More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0699 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011901  Tgr7_1594  tryptophan synthase subunit beta  69.98 
 
 		 453 aa  682    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1782  tryptophan synthase subunit beta  88.11 
 
 		 454 aa  852    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2159  tryptophan synthase subunit beta  69.64 
 
 		 452 aa  667    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000410823 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1979  tryptophan synthase subunit beta  70.13 
 
 		 452 aa  658    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.436663  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3714  tryptophan synthase subunit beta  86.12 
 
 		 454 aa  836    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1328  tryptophan synthase subunit beta  74.56 
 
 		 456 aa  714    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0699  tryptophan synthase subunit beta  100 
 
 		 454 aa  942    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.391113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1751  tryptophan synthase subunit beta  86.79 
 
 		 454 aa  806    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1459  tryptophan synthase subunit beta  68.97 
 
 		 452 aa  648    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2123  tryptophan synthase subunit beta  69.25 
 
 		 453 aa  656    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0402624  hitchhiker  0.00258343 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3063  tryptophan synthase subunit beta  70.89 
 
 		 452 aa  694    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1286  tryptophan synthase subunit beta  70.42 
 
 		 470 aa  687    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1642  tryptophan synthase subunit beta  63.27 
 
 		 454 aa  624  1e-178  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.890772  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1294  pyridoxal-phosphate dependent TrpB-like enzyme  64.04 
 
 		 457 aa  604  9.999999999999999e-173  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.209488  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3748  tryptophan synthase subunit beta  61.02 
 
 		 451 aa  588  1e-167  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3805  tryptophan synthase subunit beta  61.47 
 
 		 451 aa  590  1e-167  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1259  tryptophan synthase subunit beta  61.25 
 
 		 450 aa  587  1e-166  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000240862  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3889  tryptophan synthase subunit beta  61.02 
 
 		 451 aa  586  1e-166  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1277  tryptophan synthase subunit beta  59.96 
 
 		 450 aa  585  1e-166  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  decreased coverage  0.000000682618  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0031  tryptophan synthase subunit beta  60.67 
 
 		 451 aa  583  1.0000000000000001e-165  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0070  tryptophan synthase subunit beta  62.05 
 
 		 452 aa  582  1.0000000000000001e-165  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.531769  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2258  tryptophan synthase subunit beta  61.11 
 
 		 451 aa  583  1.0000000000000001e-165  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1958  tryptophan synthase subunit beta  61.11 
 
 		 451 aa  583  1.0000000000000001e-165  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1671  pyridoxal-phosphate dependent TrpB-like enzyme  63.36 
 
 		 453 aa  582  1.0000000000000001e-165  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.032763  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2493  tryptophan synthase subunit beta  62.14 
 
 		 451 aa  581  1e-164  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0558  tryptophan synthase subunit beta  59.87 
 
 		 452 aa  581  1e-164  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2379  tryptophan synthase subunit beta  61.69 
 
 		 451 aa  574  1.0000000000000001e-163  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.20256  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1773  tryptophan synthase subunit beta  62.44 
 
 		 450 aa  572  1.0000000000000001e-162  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0327  tryptophan synthase subunit beta  61.5 
 
 		 451 aa  572  1.0000000000000001e-162  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.690635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1735  tryptophan synthase subunit beta  59.69 
 
 		 450 aa  571  1.0000000000000001e-162  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1293  tryptophan synthase subunit beta  59.24 
 
 		 451 aa  571  1.0000000000000001e-162  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.387586  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1213  tryptophan synthase subunit beta  60.36 
 
 		 451 aa  569  1e-161  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0305  tryptophan synthase subunit beta  59.6 
 
 		 450 aa  568  1e-161  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3218  pyridoxal-phosphate dependent TrpB-like enzyme  64.01 
 
 		 442 aa  570  1e-161  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.888676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3865  tryptophan synthase subunit beta  59.56 
 
 		 452 aa  568  1e-161  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0495522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0063  tryptophan synthase subunit beta  58.76 
 
 		 452 aa  566  1e-160  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.636154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3675  tryptophan synthase subunit beta  67.82 
 
 		 404 aa  565  1e-160  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0346  tryptophan synthase subunit beta  61.38 
 
 		 452 aa  566  1e-160  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.344274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1211  tryptophan synthase subunit beta  60.09 
 
 		 454 aa  562  1.0000000000000001e-159  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000141811  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0662  tryptophan synthase subunit beta  58.54 
 
 		 452 aa  561  1.0000000000000001e-159  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3654  tryptophan synthase subunit beta  60.71 
 
 		 454 aa  564  1.0000000000000001e-159  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.142399  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0644  tryptophan synthase subunit beta  59.15 
 
 		 453 aa  564  1.0000000000000001e-159  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0171484  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1205  tryptophan synthase subunit beta  59.91 
 
 		 451 aa  553  1e-156  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.100787  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0816  tryptophan synthase subunit beta  60.88 
 
 		 441 aa  551  1e-155  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.299297 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1100  tryptophan synthase subunit beta  58.1 
 
 		 434 aa  545  1e-154  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.234808  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3711  tryptophan synthase subunit beta  58.61 
 
 		 454 aa  542  1e-153  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.131853 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1707  pyridoxal-phosphate dependent TrpB-like enzyme  61.63 
 
 		 451 aa  544  1e-153  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2085  tryptophan synthase subunit beta  58.89 
 
 		 451 aa  544  1e-153  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000026544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0356  tryptophan synthase subunit beta  57.81 
 
 		 463 aa  543  1e-153  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00422176  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0593  tryptophan synthase subunit beta  61.16 
 
 		 452 aa  540  9.999999999999999e-153  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1035  tryptophan synthase subunit beta  57.52 
 
 		 454 aa  536  1e-151  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00331914  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3503  tryptophan synthase subunit beta  57.44 
 
 		 432 aa  538  1e-151  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.385411  normal  0.814215 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0890  tryptophan synthase subunit beta  58.84 
 
 		 460 aa  537  1e-151  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2450  tryptophan synthase subunit beta  58.04 
 
 		 454 aa  533  1e-150  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.896091  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0917  tryptophan synthase subunit beta  57.78 
 
 		 454 aa  534  1e-150  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000243101  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1633  pyridoxal-phosphate dependent TrpB-like enzyme  62.85 
 
 		 436 aa  534  1e-150  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.213462  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_905  pyridoxal-phosphate dependent tryptophan synthase-like protein  57.33 
 
 		 455 aa  533  1e-150  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000205242  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0256  tryptophan synthase subunit beta  58.09 
 
 		 457 aa  530  1e-149  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2404  tryptophan synthase subunit beta  55.7 
 
 		 453 aa  528  1e-149  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0335  tryptophan synthase subunit beta  57.65 
 
 		 457 aa  529  1e-149  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2074  tryptophan synthase subunit beta  57.62 
 
 		 458 aa  528  1e-149  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0331  tryptophan synthase subunit beta  57.46 
 
 		 454 aa  525  1e-148  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.869557 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0451  tryptophan synthase subunit beta  57.87 
 
 		 457 aa  525  1e-148  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0861  tryptophan synthase subunit beta  54.24 
 
 		 455 aa  518  1e-146  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000302505  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2615  tryptophan synthase subunit beta  57.98 
 
 		 457 aa  520  1e-146  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2591  tryptophan synthase subunit beta  59.62 
 
 		 433 aa  514  1.0000000000000001e-145  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.54038  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3949  tryptophan synthase subunit beta  59.42 
 
 		 451 aa  516  1.0000000000000001e-145  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.334602  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2635  tryptophan synthase subunit beta  59.62 
 
 		 433 aa  514  1.0000000000000001e-145  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.429999  normal  0.908107 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0382  tryptophan synthase subunit beta  57.31 
 
 		 422 aa  512  1e-144  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.468203  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0398  tryptophan synthase subunit beta  57.55 
 
 		 422 aa  514  1e-144  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0473085  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4783  pyridoxal-phosphate dependent TrpB-like enzyme  58.61 
 
 		 433 aa  513  1e-144  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.290549  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3175  tryptophan synthase subunit beta  58.53 
 
 		 433 aa  514  1e-144  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.752664  normal  0.93416 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2628  tryptophan synthase subunit beta  58.91 
 
 		 433 aa  509  1e-143  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.260801  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2923  tryptophan synthase subunit beta  58.43 
 
 		 433 aa  511  1e-143  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.869971  normal  0.0544773 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1929  tryptophan synthase subunit beta  56.1 
 
 		 455 aa  499  1e-140  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1139  pyridoxal-phosphate dependent TrpB-like enzyme  58.22 
 
 		 454 aa  495  1e-139  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.802779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3172  tryptophan synthase subunit beta  52.9 
 
 		 458 aa  486  1e-136  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000340613  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2020  tryptophan synthase subunit beta  53.69 
 
 		 454 aa  477  1e-133  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0000317407 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1028  tryptophan synthase subunit beta  55.01 
 
 		 453 aa  473  1e-132  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.992034  normal  0.0454913 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1254  tryptophan synthase subunit beta  53.92 
 
 		 417 aa  459  9.999999999999999e-129  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000181406  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0725  tryptophan synthase subunit beta  54.09 
 
 		 418 aa  458  9.999999999999999e-129  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000155508  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1225  tryptophan synthase subunit beta  51.2 
 
 		 461 aa  452  1.0000000000000001e-126  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.524383  normal  0.0499617 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00500  tryptophan synthase subunit beta  50.11 
 
 		 470 aa  436  1e-121  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1870  pyridoxal-phosphate dependent TrpB-like enzyme  49.16 
 
 		 425 aa  416  9.999999999999999e-116  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1691  tryptophan synthase subunit beta  47.12 
 
 		 424 aa  401  9.999999999999999e-111  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.248453 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1046  tryptophan synthase subunit beta  49.48 
 
 		 416 aa  375  1e-102  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.931659  hitchhiker  0.0000000138833 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1418  tryptophan synthase subunit beta  48.68 
 
 		 409 aa  374  1e-102  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.955959  normal  0.212378 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2529  tryptophan synthase subunit beta  45.93 
 
 		 434 aa  369  1e-101  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1206  tryptophan synthase subunit beta  47.48 
 
 		 413 aa  367  1e-100  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.977746 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1916  tryptophan synthase subunit beta  48.21 
 
 		 420 aa  363  3e-99  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.315987  normal  0.860019 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2113  pyridoxal-phosphate dependent TrpB-like enzyme  42.76 
 
 		 429 aa  356  5e-97  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1176  tryptophan synthase subunit beta  47.83 
 
 		 418 aa  355  6.999999999999999e-97  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.541584  normal  0.191375 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2532  tryptophan synthase subunit beta  44.78 
 
 		 435 aa  355  1e-96  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0990  tryptophan synthase subunit beta  44.76 
 
 		 435 aa  346  5e-94  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.499392 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2012  tryptophan synthase subunit beta  41.04 
 
 		 440 aa  318  1e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.909029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3061  tryptophan synthase subunit beta  38.01 
 
 		 447 aa  286  4e-76  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.135575  hitchhiker  0.00104829 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0678  tryptophan synthase subunit beta  40.68 
 
 		 446 aa  280  5e-74  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0544758  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06380  tryptophan synthase beta chain  31.13 
 
 		 397 aa  132  1.0000000000000001e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.211017  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3296  tryptophan synthase subunit beta  30.98 
 
 		 398 aa  131  3e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.801075 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1024  tryptophan synthase subunit beta  31.89 
 
 		 414 aa  130  4.0000000000000003e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.204551  hitchhiker  0.00011605 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>