More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_1020 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011901  Tgr7_1253  tryptophan synthase subunit beta  80.92 
 
 
409 aa  667    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.500519  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1020  tryptophan synthase subunit beta  100 
 
 
394 aa  807    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1334  tryptophan synthase, beta subunit  75.89 
 
 
402 aa  634    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.999699  normal  0.825059 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2079  tryptophan synthase subunit beta  74.87 
 
 
403 aa  632  1e-180  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1236  tryptophan synthase subunit beta  75.32 
 
 
411 aa  633  1e-180  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.617865  normal  0.527603 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2495  tryptophan synthase subunit beta  76.65 
 
 
405 aa  630  1e-179  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0803  tryptophan synthase subunit beta  76.08 
 
 
401 aa  629  1e-179  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.118728  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1268  tryptophan synthase subunit beta  72.84 
 
 
399 aa  611  9.999999999999999e-175  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1267  tryptophan synthase subunit beta  72.84 
 
 
399 aa  611  9.999999999999999e-175  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1698  tryptophan synthase subunit beta  72.91 
 
 
400 aa  612  9.999999999999999e-175  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.251029 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1159  tryptophan synthase subunit beta  73.28 
 
 
418 aa  608  1e-173  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.445238  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2125  tryptophan synthase subunit beta  71.57 
 
 
397 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.661691  decreased coverage  0.00480263 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1261  tryptophan synthase subunit beta  73.67 
 
 
404 aa  605  9.999999999999999e-173  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4622  tryptophan synthase subunit beta  71.83 
 
 
397 aa  606  9.999999999999999e-173  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.227508  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3853  tryptophan synthase subunit beta  71.57 
 
 
397 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0679  tryptophan synthase subunit beta  71.57 
 
 
397 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.614528  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2467  tryptophan synthase subunit beta  71.83 
 
 
407 aa  603  1.0000000000000001e-171  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.379928 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3348  tryptophan synthase subunit beta  71.57 
 
 
397 aa  601  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0451347  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6842  tryptophan synthase subunit beta  71.57 
 
 
397 aa  599  1e-170  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.726467  normal  0.411948 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3570  tryptophan synthase subunit beta  70.81 
 
 
397 aa  597  1e-170  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.266435  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1912  tryptophan synthase subunit beta  72.34 
 
 
398 aa  600  1e-170  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2881  tryptophan synthase subunit beta  71.57 
 
 
397 aa  599  1e-170  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0438165  normal  0.707316 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4409  tryptophan synthase subunit beta  70.81 
 
 
397 aa  597  1e-170  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3958  tryptophan synthase subunit beta  70.81 
 
 
397 aa  597  1e-170  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.196954  normal  0.187601 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4374  tryptophan synthase subunit beta  71.32 
 
 
397 aa  599  1e-170  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2307  tryptophan synthase subunit beta  71.07 
 
 
397 aa  599  1e-170  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1858  tryptophan synthase subunit beta  70.81 
 
 
397 aa  597  1e-169  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.308005  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0529  tryptophan synthase subunit beta  70.81 
 
 
397 aa  597  1e-169  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1721  tryptophan synthase subunit beta  70.81 
 
 
397 aa  597  1e-169  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2306  tryptophan synthase subunit beta  70.81 
 
 
397 aa  597  1e-169  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0769  tryptophan synthase subunit beta  70.81 
 
 
397 aa  597  1e-169  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2445  tryptophan synthase subunit beta  70.81 
 
 
397 aa  597  1e-169  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.844513  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1649  tryptophan synthase subunit beta  70.81 
 
 
397 aa  597  1e-169  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1983  tryptophan synthase subunit beta  71.57 
 
 
403 aa  592  1e-168  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00755336 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2157  tryptophan synthase subunit beta  71.79 
 
 
412 aa  592  1e-168  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.595682  normal  0.092632 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2069  tryptophan synthase subunit beta  72.59 
 
 
399 aa  589  1e-167  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.166636  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1813  tryptophan synthase subunit beta  70.56 
 
 
397 aa  588  1e-167  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1727  tryptophan synthase subunit beta  72.59 
 
 
399 aa  589  1e-167  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.476833  hitchhiker  0.00551797 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1558  tryptophan synthase subunit beta  67.77 
 
 
406 aa  589  1e-167  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2137  tryptophan synthase subunit beta  70.56 
 
 
397 aa  588  1e-167  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.22591  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0772  tryptophan synthase subunit beta  69.74 
 
 
397 aa  584  1e-166  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.482746  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3062  tryptophan synthase subunit beta  70.56 
 
 
403 aa  587  1e-166  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0755  tryptophan synthase subunit beta  70.23 
 
 
415 aa  585  1e-166  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000954006  normal  0.692308 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0432  tryptophan synthase subunit beta  69.72 
 
 
424 aa  583  1.0000000000000001e-165  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3239  tryptophan synthase subunit beta  68.92 
 
 
422 aa  581  1.0000000000000001e-165  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2592  tryptophan synthase subunit beta  68.92 
 
 
422 aa  582  1.0000000000000001e-165  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0467  tryptophan synthase subunit beta  69.72 
 
 
424 aa  582  1.0000000000000001e-165  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.826366 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2042  tryptophan synthase subunit beta  69.8 
 
 
403 aa  582  1.0000000000000001e-165  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.104617  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1049  tryptophan synthase subunit beta  69.74 
 
 
397 aa  584  1.0000000000000001e-165  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.548234 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0870  tryptophan synthase subunit beta  71.17 
 
 
399 aa  578  1e-164  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00318108 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5243  tryptophan synthase subunit beta  70.15 
 
 
418 aa  578  1e-164  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1914  tryptophan synthase subunit beta  70.3 
 
 
399 aa  580  1e-164  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.148244  normal  0.536089 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1788  tryptophan synthase subunit beta  70.3 
 
 
435 aa  580  1e-164  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1804  tryptophan synthase subunit beta  70.92 
 
 
404 aa  580  1e-164  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.603761  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2843  tryptophan synthase subunit beta  70.56 
 
 
405 aa  577  1.0000000000000001e-163  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3616  tryptophan synthase subunit beta  70.08 
 
 
447 aa  575  1.0000000000000001e-163  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.356253  normal  0.8802 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4868  tryptophan synthase subunit beta  68.69 
 
 
421 aa  571  1.0000000000000001e-162  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.169233 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0728  tryptophan synthase subunit beta  69.8 
 
 
405 aa  573  1.0000000000000001e-162  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0644  tryptophan synthase subunit beta  69.54 
 
 
405 aa  571  1.0000000000000001e-162  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1215  tryptophan synthase subunit beta  68.42 
 
 
422 aa  572  1.0000000000000001e-162  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0236312 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3046  tryptophan synthase subunit beta  70.08 
 
 
434 aa  573  1.0000000000000001e-162  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1682  tryptophan synthase subunit beta  70.26 
 
 
428 aa  573  1.0000000000000001e-162  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01270  tryptophan synthase subunit beta  68.96 
 
 
405 aa  568  1e-161  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1415  tryptophan synthase subunit beta  67.49 
 
 
425 aa  567  1e-160  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1291  tryptophan synthase subunit beta  68.02 
 
 
397 aa  567  1e-160  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.632091  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1693  tryptophan synthase subunit beta  67.68 
 
 
405 aa  565  1e-160  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.738848  hitchhiker  0.000000703836 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1211  tryptophan synthase subunit beta  67.68 
 
 
396 aa  561  1.0000000000000001e-159  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0093  tryptophan synthase subunit beta  66.41 
 
 
410 aa  564  1.0000000000000001e-159  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2110  tryptophan synthase subunit beta  67.18 
 
 
406 aa  558  1e-158  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0459587  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2507  tryptophan synthase subunit beta  67.94 
 
 
406 aa  561  1e-158  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.050152  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3288  tryptophan synthase subunit beta  66.24 
 
 
397 aa  559  1e-158  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000135451  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0810  tryptophan synthase subunit beta  66.92 
 
 
406 aa  560  1e-158  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2204  tryptophan synthase subunit beta  67.43 
 
 
406 aa  559  1e-158  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.205862  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2482  tryptophan synthase subunit beta  66.75 
 
 
396 aa  556  1e-157  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000110786  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2026  tryptophan synthase subunit beta  66.92 
 
 
422 aa  556  1e-157  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00854562  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0925  tryptophan synthase subunit beta  67.18 
 
 
396 aa  555  1e-157  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  2.7410900000000002e-34 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3321  tryptophan synthase subunit beta  67.18 
 
 
396 aa  557  1e-157  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000386703  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1249  tryptophan synthase, beta subunit  67.27 
 
 
409 aa  552  1e-156  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3427  tryptophan synthase subunit beta  67.69 
 
 
408 aa  550  1e-155  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.76011  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00450  tryptophan synthase subunit beta  67.53 
 
 
402 aa  550  1e-155  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.236429 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4281  tryptophan synthase subunit beta  66.67 
 
 
406 aa  547  1e-154  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.486908  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0118  tryptophan synthase subunit beta  65 
 
 
413 aa  547  1e-154  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1328  tryptophan synthase subunit beta  67.01 
 
 
404 aa  547  1e-154  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.000691779  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3237  tryptophan synthase subunit beta  68.03 
 
 
406 aa  547  1e-154  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0666  tryptophan synthase subunit beta  68.48 
 
 
406 aa  547  1e-154  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3954  tryptophan synthase subunit beta  66.67 
 
 
406 aa  547  1e-154  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.291144  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0176  tryptophan synthase subunit beta  64.5 
 
 
430 aa  545  1e-154  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0038  tryptophan synthase subunit beta  67.53 
 
 
402 aa  546  1e-154  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.206234  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3791  tryptophan synthase subunit beta  66.67 
 
 
410 aa  547  1e-154  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.20895  normal  0.0231351 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0072  tryptophan synthase subunit beta  66.93 
 
 
404 aa  542  1e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00296113  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0103  tryptophan synthase subunit beta  66.49 
 
 
410 aa  542  1e-153  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0253  tryptophan synthase subunit beta  67.18 
 
 
396 aa  544  1e-153  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.208201  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0201  tryptophan synthase subunit beta  64.75 
 
 
413 aa  543  1e-153  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.445286  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0635  tryptophan synthase subunit beta  66.41 
 
 
404 aa  542  1e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.874907  normal  0.0737735 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0020  tryptophan synthase subunit beta  66.67 
 
 
406 aa  544  1e-153  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0197  tryptophan synthase subunit beta  66.41 
 
 
404 aa  542  1e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1064  tryptophan synthase subunit beta  66.67 
 
 
410 aa  542  1e-153  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1337  tryptophan synthase subunit beta  67.35 
 
 
401 aa  539  9.999999999999999e-153  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.130625  normal  0.877655 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1302  tryptophan synthase subunit beta  64.72 
 
 
404 aa  539  9.999999999999999e-153  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.212962  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02120  tryptophan synthase subunit beta  67.01 
 
 
406 aa  541  9.999999999999999e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>