More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2987 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2987  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  100 
 
 
366 aa  753    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.238574  normal  0.74415 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1266  ABC transporter related  79.34 
 
 
365 aa  606  9.999999999999999e-173  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.358849  normal  0.95628 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0666  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  77.53 
 
 
367 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0172946 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1882  ABC polyamine/opine transporter, ATPase subunit  75.62 
 
 
367 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  unclonable  0.000264611  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0530  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  75.62 
 
 
367 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2153  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  73.9 
 
 
367 aa  549  1e-155  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.200708  normal  0.986613 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3459  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  72.85 
 
 
378 aa  548  1e-155  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.356453  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6322  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  67.03 
 
 
385 aa  508  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0819115  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0747  ABC transporter ATP-binding protein  63.11 
 
 
369 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.962273  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0562  polyamine ABC transporter, ATP-binding protein  62.71 
 
 
374 aa  442  1e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4615  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  62.98 
 
 
374 aa  443  1e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.268203 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07860  putative ATP-binding component of ABC transporter  61.64 
 
 
369 aa  444  1e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0131341 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0411  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase  60.44 
 
 
374 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5125  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  60.99 
 
 
374 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0754257  normal  0.720307 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0445  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  60.44 
 
 
374 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.467134 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0442  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  60.16 
 
 
374 aa  437  1e-121  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.826065  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4791  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  60.16 
 
 
374 aa  437  1e-121  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2048  ABC transporter component  62.02 
 
 
363 aa  432  1e-120  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003668  spermidine putrescine transport ATP-binding protein PotA  59.94 
 
 
373 aa  428  1e-119  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4003  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  61.39 
 
 
365 aa  431  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0424  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  60.11 
 
 
368 aa  429  1e-119  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4200  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  56.44 
 
 
372 aa  421  1e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1865  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  58.5 
 
 
364 aa  418  1e-116  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.919871  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1782  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  57.26 
 
 
364 aa  416  9.999999999999999e-116  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.132629  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2235  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  55.18 
 
 
364 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1333  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  55.31 
 
 
361 aa  402  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.938281  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3469  ABC spermidine/putrescine transporter, ATPase subunit  55.15 
 
 
393 aa  402  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.647978 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1216  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding subunit  55.31 
 
 
361 aa  402  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3104  ABC transporter ATP-binding protein  55.31 
 
 
361 aa  402  1e-111  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2547  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  54.9 
 
 
364 aa  404  1e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.370363  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2371  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  55.43 
 
 
393 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6039  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  54.57 
 
 
395 aa  396  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.292434  hitchhiker  0.00935557 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7799  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  55.28 
 
 
384 aa  395  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.57968  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0593  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  55.46 
 
 
360 aa  393  1e-108  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4297  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  59.7 
 
 
364 aa  389  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.762259  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2383  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  56.79 
 
 
363 aa  386  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2631  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  55.81 
 
 
358 aa  381  1e-104  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1467  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  54.97 
 
 
362 aa  375  1e-103  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.765075  hitchhiker  0.0000000331128 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2170  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase  53.72 
 
 
368 aa  373  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0794001  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4321  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  54.75 
 
 
363 aa  374  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.692532  normal  0.412011 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1518  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  54.14 
 
 
362 aa  374  1e-102  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0467578  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2933  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase  53.35 
 
 
365 aa  370  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.927824  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5428  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  53.85 
 
 
368 aa  367  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.48813  normal  0.102518 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4448  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  52.32 
 
 
370 aa  366  1e-100  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6888  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  53.07 
 
 
365 aa  367  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0550256  normal  0.122938 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3296  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  53.19 
 
 
364 aa  365  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3609  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  52.32 
 
 
370 aa  366  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00717179  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3918  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  52.32 
 
 
370 aa  366  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3812  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  53.19 
 
 
364 aa  365  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.237281  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1734  ABC transporter ATP-binding protein  53.07 
 
 
363 aa  364  1e-99  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.281801  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0642  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  52.67 
 
 
370 aa  362  6e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.680948  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0301  putative spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  51.4 
 
 
355 aa  362  8e-99  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00163011  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4665  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  51.59 
 
 
380 aa  361  1e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.879572  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2913  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  54.76 
 
 
369 aa  360  1e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4107  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50.84 
 
 
357 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1716  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50 
 
 
355 aa  356  2.9999999999999997e-97  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198407  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0327  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein, putative  51.4 
 
 
355 aa  356  3.9999999999999996e-97  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.100504  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3716  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50 
 
 
355 aa  354  2e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.841303  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0816  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  53.46 
 
 
366 aa  350  2e-95  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65111  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2363  polyamine ABC transporter, ATP-binding protein  53.46 
 
 
366 aa  350  2e-95  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.299534  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2502  polyamine ABC transporter, ATP-binding protein  53.46 
 
 
366 aa  350  2e-95  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4696  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  56.6 
 
 
364 aa  349  3e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0431  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  53.46 
 
 
366 aa  349  5e-95  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0481  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  53.46 
 
 
366 aa  349  5e-95  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.155337  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1810  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  53.46 
 
 
366 aa  349  5e-95  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.432666  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4045  ABC transporter related  51.53 
 
 
367 aa  345  6e-94  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1613  sperimidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  51.38 
 
 
365 aa  327  2.0000000000000001e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0466  ABC transporter related  47.9 
 
 
361 aa  318  1e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.305347  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3737  ABC transporter related  46.78 
 
 
349 aa  305  6e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0280  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  43.21 
 
 
384 aa  305  8.000000000000001e-82  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1587  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.99 
 
 
376 aa  303  4.0000000000000003e-81  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.167194 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2540  ABC spermidine/putrescine transporter, ATPase subunit  43.89 
 
 
364 aa  302  7.000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.534677 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1061  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.22 
 
 
366 aa  300  3e-80  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0449  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.78 
 
 
366 aa  296  5e-79  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2418  sperimidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  42.98 
 
 
363 aa  295  8e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2912  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  43.91 
 
 
377 aa  295  1e-78  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1009  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.18 
 
 
382 aa  294  1e-78  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.753436  normal  0.193299 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6541  ABC transporter related  45.15 
 
 
359 aa  293  2e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.131089 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3244  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  42.55 
 
 
384 aa  294  2e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.290922  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3450  ABC transporter related  43.85 
 
 
384 aa  293  3e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.622564  normal  0.365938 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0790  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.38 
 
 
372 aa  293  4e-78  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.279429 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1641  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.35 
 
 
372 aa  293  4e-78  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3387  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.5 
 
 
373 aa  292  5e-78  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.397374  normal  0.592219 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1034  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  43.48 
 
 
359 aa  292  6e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.330861  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2398  ABC transporter  42.78 
 
 
384 aa  291  1e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0142955  normal  0.636582 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3670  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  43.25 
 
 
373 aa  291  1e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2487  ABC transporter related  44.82 
 
 
379 aa  291  1e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00872773  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3853  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.66 
 
 
357 aa  290  2e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1952  ABC transporter related  42.66 
 
 
382 aa  290  2e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1881  polyamine transport protein PotG  42.78 
 
 
381 aa  290  3e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4361  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  42.54 
 
 
362 aa  289  4e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000264978  normal  0.276396 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1932  ABC transporter related  40.86 
 
 
382 aa  289  7e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0195576 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1788  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.53 
 
 
370 aa  289  7e-77  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5131  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.96 
 
 
381 aa  288  7e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3138  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.06 
 
 
423 aa  288  8e-77  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.227563  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3396  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.05 
 
 
382 aa  288  1e-76  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3817  polyamine ABC transporter ATP-binding protein  41.69 
 
 
382 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.217368  normal  0.691578 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2416  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.35 
 
 
338 aa  288  1e-76  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2664  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  42.74 
 
 
384 aa  287  2e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0379028  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4237  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.98 
 
 
343 aa  287  2e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.391608  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>