More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2079 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_0803  tryptophan synthase subunit beta  75.69 
 
 		 401 aa  635    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.118728  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2079  tryptophan synthase subunit beta  100 
 
 		 403 aa  833    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2042  tryptophan synthase subunit beta  75.43 
 
 		 403 aa  648    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.104617  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1261  tryptophan synthase subunit beta  75.87 
 
 		 404 aa  634    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1253  tryptophan synthase subunit beta  78.36 
 
 		 409 aa  662    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.500519  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1020  tryptophan synthase subunit beta  74.87 
 
 		 394 aa  632  1e-180  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1558  tryptophan synthase subunit beta  74.68 
 
 		 406 aa  629  1e-179  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2495  tryptophan synthase subunit beta  74.31 
 
 		 405 aa  623  1e-177  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1334  tryptophan synthase, beta subunit  73.32 
 
 		 402 aa  619  1e-176  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.999699  normal  0.825059 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0432  tryptophan synthase subunit beta  73.37 
 
 		 424 aa  617  1e-175  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0755  tryptophan synthase subunit beta  73.37 
 
 		 415 aa  617  1e-175  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000954006  normal  0.692308 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0467  tryptophan synthase subunit beta  73.37 
 
 		 424 aa  617  1e-175  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.826366 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1236  tryptophan synthase subunit beta  70.56 
 
 		 411 aa  615  1e-175  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.617865  normal  0.527603 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2306  tryptophan synthase subunit beta  72.08 
 
 		 397 aa  613  9.999999999999999e-175  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1159  tryptophan synthase subunit beta  72.64 
 
 		 418 aa  613  9.999999999999999e-175  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.445238  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2467  tryptophan synthase subunit beta  69.73 
 
 		 407 aa  608  1e-173  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.379928 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1914  tryptophan synthase subunit beta  73.1 
 
 		 399 aa  607  9.999999999999999e-173  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.148244  normal  0.536089 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1698  tryptophan synthase subunit beta  72.91 
 
 		 400 aa  607  9.999999999999999e-173  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.251029 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1268  tryptophan synthase subunit beta  72.08 
 
 		 399 aa  603  1.0000000000000001e-171  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1267  tryptophan synthase subunit beta  72.08 
 
 		 399 aa  603  1.0000000000000001e-171  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2125  tryptophan synthase subunit beta  70.3 
 
 		 397 aa  598  1e-170  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.661691  decreased coverage  0.00480263 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3853  tryptophan synthase subunit beta  70.05 
 
 		 397 aa  600  1e-170  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0679  tryptophan synthase subunit beta  70.56 
 
 		 397 aa  598  1e-170  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.614528  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4374  tryptophan synthase subunit beta  70.74 
 
 		 397 aa  597  1e-170  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4622  tryptophan synthase subunit beta  70.56 
 
 		 397 aa  598  1e-170  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.227508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3348  tryptophan synthase subunit beta  69.8 
 
 		 397 aa  598  1e-170  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0451347  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1983  tryptophan synthase subunit beta  68.98 
 
 		 403 aa  595  1e-169  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00755336 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2137  tryptophan synthase subunit beta  70.56 
 
 		 397 aa  596  1e-169  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.22591  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1813  tryptophan synthase subunit beta  70.56 
 
 		 397 aa  596  1e-169  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1649  tryptophan synthase subunit beta  70.05 
 
 		 397 aa  593  1e-168  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0529  tryptophan synthase subunit beta  70.05 
 
 		 397 aa  593  1e-168  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6842  tryptophan synthase subunit beta  70.23 
 
 		 397 aa  592  1e-168  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.726467  normal  0.411948 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1721  tryptophan synthase subunit beta  70.05 
 
 		 397 aa  593  1e-168  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0870  tryptophan synthase subunit beta  71.36 
 
 		 399 aa  593  1e-168  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00318108 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3570  tryptophan synthase subunit beta  69.8 
 
 		 397 aa  594  1e-168  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.266435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0769  tryptophan synthase subunit beta  70.05 
 
 		 397 aa  593  1e-168  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2307  tryptophan synthase subunit beta  70.05 
 
 		 397 aa  593  1e-168  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1858  tryptophan synthase subunit beta  70.05 
 
 		 397 aa  593  1e-168  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.308005  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4409  tryptophan synthase subunit beta  69.8 
 
 		 397 aa  594  1e-168  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3958  tryptophan synthase subunit beta  69.8 
 
 		 397 aa  594  1e-168  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.196954  normal  0.187601 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2445  tryptophan synthase subunit beta  70.05 
 
 		 397 aa  593  1e-168  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.844513  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2069  tryptophan synthase subunit beta  69.37 
 
 		 399 aa  587  1e-167  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.166636  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1727  tryptophan synthase subunit beta  69.37 
 
 		 399 aa  587  1e-167  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.476833  hitchhiker  0.00551797 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2881  tryptophan synthase subunit beta  69.97 
 
 		 397 aa  590  1e-167  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0438165  normal  0.707316 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3062  tryptophan synthase subunit beta  69.9 
 
 		 403 aa  585  1e-166  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2157  tryptophan synthase subunit beta  69.74 
 
 		 412 aa  584  1.0000000000000001e-165  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.595682  normal  0.092632 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1049  tryptophan synthase subunit beta  69.23 
 
 		 397 aa  581  1.0000000000000001e-165  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.548234 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1804  tryptophan synthase subunit beta  69.74 
 
 		 404 aa  584  1.0000000000000001e-165  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.603761  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0772  tryptophan synthase subunit beta  69.49 
 
 		 397 aa  582  1.0000000000000001e-165  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.482746  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1912  tryptophan synthase subunit beta  69.21 
 
 		 398 aa  580  1e-164  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2843  tryptophan synthase subunit beta  67.75 
 
 		 405 aa  578  1e-164  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01270  tryptophan synthase subunit beta  68.09 
 
 		 405 aa  575  1.0000000000000001e-163  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3239  tryptophan synthase subunit beta  67.83 
 
 		 422 aa  576  1.0000000000000001e-163  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2592  tryptophan synthase subunit beta  67.58 
 
 		 422 aa  572  1.0000000000000001e-162  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3616  tryptophan synthase subunit beta  68.8 
 
 		 447 aa  573  1.0000000000000001e-162  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.356253  normal  0.8802 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1682  tryptophan synthase subunit beta  69.74 
 
 		 428 aa  574  1.0000000000000001e-162  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3046  tryptophan synthase subunit beta  68.29 
 
 		 434 aa  573  1.0000000000000001e-162  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0728  tryptophan synthase subunit beta  67.34 
 
 		 405 aa  570  1e-161  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0644  tryptophan synthase subunit beta  67.34 
 
 		 405 aa  570  1e-161  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1215  tryptophan synthase subunit beta  67.08 
 
 		 422 aa  569  1e-161  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0236312 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5243  tryptophan synthase subunit beta  67.86 
 
 		 418 aa  567  1e-160  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3288  tryptophan synthase subunit beta  68.27 
 
 		 397 aa  565  1e-160  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000135451  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1788  tryptophan synthase subunit beta  68.35 
 
 		 435 aa  566  1e-160  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1211  tryptophan synthase subunit beta  69.64 
 
 		 396 aa  566  1e-160  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0810  tryptophan synthase subunit beta  67.25 
 
 		 406 aa  562  1.0000000000000001e-159  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2726  tryptophan synthase subunit beta  67.18 
 
 		 409 aa  562  1.0000000000000001e-159  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.521455  normal  0.616105 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2482  tryptophan synthase subunit beta  68.7 
 
 		 396 aa  562  1.0000000000000001e-159  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000110786  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1249  tryptophan synthase, beta subunit  67.78 
 
 		 409 aa  564  1.0000000000000001e-159  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1291  tryptophan synthase subunit beta  68.45 
 
 		 397 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.632091  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1302  tryptophan synthase subunit beta  66.75 
 
 		 404 aa  558  1e-158  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.212962  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4281  tryptophan synthase subunit beta  66.75 
 
 		 406 aa  559  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.486908  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1064  tryptophan synthase subunit beta  68.96 
 
 		 410 aa  560  1e-158  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3954  tryptophan synthase subunit beta  66.75 
 
 		 406 aa  559  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.291144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1693  tryptophan synthase subunit beta  65.76 
 
 		 405 aa  556  1e-157  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.738848  hitchhiker  0.000000703836 
 
 
-
 
NC_004310  BR2110  tryptophan synthase subunit beta  66.75 
 
 		 406 aa  557  1e-157  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0459587  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4868  tryptophan synthase subunit beta  65.75 
 
 		 421 aa  555  1e-157  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.169233 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2026  tryptophan synthase subunit beta  66.5 
 
 		 422 aa  555  1e-157  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00854562  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0666  tryptophan synthase subunit beta  68.99 
 
 		 406 aa  556  1e-157  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0093  tryptophan synthase subunit beta  64.9 
 
 		 410 aa  555  1e-157  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1415  tryptophan synthase subunit beta  65.84 
 
 		 425 aa  555  1e-157  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3237  tryptophan synthase subunit beta  66.33 
 
 		 406 aa  552  1e-156  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0103  tryptophan synthase subunit beta  64.97 
 
 		 410 aa  552  1e-156  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0925  tryptophan synthase subunit beta  67.85 
 
 		 396 aa  553  1e-156  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  2.7410900000000002e-34 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3321  tryptophan synthase subunit beta  67.59 
 
 		 396 aa  554  1e-156  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000386703  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0020  tryptophan synthase subunit beta  65.49 
 
 		 406 aa  552  1e-156  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3791  tryptophan synthase subunit beta  66.41 
 
 		 410 aa  552  1e-156  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.20895  normal  0.0231351 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2507  tryptophan synthase subunit beta  66.15 
 
 		 406 aa  550  1e-155  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.050152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2204  tryptophan synthase subunit beta  66.15 
 
 		 406 aa  548  1e-155  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.205862  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0038  tryptophan synthase subunit beta  65.55 
 
 		 402 aa  550  1e-155  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.206234  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02120  tryptophan synthase subunit beta  64.89 
 
 		 406 aa  548  1e-155  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3427  tryptophan synthase subunit beta  65.99 
 
 		 408 aa  545  1e-154  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.76011  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00450  tryptophan synthase subunit beta  64.52 
 
 		 402 aa  547  1e-154  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.236429 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0034  tryptophan synthase subunit beta  64.12 
 
 		 409 aa  541  1e-153  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0071  tryptophan synthase subunit beta  64.12 
 
 		 411 aa  543  1e-153  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1328  tryptophan synthase subunit beta  67.01 
 
 		 404 aa  544  1e-153  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.000691779  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0101  tryptophan synthase subunit beta  64.38 
 
 		 405 aa  542  1e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.500434  hitchhiker  0.000655179 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4976  tryptophan synthase subunit beta  65.33 
 
 		 410 aa  540  9.999999999999999e-153  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.986936  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0158  tryptophan synthase, beta subunit  63.61 
 
 		 409 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.994719  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0253  tryptophan synthase subunit beta  65.63 
 
 		 396 aa  535  1e-151  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.208201  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1031  tryptophan synthase subunit beta  65.73 
 
 		 410 aa  535  1e-151  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.466116  normal  0.300404 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>