More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3427 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3427  tryptophan synthase subunit beta  100 
 
 		 408 aa  833    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.76011  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1693  tryptophan synthase subunit beta  74.38 
 
 		 405 aa  629  1e-179  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.738848  hitchhiker  0.000000703836 
 
 
-
 
NC_004310  BR2110  tryptophan synthase subunit beta  72.25 
 
 		 406 aa  621  1e-177  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0459587  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0635  tryptophan synthase subunit beta  73.5 
 
 		 404 aa  622  1e-177  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.874907  normal  0.0737735 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0197  tryptophan synthase subunit beta  73.25 
 
 		 404 aa  622  1e-177  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1064  tryptophan synthase subunit beta  74.87 
 
 		 410 aa  622  1e-177  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0810  tryptophan synthase subunit beta  73.25 
 
 		 406 aa  624  1e-177  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0147  tryptophan synthase subunit beta  73.83 
 
 		 417 aa  619  1e-176  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.77335 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3954  tryptophan synthase subunit beta  73 
 
 		 406 aa  619  1e-176  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.291144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0072  tryptophan synthase subunit beta  72.5 
 
 		 404 aa  619  1e-176  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00296113  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4281  tryptophan synthase subunit beta  73 
 
 		 406 aa  619  1e-176  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.486908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2026  tryptophan synthase subunit beta  72 
 
 		 422 aa  619  1e-176  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00854562  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1302  tryptophan synthase subunit beta  73.99 
 
 		 404 aa  617  1e-175  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.212962  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3237  tryptophan synthase subunit beta  73.8 
 
 		 406 aa  616  1e-175  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2726  tryptophan synthase subunit beta  74.5 
 
 		 409 aa  616  1e-175  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.521455  normal  0.616105 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3791  tryptophan synthase subunit beta  73.2 
 
 		 410 aa  614  1e-175  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.20895  normal  0.0231351 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0392  tryptophan synthase subunit beta  70.85 
 
 		 404 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.491733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0666  tryptophan synthase subunit beta  72.18 
 
 		 406 aa  611  9.999999999999999e-175  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0020  tryptophan synthase subunit beta  71.86 
 
 		 406 aa  608  1e-173  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0097  tryptophan synthase subunit beta  71.86 
 
 		 407 aa  610  1e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1990  tryptophan synthase subunit beta  74.26 
 
 		 414 aa  610  1e-173  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663503 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3270  tryptophan synthase subunit beta  73.13 
 
 		 409 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.244666 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3585  tryptophan synthase subunit beta  73.13 
 
 		 409 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.855143  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1328  tryptophan synthase subunit beta  73.57 
 
 		 404 aa  606  9.999999999999999e-173  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.000691779  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1966  tryptophan synthase subunit beta  72.98 
 
 		 411 aa  600  1e-170  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0038  tryptophan synthase subunit beta  73.12 
 
 		 402 aa  598  1e-170  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.206234  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00450  tryptophan synthase subunit beta  72 
 
 		 402 aa  598  1e-170  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.236429 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3887  tryptophan synthase subunit beta  72.46 
 
 		 410 aa  600  1e-170  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.85731 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3589  tryptophan synthase subunit beta  70.9 
 
 		 409 aa  595  1e-169  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.738122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0063  tryptophan synthase subunit beta  68.95 
 
 		 414 aa  597  1e-169  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0098  tryptophan synthase subunit beta  71 
 
 		 405 aa  594  1e-169  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000284084 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0143  tryptophan synthase subunit beta  74.24 
 
 		 405 aa  597  1e-169  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0071  tryptophan synthase subunit beta  72.68 
 
 		 411 aa  597  1e-169  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0083  tryptophan synthase subunit beta  71 
 
 		 405 aa  593  1e-168  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0017562 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0098  tryptophan synthase subunit beta  71 
 
 		 405 aa  593  1e-168  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1031  tryptophan synthase subunit beta  70.9 
 
 		 410 aa  591  1e-168  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.466116  normal  0.300404 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0101  tryptophan synthase subunit beta  70.75 
 
 		 405 aa  591  1e-168  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.500434  hitchhiker  0.000655179 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02120  tryptophan synthase subunit beta  73.15 
 
 		 406 aa  593  1e-168  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0158  tryptophan synthase, beta subunit  72.56 
 
 		 409 aa  590  1e-167  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.994719  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2204  tryptophan synthase subunit beta  69.77 
 
 		 406 aa  587  1e-167  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.205862  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0118  tryptophan synthase subunit beta  69.38 
 
 		 413 aa  589  1e-167  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0034  tryptophan synthase subunit beta  72.56 
 
 		 409 aa  590  1e-167  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0176  tryptophan synthase subunit beta  69.14 
 
 		 430 aa  589  1e-167  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0103  tryptophan synthase subunit beta  72.66 
 
 		 410 aa  591  1e-167  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2507  tryptophan synthase subunit beta  69.52 
 
 		 406 aa  588  1e-167  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.050152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0206  tryptophan synthase subunit beta  70.4 
 
 		 419 aa  589  1e-167  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.475237  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0055  tryptophan synthase subunit beta  68.22 
 
 		 414 aa  585  1e-166  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.660106  normal  0.224738 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1872  tryptophan synthase subunit beta  67.32 
 
 		 413 aa  585  1e-166  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0911585 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0201  tryptophan synthase subunit beta  68.64 
 
 		 413 aa  585  1e-166  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.445286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0093  tryptophan synthase subunit beta  68.16 
 
 		 410 aa  580  1e-164  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4976  tryptophan synthase subunit beta  71.79 
 
 		 410 aa  572  1.0000000000000001e-162  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.986936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3321  tryptophan synthase subunit beta  68.62 
 
 		 396 aa  567  1e-160  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000386703  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1211  tryptophan synthase subunit beta  68.19 
 
 		 396 aa  561  1.0000000000000001e-159  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0925  tryptophan synthase subunit beta  68.37 
 
 		 396 aa  563  1.0000000000000001e-159  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  2.7410900000000002e-34 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2482  tryptophan synthase subunit beta  67.68 
 
 		 396 aa  561  1e-158  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000110786  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3853  tryptophan synthase subunit beta  67.18 
 
 		 397 aa  554  1e-157  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1253  tryptophan synthase subunit beta  67.43 
 
 		 409 aa  554  1e-157  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.500519  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3348  tryptophan synthase subunit beta  67.44 
 
 		 397 aa  555  1e-157  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0451347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1291  tryptophan synthase subunit beta  66.41 
 
 		 397 aa  555  1e-157  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.632091  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3062  tryptophan synthase subunit beta  66.08 
 
 		 403 aa  553  1e-156  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3570  tryptophan synthase subunit beta  66.67 
 
 		 397 aa  552  1e-156  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.266435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3288  tryptophan synthase subunit beta  65.64 
 
 		 397 aa  553  1e-156  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000135451  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4409  tryptophan synthase subunit beta  66.67 
 
 		 397 aa  552  1e-156  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3958  tryptophan synthase subunit beta  66.67 
 
 		 397 aa  552  1e-156  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.196954  normal  0.187601 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0769  tryptophan synthase subunit beta  66.67 
 
 		 397 aa  548  1e-155  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1020  tryptophan synthase subunit beta  67.69 
 
 		 394 aa  550  1e-155  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2125  tryptophan synthase subunit beta  66.16 
 
 		 397 aa  550  1e-155  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.661691  decreased coverage  0.00480263 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0679  tryptophan synthase subunit beta  66.92 
 
 		 397 aa  549  1e-155  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.614528  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1236  tryptophan synthase subunit beta  67.18 
 
 		 411 aa  550  1e-155  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.617865  normal  0.527603 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2307  tryptophan synthase subunit beta  66.67 
 
 		 397 aa  548  1e-155  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2445  tryptophan synthase subunit beta  66.67 
 
 		 397 aa  546  1e-154  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.844513  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1721  tryptophan synthase subunit beta  66.67 
 
 		 397 aa  546  1e-154  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0529  tryptophan synthase subunit beta  66.67 
 
 		 397 aa  546  1e-154  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0803  tryptophan synthase subunit beta  66.58 
 
 		 401 aa  547  1e-154  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.118728  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4374  tryptophan synthase subunit beta  66.16 
 
 		 397 aa  546  1e-154  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1858  tryptophan synthase subunit beta  66.67 
 
 		 397 aa  546  1e-154  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.308005  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2079  tryptophan synthase subunit beta  65.99 
 
 		 403 aa  545  1e-154  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4622  tryptophan synthase subunit beta  66.41 
 
 		 397 aa  546  1e-154  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.227508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1649  tryptophan synthase subunit beta  66.67 
 
 		 397 aa  546  1e-154  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1983  tryptophan synthase subunit beta  66.67 
 
 		 403 aa  543  1e-153  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00755336 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6842  tryptophan synthase subunit beta  65.65 
 
 		 397 aa  543  1e-153  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.726467  normal  0.411948 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2306  tryptophan synthase subunit beta  66.41 
 
 		 397 aa  541  1e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1334  tryptophan synthase, beta subunit  66.67 
 
 		 402 aa  542  1e-153  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.999699  normal  0.825059 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2157  tryptophan synthase subunit beta  65.9 
 
 		 412 aa  544  1e-153  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.595682  normal  0.092632 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2495  tryptophan synthase subunit beta  68.13 
 
 		 405 aa  539  9.999999999999999e-153  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1864  tryptophan synthase subunit beta  64.27 
 
 		 391 aa  538  9.999999999999999e-153  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2881  tryptophan synthase subunit beta  65.65 
 
 		 397 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0438165  normal  0.707316 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2467  tryptophan synthase subunit beta  66.67 
 
 		 407 aa  540  9.999999999999999e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.379928 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2137  tryptophan synthase subunit beta  66.67 
 
 		 397 aa  539  9.999999999999999e-153  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.22591  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1813  tryptophan synthase subunit beta  66.92 
 
 		 397 aa  540  9.999999999999999e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1682  tryptophan synthase subunit beta  64.89 
 
 		 428 aa  538  9.999999999999999e-153  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1727  tryptophan synthase subunit beta  65.64 
 
 		 399 aa  535  1e-151  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.476833  hitchhiker  0.00551797 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2069  tryptophan synthase subunit beta  65.64 
 
 		 399 aa  535  1e-151  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.166636  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1912  tryptophan synthase subunit beta  67.18 
 
 		 398 aa  535  1e-151  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0467  tryptophan synthase subunit beta  62.72 
 
 		 424 aa  534  1e-151  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.826366 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5243  tryptophan synthase subunit beta  63.8 
 
 		 418 aa  531  1e-150  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0772  tryptophan synthase subunit beta  63.78 
 
 		 397 aa  532  1e-150  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.482746  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1049  tryptophan synthase subunit beta  64.03 
 
 		 397 aa  533  1e-150  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.548234 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1804  tryptophan synthase subunit beta  65.55 
 
 		 404 aa  531  1e-150  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.603761  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1698  tryptophan synthase subunit beta  65.22 
 
 		 400 aa  530  1e-149  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.251029 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>