More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2048 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A2048  ABC transporter component  100 
 
 
363 aa  732    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07860  putative ATP-binding component of ABC transporter  65.74 
 
 
369 aa  472  1e-132  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0131341 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0562  polyamine ABC transporter, ATP-binding protein  63.26 
 
 
374 aa  463  1e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0747  ABC transporter ATP-binding protein  64.62 
 
 
369 aa  463  1e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.962273  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4615  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  62.98 
 
 
374 aa  460  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.268203 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5125  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  63.54 
 
 
374 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0754257  normal  0.720307 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4003  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  64.35 
 
 
365 aa  457  1e-127  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4791  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  62.95 
 
 
374 aa  456  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0666  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  64.72 
 
 
367 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0172946 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0442  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  62.5 
 
 
374 aa  451  1e-125  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.826065  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0530  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  63.89 
 
 
367 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0411  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase  62.12 
 
 
374 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0445  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  62.12 
 
 
374 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.467134 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1882  ABC polyamine/opine transporter, ATPase subunit  63.89 
 
 
367 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  unclonable  0.000264611  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3459  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  63.61 
 
 
378 aa  439  9.999999999999999e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.356453  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2987  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  62.02 
 
 
366 aa  432  1e-120  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.238574  normal  0.74415 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2235  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  59.94 
 
 
364 aa  428  1e-119  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2153  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  61.77 
 
 
367 aa  428  1e-119  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.200708  normal  0.986613 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2547  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  59.38 
 
 
364 aa  426  1e-118  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.370363  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1782  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  59 
 
 
364 aa  422  1e-117  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.132629  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0424  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  62.01 
 
 
368 aa  424  1e-117  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6322  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  60.45 
 
 
385 aa  422  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0819115  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1266  ABC transporter related  59.89 
 
 
365 aa  418  1e-116  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.358849  normal  0.95628 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0593  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  58.64 
 
 
360 aa  420  1e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1865  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  59 
 
 
364 aa  419  1e-116  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.919871  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2371  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  58.22 
 
 
393 aa  411  1e-114  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6039  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  59.1 
 
 
395 aa  410  1e-113  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.292434  hitchhiker  0.00935557 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1333  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  60.12 
 
 
361 aa  405  1.0000000000000001e-112  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.938281  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2383  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  62.35 
 
 
363 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5428  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  58.27 
 
 
368 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.48813  normal  0.102518 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3104  ABC transporter ATP-binding protein  60.12 
 
 
361 aa  406  1.0000000000000001e-112  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1216  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding subunit  60.12 
 
 
361 aa  405  1.0000000000000001e-112  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3469  ABC spermidine/putrescine transporter, ATPase subunit  56.82 
 
 
393 aa  404  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.647978 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2170  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase  59.29 
 
 
368 aa  396  1e-109  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0794001  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2631  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  59.3 
 
 
358 aa  397  1e-109  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1467  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  59.76 
 
 
362 aa  398  1e-109  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.765075  hitchhiker  0.0000000331128 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003668  spermidine putrescine transport ATP-binding protein PotA  56.34 
 
 
373 aa  396  1e-109  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4045  ABC transporter related  57.51 
 
 
367 aa  392  1e-108  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7799  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  55.46 
 
 
384 aa  394  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.57968  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4665  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  58.12 
 
 
380 aa  393  1e-108  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.879572  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2933  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase  59.58 
 
 
365 aa  392  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.927824  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4321  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  58.98 
 
 
363 aa  393  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.692532  normal  0.412011 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1518  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  59.76 
 
 
362 aa  393  1e-108  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0467578  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3296  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  59.4 
 
 
364 aa  392  1e-108  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3812  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  59.4 
 
 
364 aa  392  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.237281  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6888  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  59.28 
 
 
365 aa  389  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0550256  normal  0.122938 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4448  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  57.48 
 
 
370 aa  388  1e-107  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3609  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  57.48 
 
 
370 aa  388  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00717179  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4297  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  60.96 
 
 
364 aa  390  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.762259  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3918  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  57.48 
 
 
370 aa  388  1e-107  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4696  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  60.46 
 
 
364 aa  389  1e-107  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0642  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  58.94 
 
 
370 aa  385  1e-106  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.680948  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1734  ABC transporter ATP-binding protein  60.18 
 
 
363 aa  384  1e-105  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.281801  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2913  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  59.76 
 
 
369 aa  382  1e-105  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1810  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  59.64 
 
 
366 aa  373  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.432666  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0481  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  59.64 
 
 
366 aa  373  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.155337  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0301  putative spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  53.26 
 
 
355 aa  372  1e-102  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00163011  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0431  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  59.64 
 
 
366 aa  373  1e-102  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0816  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  59.64 
 
 
366 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65111  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2502  polyamine ABC transporter, ATP-binding protein  59.64 
 
 
366 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2363  polyamine ABC transporter, ATP-binding protein  59.64 
 
 
366 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.299534  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0327  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein, putative  53.26 
 
 
355 aa  365  1e-100  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.100504  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4200  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  52.1 
 
 
372 aa  367  1e-100  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3716  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  52.12 
 
 
355 aa  353  2e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.841303  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1716  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50.56 
 
 
355 aa  349  4e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198407  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1613  sperimidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  57.19 
 
 
365 aa  347  1e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4107  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50.14 
 
 
357 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0466  ABC transporter related  48.9 
 
 
361 aa  337  1.9999999999999998e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.305347  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3737  ABC transporter related  51.55 
 
 
349 aa  322  5e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6541  ABC transporter related  47.59 
 
 
359 aa  314  9.999999999999999e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.131089 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5592  ABC transporter related  47.29 
 
 
358 aa  313  3.9999999999999997e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6092  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (polyamine)  44.72 
 
 
358 aa  303  4.0000000000000003e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.196126  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1511  ABC spermidine/putrescine transporter, ATPase subunit  49.17 
 
 
358 aa  302  7.000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.280689  normal  0.146459 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1641  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50.62 
 
 
372 aa  301  1e-80  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3244  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  45.28 
 
 
384 aa  300  3e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.290922  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2418  sperimidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  46.15 
 
 
363 aa  300  3e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3450  ABC transporter related  45.03 
 
 
384 aa  300  3e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.622564  normal  0.365938 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3817  polyamine ABC transporter ATP-binding protein  45 
 
 
382 aa  298  7e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.217368  normal  0.691578 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4990  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.18 
 
 
363 aa  299  7e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4263  ABC transporter related  47.93 
 
 
364 aa  298  9e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2366  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  52.35 
 
 
367 aa  298  1e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5131  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.1 
 
 
381 aa  297  2e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3670  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  46.83 
 
 
373 aa  296  4e-79  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2088  ABC transporter related  44.44 
 
 
382 aa  296  5e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.619396  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1952  ABC transporter related  44.44 
 
 
382 aa  295  8e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0449  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  51.09 
 
 
366 aa  295  1e-78  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6149  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.35 
 
 
360 aa  294  1e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2912  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  46.98 
 
 
377 aa  295  1e-78  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1009  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.34 
 
 
382 aa  294  2e-78  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.753436  normal  0.193299 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2349  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.88 
 
 
365 aa  293  2e-78  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00542305 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1932  ABC transporter related  44.44 
 
 
382 aa  293  3e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0195576 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2840  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.91 
 
 
372 aa  293  4e-78  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.803293  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2805  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.28 
 
 
381 aa  292  7e-78  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.593662 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0149  ABC transporter-like protein  49.39 
 
 
343 aa  291  1e-77  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.661807  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2664  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  43.89 
 
 
384 aa  290  2e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0379028  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1788  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.48 
 
 
370 aa  290  2e-77  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6246  ABC transporter related  45.37 
 
 
359 aa  291  2e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.836052  normal  0.532087 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2416  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  49.84 
 
 
338 aa  290  3e-77  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2540  ABC spermidine/putrescine transporter, ATPase subunit  43.3 
 
 
364 aa  289  4e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.534677 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1881  polyamine transport protein PotG  47.59 
 
 
381 aa  289  4e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>