More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1415 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_2137  tryptophan synthase subunit beta  76.11 
 
 		 397 aa  649    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.22591  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1415  tryptophan synthase subunit beta  100 
 
 		 425 aa  879    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1983  tryptophan synthase subunit beta  77.09 
 
 		 403 aa  652    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00755336 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4622  tryptophan synthase subunit beta  75.25 
 
 		 397 aa  635    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.227508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1682  tryptophan synthase subunit beta  84.09 
 
 		 428 aa  737    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2157  tryptophan synthase subunit beta  82.58 
 
 		 412 aa  721    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.595682  normal  0.092632 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1049  tryptophan synthase subunit beta  75.43 
 
 		 397 aa  636    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.548234 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4868  tryptophan synthase subunit beta  82.9 
 
 		 421 aa  731    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.169233 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2125  tryptophan synthase subunit beta  74.88 
 
 		 397 aa  638    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.661691  decreased coverage  0.00480263 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1813  tryptophan synthase subunit beta  75.86 
 
 		 397 aa  648    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4374  tryptophan synthase subunit beta  75.12 
 
 		 397 aa  639    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1788  tryptophan synthase subunit beta  86.16 
 
 		 435 aa  744    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2592  tryptophan synthase subunit beta  87.86 
 
 		 422 aa  773    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1698  tryptophan synthase subunit beta  74.94 
 
 		 400 aa  640    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.251029 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3616  tryptophan synthase subunit beta  86.02 
 
 		 447 aa  754    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.356253  normal  0.8802 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5243  tryptophan synthase subunit beta  85.24 
 
 		 418 aa  754    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6842  tryptophan synthase subunit beta  74.63 
 
 		 397 aa  636    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.726467  normal  0.411948 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3239  tryptophan synthase subunit beta  87.86 
 
 		 422 aa  774    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3046  tryptophan synthase subunit beta  87.65 
 
 		 434 aa  767    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3062  tryptophan synthase subunit beta  77.21 
 
 		 403 aa  656    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0772  tryptophan synthase subunit beta  75.43 
 
 		 397 aa  635    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.482746  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1215  tryptophan synthase subunit beta  85.99 
 
 		 422 aa  761    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0236312 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1721  tryptophan synthase subunit beta  74.5 
 
 		 397 aa  631  1e-180  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0769  tryptophan synthase subunit beta  74.5 
 
 		 397 aa  632  1e-180  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2445  tryptophan synthase subunit beta  74.5 
 
 		 397 aa  631  1e-180  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.844513  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0679  tryptophan synthase subunit beta  75 
 
 		 397 aa  633  1e-180  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.614528  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0529  tryptophan synthase subunit beta  74.5 
 
 		 397 aa  631  1e-180  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1649  tryptophan synthase subunit beta  74.5 
 
 		 397 aa  631  1e-180  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1858  tryptophan synthase subunit beta  74.5 
 
 		 397 aa  631  1e-180  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.308005  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2307  tryptophan synthase subunit beta  74.5 
 
 		 397 aa  632  1e-180  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2306  tryptophan synthase subunit beta  74.63 
 
 		 397 aa  628  1e-179  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3853  tryptophan synthase subunit beta  73.76 
 
 		 397 aa  627  1e-179  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3570  tryptophan synthase subunit beta  74.14 
 
 		 397 aa  630  1e-179  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.266435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2881  tryptophan synthase subunit beta  73.65 
 
 		 397 aa  628  1e-179  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0438165  normal  0.707316 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2467  tryptophan synthase subunit beta  74.63 
 
 		 407 aa  629  1e-179  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.379928 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4409  tryptophan synthase subunit beta  74.14 
 
 		 397 aa  630  1e-179  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3348  tryptophan synthase subunit beta  74.01 
 
 		 397 aa  629  1e-179  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0451347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3958  tryptophan synthase subunit beta  74.14 
 
 		 397 aa  630  1e-179  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.196954  normal  0.187601 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0870  tryptophan synthase subunit beta  74.75 
 
 		 399 aa  627  1e-178  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00318108 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1914  tryptophan synthase subunit beta  73.95 
 
 		 399 aa  615  1e-175  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.148244  normal  0.536089 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1253  tryptophan synthase subunit beta  70.22 
 
 		 409 aa  594  1e-169  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.500519  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1912  tryptophan synthase subunit beta  68.72 
 
 		 398 aa  585  1e-166  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2495  tryptophan synthase subunit beta  68.32 
 
 		 405 aa  581  1.0000000000000001e-165  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1334  tryptophan synthase, beta subunit  67.58 
 
 		 402 aa  578  1e-164  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.999699  normal  0.825059 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2069  tryptophan synthase subunit beta  68.06 
 
 		 399 aa  577  1.0000000000000001e-163  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.166636  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1727  tryptophan synthase subunit beta  68.06 
 
 		 399 aa  577  1.0000000000000001e-163  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.476833  hitchhiker  0.00551797 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1268  tryptophan synthase subunit beta  67.25 
 
 		 399 aa  570  1e-161  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1267  tryptophan synthase subunit beta  67.25 
 
 		 399 aa  570  1e-161  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1020  tryptophan synthase subunit beta  67.49 
 
 		 394 aa  567  1e-160  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0803  tryptophan synthase subunit beta  64.72 
 
 		 401 aa  559  1e-158  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.118728  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2079  tryptophan synthase subunit beta  65.84 
 
 		 403 aa  555  1e-157  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1249  tryptophan synthase, beta subunit  66.84 
 
 		 409 aa  552  1e-156  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1966  tryptophan synthase subunit beta  65.84 
 
 		 411 aa  552  1e-156  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1159  tryptophan synthase subunit beta  65.93 
 
 		 418 aa  552  1e-156  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.445238  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1236  tryptophan synthase subunit beta  65.26 
 
 		 411 aa  553  1e-156  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.617865  normal  0.527603 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0432  tryptophan synthase subunit beta  64.44 
 
 		 424 aa  549  1e-155  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0755  tryptophan synthase subunit beta  64.2 
 
 		 415 aa  548  1e-155  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000954006  normal  0.692308 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0467  tryptophan synthase subunit beta  64.44 
 
 		 424 aa  550  1e-155  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.826366 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2843  tryptophan synthase subunit beta  66.08 
 
 		 405 aa  550  1e-155  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1261  tryptophan synthase subunit beta  64.53 
 
 		 404 aa  545  1e-154  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01270  tryptophan synthase subunit beta  65.1 
 
 		 405 aa  548  1e-154  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1211  tryptophan synthase subunit beta  64.69 
 
 		 396 aa  547  1e-154  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1558  tryptophan synthase subunit beta  64.02 
 
 		 406 aa  541  1e-153  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2042  tryptophan synthase subunit beta  63.79 
 
 		 403 aa  540  9.999999999999999e-153  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.104617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0071  tryptophan synthase subunit beta  65.06 
 
 		 411 aa  541  9.999999999999999e-153  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1804  tryptophan synthase subunit beta  65.16 
 
 		 404 aa  540  9.999999999999999e-153  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.603761  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0728  tryptophan synthase subunit beta  65.02 
 
 		 405 aa  538  9.999999999999999e-153  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1328  tryptophan synthase subunit beta  65.91 
 
 		 404 aa  540  9.999999999999999e-153  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.000691779  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0644  tryptophan synthase subunit beta  64.78 
 
 		 405 aa  536  1e-151  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2726  tryptophan synthase subunit beta  64.76 
 
 		 409 aa  535  1e-151  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.521455  normal  0.616105 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1291  tryptophan synthase subunit beta  62.53 
 
 		 397 aa  535  1e-151  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.632091  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1693  tryptophan synthase subunit beta  63.28 
 
 		 405 aa  532  1e-150  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.738848  hitchhiker  0.000000703836 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0038  tryptophan synthase subunit beta  64.3 
 
 		 402 aa  533  1e-150  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.206234  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3237  tryptophan synthase subunit beta  64.59 
 
 		 406 aa  532  1e-150  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4281  tryptophan synthase subunit beta  64.34 
 
 		 406 aa  530  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.486908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1302  tryptophan synthase subunit beta  63.03 
 
 		 404 aa  530  1e-149  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.212962  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2507  tryptophan synthase subunit beta  64 
 
 		 406 aa  529  1e-149  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.050152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0093  tryptophan synthase subunit beta  62.03 
 
 		 410 aa  528  1e-149  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00450  tryptophan synthase subunit beta  62.84 
 
 		 402 aa  529  1e-149  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.236429 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3954  tryptophan synthase subunit beta  64.34 
 
 		 406 aa  530  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.291144  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3791  tryptophan synthase subunit beta  64.85 
 
 		 410 aa  530  1e-149  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.20895  normal  0.0231351 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02120  tryptophan synthase subunit beta  63.09 
 
 		 406 aa  528  1e-148  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2482  tryptophan synthase subunit beta  62.78 
 
 		 396 aa  527  1e-148  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000110786  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0072  tryptophan synthase subunit beta  63.77 
 
 		 404 aa  525  1e-148  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00296113  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2204  tryptophan synthase subunit beta  63.5 
 
 		 406 aa  526  1e-148  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.205862  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3288  tryptophan synthase subunit beta  62.03 
 
 		 397 aa  526  1e-148  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000135451  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0158  tryptophan synthase, beta subunit  61.39 
 
 		 409 aa  521  1e-147  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.994719  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0103  tryptophan synthase subunit beta  62.78 
 
 		 410 aa  523  1e-147  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0635  tryptophan synthase subunit beta  63.52 
 
 		 404 aa  523  1e-147  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.874907  normal  0.0737735 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1031  tryptophan synthase subunit beta  62.62 
 
 		 410 aa  521  1e-147  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.466116  normal  0.300404 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3589  tryptophan synthase subunit beta  62.62 
 
 		 409 aa  522  1e-147  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.738122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0197  tryptophan synthase subunit beta  63.28 
 
 		 404 aa  523  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1064  tryptophan synthase subunit beta  63.03 
 
 		 410 aa  523  1e-147  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0810  tryptophan synthase subunit beta  62.03 
 
 		 406 aa  523  1e-147  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3887  tryptophan synthase subunit beta  64.36 
 
 		 410 aa  522  1e-147  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.85731 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0020  tryptophan synthase subunit beta  62.84 
 
 		 406 aa  523  1e-147  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3321  tryptophan synthase subunit beta  61.79 
 
 		 396 aa  521  1e-146  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000386703  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3585  tryptophan synthase subunit beta  63.12 
 
 		 409 aa  519  1e-146  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.855143  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3427  tryptophan synthase subunit beta  62.04 
 
 		 408 aa  520  1e-146  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.76011  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3270  tryptophan synthase subunit beta  63.12 
 
 		 409 aa  519  1e-146  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.244666 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>