More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1734 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc1734  ABC transporter ATP-binding protein  100 
 
 
363 aa  743    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.281801  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2933  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase  84.81 
 
 
365 aa  642    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.927824  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1467  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  91.71 
 
 
362 aa  681    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.765075  hitchhiker  0.0000000331128 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6888  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  83.7 
 
 
365 aa  635    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0550256  normal  0.122938 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4321  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  84.25 
 
 
363 aa  636    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.692532  normal  0.412011 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1518  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  92.54 
 
 
362 aa  688    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0467578  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2170  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase  81.47 
 
 
368 aa  618  1e-176  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0794001  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5428  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  83.15 
 
 
368 aa  619  1e-176  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.48813  normal  0.102518 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3812  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  82.37 
 
 
364 aa  609  1e-173  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.237281  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3609  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  81.03 
 
 
370 aa  610  1e-173  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00717179  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4665  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  79 
 
 
380 aa  608  1e-173  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.879572  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4448  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  81.03 
 
 
370 aa  610  1e-173  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3296  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  82.37 
 
 
364 aa  609  1e-173  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3918  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  81.03 
 
 
370 aa  610  1e-173  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0642  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  79.95 
 
 
370 aa  590  1e-167  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.680948  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0816  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  79.95 
 
 
366 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65111  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2502  polyamine ABC transporter, ATP-binding protein  79.95 
 
 
366 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2363  polyamine ABC transporter, ATP-binding protein  79.95 
 
 
366 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.299534  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1810  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  79.4 
 
 
366 aa  568  1e-161  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.432666  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0431  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  79.4 
 
 
366 aa  568  1e-161  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0481  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  79.4 
 
 
366 aa  568  1e-161  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.155337  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4297  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  68.63 
 
 
364 aa  499  1e-140  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.762259  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2383  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  68.91 
 
 
363 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2631  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  61.05 
 
 
358 aa  447  1.0000000000000001e-124  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0593  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  60.22 
 
 
360 aa  432  1e-120  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4696  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  62.43 
 
 
364 aa  428  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0442  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  59.44 
 
 
374 aa  428  1e-119  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.826065  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0411  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase  59.44 
 
 
374 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0445  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  59.44 
 
 
374 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.467134 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2913  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  59.4 
 
 
369 aa  421  1e-117  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4791  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  58.89 
 
 
374 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4045  ABC transporter related  60.61 
 
 
367 aa  419  1e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0424  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  59.15 
 
 
368 aa  418  1e-116  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0747  ABC transporter ATP-binding protein  59.22 
 
 
369 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.962273  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07860  putative ATP-binding component of ABC transporter  59.22 
 
 
369 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0131341 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4003  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  59.05 
 
 
365 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0562  polyamine ABC transporter, ATP-binding protein  58.1 
 
 
374 aa  412  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4615  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  58.22 
 
 
374 aa  413  1e-114  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.268203 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5125  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  58.38 
 
 
374 aa  413  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0754257  normal  0.720307 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1782  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  54.97 
 
 
364 aa  410  1e-113  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.132629  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1865  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  55.52 
 
 
364 aa  408  1.0000000000000001e-112  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.919871  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1333  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  54.21 
 
 
361 aa  400  9.999999999999999e-111  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.938281  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3104  ABC transporter ATP-binding protein  54.78 
 
 
361 aa  399  9.999999999999999e-111  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1216  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding subunit  54.21 
 
 
361 aa  399  9.999999999999999e-111  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2547  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  55.21 
 
 
364 aa  401  9.999999999999999e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.370363  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2235  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  55.21 
 
 
364 aa  401  9.999999999999999e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2153  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  56.27 
 
 
367 aa  392  1e-108  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.200708  normal  0.986613 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2048  ABC transporter component  60.18 
 
 
363 aa  389  1e-107  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3459  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  56.51 
 
 
378 aa  389  1e-107  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.356453  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0530  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  55.68 
 
 
367 aa  385  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1882  ABC polyamine/opine transporter, ATPase subunit  55.68 
 
 
367 aa  385  1e-106  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  unclonable  0.000264611  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003668  spermidine putrescine transport ATP-binding protein PotA  55.62 
 
 
373 aa  387  1e-106  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1266  ABC transporter related  54.93 
 
 
365 aa  381  1e-105  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.358849  normal  0.95628 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2371  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  54.67 
 
 
393 aa  384  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0666  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  55.4 
 
 
367 aa  384  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0172946 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3469  ABC spermidine/putrescine transporter, ATPase subunit  54.85 
 
 
393 aa  376  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.647978 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6039  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  55.43 
 
 
395 aa  371  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.292434  hitchhiker  0.00935557 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2987  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  53.07 
 
 
366 aa  369  1e-101  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.238574  normal  0.74415 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7799  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  55.49 
 
 
384 aa  364  1e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.57968  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6322  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  53.99 
 
 
385 aa  364  2e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0819115  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0301  putative spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  51.43 
 
 
355 aa  348  8e-95  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00163011  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4200  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  51.82 
 
 
372 aa  345  8.999999999999999e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0327  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein, putative  51.71 
 
 
355 aa  344  2e-93  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.100504  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0466  ABC transporter related  52.05 
 
 
361 aa  330  3e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.305347  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3716  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50 
 
 
355 aa  328  6e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.841303  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4107  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  49.58 
 
 
357 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1613  sperimidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  49.16 
 
 
365 aa  327  2.0000000000000001e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1716  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.28 
 
 
355 aa  323  2e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198407  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3737  ABC transporter related  47.18 
 
 
349 aa  317  3e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6541  ABC transporter related  46.63 
 
 
359 aa  316  4e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.131089 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5592  ABC transporter related  46.11 
 
 
358 aa  316  5e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2349  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  49.23 
 
 
365 aa  314  9.999999999999999e-85  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00542305 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1932  ABC transporter related  48.11 
 
 
382 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0195576 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6092  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (polyamine)  45.66 
 
 
358 aa  309  4e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.196126  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2487  ABC transporter related  44.74 
 
 
379 aa  309  5e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00872773  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3244  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  45.72 
 
 
384 aa  308  6.999999999999999e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.290922  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6246  ABC transporter related  45.66 
 
 
359 aa  302  5.000000000000001e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.836052  normal  0.532087 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2088  ABC transporter related  60.17 
 
 
382 aa  301  1e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.619396  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3450  ABC transporter related  46.07 
 
 
384 aa  301  1e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.622564  normal  0.365938 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3817  polyamine ABC transporter ATP-binding protein  60.17 
 
 
382 aa  300  2e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.217368  normal  0.691578 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3396  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.8 
 
 
382 aa  301  2e-80  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1952  ABC transporter related  59.75 
 
 
382 aa  298  7e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0570  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.92 
 
 
365 aa  297  2e-79  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.124586  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1061  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.94 
 
 
366 aa  296  4e-79  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1284  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.89 
 
 
383 aa  295  6e-79  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0341676  normal  0.481379 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1009  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.66 
 
 
382 aa  295  9e-79  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.753436  normal  0.193299 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2398  ABC transporter  44.26 
 
 
384 aa  294  1e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0142955  normal  0.636582 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4263  ABC transporter related  48.1 
 
 
364 aa  293  2e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0311  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.59 
 
 
380 aa  292  6e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.671338  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1641  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.29 
 
 
372 aa  292  7e-78  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2208  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  44.73 
 
 
363 aa  291  9e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.103585  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4237  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.58 
 
 
343 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.391608  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2840  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.91 
 
 
372 aa  291  1e-77  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.803293  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2418  sperimidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  45.28 
 
 
363 aa  291  2e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3862  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.79 
 
 
360 aa  291  2e-77  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  decreased coverage  0.000929662  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0280  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  44.32 
 
 
384 aa  290  3e-77  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2664  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  50 
 
 
384 aa  289  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0379028  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6112  ABC transporter related  44.26 
 
 
368 aa  289  5.0000000000000004e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.614045  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2805  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.19 
 
 
381 aa  288  1e-76  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.593662 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0750  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.14 
 
 
352 aa  288  1e-76  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000146357  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>