More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3795 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3795  tryptophan synthase subunit beta  100 
 
 		 399 aa  830    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5479  tryptophan synthase, beta subunit  74.49 
 
 		 399 aa  636    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.491658 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1827  tryptophan synthase subunit beta  74.94 
 
 		 408 aa  629  1e-179  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3024  tryptophan synthase subunit beta  75.45 
 
 		 393 aa  628  1e-179  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.418532  normal  0.0482136 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3296  tryptophan synthase subunit beta  74.16 
 
 		 398 aa  608  1e-173  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.801075 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4896  tryptophan synthase subunit beta  71.03 
 
 		 393 aa  606  9.999999999999999e-173  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.541071  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06380  tryptophan synthase beta chain  71.1 
 
 		 397 aa  600  1e-170  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.211017  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0827  tryptophan synthase subunit beta  61.3 
 
 		 399 aa  473  1e-132  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1297  tryptophan synthase subunit beta  61.56 
 
 		 399 aa  470  1.0000000000000001e-131  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.311384  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0803  tryptophan synthase subunit beta  60.72 
 
 		 401 aa  468  1.0000000000000001e-131  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.118728  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1049  tryptophan synthase, beta subunit  59.19 
 
 		 402 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.644397  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0491  tryptophan synthase subunit beta  60.1 
 
 		 399 aa  465  9.999999999999999e-131  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1049  tryptophan synthase subunit beta  57.85 
 
 		 397 aa  460  9.999999999999999e-129  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.548234 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0810  tryptophan synthase subunit beta  58.49 
 
 		 389 aa  461  9.999999999999999e-129  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0787  tryptophan synthase subunit beta  58.49 
 
 		 389 aa  461  9.999999999999999e-129  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2445  tryptophan synthase subunit beta  57.81 
 
 		 397 aa  455  1e-127  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.844513  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1249  tryptophan synthase, beta subunit  56.96 
 
 		 409 aa  457  1e-127  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1721  tryptophan synthase subunit beta  57.81 
 
 		 397 aa  455  1e-127  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1253  tryptophan synthase subunit beta  57.67 
 
 		 409 aa  456  1e-127  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.500519  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2125  tryptophan synthase subunit beta  57.55 
 
 		 397 aa  455  1e-127  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.661691  decreased coverage  0.00480263 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0529  tryptophan synthase subunit beta  57.81 
 
 		 397 aa  455  1e-127  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1858  tryptophan synthase subunit beta  57.81 
 
 		 397 aa  455  1e-127  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.308005  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1649  tryptophan synthase subunit beta  57.81 
 
 		 397 aa  455  1e-127  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1943  tryptophan synthase subunit beta  59.64 
 
 		 399 aa  455  1e-127  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.233821  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0772  tryptophan synthase subunit beta  57.07 
 
 		 397 aa  454  1.0000000000000001e-126  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.482746  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2507  tryptophan synthase subunit beta  57.85 
 
 		 406 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.050152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0769  tryptophan synthase subunit beta  57.81 
 
 		 397 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1020  tryptophan synthase subunit beta  58.4 
 
 		 394 aa  454  1.0000000000000001e-126  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0679  tryptophan synthase subunit beta  57.55 
 
 		 397 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.614528  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2307  tryptophan synthase subunit beta  57.81 
 
 		 397 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1668  tryptophan synthase subunit beta  59.38 
 
 		 404 aa  454  1.0000000000000001e-126  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000103564  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1983  tryptophan synthase subunit beta  57.91 
 
 		 403 aa  451  1e-125  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00755336 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1813  tryptophan synthase subunit beta  57.99 
 
 		 397 aa  449  1e-125  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2137  tryptophan synthase subunit beta  57.99 
 
 		 397 aa  449  1e-125  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.22591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3427  tryptophan synthase subunit beta  57.84 
 
 		 408 aa  449  1e-125  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.76011  n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_32688  predicted protein  55.91 
 
 		 417 aa  451  1e-125  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0289228  normal  0.0344017 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0635  tryptophan synthase subunit beta  57.07 
 
 		 404 aa  450  1e-125  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.874907  normal  0.0737735 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0392  tryptophan synthase subunit beta  57.59 
 
 		 404 aa  451  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.491733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0197  tryptophan synthase subunit beta  57.33 
 
 		 404 aa  450  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4622  tryptophan synthase subunit beta  57.03 
 
 		 397 aa  451  1e-125  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.227508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0673  tryptophan synthase subunit beta  59.17 
 
 		 400 aa  450  1e-125  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00355692 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4409  tryptophan synthase subunit beta  57.29 
 
 		 397 aa  449  1e-125  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2204  tryptophan synthase subunit beta  57.33 
 
 		 406 aa  451  1e-125  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.205862  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3348  tryptophan synthase subunit beta  57.29 
 
 		 397 aa  450  1e-125  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0451347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0253  tryptophan synthase subunit beta  58.81 
 
 		 396 aa  450  1e-125  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.208201  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3958  tryptophan synthase subunit beta  57.29 
 
 		 397 aa  449  1e-125  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.196954  normal  0.187601 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1966  tryptophan synthase subunit beta  57.47 
 
 		 411 aa  449  1e-125  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3570  tryptophan synthase subunit beta  57.29 
 
 		 397 aa  449  1e-125  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.266435  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3062  tryptophan synthase subunit beta  57.99 
 
 		 403 aa  447  1.0000000000000001e-124  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0535  tryptophan synthase subunit beta  57.73 
 
 		 399 aa  447  1.0000000000000001e-124  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000244592  normal  0.247369 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1159  tryptophan synthase subunit beta  56.48 
 
 		 418 aa  445  1.0000000000000001e-124  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.445238  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4373  tryptophan synthase subunit beta  56.77 
 
 		 399 aa  446  1.0000000000000001e-124  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3853  tryptophan synthase subunit beta  57.03 
 
 		 397 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4374  tryptophan synthase subunit beta  57.03 
 
 		 397 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6842  tryptophan synthase subunit beta  57.55 
 
 		 397 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.726467  normal  0.411948 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00450  tryptophan synthase subunit beta  57.36 
 
 		 402 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.236429 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2495  tryptophan synthase subunit beta  56.63 
 
 		 405 aa  442  1e-123  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1328  tryptophan synthase subunit beta  57.44 
 
 		 404 aa  442  1e-123  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.000691779  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0147  tryptophan synthase subunit beta  54.14 
 
 		 417 aa  443  1e-123  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.77335 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2881  tryptophan synthase subunit beta  57.03 
 
 		 397 aa  443  1e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0438165  normal  0.707316 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0071  tryptophan synthase subunit beta  55.81 
 
 		 411 aa  442  1e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0063  tryptophan synthase subunit beta  53.96 
 
 		 414 aa  442  1e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1064  tryptophan synthase subunit beta  57.03 
 
 		 410 aa  444  1e-123  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1804  tryptophan synthase subunit beta  58.01 
 
 		 404 aa  444  1e-123  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.603761  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0097  tryptophan synthase subunit beta  55.58 
 
 		 407 aa  441  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1291  tryptophan synthase subunit beta  56.77 
 
 		 397 aa  443  1e-123  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.632091  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2726  tryptophan synthase subunit beta  57.03 
 
 		 409 aa  443  1e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.521455  normal  0.616105 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1558  tryptophan synthase subunit beta  57.59 
 
 		 406 aa  442  1e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1487  tryptophan synthase subunit beta  56.25 
 
 		 399 aa  439  9.999999999999999e-123  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3288  tryptophan synthase subunit beta  55.73 
 
 		 397 aa  439  9.999999999999999e-123  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000135451  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0176  tryptophan synthase subunit beta  56.3 
 
 		 430 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1693  tryptophan synthase subunit beta  58.42 
 
 		 405 aa  440  9.999999999999999e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.738848  hitchhiker  0.000000703836 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0038  tryptophan synthase subunit beta  56.85 
 
 		 402 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.206234  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0245  tryptophan synthase subunit beta  55.12 
 
 		 394 aa  439  9.999999999999999e-123  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2306  tryptophan synthase subunit beta  56.51 
 
 		 397 aa  439  9.999999999999999e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0055  tryptophan synthase subunit beta  53.96 
 
 		 414 aa  441  9.999999999999999e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.660106  normal  0.224738 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0118  tryptophan synthase subunit beta  56.3 
 
 		 413 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0103  tryptophan synthase subunit beta  56.07 
 
 		 410 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0072  tryptophan synthase subunit beta  55.53 
 
 		 404 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00296113  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3797  tryptophan synthase subunit beta  54.32 
 
 		 415 aa  439  9.999999999999999e-123  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.622361 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0776  tryptophan synthase subunit beta  57.29 
 
 		 400 aa  439  9.999999999999999e-123  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.685874 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1698  tryptophan synthase subunit beta  57.66 
 
 		 400 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.251029 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3616  tryptophan synthase subunit beta  56.07 
 
 		 447 aa  440  9.999999999999999e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.356253  normal  0.8802 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0755  tryptophan synthase subunit beta  54.36 
 
 		 414 aa  440  9.999999999999999e-123  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2467  tryptophan synthase subunit beta  56.51 
 
 		 407 aa  440  9.999999999999999e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.379928 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2511  tryptophan synthase subunit beta  55.75 
 
 		 413 aa  438  9.999999999999999e-123  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1277  tryptophan synthase subunit beta  56.25 
 
 		 399 aa  439  9.999999999999999e-123  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3321  tryptophan synthase subunit beta  58.27 
 
 		 396 aa  438  9.999999999999999e-123  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000386703  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1157  tryptophan synthase subunit beta  59.38 
 
 		 395 aa  441  9.999999999999999e-123  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1334  tryptophan synthase, beta subunit  56.81 
 
 		 402 aa  441  9.999999999999999e-123  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.999699  normal  0.825059 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0328  tryptophan synthase subunit beta  55.38 
 
 		 394 aa  440  9.999999999999999e-123  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1361  tryptophan synthase subunit beta  55.75 
 
 		 397 aa  437  1e-121  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1161  tryptophan synthase subunit beta  55.64 
 
 		 397 aa  436  1e-121  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1141  tryptophan synthase subunit beta  55.64 
 
 		 397 aa  436  1e-121  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1135  tryptophan synthase subunit beta  55.64 
 
 		 397 aa  436  1e-121  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1749  tryptophan synthase subunit beta  53.94 
 
 		 413 aa  437  1e-121  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2069  tryptophan synthase subunit beta  56.69 
 
 		 399 aa  437  1e-121  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.166636  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2079  tryptophan synthase subunit beta  57.29 
 
 		 403 aa  435  1e-121  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1727  tryptophan synthase subunit beta  56.69 
 
 		 399 aa  437  1e-121  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.476833  hitchhiker  0.00551797 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1872  tryptophan synthase subunit beta  54.52 
 
 		 413 aa  435  1e-121  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0911585 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>