More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6246 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_6246  ABC transporter related  100 
 
 
359 aa  734    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.836052  normal  0.532087 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5592  ABC transporter related  80.67 
 
 
358 aa  599  1e-170  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6541  ABC transporter related  79.89 
 
 
359 aa  590  1e-167  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.131089 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6092  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (polyamine)  74.72 
 
 
358 aa  547  1e-155  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.196126  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2208  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  59.72 
 
 
363 aa  431  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.103585  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6112  ABC transporter related  59.34 
 
 
368 aa  426  1e-118  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.614045  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3244  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  48.24 
 
 
384 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.290922  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1932  ABC transporter related  48.23 
 
 
382 aa  334  1e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0195576 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2664  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  47.44 
 
 
384 aa  330  3e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0379028  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3450  ABC transporter related  47.95 
 
 
384 aa  329  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.622564  normal  0.365938 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3817  polyamine ABC transporter ATP-binding protein  47.3 
 
 
382 aa  329  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.217368  normal  0.691578 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2088  ABC transporter related  47.57 
 
 
382 aa  329  6e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.619396  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1952  ABC transporter related  47.57 
 
 
382 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2398  ABC transporter  47.81 
 
 
384 aa  325  6e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0142955  normal  0.636582 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2487  ABC transporter related  55.09 
 
 
379 aa  320  1.9999999999999998e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00872773  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4321  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.81 
 
 
363 aa  309  4e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.692532  normal  0.412011 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0593  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  44.03 
 
 
360 aa  307  2.0000000000000002e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2913  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  45.53 
 
 
369 aa  306  4.0000000000000004e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4045  ABC transporter related  45.45 
 
 
367 aa  306  4.0000000000000004e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1518  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.07 
 
 
362 aa  305  9.000000000000001e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0467578  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2631  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.06 
 
 
358 aa  305  1.0000000000000001e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0424  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.92 
 
 
368 aa  304  2.0000000000000002e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7799  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.2 
 
 
384 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.57968  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2933  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase  45.4 
 
 
365 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.927824  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1716  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.75 
 
 
355 aa  301  1e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198407  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1467  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.79 
 
 
362 aa  301  1e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.765075  hitchhiker  0.0000000331128 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4297  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.41 
 
 
364 aa  300  2e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.762259  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6888  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.69 
 
 
365 aa  300  3e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0550256  normal  0.122938 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0754  ABC transporter related  45.87 
 
 
363 aa  298  8e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.23256 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4696  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.28 
 
 
364 aa  298  9e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4263  ABC transporter related  49.69 
 
 
364 aa  298  9e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4615  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  45.82 
 
 
374 aa  298  1e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.268203 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3296  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.03 
 
 
364 aa  297  2e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3812  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.03 
 
 
364 aa  297  2e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.237281  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2371  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.93 
 
 
393 aa  296  4e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3716  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.02 
 
 
355 aa  296  4e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.841303  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5125  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  45.66 
 
 
374 aa  296  5e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0754257  normal  0.720307 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5428  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.57 
 
 
368 aa  296  5e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.48813  normal  0.102518 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0411  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase  44.48 
 
 
374 aa  295  8e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0445  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.48 
 
 
374 aa  295  8e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.467134 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4791  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.48 
 
 
374 aa  295  9e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1734  ABC transporter ATP-binding protein  45.81 
 
 
363 aa  294  1e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.281801  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2170  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase  44.38 
 
 
368 aa  295  1e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0794001  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0570  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.43 
 
 
365 aa  295  1e-78  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.124586  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6039  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.02 
 
 
395 aa  295  1e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.292434  hitchhiker  0.00935557 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4448  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  43.87 
 
 
370 aa  294  1e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2547  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.88 
 
 
364 aa  295  1e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.370363  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0442  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.48 
 
 
374 aa  294  1e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.826065  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3918  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.87 
 
 
370 aa  294  1e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3609  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.87 
 
 
370 aa  294  1e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00717179  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0562  polyamine ABC transporter, ATP-binding protein  45.93 
 
 
374 aa  293  2e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4665  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.7 
 
 
380 aa  294  2e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.879572  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4107  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.6 
 
 
357 aa  293  3e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2900  ABC transporter related  46.42 
 
 
353 aa  293  3e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1034  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  46.75 
 
 
359 aa  293  3e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.330861  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07860  putative ATP-binding component of ABC transporter  45.09 
 
 
369 aa  293  3e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0131341 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4003  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.88 
 
 
365 aa  293  3e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0747  ABC transporter ATP-binding protein  45.38 
 
 
369 aa  293  4e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.962273  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1613  sperimidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  43.68 
 
 
365 aa  292  6e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1009  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.38 
 
 
382 aa  291  2e-77  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.753436  normal  0.193299 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0301  putative spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  46.34 
 
 
355 aa  290  2e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00163011  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2048  ABC transporter component  45.37 
 
 
363 aa  291  2e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0642  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  43.8 
 
 
370 aa  291  2e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.680948  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3396  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.05 
 
 
382 aa  290  2e-77  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1063  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.54 
 
 
354 aa  291  2e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.50404 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2235  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.58 
 
 
364 aa  290  2e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1333  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.54 
 
 
361 aa  290  3e-77  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.938281  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1216  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding subunit  44.54 
 
 
361 aa  290  3e-77  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3104  ABC transporter ATP-binding protein  44.21 
 
 
361 aa  290  3e-77  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3469  ABC spermidine/putrescine transporter, ATPase subunit  46.02 
 
 
393 aa  290  4e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.647978 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0838  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  44.13 
 
 
370 aa  290  4e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2369  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.01 
 
 
373 aa  289  4e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003668  spermidine putrescine transport ATP-binding protein PotA  41.23 
 
 
373 aa  289  5.0000000000000004e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2640  ABC transporter related  45.85 
 
 
353 aa  289  6e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.151039  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2418  sperimidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  48.9 
 
 
363 aa  288  7e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2137  ABC transporter related  46.55 
 
 
353 aa  288  8e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0327  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein, putative  45.85 
 
 
355 aa  287  2e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.100504  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0530  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  49.47 
 
 
367 aa  287  2e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1882  ABC polyamine/opine transporter, ATPase subunit  49.47 
 
 
367 aa  287  2e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  unclonable  0.000264611  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0466  ABC transporter related  47.48 
 
 
361 aa  287  2e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.305347  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4200  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.76 
 
 
372 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0666  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  49.12 
 
 
367 aa  286  5e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0172946 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2400  ABC putrescine transporter, ATPase subunit  44.87 
 
 
334 aa  285  7e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6773  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.71 
 
 
363 aa  285  7e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.78331  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0311  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.9 
 
 
380 aa  285  7e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.671338  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0289  ABC transporter ATP-binding protein  44.69 
 
 
370 aa  285  9e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1782  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.6 
 
 
364 aa  285  1.0000000000000001e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.132629  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3737  ABC transporter related  44.41 
 
 
349 aa  284  1.0000000000000001e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0408  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.62 
 
 
380 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0661243  hitchhiker  0.000000930284 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0023  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.94 
 
 
447 aa  284  2.0000000000000002e-75  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.222017  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1587  ABC transporter related protein  44.41 
 
 
367 aa  283  3.0000000000000004e-75  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2987  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  44.19 
 
 
366 aa  282  7.000000000000001e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.238574  normal  0.74415 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3138  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.95 
 
 
423 aa  282  8.000000000000001e-75  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.227563  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0376  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.38 
 
 
380 aa  281  1e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000938132  hitchhiker  0.00113993 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0816  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  43.45 
 
 
366 aa  281  1e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65111  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2363  polyamine ABC transporter, ATP-binding protein  43.73 
 
 
366 aa  281  1e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.299534  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1061  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.07 
 
 
366 aa  281  1e-74  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1865  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.58 
 
 
364 aa  281  1e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.919871  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3459  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.5 
 
 
378 aa  281  1e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.356453  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2502  polyamine ABC transporter, ATP-binding protein  43.73 
 
 
366 aa  281  1e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>