More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1782 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1782  tryptophan synthase subunit beta  100 
 
 
454 aa  939    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2159  tryptophan synthase subunit beta  70.76 
 
 
452 aa  675    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000410823 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2123  tryptophan synthase subunit beta  71.9 
 
 
453 aa  671    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0402624  hitchhiker  0.00258343 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1459  tryptophan synthase subunit beta  70.54 
 
 
452 aa  657    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1594  tryptophan synthase subunit beta  72.63 
 
 
453 aa  701    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1979  tryptophan synthase subunit beta  70.13 
 
 
452 aa  650    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.436663  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3714  tryptophan synthase subunit beta  93.17 
 
 
454 aa  885    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1328  tryptophan synthase subunit beta  75.88 
 
 
456 aa  723    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0699  tryptophan synthase subunit beta  88.11 
 
 
454 aa  852    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.391113  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1642  tryptophan synthase subunit beta  65.71 
 
 
454 aa  639    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.890772  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1751  tryptophan synthase subunit beta  93.17 
 
 
454 aa  844    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3063  tryptophan synthase subunit beta  72 
 
 
452 aa  698    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1286  tryptophan synthase subunit beta  71.3 
 
 
470 aa  693    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1259  tryptophan synthase subunit beta  63.92 
 
 
450 aa  606  9.999999999999999e-173  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000240862  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1294  pyridoxal-phosphate dependent TrpB-like enzyme  63.6 
 
 
457 aa  604  1.0000000000000001e-171  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.209488  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1958  tryptophan synthase subunit beta  64.06 
 
 
451 aa  599  1e-170  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3748  tryptophan synthase subunit beta  62.58 
 
 
451 aa  598  1e-170  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3805  tryptophan synthase subunit beta  62.36 
 
 
451 aa  597  1e-169  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2493  tryptophan synthase subunit beta  64.37 
 
 
451 aa  596  1e-169  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3889  tryptophan synthase subunit beta  62.36 
 
 
451 aa  596  1e-169  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2258  tryptophan synthase subunit beta  63.84 
 
 
451 aa  597  1e-169  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2379  tryptophan synthase subunit beta  64.14 
 
 
451 aa  592  1e-168  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.20256  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0070  tryptophan synthase subunit beta  63.39 
 
 
452 aa  593  1e-168  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.531769  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1735  tryptophan synthase subunit beta  62.19 
 
 
450 aa  586  1e-166  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1277  tryptophan synthase subunit beta  61.3 
 
 
450 aa  586  1e-166  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  decreased coverage  0.000000682618  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3218  pyridoxal-phosphate dependent TrpB-like enzyme  67.27 
 
 
442 aa  586  1e-166  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.888676  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3654  tryptophan synthase subunit beta  62.69 
 
 
454 aa  583  1.0000000000000001e-165  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.142399  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3865  tryptophan synthase subunit beta  61.11 
 
 
452 aa  583  1.0000000000000001e-165  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0495522  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1211  tryptophan synthase subunit beta  62.89 
 
 
454 aa  584  1.0000000000000001e-165  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000141811  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1671  pyridoxal-phosphate dependent TrpB-like enzyme  64.9 
 
 
453 aa  584  1.0000000000000001e-165  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.032763  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1213  tryptophan synthase subunit beta  62.14 
 
 
451 aa  583  1.0000000000000001e-165  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0031  tryptophan synthase subunit beta  62.02 
 
 
451 aa  584  1.0000000000000001e-165  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1773  tryptophan synthase subunit beta  63.78 
 
 
450 aa  579  1e-164  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0558  tryptophan synthase subunit beta  60.8 
 
 
452 aa  579  1e-164  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0327  tryptophan synthase subunit beta  62.39 
 
 
451 aa  578  1e-164  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.690635  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1293  tryptophan synthase subunit beta  60.4 
 
 
451 aa  579  1e-164  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.387586  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3675  tryptophan synthase subunit beta  69.55 
 
 
404 aa  574  1.0000000000000001e-162  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0305  tryptophan synthase subunit beta  61.8 
 
 
450 aa  574  1.0000000000000001e-162  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0644  tryptophan synthase subunit beta  60.18 
 
 
453 aa  571  1.0000000000000001e-162  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0171484  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0063  tryptophan synthase subunit beta  59.87 
 
 
452 aa  569  1e-161  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.636154  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0662  tryptophan synthase subunit beta  60.09 
 
 
452 aa  571  1e-161  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0346  tryptophan synthase subunit beta  62.19 
 
 
452 aa  565  1e-160  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.344274  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0816  tryptophan synthase subunit beta  62.27 
 
 
441 aa  559  1e-158  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.299297 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1205  tryptophan synthase subunit beta  61.47 
 
 
451 aa  557  1e-157  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.100787  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0593  tryptophan synthase subunit beta  63.33 
 
 
452 aa  558  1e-157  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1100  tryptophan synthase subunit beta  58.66 
 
 
434 aa  551  1e-156  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.234808  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1035  tryptophan synthase subunit beta  60.4 
 
 
454 aa  548  1e-155  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00331914  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1707  pyridoxal-phosphate dependent TrpB-like enzyme  61.63 
 
 
451 aa  551  1e-155  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3711  tryptophan synthase subunit beta  59.2 
 
 
454 aa  548  1e-154  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.131853 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2085  tryptophan synthase subunit beta  59.24 
 
 
451 aa  545  1e-154  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000026544  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_905  pyridoxal-phosphate dependent tryptophan synthase-like protein  60.44 
 
 
455 aa  545  1e-154  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000205242  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0256  tryptophan synthase subunit beta  59.91 
 
 
457 aa  542  1e-153  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0917  tryptophan synthase subunit beta  60.44 
 
 
454 aa  544  1e-153  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000243101  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0335  tryptophan synthase subunit beta  60.13 
 
 
457 aa  543  1e-153  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0890  tryptophan synthase subunit beta  60.63 
 
 
460 aa  544  1e-153  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3503  tryptophan synthase subunit beta  57.91 
 
 
432 aa  541  9.999999999999999e-153  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.385411  normal  0.814215 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0356  tryptophan synthase subunit beta  58.13 
 
 
463 aa  540  9.999999999999999e-153  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00422176  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2450  tryptophan synthase subunit beta  57.87 
 
 
454 aa  535  1e-151  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.896091  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0451  tryptophan synthase subunit beta  59.69 
 
 
457 aa  534  1e-150  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2074  tryptophan synthase subunit beta  59.23 
 
 
458 aa  534  1e-150  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2404  tryptophan synthase subunit beta  56.6 
 
 
453 aa  533  1e-150  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0331  tryptophan synthase subunit beta  59.68 
 
 
454 aa  531  1e-149  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.869557 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3949  tryptophan synthase subunit beta  61.64 
 
 
451 aa  530  1e-149  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.334602  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1633  pyridoxal-phosphate dependent TrpB-like enzyme  63.53 
 
 
436 aa  527  1e-148  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.213462  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2615  tryptophan synthase subunit beta  58.43 
 
 
457 aa  523  1e-147  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4783  pyridoxal-phosphate dependent TrpB-like enzyme  60.14 
 
 
433 aa  521  1e-146  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.290549  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0861  tryptophan synthase subunit beta  55.8 
 
 
455 aa  519  1e-146  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000302505  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3175  tryptophan synthase subunit beta  60.33 
 
 
433 aa  519  1e-146  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.752664  normal  0.93416 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0398  tryptophan synthase subunit beta  58.75 
 
 
422 aa  515  1.0000000000000001e-145  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0473085  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2923  tryptophan synthase subunit beta  59.86 
 
 
433 aa  514  1.0000000000000001e-145  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.869971  normal  0.0544773 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1139  pyridoxal-phosphate dependent TrpB-like enzyme  61.49 
 
 
454 aa  511  1e-144  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.802779  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2591  tryptophan synthase subunit beta  60.81 
 
 
433 aa  514  1e-144  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.54038  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0382  tryptophan synthase subunit beta  58.51 
 
 
422 aa  513  1e-144  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.468203  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2635  tryptophan synthase subunit beta  60.81 
 
 
433 aa  514  1e-144  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.429999  normal  0.908107 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1929  tryptophan synthase subunit beta  58.8 
 
 
455 aa  511  1e-143  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2628  tryptophan synthase subunit beta  58.91 
 
 
433 aa  506  9.999999999999999e-143  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.260801  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3172  tryptophan synthase subunit beta  53.64 
 
 
458 aa  498  1e-139  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000340613  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1254  tryptophan synthase subunit beta  55.58 
 
 
417 aa  467  9.999999999999999e-131  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000181406  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2020  tryptophan synthase subunit beta  55.74 
 
 
454 aa  468  9.999999999999999e-131  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0000317407 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1028  tryptophan synthase subunit beta  54.31 
 
 
453 aa  461  9.999999999999999e-129  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.992034  normal  0.0454913 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1225  tryptophan synthase subunit beta  51.53 
 
 
461 aa  457  1e-127  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.524383  normal  0.0499617 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0725  tryptophan synthase subunit beta  52.88 
 
 
418 aa  445  1.0000000000000001e-124  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000155508  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00500  tryptophan synthase subunit beta  51 
 
 
470 aa  443  1e-123  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1870  pyridoxal-phosphate dependent TrpB-like enzyme  50 
 
 
425 aa  418  1e-116  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1691  tryptophan synthase subunit beta  48.56 
 
 
424 aa  400  9.999999999999999e-111  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.248453 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1206  tryptophan synthase subunit beta  48.68 
 
 
413 aa  377  1e-103  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.977746 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2529  tryptophan synthase subunit beta  47.13 
 
 
434 aa  374  1e-102  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1418  tryptophan synthase subunit beta  48.43 
 
 
409 aa  375  1e-102  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.955959  normal  0.212378 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1046  tryptophan synthase subunit beta  50.26 
 
 
416 aa  374  1e-102  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.931659  hitchhiker  0.0000000138833 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1916  tryptophan synthase subunit beta  48.43 
 
 
420 aa  363  2e-99  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.315987  normal  0.860019 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2113  pyridoxal-phosphate dependent TrpB-like enzyme  44.39 
 
 
429 aa  357  1.9999999999999998e-97  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1176  tryptophan synthase subunit beta  48.05 
 
 
418 aa  358  1.9999999999999998e-97  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.541584  normal  0.191375 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2532  tryptophan synthase subunit beta  45.63 
 
 
435 aa  355  1e-96  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0990  tryptophan synthase subunit beta  45 
 
 
435 aa  343  5e-93  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.499392 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2012  tryptophan synthase subunit beta  42.92 
 
 
440 aa  331  2e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.909029  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3061  tryptophan synthase subunit beta  40.86 
 
 
447 aa  310  4e-83  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.135575  hitchhiker  0.00104829 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0678  tryptophan synthase subunit beta  42.08 
 
 
446 aa  288  2e-76  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0544758  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06380  tryptophan synthase beta chain  32.23 
 
 
397 aa  135  9.999999999999999e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.211017  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3296  tryptophan synthase subunit beta  31.75 
 
 
398 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.801075 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0480  tryptophan synthase subunit beta  33.78 
 
 
405 aa  134  3e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>