa  289  7e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.619396  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4615  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  42.28 
 
 
374 aa  288  1e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.268203 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4419  ABC transporter related  43.66 
 
 
356 aa  288  1e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3104  ABC transporter ATP-binding protein  45.79 
 
 
361 aa  288  1e-76  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1518  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50.32 
 
 
362 aa  287  2e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0467578  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0562  polyamine ABC transporter, ATP-binding protein  42.93 
 
 
374 aa  287  2e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3450  ABC transporter related  45.74 
 
 
384 aa  287  2e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.622564  normal  0.365938 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2540  ABC spermidine/putrescine transporter, ATPase subunit  44.85 
 
 
364 aa  287  2e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.534677 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4107  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.55 
 
 
357 aa  287  2e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3716  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.57 
 
 
355 aa  286  2.9999999999999996e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.841303  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3947  ABC transporter related  43.59 
 
 
366 aa  286  4e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0174728  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1216  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding subunit  45.48 
 
 
361 aa  286  4e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2223  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  41.67 
 
 
349 aa  286  4e-76  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1333  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.48 
 
 
361 aa  285  5.999999999999999e-76  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.938281  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1284  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  51.54 
 
 
383 aa  285  5.999999999999999e-76  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0341676  normal  0.481379 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4601  ABC transporter related  43.38 
 
 
382 aa  285  5.999999999999999e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.531787  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6888  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.01 
 
 
365 aa  285  8e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0550256  normal  0.122938 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2567  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  43.34 
 
 
388 aa  285  8e-76  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.571516  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2612  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.34 
 
 
388 aa  285  8e-76  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1511  ABC spermidine/putrescine transporter, ATPase subunit  45.96 
 
 
358 aa  285  9e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.280689  normal  0.146459 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2606  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.06 
 
 
388 aa  284  1.0000000000000001e-75  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.115233  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2933  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase  43.01 
 
 
365 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.927824  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3387  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.38 
 
 
373 aa  285  1.0000000000000001e-75  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.397374  normal  0.592219 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5125  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  42.4 
 
 
374 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0754257  normal  0.720307 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4990  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.56 
 
 
363 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0341  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  44.73 
 
 
373 aa  284  2.0000000000000002e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0889  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  39.5 
 
 
348 aa  282  5.000000000000001e-75  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000209161  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2170  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase  47.9 
 
 
368 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0794001  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1935  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.33 
 
 
357 aa  282  5.000000000000001e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.786432  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0747  ABC transporter ATP-binding protein  43.5 
 
 
369 aa  282  6.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.962273  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0149  ABC transporter-like protein  43.97 
 
 
343 aa  282  6.000000000000001e-75  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.661807  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4791  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.82 
 
 
374 aa  282  6.000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4045  ABC transporter related  44.13 
 
 
367 aa  282  6.000000000000001e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0442  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.87 
 
 
374 aa  282  7.000000000000001e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.826065  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1467  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50.17 
 
 
362 aa  282  7.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.765075  hitchhiker  0.0000000331128 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2416  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.51 
 
 
338 aa  282  8.000000000000001e-75  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4237  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.89 
 
 
343 aa  281  9e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.391608  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5058  ABC transporter related  44.63 
 
 
360 aa  281  9e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.309189  normal  0.0933032 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2524  ABC transporter, ATP-binding protein  45.89 
 
 
342 aa  281  1e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.340978  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1580  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  42.08 
 
 
372 aa  281  1e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.203005  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1541  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.48 
 
 
354 aa  281  1e-74  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.959394  normal  0.682302 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6000  ABC transporter related  43.22 
 
 
356 aa  281  1e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0326013  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1935  spermidine/putrescine transport ATP-binding protein pota  39.72 
 
 
352 aa  281  1e-74  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.672597  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0445  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.87 
 
 
374 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.467134 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0411  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase  41.87 
 
 
374 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4003  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.27 
 
 
365 aa  280  2e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2912  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  44.6 
 
 
377 aa  281  2e-74  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5428  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50 
 
 
368 aa  280  2e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.48813  normal  0.102518 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>