More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4003 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0411  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase  84.68 
 
 
374 aa  641    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0747  ABC transporter ATP-binding protein  86.7 
 
 
369 aa  655    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.962273  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4003  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  100 
 
 
365 aa  747    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0562  polyamine ABC transporter, ATP-binding protein  85.16 
 
 
374 aa  648    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4615  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  85.64 
 
 
374 aa  647    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.268203 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5125  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  84.49 
 
 
374 aa  647    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0754257  normal  0.720307 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4791  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  84.4 
 
 
374 aa  641    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0442  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  84.21 
 
 
374 aa  640    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.826065  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0445  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  84.68 
 
 
374 aa  641    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.467134 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07860  putative ATP-binding component of ABC transporter  86.98 
 
 
369 aa  654    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0131341 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0424  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  65.82 
 
 
368 aa  473  1e-132  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3459  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  64.01 
 
 
378 aa  469  1.0000000000000001e-131  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.356453  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1782  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  64.15 
 
 
364 aa  463  1e-129  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.132629  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2235  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  64.43 
 
 
364 aa  463  1e-129  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2547  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  64.43 
 
 
364 aa  463  1e-129  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.370363  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1865  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  63.38 
 
 
364 aa  457  1e-127  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.919871  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0666  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  63.36 
 
 
367 aa  455  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0172946 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1882  ABC polyamine/opine transporter, ATPase subunit  63.64 
 
 
367 aa  457  1e-127  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  unclonable  0.000264611  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2048  ABC transporter component  64.35 
 
 
363 aa  457  1e-127  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0530  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  63.64 
 
 
367 aa  457  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2153  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  62.43 
 
 
367 aa  455  1e-127  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.200708  normal  0.986613 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1266  ABC transporter related  61.34 
 
 
365 aa  438  9.999999999999999e-123  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.358849  normal  0.95628 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3104  ABC transporter ATP-binding protein  60.45 
 
 
361 aa  436  1e-121  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1333  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  60.45 
 
 
361 aa  435  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.938281  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003668  spermidine putrescine transport ATP-binding protein PotA  59.34 
 
 
373 aa  433  1e-120  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1216  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding subunit  60.17 
 
 
361 aa  434  1e-120  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2631  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  61.06 
 
 
358 aa  432  1e-120  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2987  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  61.39 
 
 
366 aa  431  1e-119  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.238574  normal  0.74415 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2170  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase  59.84 
 
 
368 aa  427  1e-118  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0794001  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5428  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  60.38 
 
 
368 aa  427  1e-118  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.48813  normal  0.102518 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4665  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  57.94 
 
 
380 aa  423  1e-117  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.879572  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2933  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase  60.61 
 
 
365 aa  424  1e-117  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.927824  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2383  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  65.34 
 
 
363 aa  423  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4448  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  58.97 
 
 
370 aa  421  1e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6888  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  60.39 
 
 
365 aa  421  1e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0550256  normal  0.122938 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3812  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  60.39 
 
 
364 aa  420  1e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.237281  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3296  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  60.39 
 
 
364 aa  420  1e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6322  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  58.61 
 
 
385 aa  420  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0819115  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3918  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  58.97 
 
 
370 aa  421  1e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3609  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  58.97 
 
 
370 aa  421  1e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00717179  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1518  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  58.66 
 
 
362 aa  417  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0467578  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1467  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  58.77 
 
 
362 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.765075  hitchhiker  0.0000000331128 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4297  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  59.55 
 
 
364 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.762259  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0593  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  59 
 
 
360 aa  412  1e-114  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4321  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  58.5 
 
 
363 aa  412  1e-114  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.692532  normal  0.412011 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1734  ABC transporter ATP-binding protein  58.89 
 
 
363 aa  410  1e-113  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.281801  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7799  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  55.52 
 
 
384 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.57968  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0642  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  58.92 
 
 
370 aa  404  1e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.680948  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2913  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  58.97 
 
 
369 aa  404  1e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6039  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  56.2 
 
 
395 aa  402  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.292434  hitchhiker  0.00935557 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2371  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  55.1 
 
 
393 aa  396  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4200  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  53.63 
 
 
372 aa  392  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2363  polyamine ABC transporter, ATP-binding protein  58.24 
 
 
366 aa  390  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.299534  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0816  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  58.24 
 
 
366 aa  390  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65111  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4696  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  57.58 
 
 
364 aa  389  1e-107  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3469  ABC spermidine/putrescine transporter, ATPase subunit  54.5 
 
 
393 aa  391  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.647978 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2502  polyamine ABC transporter, ATP-binding protein  58.24 
 
 
366 aa  390  1e-107  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0431  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  57.69 
 
 
366 aa  386  1e-106  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1810  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  57.69 
 
 
366 aa  386  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.432666  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0481  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  57.69 
 
 
366 aa  386  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.155337  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4045  ABC transporter related  56.42 
 
 
367 aa  387  1e-106  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0301  putative spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  52.92 
 
 
355 aa  384  1e-105  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00163011  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0327  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein, putative  52.92 
 
 
355 aa  377  1e-103  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.100504  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1613  sperimidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  58.47 
 
 
365 aa  376  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3716  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  55.02 
 
 
355 aa  372  1e-102  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.841303  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4107  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  58.54 
 
 
357 aa  374  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0466  ABC transporter related  51.42 
 
 
361 aa  370  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.305347  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1716  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  54.09 
 
 
355 aa  359  5e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198407  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3737  ABC transporter related  50.76 
 
 
349 aa  324  2e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5592  ABC transporter related  47.01 
 
 
358 aa  322  5e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6541  ABC transporter related  47.13 
 
 
359 aa  321  1.9999999999999998e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.131089 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3450  ABC transporter related  46.54 
 
 
384 aa  317  2e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.622564  normal  0.365938 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4263  ABC transporter related  46.76 
 
 
364 aa  316  3e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1952  ABC transporter related  46.81 
 
 
382 aa  316  5e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0570  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.17 
 
 
365 aa  315  6e-85  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.124586  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2088  ABC transporter related  46.54 
 
 
382 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.619396  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2805  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.51 
 
 
381 aa  315  9.999999999999999e-85  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.593662 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3817  polyamine ABC transporter ATP-binding protein  46.5 
 
 
382 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.217368  normal  0.691578 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3244  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  46.39 
 
 
384 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.290922  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2487  ABC transporter related  45.86 
 
 
379 aa  313  3.9999999999999997e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00872773  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2349  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  49.22 
 
 
365 aa  313  3.9999999999999997e-84  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00542305 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1932  ABC transporter related  45.18 
 
 
382 aa  311  1e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0195576 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2912  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  47.46 
 
 
377 aa  311  1e-83  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1511  ABC spermidine/putrescine transporter, ATPase subunit  51.52 
 
 
358 aa  310  2e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.280689  normal  0.146459 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5131  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.89 
 
 
381 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1061  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.56 
 
 
366 aa  310  4e-83  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1935  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.01 
 
 
357 aa  309  5e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.786432  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1222  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.11 
 
 
363 aa  308  1.0000000000000001e-82  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2398  ABC transporter  45.3 
 
 
384 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0142955  normal  0.636582 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2815  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.43 
 
 
381 aa  306  3e-82  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.312837 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1284  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.37 
 
 
383 aa  304  1.0000000000000001e-81  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0341676  normal  0.481379 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0289  ABC transporter ATP-binding protein  48.52 
 
 
370 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2426  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.8 
 
 
382 aa  303  3.0000000000000004e-81  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.444349  normal  0.105607 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3930  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.97 
 
 
382 aa  303  3.0000000000000004e-81  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.40128  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1641  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.13 
 
 
372 aa  303  3.0000000000000004e-81  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6092  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (polyamine)  44.97 
 
 
358 aa  303  3.0000000000000004e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.196126  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2418  sperimidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  45.51 
 
 
363 aa  302  6.000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2664  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  44.57 
 
 
384 aa  301  8.000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0379028  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0311  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.46 
 
 
380 aa  301  1e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.671338  normal 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4853  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.48 
 
 
376 aa  301  1e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.685744  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>