More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_3296 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_3296  tryptophan synthase subunit beta  100 
 
 		 398 aa  827    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.801075 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5479  tryptophan synthase, beta subunit  73.06 
 
 		 399 aa  613  9.999999999999999e-175  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.491658 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3795  tryptophan synthase subunit beta  74.16 
 
 		 399 aa  608  1e-173  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1827  tryptophan synthase subunit beta  72.02 
 
 		 408 aa  604  9.999999999999999e-173  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3024  tryptophan synthase subunit beta  73.2 
 
 		 393 aa  601  1.0000000000000001e-171  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.418532  normal  0.0482136 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06380  tryptophan synthase beta chain  71.32 
 
 		 397 aa  600  1e-170  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.211017  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4896  tryptophan synthase subunit beta  69.59 
 
 		 393 aa  587  1e-166  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.541071  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0787  tryptophan synthase subunit beta  63.4 
 
 		 389 aa  482  1e-135  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0810  tryptophan synthase subunit beta  63.4 
 
 		 389 aa  482  1e-135  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1049  tryptophan synthase, beta subunit  61.72 
 
 		 402 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.644397  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0491  tryptophan synthase subunit beta  60.98 
 
 		 399 aa  461  1e-129  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1983  tryptophan synthase subunit beta  60.31 
 
 		 403 aa  459  9.999999999999999e-129  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00755336 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1813  tryptophan synthase subunit beta  59.79 
 
 		 397 aa  457  1e-127  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0827  tryptophan synthase subunit beta  60.21 
 
 		 399 aa  457  1e-127  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2137  tryptophan synthase subunit beta  59.79 
 
 		 397 aa  457  1e-127  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.22591  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1943  tryptophan synthase subunit beta  60.81 
 
 		 399 aa  456  1e-127  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.233821  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1649  tryptophan synthase subunit beta  58.42 
 
 		 397 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1253  tryptophan synthase subunit beta  59.11 
 
 		 409 aa  454  1.0000000000000001e-126  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.500519  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1721  tryptophan synthase subunit beta  58.42 
 
 		 397 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1049  tryptophan synthase subunit beta  58.33 
 
 		 397 aa  452  1.0000000000000001e-126  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.548234 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0769  tryptophan synthase subunit beta  58.42 
 
 		 397 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2125  tryptophan synthase subunit beta  58.16 
 
 		 397 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.661691  decreased coverage  0.00480263 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1858  tryptophan synthase subunit beta  58.42 
 
 		 397 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.308005  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1297  tryptophan synthase subunit beta  59.85 
 
 		 399 aa  454  1.0000000000000001e-126  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.311384  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2307  tryptophan synthase subunit beta  58.42 
 
 		 397 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1912  tryptophan synthase subunit beta  59.11 
 
 		 398 aa  452  1.0000000000000001e-126  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0679  tryptophan synthase subunit beta  58.42 
 
 		 397 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.614528  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1249  tryptophan synthase, beta subunit  57.03 
 
 		 409 aa  454  1.0000000000000001e-126  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2445  tryptophan synthase subunit beta  58.42 
 
 		 397 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.844513  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4373  tryptophan synthase subunit beta  58.95 
 
 		 399 aa  452  1.0000000000000001e-126  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4622  tryptophan synthase subunit beta  58.16 
 
 		 397 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.227508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0529  tryptophan synthase subunit beta  58.42 
 
 		 397 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3348  tryptophan synthase subunit beta  58.42 
 
 		 397 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0451347  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3062  tryptophan synthase subunit beta  57.33 
 
 		 403 aa  451  1.0000000000000001e-126  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0776  tryptophan synthase subunit beta  58.57 
 
 		 400 aa  448  1e-125  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.685874 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2507  tryptophan synthase subunit beta  58.38 
 
 		 406 aa  449  1e-125  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.050152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1020  tryptophan synthase subunit beta  58.59 
 
 		 394 aa  448  1e-125  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3853  tryptophan synthase subunit beta  58.16 
 
 		 397 aa  450  1e-125  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1157  tryptophan synthase subunit beta  60.94 
 
 		 395 aa  449  1e-125  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1064  tryptophan synthase subunit beta  58.85 
 
 		 410 aa  450  1e-125  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1966  tryptophan synthase subunit beta  57.03 
 
 		 411 aa  449  1e-125  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2204  tryptophan synthase subunit beta  58.12 
 
 		 406 aa  450  1e-125  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.205862  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4374  tryptophan synthase subunit beta  57.4 
 
 		 397 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2726  tryptophan synthase subunit beta  58.33 
 
 		 409 aa  447  1.0000000000000001e-124  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.521455  normal  0.616105 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5243  tryptophan synthase subunit beta  58.44 
 
 		 418 aa  446  1.0000000000000001e-124  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2511  tryptophan synthase subunit beta  57.84 
 
 		 413 aa  446  1.0000000000000001e-124  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02120  tryptophan synthase subunit beta  56.82 
 
 		 406 aa  445  1.0000000000000001e-124  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3570  tryptophan synthase subunit beta  57.91 
 
 		 397 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.266435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0535  tryptophan synthase subunit beta  58.91 
 
 		 399 aa  446  1.0000000000000001e-124  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000244592  normal  0.247369 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3797  tryptophan synthase subunit beta  56.81 
 
 		 415 aa  445  1.0000000000000001e-124  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.622361 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0772  tryptophan synthase subunit beta  58.07 
 
 		 397 aa  447  1.0000000000000001e-124  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.482746  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3589  tryptophan synthase subunit beta  57.4 
 
 		 409 aa  447  1.0000000000000001e-124  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.738122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3616  tryptophan synthase subunit beta  58.07 
 
 		 447 aa  448  1.0000000000000001e-124  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.356253  normal  0.8802 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4409  tryptophan synthase subunit beta  57.91 
 
 		 397 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2157  tryptophan synthase subunit beta  57.44 
 
 		 412 aa  445  1.0000000000000001e-124  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.595682  normal  0.092632 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00450  tryptophan synthase subunit beta  57.29 
 
 		 402 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.236429 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3958  tryptophan synthase subunit beta  57.91 
 
 		 397 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.196954  normal  0.187601 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4724  tryptophan synthase subunit beta  57.07 
 
 		 411 aa  446  1.0000000000000001e-124  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.319994 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3046  tryptophan synthase subunit beta  57.81 
 
 		 434 aa  446  1.0000000000000001e-124  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2306  tryptophan synthase subunit beta  57.73 
 
 		 397 aa  443  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1914  tryptophan synthase subunit beta  57.55 
 
 		 399 aa  441  1e-123  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.148244  normal  0.536089 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1911  tryptophan synthase subunit beta  57.33 
 
 		 413 aa  442  1e-123  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.124597 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1334  tryptophan synthase, beta subunit  56.04 
 
 		 402 aa  442  1e-123  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.999699  normal  0.825059 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1302  tryptophan synthase subunit beta  56.51 
 
 		 404 aa  442  1e-123  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.212962  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0392  tryptophan synthase subunit beta  56.81 
 
 		 404 aa  441  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.491733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2881  tryptophan synthase subunit beta  58.16 
 
 		 397 aa  444  1e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0438165  normal  0.707316 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2467  tryptophan synthase subunit beta  57.47 
 
 		 407 aa  442  1e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.379928 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1668  tryptophan synthase subunit beta  58.57 
 
 		 404 aa  444  1e-123  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000103564  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6842  tryptophan synthase subunit beta  57.65 
 
 		 397 aa  443  1e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.726467  normal  0.411948 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3791  tryptophan synthase subunit beta  57.77 
 
 		 410 aa  442  1e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.20895  normal  0.0231351 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1159  tryptophan synthase subunit beta  56.92 
 
 		 418 aa  443  1e-123  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.445238  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2495  tryptophan synthase subunit beta  57.33 
 
 		 405 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1328  tryptophan synthase subunit beta  57.29 
 
 		 404 aa  441  9.999999999999999e-123  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.000691779  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0870  tryptophan synthase subunit beta  57.33 
 
 		 399 aa  439  9.999999999999999e-123  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00318108 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1253  bifunctional phosphoribosylanthranilate isomerase/tryptophan synthase subunit beta  56.59 
 
 		 600 aa  439  9.999999999999999e-123  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.562305  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0055  tryptophan synthase subunit beta  56.12 
 
 		 414 aa  439  9.999999999999999e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.660106  normal  0.224738 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0103  tryptophan synthase subunit beta  56.92 
 
 		 410 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0803  tryptophan synthase subunit beta  58.16 
 
 		 401 aa  440  9.999999999999999e-123  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.118728  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0143  tryptophan synthase subunit beta  57.18 
 
 		 405 aa  440  9.999999999999999e-123  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1693  tryptophan synthase subunit beta  57.85 
 
 		 405 aa  441  9.999999999999999e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.738848  hitchhiker  0.000000703836 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2272  tryptophan synthase subunit beta  56.81 
 
 		 413 aa  439  9.999999999999999e-123  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0535171 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0635  tryptophan synthase subunit beta  57.81 
 
 		 404 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.874907  normal  0.0737735 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1698  tryptophan synthase subunit beta  58.18 
 
 		 400 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.251029 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0197  tryptophan synthase subunit beta  57.55 
 
 		 404 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0063  tryptophan synthase subunit beta  55.61 
 
 		 414 aa  439  9.999999999999999e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0206  tryptophan synthase subunit beta  58.03 
 
 		 419 aa  439  9.999999999999999e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.475237  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0147  tryptophan synthase subunit beta  56.35 
 
 		 417 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.77335 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0097  tryptophan synthase subunit beta  57.07 
 
 		 407 aa  439  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1415  tryptophan synthase subunit beta  57.25 
 
 		 425 aa  441  9.999999999999999e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_32688  predicted protein  57.95 
 
 		 417 aa  439  9.999999999999999e-123  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0289228  normal  0.0344017 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1804  tryptophan synthase subunit beta  57.55 
 
 		 404 aa  440  9.999999999999999e-123  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.603761  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0673  tryptophan synthase subunit beta  57.92 
 
 		 400 aa  438  9.999999999999999e-123  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00355692 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1208  tryptophan synthase subunit beta  57.14 
 
 		 393 aa  439  9.999999999999999e-123  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0038  tryptophan synthase subunit beta  56.52 
 
 		 402 aa  437  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.206234  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1990  tryptophan synthase subunit beta  56.6 
 
 		 414 aa  435  1e-121  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663503 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1749  tryptophan synthase subunit beta  55.78 
 
 		 413 aa  436  1e-121  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11310  tryptophan synthase subunit beta  57.78 
 
 		 398 aa  435  1e-121  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000000215917  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1306  bifunctional phosphoribosylanthranilate isomerase/tryptophan synthase subunit beta  56.33 
 
 		 600 aa  437  1e-121  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000209698  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2843  tryptophan synthase subunit beta  54.5 
 
 		 405 aa  435  1e-121  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1776  tryptophan synthase subunit beta  55.78 
 
 		 413 aa  436  1e-121  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>